GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Nagoya University により Synechococcus elongatus PCC 6301 の ゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Complete genome structure of the unicellular cyanobacterium 　Anacystis nidulans 6301 (Synechococcus sp. PCC6301), Unpublished (2004)

DDBJ 新キーワード検索システム ARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation) のプロトタイプ版を１２月２７日からテスト公開いたしました。 富士通製の高速 XML 型データベース検索エンジン「インターステージシュンサク（Interstage Shunsaku）」を基盤技術として採用しております。

第１の特徴は，複雑な検索条件や大量のヒットがある条件で検索しても，これまで提供してきたキーワード検索システムに比べて遥かに短時間で検索結果を返すことができる点です。 すなわち，どのような条件でも約５～１０秒で検索結果を出力します。
第２の特徴は，国際塩基配列データベースのフラットファイル (FF) 形式で定義されている Feature/ Qualifier を個々に選択して詳細な検索条件を指定することができる点です。

• 検索対象は，DDBJ 定期リリースと DDBJ 新着データです。
• DDBJ フラットファイル形式に沿った詳細な検索条件を指定することができます。
• 検索条件やヒット件数に依らず，ほぼ一定（約５秒～１０秒）の検索レスポンスが得られます。
• 検索結果は，フラットファイル，DDBJ-XML，FASTA の３つの形式で取得することができます。

※定期メンテナンスの為、毎日夜間に２，３時間程度サービスを停止いたします。

参考資料として下記もご覧下さい
遺伝研と富士通が次世代データベースシステムの共同研究開発

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 12月に DDBJ リリース60 を完成しました。 リリース60 のエントリ数は 40,583,945，総塩基数は 44,416,752,273 塩基です。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

12月22日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 100 を公開しています。 PRF Rel. 100 はエントリ数が 291,515，総アミノ残基数が 102,321,978 aa です

CIBEX は DDBJ が提供する遺伝子発現 DB・国際標準の MIAME 形式によるデータ登録と検索サービスです。 CIBEX に関する記事が "ゲノムネットワーク" に掲載されました。

国際公共遺伝子発現データベース (CIBEX) とデータの登録．舘野義男・池尾一穂． ゲノムネットワーク（林崎良英 監修　鈴木治和・河合 純 編 共立出版） 蛋白質核酸酵素12月号増刊 Vol.49 No.17, 2678-2683． 2004年12月8日発売 定価6，300円(税込)．

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Macrogen, Inc. により Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 の Uppsala University により Francisella tularensis subsp. tularensis の TIGR により Silicibacter pomeroyi DSS-3 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4: The genome sequence of the ethanologenic bacterium Zymomonas mobilis ZM4, Nat Biotechnol. 2004 Dec 12; [Epub ahead of print]
Francisella tularensis subsp. tularensis: Complete genome sequence of Francisella tularensis (SCHU S4) the causative agent of tularemia, Unpublished.
Silicibacter pomeroyi DSS-3: Genome Sequence of Silicibacter pomeroyi Reveals Unique Adaptations to the Marine Environment, Nature 432, 910-913 (2004)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Washington State University により Anaplasma marginale str. St. Maries の Washington University により Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratypi A ATCC 9150 の JAMSTEC により Geobacillus kaustophilus HTA426 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Anaplasma marginale str. St. Maries: Complete genome sequencing of Anaplasma marginale reveals that the surface is skewed to two superfamilies of outer membrane proteins, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2005) In press
Geobacillus kaustophilus HTA426: Thermoadaptation trait revealed by the genome sequence of thermophilic Geobacillus kaustophilus, Nucleic Acids Res. 32, 6292-6303 (2004)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Max Planck Institute により Azoarcus sp. EbN1 の University of Hawaii により Idiomarina loihiensis L2TR のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Azoarcus sp. EbN1:
Genes involved in the anaerobic degradation of ethylbenzene in a denitrifying bacterium, strain EbN1, Arch. Microbiol. 178(6), 506-516(2002).
The genome sequence of an anaerobic aromatic-degrading denitrifying bacterium, strain EbN1, (er) Archives of Microbiology DOI, 10.1007/s00203-004-0742-9.

DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を2004年12月29日(水)から2005年1月3日(月)まで休業いたします。
これにともない，SAKURA によるデータ受け付けは2004年12月27日(月)から2005年1月4日(火)までご利用いただけません。
エントリの新規および再公開も，2004年12月27日から2005年1月4日まで行なわれません。
皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

休業期間：	2004年12月29日(水)から2005年1月3日(月)
SAKURA 停止：	2004年12月27日(月)から2005年1月4日(火)
新規・再公開停止：	2004年12月27日(月)から2005年1月4日(火)

１２月５日に発生した停電による影響で web版getentryのバージョン検索機能，E-mail Search Server get-version，SQmatch のデータ格納マシンに障害が発生したため，これらのサービスを停止しております。
現在，復旧に向けて対応しておりますので，ご理解とご協力をお願いいたします。
復旧次第，お知らせいたします。
-->16:00復旧いたしました。大変御迷惑をおかけいたしました。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Kao Corporation により Bacillus clausii KSM-K16 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
- High-resolution crystal structure of M-protease: phylogeny aided analysis of the high-alkaline adaptation mechanism, Protein Eng. 10, 627-634 (1997)
- Molecular cloning and nucleotide sequence of the gene for an alkaline protease from the alkalophilic Bacillus sp. KSM-K16, J. Ferment. Bioeng. 78, 105-108 (1994)
- Purification and properties of an alkaline protease from alkalophilic Bacillus sp. KSM-K16, Appl. Microbiol. Biotechnol. 43, 473-481 (1995)
- The complete genome sequence of the alkaliphilic Bacillus clausii KSM-K16, Unpublished (2003)

