What’s New(2002)


PRF Rel. 88 公開 2002.12.27
12月27日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 88 を公開しています。 PRF Rel. 88 はエントリ数が 213,858,総アミノ残基数が 76,590,687 aa です。
GIB にデータ追加 2002.12.27
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Chonnam National University Medical College により Vibrio vulnificus CMCP6 の, TIGR により Pseudomonas putida KT2440 の, Kazusa DNA Research Institute により Bradyrhizobium japonicum USDA110 の のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
- Vibrio vulnificus CMCP6: Complete genome sequence of Vibrio vulnificus CMCP6, Unpublished
- Pseudomonas putida KT2440: Complete genome sequence and comparative analysis of the metabolically versatile Pseudomonas putida KT2440, Environ. Microbiol. 4 (12), 799-808 (2002)
- Bradyrhizobium japonicum USDA110: Complete genomic sequence of nitrogen-fixing symbiotic bacterium Bradyrhizobium japonicum USDA110, DNA Res. (2002) In press
minerva 定期保守のおしらせ 2002.12.17
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2002年12月20日(金) 10:00~21:00
GIB にデータ追加 2002.12.17
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Wisconsin により Escherichia coli CFT073 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Extensive Mosiac Structure Revealed by the Complete Genome Sequence of Uropathogenic Escherichia coli, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2002)
DDBJ リリース52 完成 2002.12.13
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 12月に DDBJ リリース52 を完成しました。 リリース52 のエントリ数は 20,354,812,総塩基数は 26,931,456,316 塩基です。
GIB にデータ追加 2002.12.13
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
NIH-NET により Mycoplasma penetrans HF-2 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The complete genomic sequence of Mycoplasma penetrans, an intracellular bacterial pathogen in humans., Nucleic Acids Res. 30, 5293-5300 (2002)
DDBJ 年末年始休業のおしらせ 2002.12.9
DDBJ では,国際塩基配列データベースの構築業務を 2002年12月28日(土)から2003年1月5日(日)まで 休業いたします。
これにともない,SAKURA によるデータ受け付けは 2002年12月27日(金)から2003年1月5日(日)までご利用になれません。
エントリの新規および再公開も,12月28日から1月6日まで行われません。
皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
では,よい年をお迎えくださいませ。

DDBJ

マウス完全長 cDNA および超大量 EST データの公開 2002.12.5
理化学研究所ゲノム科学総合研究センターの遺伝子構造・機能研究グループ (林崎良英プロジェクトディレクター)から,マウス(Mus musculus) EST データ 766,243 件および完全長 cDNA データ 40,803 件が DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに公開されました。
完全長 cDNA データは既公開データと合わせて,総計 59,971 件となりました。
完全長 cDNA には同グループが主催した FANTOM2 (Functional ANnoTation Of Mouse) で付けられた機能アノテーションが付与され,HTC Division として登録されています。
今回公開されたデータは以下です。
<HTC>
Update エントリ:AK002213-AK018700, AK018701-AK021412, AK027261-AK027262
新規公開エントリ:AK027903-AK054560, AK075567-AK090394, AK117103-AK117104
(一部、未公開エントリーを含む)
<EST>
新規公開エントリ:BY000001-BY766243
また,HTC データに関しては,既存データ 19,168 件を含めた全件に対して, quality score (Phrap score) もあわせて公開されました。
なお,この配列データに関する論文は Nature 420, 563-573, 2002 (2002年12月5日号)に発表されました。
minerva システム停止(本日です!)11/29 15:00-17:00 2002.11.29
急なアナウンスとなりますが緊急保守作業のため,本日国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) のシステムを停止致します。 皆様のご理解とご協力をお願いします。
GIB にデータ追加 2002.11.28
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Shewanella oneidensis MR-1 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome sequence of the metal-reducing bacterium, Shewanella oneidensis, Nat. Biotechnol. 20(11) 1118-1123(2002)
GIB にデータ追加 2002.11.26
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Kitasato University により Wigglesworthia brevipalpis のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome sequence of the endocellular obligate symbiont of tsetse flies, Wigglesworthia glossinidia, Nat. Genet. 32 (3), 402-407(2002)
DAD rel. 21 公開 2002.11.20
11月19日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 21を公開しています。 DAD rel. 21 はエントリ数が 1,139,458, 総アミノ残基数が 349,308,832 aa となっています。 本リリースから以下の3点を変更しました。
1) TPA データファイルを追加
2) LOCUS 行を新しいフォーマットに変更
3) イントロン位置情報の追加
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.11.18
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

・バイオインフォマティクスプログラミングコンテスト BIP2003(2003年2月28日)

