What’s New(2001)

国立遺伝学研究所ネットワーク停止のおしらせ 2001.12.21
スーパー SINET 切替え作業のため下記日程におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願いいたします。
期間:12月27日(木)15時から12月28日(金)9時まで

CLUSTALW DDBJ 拡張版公開 2001.12.20
多重整列と系統樹作成プログラム CLUSTALW の DDBJ 拡張版を12月7日に公開しました。追加機能は以下の通りです。
・ALIGN 指定時のオプションとして, 配列の一致する部分をドットで出力するドットオプションが指定できるようになりました(例)。
・TREE 指定時のオプションとして塩基配列の場合,遺伝距離の推定に Jukes-Cantor, Kimura 2-parameter の他 Tamura, Tajima-Nei, Gojobori-Ishii-Nei 6-parameter, Tamura-Nei も指定できるようになりました。

例:
CLUSTAL W (1.81) multiple sequence alignment

A1-1_A101      GGCCGACCCTTCGGCCCGGGGGCC
A1-2_A102      ......T.................
A1-3_A103      NNNN..T.T...............
A1-4_A104      NNNN.G..................
A2             NNNN..T................-
AX             NNNN......A.............
A3-1           NNNN................A...
cis-AB         NNNN..T...........C.....
O-1_O101       ....-...................
O-2_O201       TATT-G....A.A..T...A....
O-3            NNNN.G.G.........A......
O-4_O102       NNNN-....C..............
O-5_O103       NNNN-G..................
O-6_O202       NNNN-.....A.A..T...A....
O-7_O203       NNNN-G....A.A.TT...A....
B-1_B101       .....G.G...T.A..A.C..A..
B-2_B102       NNNN.G.G...T.A..A.C.....
B-3_B103       NNNN.G.G.....A..A.C..A..
B(A)           NNNN.G.G........A.C..A..
B3-1           NNNN.G.G...T.A..A.C..AT.
               ************************
生命情報学関連の会議のおしらせ更新  2001.12.19
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, Evolution 2002(2002年6月28日~7月2日), Bio China 2002 (2002年8月28日~31日)を追加しました。
GIB にデータ追加 2001.12.27
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Washington により Agrobacterium tumefaciens C58 (Dupont) のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The Genome of the Natural Genetic Engineer Agrobacterium tumefaciens C58, Science 294 (5550), 2317-2323 (2001)
GIB にデータ追加 2001.12.12
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Genoscope and CNRS UMR-8030 により Ralstonia solanacearum GMI1000 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome sequence of the plant pathogen Ralstonia solanacearum, Unpublished
TXSearch Version 2.0 公開 2001.12.7
TXSearch は生物分類データベース(Unified Taxonomy Database)を検索するシステムです。 12月7日に TXSearch Version 2.0 を公開しました。 今回のバージョンアップは TXSearch の RDB化 に伴うシステム内部の変更で, 利用できる機能に変更はありませんが, これまであった上限1000件までという検索結果件数に制限がなくなりました。
年末年始休業のおしらせ 2001.12.7
DDBJでは,年末・年始の業務を2001年12月29日(土) から2002年1月3日(木)まで休業いたします。 この間はほとんどの業務を停止します。 また,SAKURA によるデータ受け付けは2001年12月26日 (水)から2002年1月3日(木)まで停止いたしますので,ご注意ください。 皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

では,よい年をお迎えくださいませ。
DDBJ

PIR rel. 70 公開 2001.12.6
12月6日より PIR rel. 70 を公開しています。PIR rel. 70 はエントリ数が 250,417,総アミノ残基数が 85,931,133 aa となっています。
GIB にデータ追加 2001.12.5
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Kazusa DNA Research Institute により Nostoc sp. PCC 7120 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete Genomic Sequence of the Filamentous Nitrogen-fixing Cyanobacterium Anabaena sp. strain PCC 7120, DNA Res. 8, 205-213 (2001)
PRF Rel. 82 公開 2001.12.5
12月4日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 82を公開しています。 PRF Rel. 82 はエントリ数が 184,903,総アミノ残基数が 66,779,128 aa です。
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止のおしらせ 2001.11.29
国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため, 下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:2001年12月 1日(土)13:00 から 21:00 まで
DDBJ ウェブページの復旧について 2001.11.27
サーバメンテナンス時の事故のため,11/17-26日まで一部アクセスできないページがありました。 現在は復旧しています。
ご不便おかけいたしましたことをお詫びします。
DAD Rel. 17 公開 2001.11.27
11月19日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 17 を公開しています。 DAD rel. 17 はエントリ数が 863,193,総アミノ残基数が 265,285,159 aa となっています。