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第17号を配信しました。 　　今回の内容はヒトゲノム配列最新版公開・ SEGMENT で記述されている登録データの修正・ 一部 CON エントリの修正・ Mus musculus molossinus データの大幅な増加・ DDBJ 新検索システム "Shunsaku" まもなく公開・ 年末年始休業のおしらせ・ 日本分子生物学会にブース出展・ ミレニアム・ゲノムプロジェクト成果報告会です。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第６回は，遺伝情報分析研究室鈴木善幸助手の「Medicoinformatics」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は， メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• バイオインフォマティクスの将来展望（2005年1月12，14日）

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
NAIST により Thermus thermophilus HB8 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of Thermus thermophilus HB8, Unpublished (2004)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Institut National de la Recherche Agronomique により Streptococcus thermophilus LMG 18311 と Streptococcus thermophilus CNRZ1066 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence and comparative analysis of the dairy bacterium Streptococcus thermophilus, (er) Nat. Biotechnol. (2004)

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• Human Genome Variation Society Scientific Meeting（2005年4月18日）

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• Proteomic Conferences（2005年1月10日～13日）
• WCBP 2005（2005年1月10日～13日）
• Systems Biology: Will it Work?（2005年1月12日～14日）
• The Third Asia Pacific Bioinformatics Conference（2005年1月17日～21日）
• Oncogenomics 2005（2005年2月2日～6日）
• The ABRF 2005: Biomolecular Technologies: Discovery to Hypothesis （2005年2月5日～8日）
• Biophysical Society 49th Annual Meeting（2005年2月12日～16日）
• 18th International Symposium on MicroScale Bioseparations (MSB)（2005年2月12日～17日）
• Experimental Biology 2005（2005年3月31日～4月6日）
• 2005 ASBMB Annual Meeting（2005年4月2日～6日）
• The World Congress on Industrial Biotechnology and Bioprocessing （2005年4月20日～22日）
• RNAi-2005-Boston Meeting（2005年5月1日～3日）
• BioNano 2005（2005年5月8日～12日）
• RECOMB 2005（2005年5月14日～18日）
• Mutation Detection 2005（2005年5月31日～6月4日）

DDBJ の最新リリース（Rel.59）でマウス (Mus musculus molossinus) の登録塩基数が 44,452 bp から 279,762,931 bp に大幅に増加しました [DDBJ の統計/登録塩基数上位30種の順位推移（～DDBJ rel.59）]。
これは，これまでに公開されていた Mus musculus molossinus の登録塩基数 (44,452 bp) に2004年6月，理化学研究所ゲノムサイエンスセンターにより公開された，337,471 エントリ分の塩基数が追加されたためです。 この配列は理化学研究所バイオリソースセンター，阿部訓也先生が作成した Mus musculus molossinus-MSM mouse BAC clone library の末端の配列であり，以下の論文でそれらのデータの詳細が発表されます。
Abe K., Noguchi H., Tagawa K., Yuzuriha M., Toyoda A., Kojima T., Ezawa K., Saitou N., Hattori M., Sakaki Y., Moriwaki K., and Shiroishi T. (2004) Contribution of Asian mouse subspecies Mus musculus molossinus to genomic constitution of strain C57BL/6J, as defined by BAC end sequence-SNP analysis. Genome Res. 2004 Dec;14(12):2439-47.
データのアクセッション番号は AG275743-AG613213 です。 これらの配列は，DDBJ の getentry で取得することができます。 各々の MSM BAC クローンは，寄託先である理化学研究所バイオリソースセンター遺伝子材料開発室から入手できます。 詳しくは MSM Mouse BAC clones & Library をご覧下さい。

国立遺伝学研究所の停電のため，下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2004年11月12日(金) 17:00 から11月13(土) 22:00 まで
SAKURA 停止期間：2004年11月12日(金) 15:00 から11月15(月) 9:00 まで

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Institute for Systems Biology により Haloarcula marismortui ATCC 43049 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome sequence of Haloarcula marismortui: A halophilic archaeon from the Dead Sea., Genome Res. 2004 Nov;14(11):2221-34.

国際ヒトゲノムシーケンス決定コンソーシアムによってヒトゲノム配列の最新版が10月21日発行の Nature (vol.431, pp.931 - 945; Oct. 21, 2004)　に発表されました。
既に同コンソーシアムは2001年にヒトゲノムを概要配列を発表し，2003年4月にヒトゲノム全配列解読完了を宣言していましたが，今回，全配列の99％以上を決定した最新版が発表されました。
上記最新版の配列は，DDBJ の以下のサイトでご覧になることができます。
ヒトゲノム完成配列（Build 35.1)ダウンロードページ
参考資料として下記もご覧下さい。
- DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房（概要配列）
-ヒトゲノム全配列解読完了

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• ゲノム機能発現研究会（2005年11月24日）

国際塩基配列データベースに登録する際の１エントリ当たりの配列長は，以前まで 350 kbp 以下に制限されていました。 そのため，これを超える長さの配列を登録する場合には 350 kbp 以下に分断したエントリ（ピースエントリ）として登録していました。 併せてピースエントリを統合する情報を CON (Contig/Constructed) エントリとして構築し公開していました。
しかしながら，2004年6月に配列長制限を撤廃いたしました。 これに伴い，過去に登録を受け付ける際，ピースエントリとして分割した配列を元の連続した配列に集約し１エントリとして再公開を行ないます。
以下の要領でピースエントリと CON エントリを集約し，１エントリに修正いたします。