GIB にデータ追加 2002.11.15
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
NITE により Corynebacterium efficiens YS-314 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The entire genomic sequence of Corynebacterium efficiens YS-314, Published Only in Database(2002)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新  2002.10.1
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

IEEE Computer Society Bioinformatics Conference(2003年8月11日~14日)

国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2002.11.8
国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業に関連する停電のため,下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は DDBJ のネットワークサービスも停止致します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:2002年11月15日(金)17:00 - 11月16日(土)22:30
公開エントリ件数2000万突破 2002.11.8
11月3日に DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開しているデータの件数が2000万件を超えました。
2002年11月3日の総エントリ数: 20,026,341 総塩基数: 26,716,227,080 bp
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2002.10.30
国立遺伝学研究所ネットワークの保守のため, 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は DDBJ のネットワークサービスも停止致します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2002年11月6日(水)18:30-21:30
PIR rel. 74 公開 2002.10.29
10月29日よりPIR rel. 74 を公開しています。 PIR rel. 74 はエントリ数が283,227,総アミノ残基数が96,134,583 となっています。
GIB にデータ追加 2002.10.28
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Oklahoma Health Sciences Center により Streptococcus mutans UA159 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome sequence of Streptococcus mutans UA159, a cariogenic dental pathogen, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (22), 14434-14439 (2002)
GIB にデータ追加 2002.10.25
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Microbial Genome Center of Chinese Ministry of Public Health により Shigella flexneri, 2a 301 のゲノム配列が, Chinese National Human Genome Center at Shanghai(CHGC) により Leptospira interrogans serovar lai str. 56601 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: (Shigella flexneri, 2a 301)
Genome sequence of Shigella flexneri 2a: insights into pathogenicity through comparison with genomes of Escherichia coli K12 and O157, Nucleic Acids Res. 30 (20), 4432-4441 (2002)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.10.22
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

・第18回国際生物学賞記念シンポジウム(2002年12月3日~4日)

GIB にデータ追加 2002.10.18
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
The Institute for Genomic Research により Brucella suis 1330 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The Brucella suis genome reveals fundamental similarities between animal and plant pathogens and symbionts, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 13148-13153 (2002)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.10.16
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

・第5回国際ゲノム会議「分子から生体システムへ」(2003年6月26日~27日)

GIB にデータ追加 2002.10.7
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Institut Pasteur により Streptococcus agalactiae NEM316 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome sequence of Streptococcus agalactiae, a pathogen causing invasive neonatal diseases, Mol.Microbiol. 45(6), 1499-513(2002)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新  2002.10.4
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • Bioinformatics Tools For Comparative Genomics:A Short Course(2002年11月4日~8日)
  • 第3回日本動物遺伝育種学会大会,第8回動物遺伝育種シンポジウム (2002年11月9日~10日)
  • ゲノムひろばin東京(2002年11月9日~10日)
  • ゲノムひろばin福岡(2002年11月16日~17日)
  • ゲノムひろばin京都(2002年11月22日~23日)
  • Genome Tri-Conference(2003年3月17日~21日)
GIB にデータ追加 2002.10.3
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Nestle Research Center により Bifidobacterium longum NCC2705 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The Genome Sequence of Bifidobacterium longum Reflects its Adaptation to the Human Gastrointestinal Tract, Unpublished
サービス再開 2002.9.27
ネットワークトラブルにより一時停止していた以下のサービスを再開しました。
ご迷惑をおかけしたことをお詫び致します。 ご理解とご協力ありがとうございました。
[Homology search, clustalw, SRS, getentry, FTP]
ネットワークトラブルによるサービス一時停止 2002.9.26
ネットワークトラブルにより以下のサービスは現在ご利用いただけません。 復旧次第報告致します。 ご迷惑をおかけしておりますが,ご理解とご協力をお願い致します。
[Homology search, clustalw, SRS, getentry, FTP]
GIB サービス(BLAST2, FASTA3) 一時停止 2002.9.24
ゲノム統合解析システム GIB の機器メンテナンスにともない,サービスの一部である BLAST2 および FASTA3 ホモロジー検索サービスを下記日程にて一時停止いたします。 他の検索は通常通り利用可能です。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2002年9月26日(木)14:00-16:00
getentry URL 変更のおしらせ 2002.9.24
DDBJ ホームページの [getentry] の URL が2002年10月1日より変わります。 新しいURLは次の通りです。

英語版:http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/
日本語版:http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html