SWISS-PROT Rel. 40公開 2001.11.27
11月19日よりSWISS-PROT Rel. 39を公開しています。 SWISS-PROT Rel. 40はエントリ数が101,602, 総アミノ残基数が37,315,215 aaとなっています。
XML 形式でのデータ公開再開 (DDBJ-XML V.1.1) 2001.11.14
DDBJ では XML 化した DDBJ リリースの anonymous FTP での公開を再開しました。
現在,リリース全体を XML 化した DDBJ リリース47 (2001/10) を公開しています。
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/
また,今回新たに unified daily update data (NEW data) の公開も開始しました。
毎日公開される定期リリース後の新着データも XML 形式でご利用いただけます。
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/xml/
停電にともなう遺伝研ネットワークサービスの停止 2001.11.8
国立遺伝学研究所の停電のため,下記期日におきまして国立遺伝学研究所の全ネットワークサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:11月16日(金)17:00から11月18日(日)9:00まで
GIB にデータ追加  2001.11.1
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Institut Pasteurにより Listeria innocua Clip11262 と Listeria monocytogenes EGD-e のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Comparative genomics of Listeria species, Science 294, 849-852 (2001)
GIB にデータ追加  2001.10.31
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供 するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
The Sanger Centreにより Salmonella typhi CT18 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of a multiple drug resistant Salmonella enterica serovar Typhi CT18, Nature 413, 848-852 (2001)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.10.29
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, HGM 2002(2002年4月14日~17日), 4th HUGO Pacific Meeting and 5th Asia-Pacific Conference on Human Genetics (2002年10月27日~30日)を追加しました。
GIB にデータ追加 2001.10.29
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供 するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Washington University School of Medicineにより Salmonella typhimurium LT2 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The complete genome sequence of Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2: features revealed by comparison to related genomes, Nature 413, 852-856 (2001)
検索対象データベースに PRF/SEQ データベース追加 2001.10.25
DDBJ で提供している検索サービスの検索対象データベースに PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベースを追加しました。 PRF/SEQ データベースが利用できるサービスは,相同性検索 (fasta, blast, psi-blast, ssearch) とgetentry です。 現在利用可能な Release 81 (2001/9) は,エントリ数 177,941,総アミノ残基数 64,250,763 aa です。
*PRF/SEQDB は大阪大学蛋白質研究所の蛋白質研究奨励会が作成するペプチド・タンパク質のアミノ酸配列のデータベースです
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.10.23
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 第6回 静岡 健康・長寿学術フォーラム (2001年11月9日~10日)を追加しました。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.10.22
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, BGRS'2002 (2002年7月14日~20日)を追加しました。
「あなたにも役立つバイオインフォマティク ス」第7回掲載 2001.10.22
共立出版より発行されている「蛋白質 核酸 酵素」にシリーズ 『あなたにも役立つバイオインフォマティクス』が連載中です。 第7回「アミノ酸配列の保存領域から蛋白質を知る(深海-小林 薫;DDBJ)」Vol.46 No.14 (2001) が掲載されました。どうぞご覧ください。
GIB にデータ追加 2001.10.16
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
The Sanger Centre により Yersina pestis CO92 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome sequence of Yersinia pestis, the causative agent of plague, Nature 413, 523-527 (2001)
DDBJ リリース 47 完成 2001.10.16
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに, 磁気媒体により配付しています。 10月に DDBJ リリース47を完成しました。 リリース47のエントリ数は 13,266,610,総塩基数は 14,145,671,645 塩基です。
supernig 定期保守のおしらせ 2001.10.12
国立遺伝学研究所の解析サーバ supernig の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2001年10月19日(金)12:00-21:00
生命情報学関連の会議のおしらせ更新  2001.12.27
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, Bioinformatics 2002 (2002年2月6日~8日)を追加しました。
GIB version 3.0 公開 2001.10.1
最近,急激に増加しているゲノムデータに対応すべく GIB のシステムを改良しました。 データベースには RDB を用い,複数の PC-Linux 上に分散しました。 また,ホモロジー検索サーバも別マシン上に構築し,WWW サーバはこれらのサーバと CORBA/XML を使って通信します。 新バージョンでは ORF や RNA だけでなくフラットファイルから得られるすべてのフィーチャが格納されていますので,それを利用することができます。