• CON エントリのアクセッション番号を残し，これに集約します。
• ピースエントリ自体は非公開化され，そのアクセッション番号はセカンダリーアクセッション番号(*)となります。
• ピースエントリに記載されていた feature 情報と配列は，集約された１つのエントリに継承されます。
• 集約後は CON エントリではなく，各生物に対応した division に移行します。

* 修正後に getentry などの検索ツールでピースエントリのアクセッション番号を検索した場合，CON エントリのアクセッション番号を持つ集約されたエントリが結果として返ります。
CON エントリの詳細については、下記をご参照ください。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/locus-j.html

DDBJ リリース59 公開にともない， DDBJ の統計 で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移 （～DDBJ rel.59）を更新しました。 前回のリリースで３１３１位の Mus musculus molossinus（マウス）が２１位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。

SEGMENT で記述されている登録データの修正について 2004.10.22
2004年７月以前の登録において，配列不明部位が含まれる場合，配列不明部位で分断されている１つ１つの配列に対して各々アクセッション番号を発行し，SEGMENTで記述されている形で登録させて頂いておりました。
しかし，DDBJ/EMBL/GenBank の査定方針の変更に伴い，配列不明部位が含まれる登録の場合，配列が不明な領域に "n" を挿入した１つの配列として登録させて頂くこととなりました。挿入される "n" の長さとしましては，配列の不明な領域の長さが予測される場合は，その長さ分の "n"を，そして，長さが予測出来ない場合は，100個の "n" としております。
2004年７月以前に登録頂きました SEGMENT で記述されているエントリにつきましても，上記の方針に従い，配列不明部位で分断されている１つ１つの配列を，配列が不明な領域に "n" を挿入した１つの配列にし，１つのエントリに集約させて頂く形に修正させて頂いております。集約に際しては，SEGMENT で記述されているエントリのアクセッション番号は，集約先のエントリのセカンダリアクセッション番号とさせて頂きます。また，既に公開されている登録データにつきましては，修正後のエントリを順次公開していく予定です。
 
SEGMENT で記述されているエントリの修正例：
集約前：D85375　D85376　
集約後：D85376　
 
皆様のご理解とご協力を御願い致します。
ご不明な点，ご質問等が御座いましたら，DDBJ update 係り（ddbjupdt@ddbj.nig.ac.jp）まで御願い致します。

配列不明部位のある配列のご登録について：
配列の不明な領域の長さが予測出来ない配列を、SAKURAから登録する場合は、「登録データ種類」で "multi-exons with unknown gaps" を選択して、配列決定された部位のみを登録して下さい。配列不明部位に自動的に100個の "n" が挿入された形で登録されます。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Institut Pasteur により Legionella pneumophila Paris と Legionella pneumophila Lens のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Evidence in the Legionella pneumophila genome for exploitation of host cell functions and high genome plasticity, Nat. Genet. Oct 03 (2004) [Epub ahead of print]

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• Foundations of Systems Biology in Engineering（2005年8月7日～10日）

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• Functional Genomics（2004年11月9日～10日）
• RNAi for Functional Analysis and Target Validation（2004年11月10日～11日）
• SECOND NATIONAL MEETING of the AMERICAN SOCIETY FOR MATRIX BIOLOGY（2004年11月10日～13日）
• EMBO Conference on Structures in Biology（2004年 11月10日～13日）
• Target Validation（2004年11月11日～12日）
• Identification of Functional Elements in Mammalian Genomes（2004年11月11日～13日）
• 2004 International Conference on Structural Genomics （2004年11月17日～21日）
• Pharmacogenomics（2004年11月18日～21日）
• ICONIP - 2004 11th International Conference on Neural Information Processing（2004年11月22日～25日）
• 17th FAOBMB Symposium / 2nd IUBMB Special Meeting / 7th A-IMBN（2004年11月22日～26日）
• ANNUAL MEETING of the American Society for Cell Biology（2004年12月4日～8日）
• Biology in Asia International Conference（2004年 12月7日～10日）
• Plant Genomes: From Sequence to Phenome（2004年 12月9日～12日）

10月15日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 99 を公開しています。 PRF Rel. 99 はエントリ数が 270,439，総アミノ残基数が 95,682,341 aa です

getentry は DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供するアクセッション番号などによるエントリ検索システムです。
サーバメンテナンスのため，以下の日程でバージョン検索機能のサービス（E-mail サービスは get-version）を停止します。
web サービスは番号指定に [Version Number] を選択した場合を除き，通常通りご利用いただくことができます。
E-mail サービスは get-version E-mail server (get-version@nig.ac.jp) のサービスは停止しますが，get-entry E-mail server (get-entry@nig.ac.jp) は通常通りご利用いただくことができます。
ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
日時：10月20日(水) 10:00～13:00

10月13日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 29 を公開しています。 DAD rel. 29 はエントリ数が 1,990,271，総アミノ残基数が 612,044,833 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
The Institute for Genomic Research により Methylococcus capsulatus str. Bath の，Iowa State University により Mycoplasma hyopneumoniae 232 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Methylococcus capsulatus str. Bath : Genomic Insights into Methanotrophy: The Complete Genome Sequence of Methylococcus capsulatus (Bath), PLoS Biol. 2, 1616-1628 (2004)
Mycoplasma hyopneumoniae 232 : The genome sequence of Mycoplasma hyopneumoniae strain 232, the agent of swine mycoplasmosis, J. Bacteriol. (2004) In press

