What’s New(2003)

生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.12.26
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
DDBJ リリース 56 完成 2003.12.24
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,
リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。
12月に DDBJ リリース56 を完成しました。
リリース56 のエントリ数は 30,405,173,総塩基数は 36,079,046,032 塩基です。
FTPによる定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
GIB にデータ追加 2003.12.22
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR によりGeobacter sulfurreducens PCAのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome of Geobacter sulfurreducens: metal reduction in subsurface environments, Science 302 (5652),1967-1969 (2003)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.12.18
生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • ポストゲノムシーケンシング時代の生命の多様性と進化の研究(2003年12月18日)

supernig 定期保守のおしらせ 2003.12.12
国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため,下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2003年12月19日(金) 12:00~21:00
GIB にデータ追加  2003.12.11
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。JGI により Rhodopseudomonas palustris CGA009 の,The University of Tokyo により Onion yellows phytoplasma のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference (Rhodopseudomonas palustris CGA009):
Complete genome sequence of the metabolically versatile
photosynthetic bacterium Rhodopseudomonas palustris, Unpublished.

Reference (Onion yellows phytoplasma):
Reductive evolution suggested from the complete genome
sequence of a plant-pathogenic phytoplasma, (er) Nature Genetics,
10.1038/ng1277 (2003)

Reductive evolution suggested from the complete genome sequence of
a plant-pathogenic phytoplasma, Nature Genetics (2004) In press
DDBJ 年末年始休業のおしらせ 2003. 12. 9
DDBJ では,国際塩基配列データベースの構築業務を2003年12月27日(土)から2004年1月4日(日)まで休業いたします。
これにともない,SAKURA によるデータ受け付けは2003年12月26日(金)から2004年1月4日(日)までご利用いただけません。
エントリの新規および再公開も,2003年12月27日から2004年1月5日まで行われません。
皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
では,よい年をお迎えくださいませ。
DDBJ
PRF Rel. 94 公開 2003.12.5
12月5日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 94 を公開しています。
PRF Rel. 94 はエントリ数が 239,691,総アミノ残基数が 85,245,893 aa です
DDBJ フラットファイルフォーマット一部変更 2003.12.3
2003年12月公開予定の DDBJ release 56 より,フラットファイル BASE COUNT 行のフォーマットを変更します*。
これは DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースが決定した,登録可能な配列長制限(350,000 bp/1エントリ)の撤廃に対応するための変更です。
これまで BASE COUNT 行では配列中の acgt および others の数を各6桁で記述していましたが,変更後は acgt の数を9桁分で記述し,others の記述を廃止することになります。
変更後のフォーマットは以下の例をご覧下さい。
上記制限の撤廃にあたり,GenBank はリリース138(2003年10月)よりフラットファイルから BASE COUNT 行を廃止しました。
DDBJ では GC 含有量は配列の性質を総括する情報の1つであり,フラットファイルに載せるべき情報であるという観点から,DDBJ フォーマットのフラットファイルには引き続き BASE COUNT 行を残しています。
* 新着データ(daily update)はリリース公開に先だち,12月3日公開データからこの形式で公開します。


  記述例)現在
  1    6   11   16   21   26   31   36   41   46   51   56   61   66   71
  |----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
  BASE COUNT   123456 a 123456 c 123456 g 123456 t 123456 others

  記述例)変更後
  1    6   11   16   21   26   31   36   41   46   51   56   61   66   71
  |----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
  BASE COUNT    123456789 a    123456789 c    123456789 g    123456789 t
DDBJ フォーマットのフラットファイルについての詳細は,DDBJ ホームページ以下のサイトををご覧下さい。 塩基配列登録のための参考資料/資料10 DDBJ のデータ公開形式 (flat file) の説明 皆様のご理解とご協力をお願い申し上げます。 ご質問がありましたら ddbj@ddbj.nig.ac.jp までご連絡下さい。
DDBJ メールマガジン第11号配信 2003.11.28
DDBJ では奇数月末にメールマガジンを配信しています。本日第11号を配信しました。今回の内容はフラットファイルフォーマット一部変更・チンパンジー22番染色体ゲノム配列公開・DDBJ 登録データ新門認定・GIBダウンロードメニュー追加・BLAST, FASTA, SSEARCH バージョンアップ・Taxonomy database についての説明・DDBJ 年末年始休業のおしらせ・DDBJ の活動紹介です。 配信を希望される方はメールマガジンのサイト緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
PIR rel. 78 公開 2003.11.27
11月26日より PIR rel. 78 を公開しています。 PIR rel. 78 はエントリ数が 283,348,総アミノ残基数が 96,183,374 aa となっています。
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.11.21
所内停電およびネットワーク保守作業のため,下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止致します。 この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期日:11月28日(金) 17:00 - 11月29日(土) 23:00
DDBJ 登録データ新門認定 2003.11.18
独立行政法人産業技術総合研究所生物機能工学研究部門の研究チームにより DDBJ にデータ登録された細菌(Gemmatimonas aurantiaca)が ICSP* により新しい「門」として認定されました。 「門」は以下の例のように,大きな分類群です。 今回認定された門は「Gemmatimonadetes」で,国際微生物系統進化雑誌上で本年7月に認定されました。細菌は現在24門に分類されています。 このデータのアクセッション番号は AB072735 で,DDBJ の getentry で取得することができます。
例:Gemmatimonas aurantiaca Lineage (full) cellular organisms; Bacteria; Gemmatimonadetes; Gemmatimonadetes (class); Gemmatimonadales; Gemmatimonadaceae; Gemmatimonas 関連論文:Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53, 1155-1163 (2003) *ICSP: International Committee on Systematics of Prokaryotes   細菌を含む原核生物全体の系統分類を統括する「原核生物系統学に関する国際委員会」