また,比較ゲノムのページでは,興味のある複数のゲノムを選択することが可能になりました。 さらにユーザインターフェースも改良してより使いやすくいたしましたのでどうぞご利用ください。
GIB にデータ追加 2001.9.18
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Eli Lilly and Company により Streptococcus pneumoniae R6 のゲノム配列が,Genoscope, Universite de la Mediterrane により Rickettsia conorii のゲノム配列が,National Institute of Technology and Evaluation により Sulfolobus tokodaii のゲノム配列が, 決定され公開されました。 これにともない GIB でもこれらのデータが検索できるようになりました。
Reference:
Streptococcus pneumoniae R6: Genome of the Bacterium Streptococcus pneumoniae Strain R6, J. Bacteriol. 183 (19), 5709-5717 (2001)
Rickettsia conorii: Mechanisms of Evolution in Rickettsia conorii and Rickettsia prowazekii, Science 293, 2093-2098 (2001)
Sulfolobus tokodaii: Complete genome sequence of an Aerobic Thermoacidophilic Crenarchaeon, Sulfolobus tokodaii strain7. DNA Res. (2001) In press
minerva 定期保守のおしらせ 2001.9.14
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2001年9月21日(金)10:00-22:00
XML 形式のデータ公開一時停止 2001.9.12
DDBJ で提供している XML 形式のデータ公開をトラブルのため一時停止します。 一週間程度で復旧する見込みです。
御迷惑をおかけしますが,ご理解下さいますようお願いします。
DDBJing 講習会開催 2001.9.4
9/3 に国立情報学研究所学術総合センタービルにて第5回 DDBJing 講習会を開催し,約100名の方がこの講習会に参加されました。 DDBJing 講習会については こちらのページをご覧下さい。
相同性検索プログラムご利用の皆様へのお詫び 2001.8.24
以下の条件に全て当てはまる場合の相同性検索の検索結果に誤りがありました。
・2001年7月17日から2001年8月23日までの間
・検索プログラムとして FASTA または BLAST を使用
・検索対象データベースとして "DDBJ全データ(DNA)" を選択
・検索対象 DIVISIONと して "無脊椎動物","植物","バクテリア" のいずれかを含む
・www で検索結果を表示するように選択
(E-mail で結果を受け取る指定をした場合や E-mail での検索依頼の場合は問題ありません)
皆様には多大なご迷惑をおかけしましたことをお詫びいたします。
「あなたにも役立つバイオインフォマティクス」第5回掲載 2001.8.23
共立出版より発行されている「蛋白質 核酸 酵素」にシリーズ 『あなたにも役立つバイオインフォマティクス』が連載中です。 第5回「アミノ酸配列から既知のパターンを探す(池尾一穂;DDBJ)」Vol.46 No.12 (2001) が掲載されました。どうぞご覧ください。
GIB にデータ追加  2001.8.17
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Cereon Genomics により Agrobacterium tumefaciens のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索できるようになりました。
Reference: Complete Genome Sequence of Agrobacterium tumefaciens C58 (Rhizobium radiobacter C58), the Causative Agent of Crown Gall Disease in Plants, Unpublished
GIB にデータ追加  2001.8.10
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
MELILO EU Consortium により Shinorhizobium meliloti のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索できるようになりました。
Reference: Analysis of the chromosome sequence of the legume symbiont Sinorhizobium meliloti, Unpublished
PIR rel. 69 公開 2001.8.9
8月9日より PIR rel. 69 を公開しています。 PIR rel. 69 はエントリ数が 232,624,総アミノ残基数が 80,607,033 aa となっています。
GIBにシロイヌナズナを追加 2001.8.7
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供してきました。 今回,微生物以外に初めてシロイヌナズナの公開データをもとに DDBJでアッセンブルしたゲノム配列データをGIBに追加して, 相同性検索,キーワード検索ならびに閲覧を可能としました。
DAD Rel. 16 公開 2001.8.3
8月3日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 16 を公開しています。 DAD rel. 16 はエントリ数が 797,764,総アミノ残基数が 245,236,540 aa となっています。
GIB にデータ追加 2001.12.27
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Genome Therapeutics Corporation により Clostidium acetobutylicum のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索できるようになりました。
また,トップページに「More than microbes - Other organisms」を追加しました。
Reference: Genome Sequence and Comparative Analysis of the Solvent-Producing Bacterium Clostridium acetobutylicum, J. Bacteriol. 183 (16), 4823-4838 (2001)
XML 形式でのリリース公開開始 2001.7.25
DDBJ では XML 化した DDBJ リリースの anonymous FTP での公開を開始しました。 現在,リリース全体を XML 化した DDBJ リリース46 (2001/7) を公開しています。
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/

DDBJ Release in XML
Copyright 2001 National Institute of Genetics, Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan. No reproduction or republication in any form without written permission.