現在,新旧どちらの URL でもアクセス可能です。getentry をブックマークやリンクしている方,個々のエントリーに旧 URL でリンクを設定している方は新しい URL に更新して下さい。 なお,旧 URL は2003年1月31日をもって停止されます。予めご了承下さい。
今回の URL の変更は [getentry] の WWW サーバが使用する port 番号,8000番を標準ポートの80番に移行したことに伴うものです。 この変更により port 番号の設定が原因で [getentry] にアクセスできないという状況は解決されます。
利用者の皆様には大変お手数をおかけしますが,ご理解とご協力をお願いします。

DDBJ リリース51 完成 2002.9.24
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに,磁気媒体により配付しています。 9月に DDBJ リリース51 を完成しました。 リリース51 のエントリ数は 18,401,358,総塩基数は 22,782,404,136 塩基です。 今リリースより flat file の LOCUS 行のフォーマットが新しくなりました。 これまでの情報に加え,'linear' または 'circular' が表示されます。
新:rel. 51 からの形式
LOCUS AB000001 660 bp DNA linear PLN 01-FEB-2001
旧:rel. 50 までの形式
LOCUS AB000001 660 bp DNA PLN 01-FEB-2001
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.9.17
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

・ゲノムフロンティア開拓研究公開シンポジウム「バイオインフォマティクスに基づくポストゲノム研究のフロンティア」(2002年10月11日~12日)

アノテーションジャンボリー "H-Invitational" 開催 2002.9.12
8/25 から 9/3 にかけて東京お台場で Human Full-Length cDNA Annotation Invitational (H-Invitational) が開催されました。
この会議は JBIRC と DDBJ の共催で,ヒト完全長 cDNA をアノテーションし,利用価値の高いデータベースを作成することを目的としています。 各国からおよそ120名の研究者が参加し,DDBJ からは,国立遺伝学研究所の教官であるスタッフ9名とアノテータ4名が参加しました。
Nature 419, 3-4 (2002) にレポートが掲載されました。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.9.10
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

・RECOMB 2003(2003年4月10日~13日)

GIB にデータ追加 2002.9.2
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Streptococcus agalactiae serotype V のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence and comparative genomic analysis of an emerging human pathogen, serotype V Streptococcus agalactiae, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (2002) In press
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.9.2
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

・3rd International DNA Sampling Conference(2002年9月5日~8日)

生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.8.29
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

生命情報学関連の会議のおしらせ更新  2002.8.26
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

・第1回ゲノム機能発現研究会(2002年9月11日)

GIB にデータ追加 2002.8.22
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Kazusa DNA Research Institute により Thermosynechococcus elongatus BP-1 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome structure of the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus BP-1, DNA Res. (2002) In press
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.8.22
生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • Symposium on the Role of Scientific and Technical Data and Information in the Public Domain(2002年9月5日~6日)
  • MGED5(2002年9月24日~27日)
PRF Rel. 86 公開 2002.8.20
8月20日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 86 を公開しています。 PRF Rel. 86 はエントリ数が 205,029,総アミノ残基数が 73,677,986 aa です。
DDBJ オフラインニュース No. 17 配布 2002.8.16
DDBJ では定期発行物として「DDBJ オフラインニュース」を年2回,「DDBJ/CIB Report」を年1回発行しています。 8月にオフラインニュース No. 17 6500部を印刷し,利用者に送付しました。 送付希望の方,今後は必要のない方は ddbj@ddbj.nig.ac.jp までご連絡下さい。 定期発行物は web でも公開しています。
supernig 定期保守のおしらせ 2002.8.15
国立遺伝学研究所の解析サーバ supernig の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2002年8月23日(金)9:00-22:00
ワークショップ「塩基配列のデータベース登録方法」開催 2002.8.9
8月2日から5日にかけて中央大学理学部後楽園キャンパスにおいて,日本進化学会東京大会がありました。 8月3日のワークショップ「塩基配列のデータベース登録方法」では,DDBJ アノテータの大城戸が講演を行ないました。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.8.8
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