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Kitasato Institute for Life Sciences により Bacteroides fragilis YCH46 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genomic analysis of Bacteroides fragilis reveals extensive DNA inversions regulating cell surface adaptation., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2004) In press

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Sanger Institute により Burkholderia pseudomallei K96243 の Goettingen Genomics Laboratory により Bacillus licheniformis DSM 13 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Burkholderia pseudomallei K96243: Genomic plasticity of the causative agent of melioidosis, Burkholderia pseudomallei, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (39), 14240-14245
Bacillus licheniformis DSM 13: The complete genome sequence of Bacillus licheniformis DSM13, an organism with great industrial potential, J. Mol. Microbiol Biotechnol, 7(4), 204-211 (2004)

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 9月30日に DDBJ リリース59 を完成しました。 リリース59 のエントリ数は 37,926,117，総塩基数は 42,245,956,937 塩基です。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第16号を配信しました。 　　今回の内容は SAKURA で登録可能な塩基配列長増加・DDBJ リリース公開・GIB にデータ追加です。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第５回は DDBJ バンク長で遺伝子機能研究室の舘野義男教授の「信長と情報」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は， メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Mannheimia succiniciproducens MBEL55E の Columbia University により Legionella pneumophila subsp. pneumophila Philadelphia 1 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Mannheimia succiniciproducens MBEL55E: The genome sequence of the capnophilic rumen bacterium Mannheimia succiniciproducens, Nat. Biotechnol. Sep 19 (2004)
Legionella pneumophila subsp. pneumophila Philadelphia 1: The Genomic Sequence of the Accidental Pathogen Legionella pneumophila, Science 305 (5692), 1966-1968 (2004)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Burkholderia mallei ATCC 23344 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Structural flexibility in the Burkholderia mallei genome, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (39), 14247-14251 (2004)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Bacillus cereus ZK の Novozymes Biotech Inc. により Bacillus licheniformis ATCC 14580 の ゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Bacillus cereus ZK: Complete genome sequence of Bacillus cereus ZK, Unpublished.
Bacillus licheniformis ATCC 14580: Complete genome sequence of the industrial bacterium Bacillus licheniformis and comparisons with closely related Bacillus species, Genome Biol. 5, R77 (2004)

国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため，下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2004年9月17日(金) 12:00～ 21:00

国際塩基配列データベースでは１エントリの最大塩基配列長に関する規約（最大 350,000 bp）がありましたが，2004年6月より制限を撤廃しました。
DDBJ の提供する塩基配列データ登録システムSAKURAでは機能上の制約から登録可能な塩基配列長に制限がありますが，登録可能な配列長が増加しました。これまでは 20 bp ～ 350,000 bp でしたが，2004年9月より 20 bp ～ 500,000 bp になりました。
ただし 500,000 bp 以下であっても，ご使用になるコンピュータシステム，WWW ブラウザなどの環境により入力できないことがあります。詳細は SAKURA の利用上の注意および制限をご覧下さい。500,000 bp を超える配列を登録される場合は大量登録システムをご利用下さい。

スーパーSINETルータ保守のため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所のネットワークサービスが停止致します。
作業日時：2004年9月15日(水) 12:00 ～ 13:00
上記時間帯において20分間の通信停止が発生します。
皆様には大変ご迷惑をお掛け致しますが，ご理解とご協力をお願い致します。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Kitasato Institute for Life Sciences により Symbiobacterium thermophilum IAM14863 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of an uncultured bacterium Symbiobacterium thermophilum, Unpublished (2004)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Institute of Molecular Biotechnology, Beutenbergstr により Borrelia garinii PBi の，Oak Ridge National Laboratory により Yersinia pseudotuberculosis IP32953 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Borrelia garinii PBi: Comparative analysis of the Borrelia garinii genome, Unpublished.
Yersinia pseudotuberculosis IP32953: Insights into the genome evolution of Yersinia pestis through whole genome comparison with Yersinia pseudotuberculosis, Unpublished.

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Human Genome Sequencing Center により Rickettsia typhi wilmington のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete Genome Sequence of Rickettsia typhi and Comparison with Sequences of Other Rickettsiae, J. Bacteriol. 186 (17), 5842-5855 (2004)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
e.gene Biotechnologie GmbH により Desulfotalea psychrophila LSv54 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome of Desulfotalea psychrophila, a sulphate-reducing bacterium from permanently cold Arctic sediments. Environ Microbiol. 2004 Sep 6(9) 887-902

8月18日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 98 を公開しています。 PRF rel.98 はエントリ数が 262,644，総アミノ残基数が 93,074,728 aa です。

8月11日より SWISS-PROT Rel.44 を公開しています。 SWISS-PROT Rel.44 はエントリ数が 153,871, 総アミノ残基数が 56,608,159 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Campinas により Leifsonia xyli subsp. xyli CTCB07 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome sequence of the Gram-positive sugarcane pathogen Leifsonia xyli subsp. xyli, Mol. Plant Microbe Interact. 17 (8), 827-836 (2004)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
NIH により Streptococcus pyogenes MGAS10394 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Progress toward Characterization of the Group A Streptococcus Metagenome: Complete Genome Sequence of a Macrolide-Resistant Serotype M6 Strain, J. Infect. Dis. 190 (4), 727-738 (2004)