Reference:
Miyazaki S and Sugawara H, "Development of DDBJ-XML and its application to a database of cDNA" , Genome Informatics 2000, Universal Academy Press, Inc (Tokyo), 380-381, 2000
Miyazaki S and Sugawara H, "Visualization of features in flat file by use of DDBJ-XML", Currents in Computational Molecular Biology 2001 (Montreal), 249-250, 2001

GIB にデータ追加 2001.7.25
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 TIGR によりStreptococcus pneumoniae のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索できるようになりました。
Reference: Complete Genome Sequence of a virulent isolate of Streptococcus pneumoniae, Science 293 (5529), 498-506 (2001)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.7.25
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 第4回 国際ゲノム会議「ゲノムからプロテオームへ」 (2001年11月13日~14日)を追加しました。
あなたにも役立つ バイオインフォマティクス」第4回掲載 2001.7.24
共立出版より発行されている「蛋白質 核酸 酵素」にシリーズ 『あなたにも役立つバイオインフォマティクス』が連載中です。 第4回「配列から遺伝子の進化を探る(斎藤成也;DDBJ)」Vol.46 No.10(2001) が掲載されました。どうぞご覧ください。
「あなたにも役立つ バイオインフォマティクス」第2回,第3回掲載 2001.7.23
共立出版より発行されている「蛋白質 核酸 酵素」にシリーズ 『あなたにも役立つバイオインフォマティクス』が連載中です。 第2回「既知の配列と比較する:相同性検索(今西 規・宮崎 智;DDBJ)」 Vol.46 No.7(2001), 第3回「配列に共通のパターンを探す(池尾一穂;DDBJ)」Vol.46 No.9(2001) が掲載されました。どうぞご覧ください。
DDBJ リリース46完成 2001.7.17
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに, 磁気媒体により配付しています。 7月に DDBJ リリース46を完成しました。
リリース46のエントリ数は12,313,759,総塩基数は13,037,646,166塩基です。
『ヒトゲノム情報工房』再開 2001.7.16
公開停止中でした, 『DDBJ/CIB Human Genomics Studio』 (DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房) のサービスを再開いたしました。どうぞご利用ください。
DDBJKIT 公開終了 2001.6.28
DDBJ HP で公開していた DDBJKIT の公開を終了しました。 DDBJ の活動紹介,検索解析サービスの案内,Q and A や各種申請書などは DDBJing という項目がありますので,今後はこちらをご覧下さい。 URL は http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/ddbjingtop-j.html です。
新項目「生命情報学へのとびら」 2001.6.27
この度 ,DDBJホームページのトップ項目「生命情報学がわかる」を 「生命情報学へのとびら」と改め内容を再構成しました 「生命情報学がわかる」「遺伝研の生命情報 web リンク」 「その他の生命情報 web リンク」「生命情報学関連の会議のおしらせ」 の4つの項目から成り,生命情報学関連webリンクは, 遺伝研内で運営されているサイトが独立したページになりました。 トップページには,遺伝子とゲノム,遺伝研の生命情報 web リンク, その他の生命 情報 webリンクの3項目へリンクが張ってあります。 どうぞご利用ください。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.6.19
生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 第2回ミレニアムプロジェクト「がん・ゲノム・脳」合同シンポジウム(2001年7月11日)を追加しました。
minerva 定期保守のおしらせ 2001.6.14
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2001年6月22日(金)12:00-21:00
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.6.14
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 日本植物学会第65回大会(2001年9月25日~29日), 日本進化学会第3回大会(2001年10月6日~8日), 日本動物学会第72回大会(2001年10月6日~8日)を追加しました。
supernig 定期保守のおしらせ  2001.6.14
国立遺伝学研究所の解析サーバ supernig の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2001年6月22日(金)16:00-21:00
GIB にデータ追加 2001.6.7
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome In formation Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 National Institute of Bioscience and Human Technology(現 AIST)により決定された Thermoplasma volcanium のゲノム配列に,このたびアノテーションが付加され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索できるようになりました。
Reference: Determination of the complete genomic DNA sequence of Thermoplasma volcanium, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 14257-14262 (2000)
「あなたにも役立つ バイオインフォマティクス」連載開始 2001.6.6