相同性検索サービス「S&W SEARCH」公開 2002.8.6
DDBJ では Smith-Waterman algorithm を利用した相同性検索サービス 「S&W SEARCH」 を公開しました。
このサービスは検索が高速で,同じアルゴリズムを利用した SSEARCH で数時間かかっていた検索のほとんどが数分程度で終了します。 検索は Web, e-mail (swsearch@nig.ac.jp) のどちらからもできますが, 結果は e-mail で受け取ります。 ヘルプファイルは,本文に help と書いたメールを swsearch@nig.ac.jp に送信すると返信されます。 DDBJ TOP PAGE の「相同性検索」からリンクが張ってあります。 どうぞご利用下さい。
PIR rel. 73 公開 2002.8.5
8月5日より PIR rel. 73 を公開しています。 PIR rel. 73 はエントリ数が283,239,総アミノ残基数が96,148,892 aa となっています。
GIB にデータ追加 2002.8.2
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Wisconsin により Yersinia pestis KIM のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome Sequence of Yersinia pestis KIM, J. Bacteriol. 184 (16), 4601-4611 (2002)
DDBJ メールマガジン No. 2 2002.7.31
DDBJ メールマガジン No. 2 を配信しました。 DDBJ からの最新のおしらせのヘッドラインをメールでお届けし,詳細はメール中の URL から web site にアクセスしてご覧いただいています。 配信を希望される方は,ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までメールアドレスをおしらせ下さい。
GIB にデータ追加 2002.7.22
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
NIAID により Streptococcus pyogenes MGAS315 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome sequence of a serotype M3 strain of group A Streptococcus: Phage-encoded toxins, the high-virulence phenotype, and clone emergence, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (15), 10078-10083 (2002)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.7.22
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • The XIVth International Workshop on Genetic Systems in the Rat(2002年10月8日~11日)
ワークショップ「塩基配列のデータベース登録方法」のおしらせ 2002.7.19
来る8月2日(金)から始まる日本進化学会東京大会においてワークショップ 「塩基配列のデータベース登録方法」が行なわれ,DDBJ の大城戸が講演を行ないます。
進化研究により生み出されたデータの登録では,新種の登録を伴ったり,多型性を持つ遺伝子座から得られた多数の配列を登録する必要が生じたりすることがしばしばあります。 この講演ではこうした,進化研究により生み出されたデータでよく起こる状況に重点を置いて登録方法を紹介する予定です。
学会年会の中のワークショップとして行われますので,聴講は大会参加者に限られます。この大会の詳細ならびに参加申し込みにつきましては ホームページ(http://sayer.lab.nig.ac.jp/shinka2002/)をご覧下さい。
開催日時:8月3日(土)9:00-10:30(Workshop-2)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.7.19
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • 第75回 日本生化学会大会(2002年10月14日~17日)
  • 米国人類遺伝学会第52回大会(2002年10月15日~19日)
  • 日本生物物理学会第40回年会(2002年11月2日~4日)
  • 日本人類遺伝学会第47回大会(2002年11月13日~15日)
minerva 定期保守のおしらせ 2002.7.12
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2002年7月19日(金) 10:00~22:00
「登録データの取り扱いについて」追加 2002.7.11
「塩基配列の登録」ページに国際塩基配列データベース (International Nucleotide Sequence Databases, INSD) の方針である「 登録データの取り扱いについて」を追加しました。
MHC 結合性ペプチド予測サービス公開 2002.7.9
DDBJ web site より 「MHC 結合性ペプチド予測 (Lib スコアー)」 サービスを公開しました。 このサービスは,京都大学の宇高恵子助教授の予測プログラムを利用したものです。 MHC 分子を指定しアミノ酸配列を入力すると,アミノ酸配列から切り出されるすべてのペプチドについて MHC 分子との結合度を予測しグラフにして表示します。 DDBJ HP「タンパク質のデータベース及び構造解析」からリンクが張ってあります。 どうぞご利用下さい。
GIB にデータ追加 2002.7.4
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Chlorobium tepidum TLS のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The complete genome sequence of Chlorobium tepidum TLS, a photosynthetic,  anaerobic, green-sulfur bacterium, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2002) In press
GIB にデータ追加 2002.7.3
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Uppsala により Buchnera aphidicola Sg (Schizaphis graminum) のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: 50 million years of genomic stasis in endosymbiotic bacteria, Science 296 (5577), 2376-2379 (2002)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.7.2
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • ポストゲノム時代にむけたショウジョウバエの生物学と進化(2002年7月18日~21日)
DDBJのSRS検索サービスの再開 2002.6.28
DDBJ の SRS キーワード検索サービスのメンテナンスが終了しサービスを再開致しました。 どうぞご利用下さい。
DDBJのSRS検索サービスの停止(緊急) 2002.6.26
急なアナウンスとなりますが,現在 DDBJ の SRS キーワード検索サービスはメンテナンスを行っております。 近日中にサービスを再開いたしますので,少々お待ちください。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
DAD rel. 20 公開 2002.6.26
6月26日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 20を公開しています。 DAD rel. 20 はエントリ数が 1,062,430, 総アミノ残基数が 325,626,765 aa となっています。
SINET ネットワークサービス通信断 2002.6.21
国立遺伝学研究所が加入している学術情報ネットワーク (SINET) のスーパー SINET ルータの OS バージョンアップを行なう予定です。 これにともない遺伝研では下記日時内で通信断が発生致します。
6月27日(木) 12:30pm-12:45pm
6月29日(土) 12:30pm-12:40pm
DDBJ リリース50 完成 2002.6.18
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに, 磁気媒体により配付しています。 6月に DDBJ リリース50 を完成しました。 リリース50 のエントリ数は 17,260,693,総塩基数は 20,158,357,982 塩基です。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.6.7
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • 第1回 国際バイオEXPO(2002年7月10日~12日)
GIB にデータ追加 2002.6.7
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Kyowa Hakko Kogyo Co. Ltd. により Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genomic sequence of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032, Unpublished (2002)
GIB にデータ追加 2002.6.5
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
National Institute of Technology and Evaluation(NITE) により Staphylococcus aureus MW2 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome and virulence determinants of high virulence community-acquired MRSA, Lancet 359, 1819-1827 (2002)
DDBJ メールマガジン配信開始 2002.6.3
DDBJ では,ユーザの皆様と国立遺伝学研究所内の方を対象に隔月で DDBJ メールマガジン の配信を開始しました。 メールマガジンではヘッドラインのみをお届けして,詳細は本文中の URL より web 版にアクセスしていただく形式です。 配信を希望される方は,ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp までメールアドレスをおしらせ下さい。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.6.3
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