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Goettingen Genomics Laboratory により Propionibacterium acnes KPA171202 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 第３回「産総研 生命情報科学人材養成コース」シンポジウム： 未来を拓くバイオインフォマティクス（2004年10月1日）
• 日本生物物理学会第４２回年会（2004年12月13日～15日）

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第15号を配信しました。 今回の内容は DDBJing 講習会の報告・BLAST にプログラム追加のおしらせ・遺伝研と富士通による次世代データベースシステムの共同研究開発についてなどです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第４回はデータベース運用開発研究室の阿部貴志助手の「歴史的遺産を永遠に！」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は，メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして，メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

7月28日午後に発生した supernig のトラブルは同日19時に復旧しました。 ご迷惑をおかけしたことをお詫びいたします。 ご理解とご協力ありがとうございました。

国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) にトラブルが発生し，サービスを一時停止しております。 現在復旧作業中です。 サービス再開のアナウンスが出るまで，しばらくお待ち下さい。 ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

6/20 から停止していた S&W SEARCH サービスを再開しました。 システムトラブルの間に受付けたリクエストは順番に実行されます。
長期に渡りご迷惑をおかけしたことをお詫び致します。

DDBJ リリース58 公開にともない，DDBJ の統計で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした登録塩基数上位30種の順位推移（～DDBJ rel.58）を更新しました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
MIT により Mesoplasma florum L1 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

DDBJ/EMBL/GenBank が進行中のゲノム配列を管理・収集している WGS データベースは， FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト からリンクしている FTP サイト，WGS データから提供しております。
これまでは各プロジェクトごとに生物名を基本としたファイル名で管理しておりましたが，プロジェクト数の増加に伴い，生物名を基本としたファイル名では管理・特定が困難になりました。 そこで，ファイル名をアクセッション番号 prefix をベースに管理する方向に変更し，別途 対応表を用意することにいたしました。 この変更は7月20日14時に行なう予定です。(作業終了しました。7/20)

7月16日より SWISS-PROT Rel. 43を公開しています。 SWISS-PROT Rel. 43はエントリ数が 146,720，総アミノ残基数が 54,093,154 aaとなっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供している相同性検索サービス BLASTに，tblastx プログラムを追加しました。 tblastx プログラムは塩基配列を表裏合わせて６通りの読み枠で翻訳しながら，同様に翻訳された塩基配列データベースと比較します。 2004年7月15日より，従来の blastn，blastp，blastx，tblastn に tblastx を加えた５つのプログラムが利用可能となりました。 どうぞご利用下さい。

国立遺伝学研究所（静岡県三島市，所長代行：小原雄治，以下 遺伝研）と富士通株式会社（代表取締役社長：黒川博昭，以下 富士通）は，次世代データベースシステムを共同で開発研究し，バイオ分野のデータベース技術における世界のデファクトスタンダード化を目指すことで合意しました。
遺伝研の生命情報・DDBJ 研究センター（センター長：五條堀孝，以下 DDBJ）は，欧州の分子生物学研究所 (EMBL) と米国の国立バイオテクノロジー情報センター (NCBI) とともに三大国際 DNA データベースを運用しております。 ポストゲノム時代を迎えてデータベースそのもの，およびデータベースの開発・運用技術の重要性はますます高まっています。
DDBJ が扱うデータ量はすでに3500万件，398億塩基に上り，２年で２倍以上の勢いで増加しています。このような状況下で一日一万件以上のアクセスに対応するため，データベース検索の高速化が目下の大きな課題となっています。
今回共同開発するシステムは，富士通製の XML データベース検索システム「インターステージシュンサク（Interstage Shunsaku）」を基盤技術として採用し，この発表に先立って開発したプロトタイプでは，既に現行システムと比べて100倍以上の高速性を実現しています。
富士通と DDBJ は，先進情報技術を必要とするバイオ分野を大規模で複雑なデータ処理技術の格好の実践的試験の場として捉え，次世代バイオデータベースシステムを共同で研究開発していきます。
なお，このシステムのプロトタイプ版は，DDBJ を通じて，本年中に全世界に向けて一般公開する予定です。
富士通の記者発表

急なアナウンスとなりますが，学術情報ネットワークの作業通知より，以下の時間内で所外との通信が停止致します。
作業日時：平成16年 7月14日(水) 20:00 ～ 21:00
上記時間帯において20分間の通信停止が発生します
皆様には大変ご迷惑をお掛け致しますが，ご理解とご協力をお願い致します

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
以下２ゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043 (Sanger Institute):
The genome sequence of the enterobacterial phytopathogen Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043 and functional genomic identification of novel virulence factors, Unpublished.
Acinetobacter sp. ADP1 (Genoscope):
Unique features revealed by the genome sequence of Acinetobacter sp. ADP1, a versatile and naturally transformation competent bacterium, Unpublished.