minerva 緊急保守のためサービス停止(本日です!) 2003.11.12
本日,国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の緊急保守作業を行なうため,以下の時間はサービスを停止致します。 ご迷惑をおかけしますが,ご理解とご協力をお願い致します。 11月12日 18:00-20:00 (本日です)
日本科学未来館のイベント「ゲノムと科学」で DDBJ が紹介されています 2003.11.12
ゲノムひろば特別併設イベントとして日本科学未来館で開催されている 「ゲノムと科学」の「サイエンスライブラリ」というコーナーで,DDBJ が紹介されています。 開催期間は11月12日から17日です。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.11.12
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
  • 「ゲノムひろば」併設特別イベント(2003年11月12日~17日)
  • ゲノム機能発現研究会・講演会「DNAチップの現状と将来の展望」(2003年11月20日)
  • ゲノム機能発現研究会サテライト・ミーティング (2003年12月12日)
GIB にデータ追加 2003.11.10
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 Sanger Institure によりCorynebacterium diphtheriae gravis NCTC13129のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: The complete genome sequence and analysis of Corynebacterium diphtheriae NCTC13129, Nucleic Acids Res. 31(22), 6516-6523(2003)
GIB ダウンロードメニュー追加 2003.11.7
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 11月5日に,各ゲノムおよびプラスミドのダウンロードメニューに新項目を追加しました。 追加したのは「List of gene name, GC %, and GC skew (TAB sparated)」という項目で,遺伝子ごとの GC% と GC skew を一括で取得することができます。 ダウンロードメニューにはこのほかに,全ゲノム配列(フラットファイルまたは FASTA 形式)・全 feature の塩基配列(FASTA 形式)・CDS のアミノ酸配列(FASTA 形式)などがあります。GIB トップページから参照したいゲノムを選択し,左側のメニューから「DOWNLOAD」を選択してご利用下さい。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.11.5
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
  • 第3回 国際バイオEXPO2004年5月19日~21日)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.10.28
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
  • 日仏構造プロテオミクスワークショップ(2003年11月10日~12日)
  • 第2回CDBシンポジウム2004 -Developmental Remodeling-(2004年3月29日~31日)
DAD, SWISS-PROT リリース公開 2003.10.24
10月23日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 25 を公開しています。 DAD rel. 25 はエントリ数が 1,547,330,総アミノ残基数が 478,115,729 aa となっています。 同じく10月23日よりSWISS-PROT Rel. 42 を公開しています。 SWISS-PROT rel. 42 はエントリ数が 135,850,総アミノ残基数が 50,046,799 aa となっています。 FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
BLAST,FASTA,SSEARCH のバージョンアップ 2003.10.15
DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供している相同性検索サービス BLAST,FASTA,SSEARCH のバージョンアップを行ないます。 バージョン情報と日程は以下の通りです。 サービスの中断などはありませんが,バージョンアップ作業が完了しましたら,このページでお知らせします。どうぞご利用下さい。 BLAST: 2.0.11 -> 2.2.6 FASTA: FASTA32t09 -> FASTA34t21 SSEARCH: FASTA32t09 -> FASTA34t21 日程:2003年10月17日(金)10時を予定しています。 バージョンアップによるユーザインターフェイスの変更はありませんが,FASTA,SSEARCH の結果出力形式に一部変更があります。 バージョンアップ作業が終了しました(10/17)
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.10.15
ネットワーク保守作業のため,下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワー クサービスを停止致します。 この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期日: 2003年10月22日(火) 18:00~22:00
GIB にデータ追加 2003.10.14
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 National Yang Ming University によりVibrio vulnificus YJ016 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: Comparative Genome Analysis of Vibrio vulnificus, a Marine Pathogen, Unpublished (2003)
生命情報学関連の会議のおしらせ更新  2003.10.10
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
  • 第18回「大学と科学」公開シンポジウム アイデンティティに悩むネアンデルタール(2004年1月24日~25日)
PRF Rel. 93 公開 2003.10.9
10月9日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 93 を公開しています。 PRF Rel. 93 はエントリ数が 236,775,総アミノ残基数が 84,294,838 aa です
チンパンジー22番染色体ゲノム配列公開 2003.10.7
DDBJ は,10月7日に,チンパンジー (Pan troglodytes) の22番染色体のゲノム塩基配列を公開しました。 この塩基配列決定は,日本の2グループ(理化学研究所のゲノム科学総合研究センターと国立遺伝学研究所),ドイツの3グループ(マックスプランク分子遺伝学研究所,ドイツ生命工学センター,ドイツ分子生命工学研究所),中国の上海ヒトゲノム解析センター,韓国の韓国生命工学研究所,台湾の国立陽明大学ゲノムセンターの8研究機関の研究者が共同で解読した成果です。 チンパンジーの22番染色体はヒトでは21番染色体にあたりますが,染色体1本分のゲノム塩基配列解読が終了したのは,ヒト以外の霊長類でははじめてです。 DDBJ から公開したデータのアクセッション番号は BS000001-BS000245 です。 これらの配列は,DDBJ の getentry で取得することができます。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.10.7
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
GIB にデータ追加 2003.10.1
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 Kazusa DNA Research Institute により Gloeobacter violaceus PCC 7421の,Institut Pasteur により Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: Gloeobacter violaceus PCC 7421: Complete genome structure of Gloeobacter violaceus PCC 7421, a cyanobacterium that lacks thylakoids, DNA Res. 10, 137-145 (2003) Complete genome structure of Gloeobacter violaceus PCC 7421, a cyanobacterium that lacks thylakoids (supplement), DNA Res. 10, 181-201 (2003) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1: Complete genome sequence of the entomapathogenic bacterium Photorhabdus luminescens, Nat. Biotechnol. 11(1),(2003),Unpublished.