GIB にデータ追加 2002.5.30
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Goettingen Genomics Laboratory により Methanosarcina mazei Goe1 の, University of Sao Paulo により Xanthomonas campestris pv. campestris ATCC 33913Xanthomonas axonopodis pv. citri 306 の, のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference (Methanosarcina mazei Goe1): The genome of Methanosarcina mazei: Evidence for lateral gene transfer between Bacteria and Archaea, J. Mol. Microbiol. Biotechnol. (2002) In press
Reference (Xanthomonas campestris pv. campestris ATCC 33913, Xanthomonas axonopodis pv. citri 306): Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities, Nature 417 (6887), 459-463 (2002)
公開塩基数200億突破 2002.5.29
公開塩基数200億突破 DDBJ ではDDBJ/EMBL/GenBank 国際 DNA データバンクの構築規範に沿って塩基配列データ を管理し,データベースとして公開しています。 データベースは毎日更新されており,5月28日に総塩基数が200億 bp を越えました。
2002年05月28日現在 DDBJ から公開された総塩基数: 20,034,081,266 bp, エントリ数: 17,240,418
Whole Genome Shotgun (WGS) 配列データ公開のおしらせ 2002.5.23
GenBank および EMBL で登録・公開された Whole Genome Shotgun (WGS) sequence のデータが,DDBJ でも公開されました。 今回公開されたのはハマダラカ,イネ,マウス由来の配列データで, 合計で約400,000エントリです。
DDBJ では getentry により, アクセッション番号より検索してデータを見ることができます。
この WGS では通常のエントリと異なり, アクセッション番号が12桁(アルファベット4文字+8桁の数字)で表示されています のでご注意下さい。 今回公開された検索可能なアクセッション番号は以下の通りです。

a_gambiae.strain : AAAB01000001 - AAAB01069724
o_sativa.cultivar : AAAA01000001 - AAAA01103044
mus_musculs : CAAA01000001 - CAAA01224713

また下記ファイル名で,anonymous-ftp (ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/wgs/) でも公開しています。

a_gambiae.strain_PEST.gz (69,724件)
o_sativa.cultivar_indica.gz (103,044件)
mus_musculs.gz (224,713件)

E-mail 版 get-entry 機能拡張:大量エントリ一括取得 2002.5.22
getentry は WWW サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエントリデータを検索するシステムです。 2002年5月 E-mail 版 get-entry に,大量エントリを一括取得する新機能を追加しました 。 操作方法は従来の E-mail 版 get-entry と同様ですが,1回の検索で取得できる最大件数が10件から5万件になりました。 どうぞご利用下さい。
リクエストメールの記述例など詳細はこちらをご覧下さい。
GIB にデータ追加 2002.5.17
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
The Sanger Centre により Streptomyces coelicolor A3(2) の,
Institute of Genetics and Development, Chinese Academy of Sciences により Thermoanaerobacter tengcongensis MB4T のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference (Streptomyces coelicolor A3(2)): Complete genome sequence of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2), Nature 417, 141-147(2002)
Reference (Thermoanaerobacter tengcongensis MB4T): A Complete Sequence of T. tengcongensis Genome, Genome Res. 12 (5), 689-700 (2002)
DAD rel. 19 公開 2002.5.15
5月15日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 19 を公開しています。 DAD rel. 19 はエントリ数が 1,012,203, 総アミノ残基数が 309,708,601 aa となっています。
マウスゲノムドラフト配列公開 2002.5.15
Mouse Genome Sequencing Consortium が決定したマウスゲノムのドラフト配列が, GenBank に登録され,5月6日に DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースから公開されました。
今回公開された配列は,マウスゲノム全体の96%に相当します。
minerva 定期保守のおしらせ 2002.5.10
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2002年5月17日(金) 12:00~21:00
国立遺伝学研究所ネットワークサービスの停止 2002.5.8
国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため, 下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:2002年 5月 12日(日)9:00 から 18:00 まで
SINET ネットワーク障害復旧 2002.5.8
国立遺伝学研究所が加入している学術情報ネットワーク (SINET) に障害が発生し,3/29から断続的に通信不可となる状態が続いておりました。 この障害が復旧しました。ご理解とご協力ありがとうございました。
DDBJ リリースに関するおしらせ 2002.5.1
--定期リリース時期の変更,ddbjnew 圧縮形式の変更,公開データベースに新形式追加--