この度，DDBJ リリース58 (2004年6月30日公開) のデータに一部不具合が御座いましたので，下記に説明させていただきます。
データ不具合の内容：
一部のデータに「BASE COUNT」行が含まれていなかった。
対応：
不具合のあったデータのみ修正し，本日（7月9日）公開し直しました。
修正ファイル一覧：
ご迷惑をお掛けいたしましたことを，深くお詫び申し上げます。
今後ともご利用、宜しくお願いいたします。

BASE COUNT 行について GenBank はリリース138（2003年10月）よりフラットファイルから BASE COUNT 行を廃止しました。DDBJ は BASE COUNT 行について，配列の性質を総括する情報の１つである GC 含有量の算出などに使えるためフラットファイルに載せるべき情報であると考えています。このため，DDBJ フォーマットのフラットファイルには引き続き BASE COUNT 行を残しています。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• MGED 7（2004年9月8日～10日）
• The 5th HUGO Pacific Meeting and 6th Asia-Pacific Conference on Human Genetics（2004年11月17日～20日）
• GIW 2004（2004年12月13日～15日）

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 第４回 国際バイオEXPO（2005年5月18日～20日）

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
以下２ゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27 (Joint Genome Institute):
Complete genome sequence of Bacillus thuringiensis 97-27, Unpublished
Bacillus anthracis str. Sterne (Joint Genome Institute):
Complete genome sequence of Bacillus anthracis Sterne, Unpublished

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
以下４ゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 (The Sanger Institute):
Complete genomes of two clinical Staphylococcus aureus strains: evidence for the rapid evolution of virulence and drug resistance, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101(26), 9786-9791(2004).
Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476 (The Sanger Institute):
Complete genomes of two clinical Staphylococcus aureus strains: evidence for the rapid evolution of virulence and drug resistance, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101(26), 9786-9791(2004)
Bartonella henselae Houston-1 (Uppsala University):
The louse-borne human pathogen Bartonella quintana is a genomic derivative of the zoonotic agent Bartonella henselae, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101, 9716-9721 (2004)
Bartonella quintana Toulouse (Uppsala Universit):
The louse-borne human pathogen Bartonella quintana is a genomic derivative of the zoonotic agent Bartonella henselae, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101, 9716-9721 (2004)

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 6月30日に DDBJ リリース58 を完成しました。 リリース58 のエントリ数は 34,917,581，総塩基数は 39,812,635,108 塩基です。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため，下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
7月5日(月) 18:00～ 22:00

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• ゲノムひろば２００４ in 福岡（2004年7月31日～8月1日）
• ゲノムひろば２００４ in 京都（2004年8月7日～8日）

メンテナンス作業のため下記の期間におきまして塩基配列登録システム SAKURA のサービスを停止いたします。
6月28日 (月) 18:00～20:00
ご不便をおかけいたしますが皆様のご理解とご協力をお願い致します。

既にお気付きのように DDBJ のホームページを一新し，デザイン・機能ともに見やすく，また使いやすくなりました。 新機能のひとつとして，各ページの Search 機能に，従来からのサイトサーチに加えて SRS を追加しました。どうぞご活用下さい。 なお，一部のサイトの URL を変更しましたので，ブックマークをされていらっしゃる方は変更をお願いいたします。 今後も DDBJ をどうぞご利用下さい。

システムトラブルのため 6/20 より S&W SEARCH サービスを停止しております。 ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願い致します。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• バイオインフォマティクス教育の現状と課題新しい教育システム”ダブルメジャー”に向けた試み（2004年7月27日）

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University Bielefeld により Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (U.Bielefeld) のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins, J. Biotechnol. 104(1-3), 5-25(2003).

国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため， 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2004年6月18日(金) 12:00～21:00

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Goettingen により Picrophilus torridus DSM 9790 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Genome sequence of Picrophilus torridus and its implications for life around pH 0, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101, 9091-9096 (2004)

国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため， 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2004年6月11日(金) 10:00～13:00

5月31日に H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server およびミラーリング H-InvDB（リリース番号：H-InvDB_1.3）のデータ内容を更新しました。

• cDNA および LOCUS エントリの更新データは2004年5月1日現在のデータです。
  
• 全ての LOCUS エントリ (HIX) と一部の cDNA エントリ (HIT) のバーションが ".1" から ".2" に変わりました。
  
• H-Invitaional Identifier（e.g HIT000000001 は cDNA エントリ，
  HIX0000001 は LOCUS エントリ）と国際塩基配列データベースのアクセッション番号およびデータ提供機関の対応表（ファイル名：acc2hinv_id.txt.gz）を FTP サイト に置きました。
  

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Harvard Medical School により Mycoplasma mobile 163K のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Bacillus anthracis str. Ames 0581 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 日本土壌微生物学会５０周年記念大会（2004年6月3日～4日）
• Beyond Genome 2004（2004年6月21日～24日）
• ＣＢＩ学会２００４年大会「ポストゲノム時代の創薬テクノロジ ー」2004年7月28日～30日）

メールを送信する方法でご利用いただく検索・解析サービスに， 受付通知メールの請求を選択できるオプション，email_request_id が追加されました。どうぞご利用下さい。 対象サービス，指定例は以下の通りです。
対象サービス：FASTA, BLAST, SSEARCH, S&W SEARCH, ClustalW
指定例（受付通知を請求する場合）：email_request_id 1
このオプションで受付通知メールの請求を指定をすると， Request ID が記載された受付通知メールがユーザに送信されます。 この Request ID により Search and Analysis の Traffic のページで混雑状況の確認ができます。 指定しない場合，受付通知は送信されません。
なお，現在は自動的に受付通知メールを送信している ClustalW につきましては， email_request_id の指定が必要になりますのでご注意下さい。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• HGM2005（2005年4月18日～21日）

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Vienna により Parachlamydia sp. UWE25 の TIGR により Desulfovibrio vulgaris Hildenborough と Photobacterium profundum ss9 の CRIBI により Listeria monocytogenes 4b F2365のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

