What’s New(2005)

DDBJ リリース 64 完成 2005.12.28
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 12月28日に DDBJ リリース64 を完成しました。 リリース64 のエントリ数は 52,272,669,総塩基数は 56,098,558,378 塩基です。
これまで dbjacc.idx, ddbjgen.idx, ddbjjou.idx, ddbjkey.idx というファイル名で提供していた index file のデータ量が増加してきました。 今回のリリースから 2GB を超える index file を 1.5GB の単位で分割することになりましたのでご注意下さい(今回は ddbjgen.idx 以外のファイルが分割されています)。 詳細は リリースノート をご覧下さい。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
リリース63 での PRI division データ公開不備に関するおわび 2005.12.28
DDBJ リリース 63 (2005年9月) において,PRI division データとして公開されるべき 37 エントリが誤って HUM division として公開されていました。 詳細は下記の通りです。
該当リリース:DDBJ リリース63 (2005/09)
原因:GenBank 由来データを DDBJ フォーマットに変換する際の HUM division 分離プログラムの不備
対応:リリース 64 (2005年12月)では,PRI division データとして公開されます。 getentry および Anonymous FTP では修正済みです。
影響のあったサービスおよび影響のある期間:下記を含む DDBJ の全てのサービス
- getentry (2005/10 上旬 - 2005/12/28)
- Anonymous FTP (2005/9/30 - 2005/12/28)
- SRS、ARSA、相同性検索 (2005/10 上旬 - 2006/1 中旬 *)
*リリースデータをサービスに反映させるのに若干の時間を要するため,サービスによっては,リリース64の公開後もしばらく影響が残ります。ご了承下さい。
該当エントリ一覧
データが正しく表示されずユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。
GIB にデータ追加 2005.12.26
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Salinibacter ruber DSM 13855 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
ARSA サービスの一時停止 2005.12.21
ARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation) は DDBJ がテスト公開しているキーワード検索システムです。
システムメンテナンスのため,以下の日程でサービスを停止いたします。 サービス停止期間が長いのでご注意下さい。この間はキーワード検索システム SRS やアクセッション番号などによる検索システム getentry をご利用下さい。
このメンテナンスにより,現在行なっている毎晩2~3時間のサービス停止が廃止されます。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
サービス停止期間: 2006年1月10日(火)9:00から1月19日(木)9:00まで
停止理由: ハードウエアの増設,データベース検索エンジン Interstage Shunsaku のバージョンアップ
参考: 新キーワード検索システムのテスト公開 ARSA
GIB にデータ追加 2005.12.19
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Burkholderia thailandensis E264 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2005.12.16
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 Moorella thermoacetica ATCC 39073 の Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology により Hahella chejuensis KCTC 2396 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
イネアノテーションプロジェクトデータベース (RAP-DB) 公開 2005.12.15
イネの高精度アノテーション情報を収録したデータベース「RAP-DB」が(独)農業生物資源研究所・(独)産業技術総合研究所・国立遺伝学研究所により共同開発され,このたび公開されました。
2004年に日本を中心とする国際イネゲノム解読プロジェクト (International Rice Genome Sequencing Project : IRGSP) によってOryza sativa ssp. japonica cultivar Nipponbareゲノムの完全解読が達成され,イネ研究はポストゲノムの時代に突入しました (IRGSP, Nature. 2005 Aug 11;436 (7052):793 - 800)。
これを受けて世界中からイネ研究者・アノテーターが集結しマンパワーによりイネ全遺伝子を高精度に注釈付けする試み,イネアノテーションプロジェクト (Rice Annotation Project : RAP) が推進されています (論文準備中)。
RAP-DB は,RAP によって得られたイネゲノムの注釈情報を収録・公開することによって,この貴重な情報をイネ研究のコミュニティに還元するためのデータベースです (Nucleic Acids Research 2006年データベース特集号, in press)。 RAP-DB は2種類のアノテーションビューアから成り,キーワードや配列類似性による検索機能を備えています。 また完全長 cDNA や Tos17 ミュータントパネル等の有用情報へのリンクを持つことにより,イネゲノム学の「ハブ」となることを目指しています。
RAP-DBへは http://rapdb.lab.nig.ac.jp/ よりアクセスできます。
(参考)