共立出版より発行されている「蛋白質 核酸 酵素」のVol.46 No.6(2001)より, シリーズ『あなたにも役立つバイオインフォマティクス』の連載が開始しました。 第1回は「配列を手に入れる DDBJが提供する SRS システムにより検索の仕方」 (宮崎智,DDBJ)です。今後「既知の配列と比較する:相同性検索」(今西規), 「配列に共通のパターンを探す」(池尾一穂,DDBJ)などDDBJ関係者もシリーズを担当していきます。どうぞご覧ください。
GIB にデータ追加 2001.5.31
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Kazusa DNA Research Institute により決定された Mesorhizobium loti のゲノム配列に,このたびアノテーションが付加され公開されました。 これにともない GIBでもデータが検索できるようになりました。
Reference: Complete genome structure of the nitrogen-fixing symbiotic bacterium Mesorhizobium loti., DNA Res. 7, 331-338 (2000)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.5.25
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, The 2001 Annual Meeting of the CBI Society(2001年7月25日~27日), 第8回国際細胞共生学会議 (2001年10月12日~17日), Evolutionary Genomics - New Paradigm of Biology in the 21st Century (2001年11月4日~6日)を追加しました。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.5.24
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, Artificial Intelligence and Heuristic Methods for Bioinformatics(2001年10月1日~11日)を追加しました。
GIB にデータ追加 2001.5.22
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Mycoplasma pulmonisのゲノム配列が INRA により決定・公開されたことにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
今回の追加で,GIB で検索できるバクテリアゲノムが50ゲノムに達しました。
Reference: The complete genome sequence of the murine respiratory pathogen Mycoplasma pulmonis, Nucleic Acids Res. 29(10), 2145-2153(2001)
PIR rel. 68 公開 2001.5.21
5月21日より PIR rel. 68 を公開しています。 PIR rel. 68 はエントリ数が 219,241,総アミノ残基数が 76,174,552 aa となっています。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.5.16
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, The Ribosome (2001年5月31日~6月5日), Mechanisms of Cell Death and Disease:Advances in Therapeutic Intervention (2001年6月2日~5日),Bioinformatics Tools for Comparative Genomics(2001年6月11日~15日), PharmaConference '01(2001年8月5日~9日)を追加しました。
WWW 版 getentry 機能拡張 2001.5.15
getentry は WWW サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエントリデータを検索するシステムです。 2001年5月 WWW 版 get-entry に新機能を追加しました。
CDS 配列データ出力機能:
結果指定の選択メニューから「CDS FASTA 形式」を選択することによって動作します。 CDS 配列データとは CDS のロケーション情報からその定義に従って配列データを抜き出し,連続した配列データにしたものです。
クローン名からのエントリ検索機能:
番号指定の選択メニューから「Clone Name」を選択し,クローン名をキーにして検索を実行することで該当するエントリを出力できます。 同一名のエントリが複数存在する場合は一覧表示が出力され,その中から目的のエントリを選びます。
GIB にデータ追加 2001.5.14
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 以下のゲノム配列が決定され公開されたことにともない,GIBでもデータが検索できるようになりました。
Staphylococcus aureus Mu50
Reference: Whole genome sequencing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus, the major hospital pathogen, Lancet 357, 1225-1240 (2001)
Institute: University of Tsukuba College of Medical Technology and Nursing
Sulfolobus solfataricus
Reference: Unpublished
Institute: Copenhagen University
Mycobacterium tuberculosis CDC1551
Reference: Whole genome comparison of Mycobacterium tuberculosis clinical and laboratory strains, Unpublished
Institute: The Institute for Genomic Research
XMLを導入 2001.5.11
DDBJでは生物情報への適用が広がりつつある XML (eXtensible Markup Langueage) を導入し始めました。まず,検索プログラム getentry の出力形式の一つとして XML 形式をプルダウンメニューから選択できるようにしました。 DTDファイルは,検索結果として受け取る XML 形式のエントリーに埋め込まれたリンクを 辿ってダウンロードできるように設定しました。
参考文献:
Miyazaki, S and Sugawara, H, "Development of DDBJ-XML and Its Application to a Database of cDNA" , Genome Informatics 2000,Universal Academy Press, Inc (Tokyo),380-381,2000