定期リリース時期の変更:
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして年4回定期的に公開しています。 現在の定期リリースの時期は1・4・7・10月ですが, 次回から3・6・9・12月に変更します。 これは,リリース作成時期と登録の多い時期の一致を避けるためで, 次回のDDBJ リリース 50 の公開はこれまでよりも1ヶ月早い6月となります。
ddbjnew 圧縮形式の変更:
定期リリース後の新着データ unified daily update file (ddbjnew) の圧縮形式を compress から gzip に変更する予定です。 これは gzip の方が圧縮率が高いことと, GenBank, EMBL と圧縮形式を統一するためです。 DDBJ 定期リリースの圧縮形式は既に gzip に変更していますが,新着データ (ddbjnew) は次回の DDBJ リリース50 の締め日(5/29予定)以降より gzip形式 に変更します。 締め日までは compress と gzip 両方の形式を anonymous-ftp 上で公開する予定ですが, 締め日以降は compres s形式 (*.Z) の作成を全て停止します。 スクリプトの変更等が必要な方は十分ご注意下さい。
公開データベースに新形式追加:
2002年4月に公開した DDBJ Rel.49 から anonymous-ftp で公開しているデータベースに新たな形式を追加しました。 追加した形式と公開サイトは以下の通りです。 定期リリース後の新着データ unified daily update data (ddbjnew) についても, 同形式でご利用いただくことができます。
・DDBJ リリースに対応した FASTA 形式のファイルを公開
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/fasta/
・DDBJ リリースに対応した CDS 配列の FASTA 形式のファイルを公開 (cdsdb)
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/cdsdb/
anonymous-ftp ではこのほかに DDBJ リリースに対応した XML 形式のファイルも 公開しており,定期リリース後の新着データも XML 形式でご利用いただけます。
minerva システム停止(緊急): 4/26 17:00-20:00 2002.4.26
急なアナウンスとなりますが保守作業のため, 本日国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) のシステムを停止致します。皆様のご理解とご協力をお願いします。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.4.23
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • Genomics & Structural/Evolutionary Bioinformatics(2002年7月28日~8月2日)
  • 日本動物学会第73回大会 (2002年9月24日~27日)
DDBJ リリース49 完成 2002.4.19
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに, 磁気媒体により配付しています。 4月に DDBJ リリース49 を完成しました。 リリース49 のエントリ数は 16,503,157,総塩基数は 18,579,627,226 塩基です。
PIR rel. 72 公開 2002.4.19
4月19日より PIR rel. 72 を公開しています。PIR rel. 72はエントリ数が283,175, 総アミノ残基数が96,101,250 aa となっています。
GIB にデータ追加 2002.4.18
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Institute for Marine Biosciences により Guillardia theta の,
Seattle Biomedical Research Institute により Leishmania major Friedlin の,
The Institute for Genomic Research により Plasmodium falciparum 3D7 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

Reference:
Guillardia theta
Chloroplast protein and centrosomal genes, a tRNA intron, and odd telomeres in an unusually compact eukaryotic genome, the cryptomonad nucleomorph, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97 (1), 200-205 (2000)
The highly reduced genome of an enslaved algal nucleus, Nature 410 (6832), 1091-1096 (2001)

Leishmania major Friedlin
Leishmania major Friedlin chromosome 1 has an unusual distribution of protein-coding genes, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (6), 2902-2906 (1999)

The nucleotide sequence of Leishmania major Friedlin chromosome 1, Unpublished
Plasmodium falciparum 3D7
Chromosome 2 sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum, Science 282 (5391), 1126-1132 (1998)