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.10.1
ネットワーク保守作業のため,下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止致します。 この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期日: 2003年10月8日(水) 18:00~22:00
DDBJ メールマガジン第10号配信 2003.9.30
DDBJ では奇数月末にメールマガジンを配信しています。 本日第10号を配信しました。 今回はスタッフの離着任・DDBJ リリース55完成・相同性検索サービス検索対象 DIVISION の生物種変更・ゲノムひろばポスターセッション参加などのおしらせです。 配信を希望される方はメールマガジンのサイト緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新  2003.9.30
DDBJ リリース55 公開にともない,DDBJ の統計で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした登録塩基数上位30種の順位推移(~DDBJ rel.55)を更新しました。 前回のリリースで77位の Zea mays subsp. mays(トウモロコシ)が28位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。
GIB のサービス停止 2003.9.19
マシンメンテナンスのため,以下の期日で GIB サーバが停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期間:9月26日(金)13:00 から 18:00 まで
DDBJ リリース55 完成 2003.9.19
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 9月に DDBJ リリース55を完成しました。 リリース55 のエントリ数は 27,753,140,総塩基数は34,280,225,489 塩基です。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.9.18
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
  • ゲノムひろば 福岡(2003年11月1日~2日)*DDBJ もポスターセッションに参加します
  • ゲノムひろば 京都(2003年11月8日~9日)*DDBJ もポスターセッションに参加します
  • ゲノムひろば 東京(2003年11月15日~16日)*ゲノムひろば併設特別イベントで DDBJ の活動が紹介されます
  • Genomes 2004(2004年4月14日~17日)
  • CSB2004 (2004年8月16日~20日)
  • 第20回 国際霊長類学会大会(2004年8月22日~28日)
「DDBJing 講習会 in 遺伝学会」開催 2003.9.11
DDBJ では全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 DDBJing 講習会は,塩基配列の登録方法や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により深く理解して利用していただく助けになることを目指しています。 9月24日に日本遺伝学会第75回大会会場の一室をお借りして DDBJing 講習会を開催します。 今回は事前の申し込みは必要ありません。 どうぞお気軽にご参加下さい。
  • 日時:2003年9月24日(水)12:30 - 13:30
  • 場所:東北大学 川内北キャンパス B会場 (B201)
  • 内容:DDBJ の利用法 ~データベースとソフトウエア~
  • 講師:池尾一穂 助教授(国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター)
  • 対象:DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します(参加費無料)
GIB にデータ追加 2003.9.9
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 Max-Plank Institut によりWolinella succinogenes DSMZ 1740のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: Complete genome sequence and analysis of Wolinella succinogenes, Unpublished.
GIB にデータ追加 2003.9.8
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 LNCCにより Chromobacterium violaceum ATCC 12472 のTIGR により Porphyromonas gingivalis W83のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: Chromobacterium violaceum ATCC 12472:The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum, reveals remarkable and exploitable bacterial adaptability, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2003) In press Porphyromonas gingivalis W83:Complete Genome Sequence of the Oral Pathogenic Bacterium Porphyromonas gingivalis Strain W83, J. Bacteriol. 185 (18), 5591-5601 (2003)
相同性検索サービス 検索対象 DIVISION の EST 生物種の変更 2003.9.5
DDBJ では Web と E-mail で相同性検索サービスを提供しています。 これらのサービスでは,より効率的に検索ができるよう検索対象 Division を指定することができます(データベースとして "DDBJ 全データ","DDBJ 新着データ" を選択した場合に有効です)。 2003年9月11日より以下のサービスで検索対象 DIVISION として指定できる EST 生物種が31種から22種になります。 これは近年の登録状況の変化に対応し,亜種の統合などを行なったためです。 対象サービス:FASTA, BLAST, SSEARCH, S&W SEARCH 追加される生物種 (EST):Ciona intestinalis,Gallus gallus,Silurana tropicalis 削除される生物種 (EST):Bombyx mori,Brugia malayi,Leishmania major,Neurospora crassa,Onchocerca volvulus Plasmodium falciparum,Rattus sp.,Saccharomyces cerevisiae,Schistosoma mansoni,Schizosaccharomyces pombe,Sus scrofa,Trypanosoma cruzi
ネットワークサービス停止のおしらせ 2003.8.29
ネットワーク機器保守作業のため,下記日程におきまして次のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期日: 2003年9月1日(月) 18:00~18:30 停止サービス:getentry, SRS, SQmatch, SFgate-WAIS によるキーワード検索, Anonymous FTP
GIB にデータ追加 2003.8.19
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 JGI により Prochlorococcus marinus MED4, Prochlorococcus marinus MIT9313Synechococcus sp. WH 8102 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: Prochlorococcus marinus MED4 :Genome divergence in two Prochlorococcus ecotypes reflects oceanic niche differentiation, Nature [Epub ahead of print] (2003) Prochlorococcus marinus MIT9313:Genome divergence in two Prochlorococcus ecotypes reflects oceanic niche differentiation, Nature [Epub ahead of print] (2003) Synechococcus sp. WH 8102:The genome of a motile marine Synechococcus, Nature [Epub ahead of print] (2003)
S&W 相同性サーバメンテナンス 2003.8.18
Smith-Waterman algorithm による相同性検索サービス S&W SEARCH サーバメンテナンスを以下の日程で行ないます。 この間は,リクエストの受付のみ行ないますので,ご注意下さい。 2003年8月19日(火)正午から8月20日(水)正午まで
minerva定期保守のおしらせ 2003.8.18
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000)の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期日: 2003年08月22日(金) 12:00~21:00
GIB にデータ追加 2003.8.14
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 University of Valencia により Candidatus Blochmannia floridanus のSanger Institute により Bordetella pertussis Tohama IBordetella parapertussis 12822Bordetella bronchiseptica RB50のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: Candidatus Blochmannia floridanus:The genome sequence of Blochmannia floridanus: Comparative analysis of reduced genomes., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 9388-9393 (2003) Bordetella pertussis Tohama I:Comparative analysis of the genome sequences of Bordetella pertussis,  Bordetella parapertussis and Bordetella bronchiseptica. Nat. Genet. DOI, 10.1038/Ng1227-10.1038/Ng1227(2003). Bordetella parapertussis 12822: Comparative analysis of the genome sequences of Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis and Bordetella bronchiseptica,Nat. Genet. DOI, 10.1038/Ng1227-10.1038/Ng1227(2003). Bordetella bronchiseptica RB50:Comparative analysis of the genome sequences of Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis and Bordetella bronchiseptica,Nat. Genet. DOI, 10.1038/Ng1227-10.1038/Ng1227(2003).