Satoru Miyazaki and Hideaki Sugawara,"Visualization of Features in Flat file by use of DDBJ-XML", Currents in computational molecular biology 2001(Montreal), 249-250, 2001
DAD Rel.15 公開 2001.4.27
4月26日より DAD (DDBJ amino acid database) Rel.15 を公開しています。 DAD Rel.15 はエントリ数が741,845,総アミノ残基数が228,137,184 aaとなっています。
GIB にデータ追加 2001.4.26
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Staphylococcus aureus のゲノム配列が NITE により決定・公開されたことにともない,GIBでもデータが検索できるようになりました。
Reference: Whole genome sequencing of meticillin-resistant Stapylococcus aureus, The Lancet 357, 1225-1240 (2001)
supernig 定期保守のおしらせ 2001.4.23
国立遺伝学研究所の解析サーバsupernig の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 同時にOSバージョンアップ作業 (Solaris8) も行ないます。 一部のプログラムによっては,リコンパイルが必要になる場合があります。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2001年5月7日(月)9:00~10日(木)9:00
DDBJ リリース 45完成 2001.4.18
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに, 磁気媒体により配付しています。 4月に DDBJ リリース45を完成しました。
リリース45のエントリ数は11,434,113,総塩基数は12,207,092,905塩基です。 今回のリリースより HTC (High Throughput cDNA) division が追加されました。
GIB にデータ追加 2001.4.16
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Streptococcus pyogenes のゲノム配列が University of Oklahoma より決定され公開されたことにともない,GIBでもデータが検索できるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of an M1 strain of Streptococcus pyogenes., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (8), 4658-4663 (2001)
minerva (VPP5000) 定期保守のおしらせ 2001.4.16
minerva (VPP5000) の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2001年 04月20日(金) 12:00 ~ 21:00
講演会「ゲノムを知る」開催 2001.4.13
3月24日に慶應義塾大学三田キャンパスにて一般の方々を主な対象とした講演会 「ゲノムを知る」が開催されました。 この講習会は情報知識学会主催, 国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センターと国立情報学研究所後援で開催され, 175名の参加がありました。 当研究所生命情報・DDBJ研究センターの菅原秀明, 五條堀孝が講師として参加しました。 菅原による報告はこちらをご覧下さい。
センター名変更のおしらせ 2001.4.6
国立遺伝学研究所の生命情報センターの名称が,2001年4月より 「生命情報・DDBJ研究センター」と変更されました。 DDBJは,1986年より遺伝情報研究センター,1995年より生命情報センターの 事業として運営されてきましたが,今後は,公式に国立遺伝学研究所の組織 として認められ,生命情報・DDBJ研究センター内で活動を行なってまいります。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.4.4
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, Antisense 2001 (2001年5月21日~22日), 第2回DNAチップ技術研究会 (2001年6月16日), Beyond Genome 2001 (2001年6月17日~22日), 13th International Genome Sequencing and Analysis Conference (2001年10月25 日~28日)を追加しました。
GIB にデータ追加 2001.3.27
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Caulobacter crescentus のゲノム配列が 公開されたことにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
DDBJ web サーバマシン停止のおしらせ 2001.3.26
システム変更作業のため下記日程にて DDBJ web サーバマシンを停止します。 この間 DDBJ ホームページにはアクセスできませんのでご注意下さい。 皆様には迷惑をおかけしますが,ご理解下さいますようお願い致します。
停止日程: 2001年3月29日(木)午前10:00~12:00
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.3.26
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, MICROARRAYS AND MICROCHIPS JAPAN(2001年6月4日~5日), WABI 2001(2001年8月28日~31日)を追加しました。
GIB にデータ追加 2001.12.27
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Mycobacterium leprae のゲノム配列が 公開されたことにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.2.16
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, SMBE 2001 ANNUAL MEETING (2001年7月7日~10日)を追加しました。
ヒトゲノム草稿配列の論文発表 2001.12.27
2月15日号の Nature誌(409巻,860-921頁)に, ヒトゲノム草稿配列に関する論文が, ヒトゲノム配列決定国際合同チームによって発表されました。 詳細はこちらをご覧下さい!