生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.4.18
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • MSM 2002 (2002年4月22日~25日)
  • "Bioastronomy 2002: Life Among the Stars"(2002年7月8日~12日)
  • 日本植物学会第66回大会 (2002年9月20日~23日)
  • 9th International Conference on Neural Information Processing
    4th Asia-Pacific Conference on Simulated Evolution And Learning
    2002 International Conference on Fuzzy Systems and Knowledge Discovery (2002年11月18日~22日)
PRF Rel. 84 公開 2002.4.15
4月15日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 84 を公開しています。 PRF Rel. 84 はエントリ数が 195,560, 総アミノ残基数が 70,303,296 aa です。
GIB にデータ追加 2002.4.10
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Integrated Genomics により Fusobacterium nucleatum ATCC 25586 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome Sequence and Analysis of the Oral Bacterium Fusobacterium nucleatum Strain ATCC 25586, J. Bacteriol. 184 (7), 2005-2018 (2002)
GIB にデータ追加 2002.4.8
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Whitehead Institute により Methanosarcina acetivorance C2A のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome of Methanosarcina acetivorans reveals extensive metabolic and physiological diversity, Genome Res. 12 (4), 532-542 (2002)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.4.5
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • 日本遺伝学会第74回大会(2002年10月1日~3日)
GIB にデータ追加  2002.4.5
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Integrated Genomics により Fusobacterium nucleatum ATCC 25586 の, NIAID により Streptococcus pyogenes MGAS8232 の, Fidelity Systems, Inc により Methanopyrus kandleri AV19 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference
Fusobacterium nucleatum ATCC 25586:
Genome Sequence and Analysis of the Oral Bacterium Fusobacterium nucleatum Strain ATCC 25586, J. Bacteriol. 184 (7), 2005-2018 (2002)

Streptococcus pyogenes MGAS8232:
Genome sequence and comparative microarray analysis of serotype M18 group A Streptococcus strains associated with acute rheumatic fever outbreaks, Unpublished

Methanopyrus kandleri AV19:
The Complete Genome of the Hyperthermophile Methanopyrus kandleri AV19 and Monophyly of Archaeal Methanogens, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (7), 4644-4649 (2002)

ネットワーク障害 2002.4.1
国立遺伝学研究所が加入している学術情報ネットワーク (SINET) に障害が発生しています。 3/29から断続的に通信不可となる状態が続いており,国立情報学研究所が復旧作業を担当しています。 復旧しましたら再度お知らせします。皆様のご理解とご協力をお願いします。
GIB にデータ追加 2002.3.25
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
The Sanger Centre により Schizosaccharomyces pombe 972h- のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe, Nature 415, 871-880 (2002)
GIB にデータ追加 2002.3.20
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Utah により Pyrococcus furiosus DSM 3638 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genomic sequence of hyperthermophile, Pyrococcus furiosus: implications for physiology and enzymology, Meth. Enzymol. 330, 134-157 (2001)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.3.18
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • "Maps, Sequences and Genomes"(2002年5月31日~6月2日)
  • 第25回 日本分子生物学会年会(2002年12月11日~14日)
国立遺伝学研究所ネットワークサービスの停止 2002.3.15
国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため,下記期日におきまして 国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止いたします。
皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:2002年03月23日(土) 10:00 ~ 18:00
supernig 定期保守のおしらせ 2002.3.15
国立遺伝学研究所の解析サーバ supernig の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2002年03月22日(金)09:00-22:00
国立遺伝学研究所一般公開 4月13日(土)終日 2002.3.15
国立遺伝学研究所におきまして,毎年恒例の春の一般公開が行なわれます。 テーマ別の展示や講演会など,所内で行なわれている研究について紹介しています。 DDBJも本館(A)2階で展示を行います。 所内ではソメイヨシノやウコンザクラ等323種の桜も楽しめますので, どうぞお花見を兼ねてお越しいただきますようご案内申し上げます。 URLはhttp://www.nig.ac.jp/koukai2002.htmlです。
XML技術を積極的に導入 2002.3.15
生物情報資源の相互運用性の向上を目指して, 2001年5月のDDBJ-XML公開に続いて,SOAPサーバーとWSDLを公開しました。 また,これらの技術に関するWebページ「XML Central of DDBJ」 http://www.xml.nig.ac.jp/も公開しました。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.3.1
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

寺子屋「日韓バイオインフォマティクス・トレーニングコース」のおしらせ 2002.2.26

国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センターでは日韓バイオインフォマティクス・ トレーニングコースを開設致します。 このコースは試験的なコースですので,日本人学生約10名,韓国人学生約5名程を募集致します。 基本的には先着順と致しますので nmurakat@genes.nig.ac.jp 宛にお申し込みください。 受付の可否はメイルにてご返答致します。ふるってご参加ください。 プログラムなどの詳細は 寺子屋 HP をご覧下さい。