SFgate-WAIS URL 変更 2003.8.11
SFgate-WAIS は,DDBJ web site 「データベース検索」で提供しているキーワード検索サービスです。 2003年8月18日より SFgate-WAIS の URL を以下のように変更しますので,ブックマーク・リンクされている方は URL を更新して下さい。旧 URL は9月16日まで利用可能です。 今回の URL の変更は,SFgate-WAIS のサーバが使用する port 番号の変更(現行8080番から標準ポート80番へ)に伴うものです。この変更により port 番号の設定が原因で SFgate-WAIS にアクセスできないという状況は解決されます。サービス内容に変更はありません。 利用者の皆様には大変お手数をおかけしますが,ご理解とご協力をお願いします。 変更後 URL   日本語 http://dbsearch.ddbj.nig.ac.jp/dbsearch-j.html   英語  http://dbsearch.ddbj.nig.ac.jp/dbsearch-e.html     (旧 URL http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-j-new.html)
古代DNAデータベースのURL変更 2003.8.8
古代 DNA データベース (Ancient Genome Encyclopedia: AGE) は遺跡から発掘された人骨の DNA をはじめとする古代 DNA に関するデータベースで,遺伝研・集団遺伝の斎藤成也教授と東大・院・理の植田信太郎教授がデザインし,DDBJ が構築・運営しているデータベースです。現在,文献情報を中心に会議の話題など古代 DNA に関する様々な情報を収集し,紹介しています。サーバ変更のため, URL が変更になりました。ブックマーク・リンクされている方は URL を更新のうえ,どうぞご利用下さい。 新URL 日本語版 http://www.ddbj.nig.ac.jp/aDNA/index-j.html             英語版  http://www.ddbj.nig.ac.jp/aDNA/ (旧 URL http://spinner.lab.nig.ac.jp/aDNA/)
S&W 相同性検索サービス再開 2003.8.4
ハードトラブルにより一時停止していた S&W 相同性検索サービスを 8/1の18時に再開しました。 迷惑をおかけしましたことをお詫び致します。 ご理解とご協力ありがとうございました。
DDBJ メールマガジン第9号配信 2003.7.31
DDBJ では奇数月末にでメールマガジンを配信しています。 本日第9号を配信しました。 今回はイネ完全長 cDNA データの公開・SQmatch, 古代 DNA DB URL 変更・国際実務者会議の報告です。 配信を希望される方は メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。
S&W 相同性検索サービス一時停止 2003.7.29
Smith-Waterman algorithm による相同性検索サービス S&W SEARCH のサービスを一時停止しています。 ハードトラブルによるもので,メンテナンスが終わり次第サービスを再開します。 検索リクエストの受付は通常通りに行えますが,結果返送はメンテナンス終了後となります。 皆様にはご迷惑をおかけ致しますが,ご理解とご協力をお願い致します。
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.7.28
国立遺伝学研究所が加入している学術情報ネットワークのメンテナンスのため,下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止致します。 この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期間:2003年8月8日(金)12:00-13:00 15分間の通信断
GIB にデータ追加 2003.7.28
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 ALTANA Pharmaceuticals により Chlamydophila pneumoniae TW-183 の,Columbus Children's Research Institute により Haemophilus ducreyi 35000HP の,Genoscope と Station Biologique de Roscoff によりProchlorococcus marinus subsp. marinus str. CCMP1375 の,ゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: - Chlamydophila pneumoniae TW-183: The genome sequence of Chlamydia pneumoniae TW183 and comparison with other Chlamydia strains based on whole genome sequence analysis, Unpublished. - Haemophilus ducreyi 35000HP: The Complete Genome Sequence of Haemophilus ducreyi, Unpublished. - Prochlorococcus marinus subsp. marinus str. CCMP1375: Genome sequence of the cyanobacterium Prochlorococcus marinus SS120, a near minimal oxyphototrophic genome, Unpublished.
PRF Rel. 92 公開 2003.7.24
7月24日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel.92 を公開しています。 PRF Rel.92 はエントリ数が 233,109,総アミノ残基数が 83,162,444 aa です
統計「磁気媒体を用いた DNA データベース配布状況」公開終了 2003.7.24
DDBJ の統計ページにありました「磁気媒体を用いた DNA データベース配布状況」の公開を終了しました。 FTP によるダウンロードサービスが主流になり,配布件数が減ったためです。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.7.22
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
  • Bioinformatics Tools For Comparative Genomics:A Short Course(2003年11月3日~7日)
  • GIW 2003(2003年12月14日~17日)
  • The Second Asia Pacific Bioinformatics Conference(2004年1月18日~22日)
  • RECOMB 2004(2004年3月27日~31日)
  • HGM2004(2004年4月4日~7日)
PIR rel. 77 公開 2003.7.16
7月16日より PIR rel. 77 を公開しています。 PIR rel. 77 はエントリ数が 283,329,総アミノ残基数が 96,175,589 aa となっています。
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止キャンセル 2003.7.14
本日予定されておりました国立遺伝学研究所のネットワークサービスの停止はなくなりました(所内停電中止のため)。 国立遺伝学研究所のネットワークサービス,DDBJ のネットワークサービス,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスは通常通り使用できますのでどうぞ御利用下さい。
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.7.11
国立遺伝学研究所の所内停電のため、下記期日におきまして、 国立遺伝学研究所のネットワークサービスを停止致します。 この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期間:2003年7月14日(月)18:00 から 7月 15日 (火) 11:00 まで
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.7.11
急なアナウンスとなりますが,国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため, 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期間:2003年7月13日(日)13:00 - 18:00
DDBJ トップページ一部更新 2003.7.10
DDBJ トップページのレイアウトを一部変更しました。 「FTP による DDBJ リリース取得」という項目など,いくつかの項目を追加しました。
SQmatch URL 変更のおしらせ 2003.7.9
SQmatch は DDBJ が開発し,DDBJ web site 「データベース検索」で提供しているサービスです。 DDBJ リリースと DAD リリースを対象に,UNIX コマンドの grep のように遺伝子配列への正規表現によるパターンマッチができるので, FASTA/BLAST では処理できない短い断片や "N" を含む配列の検索に有効です。 2003年7月16日 より SQmatch の URL を以下のように変更しますので,ブックマーク・リンクされている方は URL を更新して下さい。 旧 URL は変更後2ヶ月間(9月16日まで)利用可能です。 今回の URL の変更は, SQmatch のサーバが使用する port 番号の変更(現行8080番から標準ポート80番へ)に伴うものです。 この変更により port 番号の設定が原因で SQmatch にアクセスできないという状況は解決されます。 サービス内容に変更はありません。 利用者の皆様には大変お手数をおかけしますが,ご理解とご協力をお願いします。 変更後 URL 日本語 http://sqmatch.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html 英語  http://sqmatch.ddbj.nig.ac.jp/top-e.html