DDBJ は2004年4月13日に，WGS (Whole Genome Shotgun) 方式を用いて登録されたカイコ (Bombyx mori) ゲノムの塩基配列を公開しました。DDBJ からの WGS データ公開は今回が初めです。
WGS についての詳細はこちらをご覧下さい。
この塩基配列は，独立行政法人 農業生物資源研究所 Silkworm Genome Research Programが Whole Genome Shotgun 方式で決定しました。データのアクセッション番号は BAAB01000001-BAAB01213289 (213,289 エントリ・381,906,524 bp) で，カイコゲノムの約80% に相当します。
これらの配列は，DDBJ の getentry で取得することができます。
論文情報
The Genome Sequence of Silkworm, Bombyx mori. DNA Res. 11, 27-35 (2004)

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 第２０回　日本霊長類学会大会（2004年7月2日～4日）
• 日本 動物学会第７５回大会 （2004年9月10日～12日）

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• SMBE2004（2004年6月17日～20日）
• 第６回 日本進化学会 東京大会 （2004年8月4日～7日）
• 日本遺伝学会第７６回大会（2004年9月27日～29日）
• 米国人類遺伝学会（2004年10月26日～30日）
• 第２７回日本分子生物学会年会（2004年12月8日～11日）

H-Invitational (Human Full-length cDNA Annotation Invitational) はヒト完全長 cDNA (complementaryDNA) に対してさまざまなバイオインフォマティクス解析を実行し，機能アノテーションを付与した国際的プロジェクトで， 国立遺伝学研究所（現：大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所） 生命情報・DDBJ研究ンセンター（CIB-DDBJ）， 産業技術研究所　生物情報解析研究センター（AIST/JBIRC）， 社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム（JBIC）によって共同主催されてきました。
CIB-DDBJ では H-Invitational で解析されたヒト完全長 cDNA データセットの機能アノテーションの成果を公開するためのデータベース， H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server を構築しました。 このデータベースでは H-Invitational で付与された機能アノテーションを国際塩基配列データベースの形式に準拠した形式のフラットファイルで表示しています（DDBJ 版フラットファイル）。 さらに，本サイトでは cDNA がマップされたヒトゲノム上の Locus 情報も提供しています。 全てのデータに対して，DDBJ 版フラットファイルだけでなく，JBIRC によって作成されたフラットファイル（JBIRC 版フラットファイル）および XML ファイルも提供しています。 これらのデータは FTP サイトから取得することができます．
また，JBIRC で公開されている H-Invitational Database (H-Inv DB) のミラーサイトも合わせてCIB-DDBJから公開しています。
H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server
ミラーリング H-Inv DB

国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため， 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2004年4月16日(金) 10:00～21:00

4月9日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 96 を公開しています。 PRF Rel. 96 はエントリ数が 250,321，総アミノ残基数が 88,779,105 aa です

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Goettingen Genomics Laboratory により Thermus thermophilus HB27 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:

4月6日より PIR rel. 79 を公開しています。 PIR rel. 79 はエントリ数が 283,367， 総アミノ残基数が 96,191,583 aa となっています。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 16th International Genome Sequencing & Analysis（2004年9月27日～30日）

DDBJ リリース57 公開にともない， DDBJ の統計 で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移 （～DDBJ rel.57）を更新しました。
このリリースから新しく分類された Xenopus tropicalis（アフリカツメガエルの仲間） が２０位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。

DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第13号を配信しました。今回の内容はグリッド技術応用の共同実験， 大学共同利用機関法人発足，CIB-DDBJ スタッフの離着任， メール版検索・解析サービスへのオプション追加などです。 また，12号から DDBJ を運営する生命情報・DDBJ 研究センターのスタッフによる小欄の連載が始まりました。 第２回は大量遺伝情報研究室の金城玲助手による「自滅する生物情報学者？」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は， メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして， メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで，手続きは完了します。

2004年4月1日より国立遺伝学研究所が法人化され，それに伴い， DDBJ の名称が変更になりました。新名称は，「大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター 日本DNAデータバンク」です。 今後，ホームページや印刷物ではこの名称を使用いたします。 名称は変わってもDDBJの活動に変わりはありませんので，これからもどうぞ よろしくお願いいたします。

メールを送信する方法でご利用いただく検索・解析サービスに， 受付通知メールの請求を選択できるオプション，email_request_id が2004年5月10日より追加されます。どうぞご利用下さい。 対象サービス，指定例は以下の通りです。
対象サービス：FASTA, BLAST, SSEARCH, S&W SEARCH, ClustalW
指定例（受付通知を請求する場合）：email_request_id 1
このオプションで受付通知メールの請求を指定をすると， Request ID が記載された受付通知メールがユーザに送信されます。 この Request ID により Search and Analysis の Traffic のページで混雑状況の確認ができます。 指定しない場合，受付通知は送信されません。
なお，現在は自動的に受付通知メールを送信している ClustalW につきましては， email_request_id の指定が必要になりますのでご注意下さい。

3月25日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 27 を公開しています。 DAD rel.27 はエントリ数が1,743,365， 総アミノ残基数が 534,642,804 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Instituto Butantan により Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは， リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 3月23日に DDBJ リリース57 を完成しました。 リリース57 のエントリ数は 32,693,678，総塩基数は 38,008,449,840 塩基です。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

国立遺伝学研究所のシステムメンテナンスのため， 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2004年3月24日（水）18:00-19:00

GIB (Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
The Institute of Microbiology and Epidemiology により Yersinia pestis biovar Mediaevails str. 91001 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• ゲノム機能発現研究会「DNAチップの技術的問題点を探る」（2004年3月24日）

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Washington により Methanococcus maripaludis strain S2 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of the mesophilic hydrogenotrophic methanogen Methanococcus maripaludis, Unpublished.