生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.2.25
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • ICCN 2002(2002年4月22日~25日)
  • Bioinformatics Tools For Comparative Genomics:A Short Course(2002年4月29日~5月3日)
  • GPBM 2002(2002年6月22日~29日)
  • PSB 2003(2003年1月3日~7日)
DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房再開 2002.2.18
公開停止中でしたDDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房のサービスを再開致しました。 どうぞご利用下さい。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.2.18
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • Genome Sequencing & Biology(2002年5月7日~11日)
LIBRA I バージョンアップのおしらせ 2002.2.14
LIBRA I は3D-1D法によるタンパク質の立体構造予測プログラムです。 このたび,LIBRA が検索する構造ライブラリを増やしました(約3600個)。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.2.13
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • 日本学術会議シンポジウム「生物科学振興と知的所有権の諸問題」(2002年2月27日)
DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房一時停止 2002.2.13
DDBJ/CIB Human Genomics Studio(DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房) はサーバメンテナンスのため現在アクセスできません。 1週間程度でサービスを再開します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願いします。
minerva 定期保守のおしらせ 2002.2.12
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2002年 2月 15日(金) 10:00~22:00
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.2.7
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • 「微生物ゲノム研究のフロンティア」(2002年2月16日~17日)
  • European Conference on Computational Biology 2002(2002年10月6日~9日)
PRF Rel. 83 公開 2002.2.6
2月6日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベースRel. 83 を公開しています。 PRF Rel. 83 はエントリ数が 192,393,総アミノ残基数が 69,036,298 aa です。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新  2002.2.4
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • The First Waterfront Symposium of Human Genome Science (WASH) (2002年3月2日~3日)
  • Molecular Evolution 2002(2 002年6月13日~16日)
  • 日本進化学会 第4回大会 (2002年8月2日~5日)
  • Sixth International Congress for Systematic and Evolutionary Biology(2002年9月9日~16日)
第6回 DDBJing 講習会開催  2002.2.1
1月30, 31日に国立遺伝学研究所生命情報・ DDBJ 研究センターにて第6回DDBJing 講習会を開催しました。 参加者は29名で,PC 持参でインターネットを利用した講議を受けました。 DDBJing 講習会についてはこちらのページをご覧下さい。
DAD Rel. 18 公開 2002.1.30
1月30日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 18 を公開しています。 DAD rel. 18 はエントリ数が 945,852, 総アミノ残基数が 290,665,398 aa となっています。
GIB にデータ追加 2002.1.25
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Tukuba により Clostridium perfringens 13 の, University of California, Los Angeles により Pyrobaculum aerophilum IM2 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference (Clostridium perfringens 13): Complete genome sequence of Clostridium perfringens, an anaerobic flesh-eater, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 996-1001 (2002)
Reference (Pyrobaculum aerophilum IM2): Genome sequence of the hyperthermophilic crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (2), 984-989 (2002)
変異タンパク質データベース PMDへのリンクを充実 2002.1.18
DDBJでは1月より WWW 上での PMD (Protein Mutant Database) へのリンクを充 実しました。
PMD は 国立遺伝学研究所生命情報研究センター大量遺伝情報研究室で開発された, すべての種類のタンパク質の変異体を網羅した文献単位のデータベースです。 すでに,文献数で2万件のデータが収録されています。 PMD では,変異体のアミノ酸配列の表示や, 野生型の立体構造を表示して変異サイトの3次元上の位置が確認できます。 また,利用者からの変異体データの登録も受け付けています(ただし、論文で発表されたものに限る)。
URL は http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/~pmd/pmd-j.html で,DDBJのホームページ「タンパク質のデータベース及び構造解析」 ページからリンクが張られています。 どうぞご利用下さい。
DDBJ リリース 48 完成 2002.1.18
DDBJが管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開するとともに, 磁気媒体により配付しています。 1月に DDBJ リリース48を完成しました。 リリース47のエントリ数は 15,016,100,総塩基数は 16,197,713,855 塩基です。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2002.1.15
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に, ゲノム情報を超えた生命のふしぎ―糖鎖―(2002年1月26日~27日), 「生命システムの理解をめざして」(2002年1月23日), 第6回創薬ゲノム自動化展(2002年2月20日~2日), RECOMB 2002(2002年4月18日~21日), IN SILICO BIOLOGY(2002年6月2日~3日), BIOINFORMATICS & GENOME RESEARCH(2002年6月4日~5日), PROTEOMICS(2002年6月6日7日), The 10th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology(2002年8月3日~7日), The 3rd International Conference on Systems Biology(2002年12月13日~15日)を追加しました。
GIB にデータ追加 2002.1.7
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Scranton and Integrated Genomics により Brucella melitensis 16M のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:The genome sequence of the facultative intracellular pathogen Brucella melitensis, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 443-448 (2002)

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