GIB にデータ追加 2003.7.4
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 MPIMM によりPirellula sp. strain 1のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: Complete genome sequence of the marine planctomycete Pirellula sp. strain 1, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (14), 8298-8303 (2003)
DDBJリンク集更新 2003.7.4
DDBJ HPの「生命情報学へのとびら」の中にある「その他の生命情報Webリンク」を大幅に更新しました。SNPや遺伝子発現などの新たな情報も含めてサイトの収録数も増加しました。どうご利用下さい。
DAD rel. 24 公開  2003.7.4
7月3日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 24を公開しています。DAD rel. 24 はエントリ数が 1,429,344, 総アミノ残基数が 441,769,888 aaとなっています。 FTPによる定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
DDBJing 講習会 in 高知 参加受付開始 2003.7.1
DDBJ では全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 DDBJing 講習会は,塩基配列の登録方法や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により深く理解して利用していただく助けになることを目指しています。 8月29日(金)に高知医科大学で開催する DDBJing 講習会の参加受付を本日より開始しました。 四国および近県の皆様どうぞご参加下さい!
GIB にデータ追加  2003.7.1
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 MWG によりHelicobacter hepaticus ATCC 51449のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: The complete genome sequence of the carcinogenic bacterium Helicobacter hepaticus, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (13), 7901-7906 (2003)
DDBJ メールマガジン配信 2003.6.26
隔月発行の DDBJ メールマガジン No. 8 を配信しました。 今回は DDBJing 講習会 in 高知のおしらせなどがありましたので,いつもより一月早い配信となりました。 DDBJ メールマガジンの申し込みは,メールアドレス・氏名・所属・連絡先などを登録するだけです。 興味を持たれた方の配信申し込みをお待ちしています。
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新 2003.6.23
DDBJ リリース54 公開にともない,DDBJ の統計で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした登録塩基数上位30種の順位推移(~DDBJ rel.54)を更新しました。 前回のリリースで98位の Macaca mulatta(アカゲザル)が11位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。
DDBJ リリース54 完成 2003.6.23
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 6月に DDBJ リリース54 を完成しました。 リリース54 のエントリ数は 25,149,821,総塩基数は32,162,041,177 塩基です。
ネットワークサービス復旧 2003.6.17
昨日15時より発生していたネットワークトラブルは,同日23時に復旧しました。 ご迷惑をおかけしましたことをお詫び致します。 ご理解とご協力ありがとうございました。
DDBJ ネットワークサービス一部停止 2003.6.16
本日15時頃にネットワーク障害が発生しました。このため DDBJ の検索・解析サービスおよび FTP サービスが停止しております。 ご迷惑をおかけしておりますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
supernig定期保守のおしらせ 2003.6.16
国立遺伝学研究所の 解析サーバ (supernig) の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期日: 2003年06月20日(金) 12:00~21:00
DDBJ Q and A 更新 2003.6.13
これまで「DDBJ に頻繁に寄せられる質問とその答え」という名前で提供していた FAQ を「Q and A」というタイトルに変更し,構成も大幅に更新しました。 トップページよりご覧いただけますので,どうぞご利用下さい。
GIB にデータ追加 2003.6.12
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。 CEVR によりMycoplasma gallisepticum Rのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。 Reference: The complete genome sequence of the avian pathogen Mycoplasma gallisepticum strain R, Microbiology (2003) In press
GIB のサービス停止 2003.6.10
マシンメンテナンスのため,以下の期日で GIB サーバが停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期間: 6月14日(土)17:00 から 6月15日(日)8:00 まで
PRF Rel.91 公開 2003.6.9
6月9日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel.91 を公開しています。 PRF Rel.91 はエントリ数が 229,482,総アミノ残基数が 81,951,321 aa です。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.6.4
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
DDBJ メールマガジン No. 7 本日配信 2003.5.30
DDBJ では新サービスの案内やおしらせをメールマガジンで配信しています。 このメールマガジンは隔月で登録していただいたアドレスにヘッドラインと URL のみをお届けし,興味のある記事はサイトにアクセスしてご覧いただく形式です。 本日第7号を配信しました。 DDBJ からユーザの方々に情報をお届けすることのできる手段ですので,興味を持たれた方はどうぞお申し込み下さい。 申込みはメールアドレスと連絡先・所属をご連絡いただくだけです。 web とメール (ddbjmag@ddbj.nig.ac.jp) で受付けています。 まずはサイトをご覧下さい。
国際実務者会議・国際諮問委員会開催 2003.5.30
CIB/DDBJ, EBI/EMBL, NCBI/GenBank 国際 DNA データバンクは,DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース共同構築の運営・推進をはかるために,国際諮問委員会と国際実務者会議を年1回開催しています。 今年は NCBI のあるメリーランド州ベセスダで第16回国際実務者会議(5月19日-21日)と,第14回国際諮問委員会(5月22日-23日)が開催されました。 DDBJ からは国際実務者会議に5名の,国際諮問委員会に3名のスタッフが出席しました。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.5.30
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。
  • 日本遺伝学会第75回大会(2003年9月24日~26日)
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.5.27
国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため,下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。 期間:2003年6月3日(火)18:00 - 21:00
相同性検索サービス BLAST に機能追加 2003.5.22
DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供している相同性検索サービス BLASTに複数の配列を一括して検索できる機能を追加しました。以下簡単に web を利用した場合の使用方法を紹介します。どうぞご利用下さい。 ・BLAST の検索画面にアクセスし,通常通りプログラム・対象データベースなどを選択する ・複数の query 配列を multi FASTA 形式で入力またはアップロードする
    例:
    >my query sequence 1
    CACCCTCTCTTCACTGGAAAGGACACCATGAGCACGGAAAGCATGATCCAGGACGTGGAA
    GCTGGCCGAGGAGGCGCTCCCCAGGAAGACAGCAGGGCCCCAGGGCTCCAGGCGGTGCTG
    GTTCCTCAGCCTCTTCTCCTTCCTGCTCGTGGCAGGCGCCGCCAC
    >my query sequence 2
    GGCCAGGGCACCCAGTCTGAGAACAGCTGCACCCGCTTCCCAGGCAACCTGCCTCACATG
    CTTCGAGACCTCCGAGATGCCTTCAGCAGAGTGAAGACTTTCTTTCAAATGAAGGATCAG
    CTGGACAACATATTGTTAAAGGAGTCCTTGCTGGAGGACTTTAAG
    >my query sequence 3
    ATGGGTCTCACCTCCCAACTGCTTCCCCCTCTGTTCTTCCTGCTAGCATGTGCCGGCAAC
    TTTGCCCACGGACACAACTGCCATATCGCCTTACGGGAGATCATCGAAACTCTGAACAGC
    CTCACAGAGCAGAAGACTCTGTGCACCAAGTTGACCATAACGGAC
    

・検索結果の受取方法に E-mail を選択し,メールアドレスを入力する(WWW を選択するとエラーメッセージが出ます)
・メールで Request ID と検索結果が表示されている URL が返信されます
・結果は検索終了後7日間で削除されますのでご注意下さい

SAKURA サービス停止 2003.5.16
保守作業のため,下記の日程におきまして SAKURA サーバが停止いたします。 ご不便をおかけしますが,皆様のご協力とご理解をお願いいたします。
5月19日(月)9:00 - 10:00
EPD データのミラー開始 2003.5.13
相同性検索でサービスしている EPD (Eukaryotic Promotor Database) データの定期更新を行うために,DDBJ でEPD のミラーを開始しました。DDBJ データのダウンロード用サイト(Anonymous FTP of the DDBJ(DDBJ リリースデータ) )および 「その他の生命情報webリンク」にもリンクが張ってあります。どうぞ御利用下さい。
PIR rel. 76 公開 2003.5.9
5月9日より PIR rel. 76 を公開しています。 PIR rel. 76 はエントリ数が 283,308,総アミノ残基数が 96,168,669 aa となっています。
minerva 定期保守のおしらせ 2003.5.9
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2003年5月16日(金) 12:00~21:00
GIB にデータ追加 2003.5.6
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of WisconsinによりShigella flexneri 2a 2457Tの,JGIによりNitrosomonas europaea ATCC 19718の,TIGRによりBacillus anthracis Amesのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
-Shigella flexneri 2a 2457T:Complete Genome Sequence of the Q-fever Pathogen, Coxiella burnetii, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2003) In press
-Nitrosomonas europaea ATCC 19718: Complete genome sequence of the ammonia oxidizing bacterium and obligate chemolithoautotroph Nitrosomonas europaea, J. Bacteriol. 185(9), 2759-2773 (2003)
-Bacillus anthracis Ames:Comparative genome sequencing for discovery of novel polymorphisms in Bacillus anthracis, Science 296 (5575), 2028-2033 (2002)
Sequence and organization of pXO1, the large Bacillus anthracis plasmid harboring the anthrax toxin genes, J. Bacteriol. 181 (20), 6509-6515 (1999)
The Genome Sequence of Bacillus anthracis Ames and Comparison to Closely- Related Bacteria, Nature 423, 81-86 (2003)
スーパーSINETネットワーク停止 2003.5.1
遺伝研が加入している学術情報ネットワークから計画作業連絡がありました。 現在のところ遺伝研は下記日時内で通信断が発生致します。皆様のご理解 とご協力をお願い致します。
作業日時: 平成15年5月3日(土) 16:00-17:00
(上記時間内で連続した20分間の通信断が発生します)
PRF rel. 90 公開 2003.4.30
4月30日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 90 を公開しています。 PRF Re. 90 はエントリ数が 225,081,総アミノ残基数が 80,474,390 aa です。
GIB のサービス停止 2003.4.23
マシンメンテナンスのため,以下の期日で GIB サーバが停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間: 4月26日(土)17:00 から 4月27日(日)8:00 まで
getentry 機能拡張 2003.4.23
getentryはweb サーバと E-mail サーバを利用してアクセッション番号などによりエントリデータを検索するシステムです。2003年4月より web 版 getentry に次の2つの機能を追加しました。どうぞご利用下さい。

バージョン番号をキーにしたエントリ検索機能
バージョン番号はフラットファイルの VERSION 行に記載されており,
そのエントリの配列が訂正・更新された回数を示しています(例:AB000001.1)。
このバージョン番号をキーにエントリが検索できるようになりました。
これは E-mail 版でサービスしている get-version と同様の機能です。
使い方その1:
番号指定のメニュー選択欄から [Version Number] を選択する
検索したいエントリのバージョン番号を入力し [検索] ボタンを押す
該当エントリが表示される
使い方その2:
番号指定のメニュー選択欄から [Version Number] を選択する
アクセッション番号を入力し [検索] ボタンを押す
エントリの全バージョンリストが表示される
DADの塩基配列表示機能
Protein データベース DAD を指定した場合,
翻訳前の塩基配列を FASTA 形式で表示する機能を追加しました。
これまではフラットファイル形式か FASTA 形式のアミノ酸配列のみでした。
使い方:
Protein データベースから DAD を指定する
出力形式の選択メニューから [塩基配列 FASTA (for DAD)] を選ぶ
番号指定の選択メニューから [Protein ID] を選ぶ
検索したいデータの Protein ID 入力し [検索] ボタンを押す
DDBJ メールマガジンのご案内 2003.4.23
DDBJ では新サービスの案内やおしらせをメールマガジンで配信しています。
このメールマガジンは登録していただいたアドレスにヘッドラインと URL のみをお届けし,興味のある記事はサイトにアクセスしてご覧いただく形式です。
隔月配信で,現在第6号を公開しています
DDBJ からユーザの方々に情報をお届けすることのできる手段ですので,この機会にぜひお申し込み下さい。
web とメールでお申し込みいただくことができます
本日よりトップページにリンク項目を追加しました。
S&W search サービス再開 2003.4.22
システムトラブルにより一時停止していた S&W search のサービスを再開しました。 ご迷惑をおかけしたことをお詫び致します。 ご理解とご協力ありがとうございました。
TPA・WGS 登録受付開始 2003.4.21
DDBJ では TPA (Third Party Annotation) と WGS (Whole Genome Shotgun) の登録受付を開始しました。 登録にあたっての詳細はこちらをご覧下さい。
S&W search サービス一時停止 2003.4.21
システムトラブルにより S&W search は現在ご利用いただけません。 数日以内に復旧する見込みです。 ご迷惑をおかけしておりますが,ご理解とご協力をお願い致します。
SWISS-PROT Rel. 41公開 2003.4.21
4月21日よりSWISS-PROT Rel. 41を公開しています。 SWISS-PROT Rel. 41はエントリ数が122,564, 総アミノ残基数が44,986,459 aaとなっています。
GIB にデータ追加 2003.4.21