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.2.14
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 「ゲノムリテラシー講座」-アノテーションのインフォマティクス- (2001年3月8日~10日), Genome Japan(2001年3月26日~27日), 第55回日本人類学会大会・第17回日本霊長類学会大会 連合大会 (2001年7月13日~15日), 日本生化学会第74回大会(2001年10月25日~28日), 日本分子生物学会第24回大会(2001年12月9日~12日), Genome Informatics Workshop 2001(2001年12月18日~19日)を追加しました。
GIB にデータ追加 2001.12.27
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 Pasteurella multocidaとLactococcus lactis のゲノム配列が公開されたことにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
DAD Rel.14, PIR Rel.67 公開 2001.2.13
2月9日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel.14 および PIR Rel.67 を公開しています。 DAD Rel.14はエントリ数が662,374,総アミノ残基数が205,640,609 aaとなっています。 PIR Rel.67はエントリ数が198,801,総アミノ残基数が68,722,935 aaとなっています。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.2.9
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 第5回 創薬ゲノム自動化展 (2001年2月21日~23日), RECOMB Satellite Meeting on DNA Sequence Assembly (2001年5月19日~20日), 第39回 日本生物物理学会年会 (2001年10月6日~8日), Fifth Annual Conference On Computational Genomics (2001年11月29日~12月1日), Pacific Symposium on Biocomputing 2002 (2002年1月3日~7日)を追加しました。
マウスcDNAの完全長データ公開 2001.2.8
理化学研究所ゲノム科学総合研究センターの遺伝子構造・機能研究グループ (林崎良英プロジェクトディレクター)から, 機能アノテーションが行なわれたマウス (Mus musculus cDNA) の完全長データ 19,168件がDDBJに登録されました。 アクセッション番号は,AK002213-AK018700 (16,454件),AK018701-AK021412 (2,712件), AK027261-AK027262 (2件)で,HTC Divisionとして DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに公開されました。 なお,この配列データに関する論文は Nature 409, 685-690 (2001年2月8日号) に発表されました。
GIB にデータ追加 2001.2.5
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。 E.coli O157:H7 のゲノム配列が公開されたことにともない, GIBでもデータが検索できるようになりました。
DDBJ ホームページ更新 2001.2.1
DDBJでは1994年12月よりWWWの運用を開始し,塩基配列の登録受け付けや, データベース検索・解析サービスをはじめとした多くのメニューを提供しています。 1月下旬よりDDBJのホームページが新しくなりました。 新しいページは群青色を基調とし,見出しが2段になりました。 トップページ左側には,主な項目へのリンクボタンを用意し, これらの項目を直接クリックすることで,簡単にページに移ることができます。 ここにはそのほかに,上部にキーワードサーチ機能を, 下部にすべてのページを一覧 したサイトマップをつけました。 またトップページの右上にジャンプボタンを設け, 大項目についてはここからただちに移動できるようになっています。 トップページや検索解析などの URL に変更はありません。DDBJホームページの URL は [http://www.ddbj.nig.ac.jp/] です。どうぞご利用下さい。 (「その他のデータベースへのリンク」は「生命情報DBへのリンク」へ移動しました)
DDBJリリース44完成 2001.1.31
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに, 磁気媒体により配付しています。 1月にDDBJリリース44を完成しました。
リリース44のエントリー数は10,165,597,総塩基数は11,136,298,841 bpです。
総合研究大学院大学国際シンポジウム開催のお知らせ 2001.1.31