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Bacillus cereus ATCC 10987 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome sequence of Bacillus cereus ATCC 10987 reveals metabolic adaptations and a large plasmid related to Bacillus anthracis pXO1.

国立遺伝学研究所の工事停電のため， 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2004年2月28日(土) 9:00 から 2月29日(日) 18:00 まで
SAKURA サービス停止 2月27日(金) 18:00 から 3月1日(月) 9:00 まで

マシンメンテナンスのため，以下の期日で GIB サーバが停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間： 2月28日（土）17:00 から 3月2日（火）18:00 まで

2月16日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 95 を公開しています。 PRF Rel. 95 はエントリ数が 243,545，総アミノ残基数が 86,585,811 aa です。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
以下４種のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
生物名（決定機関）: Reference
Lactobacillus johnsonii NCC 533 (Nestle): The genome sequence of the probiotic intestinal bacterium Lactobacillus johnsonii NCC 533, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. (2004) In press
Treponema denticola ATCC 35405 (TIGR): Comparison of the genome of the oral pathogen, Treponema denticola, with other spirochete genomes, Unpublished
Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster (TIGR):
Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC (KTH): The genome sequence of Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC, type strain PG1T, the causative agent of contagious bovine pleuropneumonia (CBPP), Genome Res. 14, 221-227(2004).

• 第１２回 - 国際医療協力シンポジウム『多因子疾患の解明と克服：ゲノム解析から先駆的治療法開発へ』（2004年3月5日～6日）

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 公開ワークショップ GenProC2004「タンパク質の立体構造がわかると何がすすむか？」 （2004年2月 16日）

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Max-Planck-Institute により Bdellovibrio bacteriovorus HD100 と Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis str. k10 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Bdellovibrio bacteriovorus HD100: A Predator unmasked: The life cycle of Bdellovibrio bacteriovorus from a genomic perspective, Unpublished.

サーバメンテナンスのため，GIB のサービスを一時停止致します。 皆様にはご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願い致します
2004年2月2日（月）10:00-18:00

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• WASH-3（2004年2月24日）
• The 3rd Japan-Korea Bioinformatics Training Course（2004年3月16日～19日）

DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している 解析サービス ClustalW （多重配列及び系統樹作成プログラム）が本日、 バージョンアップされました。
バージョン番号： 1.80 -> 1.83
このバージョンアップにより， fasta 形式のアラインメント結果が出力できるようになります。 また，新しく追加された SEQNO_RANGE オプションを使用することにより， 指定した領域でアラインメントが実行できます。 さらに，アラインメントスコアの表示も指定もできるようになりますので， どうぞご利用下さい。 なお，これらの変更により，ユーザーインターフェースも一部変更されます。
関連論文：Chenna R. et al. (2003) Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Res. 31(13):3497-500.

マシンメンテナンスのため，下記日程におきまして一部の DDBJ web サービスおよびメールサービスを停止いたします。 皆様にはご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2004年2月3日(火) 18:00～23:00

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science（2004年4月14日～18日）
• 日本植物学会第６８回大会（2004年9月10日～12日）
• 日本人類遺伝学会第４９回大会（2004年10月12日～15日）

DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している解析サービス，ClustalW （多重配列及び系統樹作成プログラム）のバージョンアップを行ないます。 日程とバージョン情報は以下の通りです。 サービスの中断などはありません。
日程：2004年2月2日（月）10時（予定） バージョンアップの完了は，このページでお知らせします。
バージョン番号： 1.80 -> 1.83
このバージョンアップにより，fasta 形式のアラインメント結果が出力できるようになります。 また，新しく追加された SEQNO_RANGE オプションを使用することにより，指定した領域でアラインメントが実行できます。 さらに，アラインメントスコアの表示も指定もできるようになりますので，どうぞご利用下さい。 なお，これらの変更により，ユーザーインターフェースも一部変更されます。
関連論文：Chenna R. et al. (2003) Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Res. 31(13):3497-500.

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• Structural, Functional & Evolutionary Genomics（2004年2月15日～20日）
• PSB 2005（2005年1月4日～8日）

ゲノム情報ブローカ (GIB; Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで， 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
DIVERSA により Nanoarchaeum equitans Kin4-M のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome of Nanoarchaeum equitans: insights into early archaeal evolution and derived parasitism, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (22), 12984-12988 (2003)

国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため， 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日： 2004年1月16日(金) 12:00～21:00

1月9日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 26 を公開しています。 DAD rel. 26 はエントリ数が1,632,775， 総アミノ残基数が 503,160,878 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

「生命情報学関連の会議のおしらせ」に，下記の会議を追加しました。

• 文部科学省科学研究費特定領域研究「ゲノム」4領域成果公開シンポジウム －生命システムの理解をめざして－（2004年1月26日）

国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業のため， 下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は，DDBJ のネットワークサービスも停止します。
また，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間：2004年1月14日（水）18:00 - 21:00

DDBJ リリース56 公開にともない，DDBJ の統計で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした登録塩基数上位30種の順位推移（～DDBJ rel.56）を更新しました。
前回のリリースで４３位の Canis familiaris（イヌ）が８位に，１９３位の Saccharum officinarum（サトウキビ）が２６位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。

DDBJ では 2003年12月26日をもって Gopher サービスを停止致しました。 データの取得には FTP サイトをご利用下さい。