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGRによりCoxiella burnetii RSA 493の,Kitasato UniversityおよびNITEによりStreptomyces avermitilis MA-4680の,TIGRによりChlamydophila caviae GPICの,Integrated Genomics Inc.によりBacillus cereus ATCC 14579のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
- Coxiella burnetii RSA 493:Complete Genome Sequence of the Q-fever Pathogen, Coxiella burnetii,
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2003) In press

- Streptomyces avermitilis MA-4680: Complete Genome Sequence and Comparative Analysis of the Industrial Microorganism Streptomyces avermitilis, Nat. Biotechnol. (2003) In press
   Genome sequence of an industrial microorganism Streptomyces avermitilis: Deducing the ability of producing secondary metabolites, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98, 12215-12220 (2001)
- Chlamydophila caviae GPIC:Genome sequence of Chlamydophila caviae (Chlamydia psittaci GPIC): examining the role of niche-specific genes in the evolution of the Chlamydiaceae, Nucleic Acids Res. 31 (8), 2134-2147 (2003)
- Bacillus cereus ATCC 14579:Genome sequence of Bacillus cereus ATCC 14579 and comparison with Bacillus anthracis, Nature (2003) In press
The number of ribosomal RNA operons in Bacillus cereus, Unpublished
ヒトゲノム完成配列(Build 32)ダウンロードページ 2003.4.18
ヒトゲノム完成配列(Bu ild 32)ダウンロードページからダウンロードできますので御利用下さい。
ヒトゲノム全配列解読完了 2003.4.15
日米英など6カ国は14日、ヒトゲノム全配列解読完了を宣言しました。
詳しくは、こちらを御覧下さい。
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.4.15
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • Bioinformatics Tools For Comparative Genomics:A Short Course(2003年5月12日~16日)
  • 第3回日本蛋白質科学会年会(2003年6月23日~25日)
  • 第19回 日本霊長類学会大会(2003年6月27日~29日)
  • 日本進化学会 福岡大会 2003(2003年8月1日~4日)
  • 日本動物学会第74回大会(2003年9月17日~19日)
  • 日本生物物理学会第41回年会(2003年9月23日~25日)
  • 日本人類遺伝学会第48回大会 (2003年10月21日~24日)
  • 第26回日本分子生物学会年会(2003年12月10日~14日)
SAKURA サービス停止 2003.4.14
メンテナンスのため下記の1時間 SAKURA サーバを停止いたします。 ご迷惑をおかけしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
4月20日 (日) 22:00 ~ 23:00
DAD rel. 23 公開 2003.4.4
4月4日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 23を公開しています。 DAD rel. 23 はエントリ数が 1,324,437, 総アミノ残基数が 410,343,359 aa となっています。
supernig定期保守のおしらせ 2003.4.3
国立遺伝学研究所の 解析サーバ (supernig) の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2003年04月10日(木) 10:00~18:00
GIB にデータ追加 2003.4.3
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Washington University School of Medicine によりBacteroides thetaiotaomicron VPI-5482の,TIGRによりEnterococcus faecalis V583のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482: A Genomic View of the Human-Bacteroides thetaiotaomicron Symbiosis, Science 299 (5615), 2074-2076 (2003)
Enterococcus faecalis V583: Role of Mobile DNA in the Evolution of Vancomycin-Resistant Enterococcus
faecalis, Science 299 (5615), 2071-2074 (2003)
GIB にデータ追加 2003.3.27
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
University of Wisconsin によりSalmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi Ty2のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:Comparative genomics of Salmonella enterica serovar Typhi strains Ty2 and CT18, J. Bacteriol. 185 (7), 2330-2337 (2003)
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.3.27
国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため, 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:2003年4月2日(水)18:00 - 20:00
DDBJ リリース53 完成  2003.3.24
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 3月に DDBJ リリース53 を完成しました。 リリース53 のエントリ数は 23,250,813,総塩基数は 29,711,299,332 塩基です。
GIB の表示系を更新 2003.3.17
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。このたびGIB の表示系を 更新しました。主な変更点は以下の通りです。

  • ゲノムの数が100を超えたことに応じて,トップページの表示で大まかな生物分類 の 階層を選択できるようにした
  • 各ゲノムの染色体マップで,ORFの機能分類を表示するようにした
FTPのダウンロードサイトを公開 2003.3.14
DDBJ のFTPのダウンロードサイトはDDBJの定期リリースと新着データをダウンロードできる anonymous ftp サイトですが,従来のサイトは場所がわかりにくく,そのためユーザーの方に御不便をおかけしていました。 このたび新たにダウンロード用サイトを追加し,公開いたしました。 またこのサイトでは,データは,ダウンロード(ファイル転送)をしやすくするため,ファイルを分割し,ファイルサイズを小さくしています。どうぞ御利用下さい。
DDBJ WWW サーバ障害復旧 2003.3.13
3月12日 DDBJ WWW サーバの一部に障害が発生しました(SAKURA と検索解析サービスには影響ありませんでした)。 トップページをはじめアクセスできないページがありましたが,同日18時に復旧しました。
ご迷惑をおかけしたことをお詫び致します。
GIB にデータ追加 2003.3.11
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Cornell University によりPseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000のゲノム配列が決定され公開されました。
これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete Sequence of Pseudomonas syringae,Unpublished
公開塩基数300億突破 2003.3.7
公開塩基数300億突破 DDBJ ではDDBJ/EMBL/GenBank 国際 DNA データバンクの構築規範に沿って塩基配列データを管理し,データベースとして公開しています。 データベースは毎日更新されており,3月7日に総塩基数が300億 bp を越えました。