2001年3月14-16日(葉山),17日(横浜)に,総合研究大学院大学第6回国際シンポジウム 『21世紀の総合ゲノム科学:一次配列情報から高次構造情報へ』が開催されます。 21世紀のゲノム科学の発展に必須となる総合的な研究について, その重要さや展望ならびに楽しさを, ゲノム科学に興味を持つ学生や若手研究者を含む広範囲な対象に紹介されます。 一般講演会『21世紀の総合ゲノム科学』では,DDBJの五條堀も講演を行ないます。 興味のある方は, http://www.cib.nig.ac.jp/others/soken-sympo.html をご覧下さい。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.1.31
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 総合研究大学院大学『21世紀の総合ゲノム科学』 (2001年3月14日~17日)を追加しました。
LIBRA I バージョンアップのお知らせ 2001.1.30
LIBRA I は3D-1D法によるタンパク質の立体構造予測プログラムです。 このたび,LIBRAが検索する構造ライブラリを増やしました(約3000個)。
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム更新に伴うシステム停止について 2001.1.30
国立遺伝学研究所では遺伝情報の急速な増大と研究の多様化に対応するため, スーパーコンピュータシステムをVPP500からVPP5000に更新します。 また,解析サービスを充実化するため解析サーバも強化します(PrimePower M2000)。 つきましては,VPP500から新システムへの移行作業のため, 下記要領にてシステムを一時停止します。 詳細は,国立遺伝学研究所ホームページの「計算機メンテナンス情報」 をご覧下さい。 しばらくの間,ご不自由をお掛けしますがご協力の程よろしくお願いします。
● システム停止期間: 平成13年2月12日~15日
  新解析サーバでのサービス開始: 平成13年2月16日 (詳細)
● スーパーコンピュータ利用の停止期間: 平成13年2月12日~25日
 VPP5000でのサービス開始: 平成13年2月26日(詳細)
DDBJ web ホームページの一時中断のおしらせ 2001.1.26
DDBJ web ホームページ用サーバを入れ替えるために, 一時的にホームページを中断します。
予定中断時間は,1月29日(月)の15:00 - 16:00 です。
この間はDDBJ web ホームページ ( http://www.ddbj.nig.ac.jp/) にアクセスできません。 このサーバ変更にともなって,webホームページの大幅な改定があります。 昨年12月に発行し たDDBJオフラインニュースでは,DDBJ web ホームページの大幅改定を12月上旬と お知らせしておりましたが, 改定作業にてまどり,改定が遅れましたことをおわびい たします。
皆様のご理解とご協力をお願いいたします。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.1.26
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, GEMINI:類人猿ゲノムワークショップ (2001年3月14日~15日)を追加しました。
Authorin および Submission Form によるデータ登録受け付け中止  2001.1.25
これまでDDBJでは塩基配列データを登録する方法として,SAKURA以外にも, Authorin プログラムを利用した登録,データ登録のための書式 (Submission Form) に準処したテキストファイルによる登録を受け付けてきました。
近年の登録の増大に対応するため, より効率的なデータベースシステムを新たに作成しています。 このシステムの運用開始は2001年4月1日を予定しておりますが, これに伴いまして Authorin および Submission Form による登録の受け付けを2001年3月末日をもって中止することになりました。 DDBJでは,データ登録には WWW による DNA データ登録システム SAKURA (http://sakura.ddbj.nig.ac.jp) の利用を推奨しております。
データ登録にはSAKURAのご利用をお願いいたします。
ご利用されている皆様にはご迷惑をおかけしますが, より良いサービスに努める所存ですので,ご理解とご協力のほど, よろしくお願いいたします。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.1.16
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 日本遺伝学会第73回大会(2001年9月22日~24日)を追加しました。
supernig 定期保守のおしらせ 2001.1.12
supernig の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止させていただきます。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2001年 01月19日(金) 12:00 ~ 21:00
 2001.12.27
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2001.1.10
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, 5th evolutionary biology meeting(2001年6月27日~29日)を追加しました。

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