2003年03月07日現在 DDBJ から公開された総塩基数: 30,019,841,567 bp, エントリ数: 23,259,781
GIB にデータ追加 2003.03.6
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
GIRC により Streptococcus pyogenes SSI-1 と,Vibrio parahaemolyticus O3:K6 RIMD 2210633 の,ゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Streptococcus pyogenes SSI-1:The genome of invasive Streptococcus pyogenes; a comparative analysis of S. pyogenes SSI-1, SF370 and MGAS8232., Unpublished (2002)
Vibrio parahaemolyticus O3:K6 RIMD 2210633:A filamentous phage associated with recent pandemic Vibrio parahaemolyticusO3:K6 strains, J. Clin. Microbiol. 38, 2156-2161 (2000).
Genome sequence of Vibrio parahaemolyticus: a pathogenic mechanism distinct
from that of V cholerae, Lancet 361, 743-749 (2003)
GIB サーバの停止 2003.3.4
バージョンアップのため,以下の期日で GIB サーバが停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間: 3月14日(金)17:00 から 3月17日(月)8:00 まで
GIB にデータ追加 2003.02.27
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
WCFS により Lactobacillus plantarum WCFS1 の,The Sanger Centre により Tropheryma whipplei TW08/27 の,Universite de la Mediterranee により Tropheryma whipplei str. Twistのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
References:
Lactobacillus plantarum WCFS1: Complete genome sequence of Lactobacillus plantarum WCFS1, Online Publication.
Tropheryma whipplei TW08/27: Sequencing and analysis of the genome of the Whipple's disease bacterium Tropheryma whipplei, Lancet 361, 627-634(2003).
Tropheryma whipplei str. Twist: Tropheryma whipplei illustrates the diversity of gene loss patterns in small genome bacterial pathogens, Unpublished
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.2.19
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

GIB にデータ追加 2003.2.12
ゲノム情報ブローカ(GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
AEG Brazilian Consortium によりXylella fastidiosa Temecula1 の,Goettingen Genomics Laboratory によりClostridium tetani Massachusetts E88のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference Xylella fastidiosa Temecula1: Comparative Analyses of the Complete Genome Sequences of Pierce's Disease and Citrus Variegated Chlorosis Strains of Xylella fastidiosa, J. Bacteriol. 185 (3), 1018-1026 (2003)
Reference Clostridium tetani Massachusetts E88: The genome sequence of Clostridium tetani, the causative agent of tetanus disease, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (3) (2003) In press
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.2.7
国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため, 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:2003年2月17日(月)18:00 - 20:00
生命情報学関連の会議のおしらせ更新 2003.2.5
「生命情報学関連の会議のおしらせ」に,下記の会議を追加しました。

  • The Second Waterfront Symposium of Human Genome Science - WASH2 - (2003年2月24日)
  • Bioinformatics Tools For Comparative Genomics:A Short Course(2003年2月24日~28日)
  • PSB 2004(2004年1月6日~10日)
  • SMBE 2003(2003年6月26日~29日)
PRF rel. 89 公開 2003.1.30
1月29日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 89 を公開しています。 PRF Re. 89 はエントリ数が 216,752,総アミノ残基数が 77,655,726 aa です。
GIB にデータ追加  2003.1.29
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
CNB により Buchnera aphidicola (Baizongia pistaciae) のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Reductive genome evolution in Buchnera aphidicola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (2), 581-586 (2003)
PIR rel. 75 公開 2003.1.24
1月24日より PIR rel.75 を公開しています。 PIR rel. 75 はエントリ数が 283,268,総アミノ残基数が 96,152,078 となっています。
DAD rel. 22 公開 2003.1.20
1月20日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 22を公開しています。 DAD rel. 22 はエントリ数が 1,218,918, 総アミノ残基数が 376,251,148 aa となっています。
supernig 定期保守のおしらせ 2003.1.10
国立遺伝学研究所の解析サーバ supernig の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2003年1月17日(金)10:00-21:00
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2003.1.10
国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業に関連する停電のため, 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。
ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:2003年1月15日(水)18:00 - 19:00
寺子屋『情報生物学』第5回開催します 2003.1.8
2月5日から7日にかけて寺子屋『情報生物学』第5回 「バイオインフォマティクス:生命の多様性と進化に基づく生命科学の統合に向けて」を開催します。 現在参加受付中ですので,興味を持たれた方は 寺子屋のサイト をご覧の上お申し込み下さい。
GIB にデータ追加 
ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker for Microbial Genomes) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 大腸菌をはじめとする微生物のゲノムデータを提供しています。
Chinese National Human Genome Center at Shanghai により Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

ページの先頭へ戻る