  • IRGSP(International Rice Genome Sequencing Project)
  • 更新情報 (Build4.0)(2005.8.31)
  • DDBJ その他の生命情報リンク:生物ごとのデータベース(イネ)
getentry EMBL フォーマットでの表示廃止 2005.12.15
getentry (get-entry@nig.ac.jp) は DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供するアクセッション番号などによるエントリ検索システムです。
結果出力を複数の形式から選択することができますが,そのうちの1つである「フラットファイル (EMBL)」は利用者が少ないため2006年1月16日に廃止することになりました。
この「フラットファイル (EMBL)」は検索対象として「DNA データベース」を選択した場合に使用可能な出力形式の1つでしたが,今後は以下の形式より選択してご利用下さい。
DNA データベースを選択した場合
フラットファイル(DDBJ):DDBJ のデータ公開形式で出力
- 全塩基配列 FASTA:塩基配列の全長を FASTA 形式で出力
- CDS アミノ酸配列FASTA:各 CDS 領域のアミノ酸翻訳配列を FASTA 形式で出力
- CDS 塩基配列 FASTA:各 CDS 領域の塩基配列をFASTA 形式で出力
- Quality Value:HTG および HTC の一部データで提供されている Phrap 値を表示
- DDBJ-XML:DDBJ が設計した XML 形式(DDBJ-XML)で出力
- INSD-XML:INSD が共通で使用する DTD により設計したXML 形式で出力
Protein データベース(UniProt, PDB, DAD, PRF, Patent)を選択した場合
- default:指定したデータベースの公開形式で出力
- アミノ酸配列 FASTA:アミノ酸配列を FASTA 形式で出力
- 塩基配列 FASTA (for DAD):アミノ酸配列をコードする塩基配列を FASTA 形式で出力
GIB にデータ追加 2005.12.9
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2005.12.8
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Tokyo University of Agriculture and Technology により Magnetospirillum magneticum AMB-1 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
VRL division データ公開不備に関するおわび 2005.12.7
2000年から2001年にかけて EST division データとして公開され,その後 division を VRL に変更した52エントリの公開が一定期間行なわれていませんでした。 詳細および対応は次の通りです。
公開されていなかった期間: DDBJ リリース46 (2001/07) から63 (2005/09) にかけて
原因: Division 変更時のデータ処理に関する不備
対応:
- これらのエントリは11月30日に公開しました。
- 登録者の方には DDBJ よりおわびのご連絡を差し上げました。
影響のあったサービス:
- anonymous FTP および検索解析サービス(getentry を除く*)から利用できませんでした。
- * getentry では検索対象となっていましたが,エントリが一部古いフォーマットで表示されていました。
- リリース61まで行なっていた磁気媒体でのデータ配布にもこれらのエントリは含まれていませんでした。
該当エントリ一覧
長期間にわたり,公開されるべきエントリが正しく表示されずご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。
DDBJ 年末年始休業のおしらせ 2005.12.1
DDBJ では,国際塩基配列データベースの構築業務を 2005年12月29日(木)から2006年1月3日(火)まで休業いたします。
これにともない,SAKURA によるデータ受け付けは2005年12月27日(火)から2006年1月4日(水)までご利用いただけません。 エントリの新規および再公開も,2005年12月27日から2006年1月4日まで行なわれません。
皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
スケジュール

休業期間: 2005年12月29日(木)から2006年1月3日(火)
SAKURA 停止: 2005年12月27日(火)から2006年1月4日(水)
新規・再公開停止: 2005年12月27日(火)から2006年1月4日(水)
DDBJ メールマガジン No. 23 配信 2005.12.01
DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第23号を配信しました。 今回の内容は「DDBJing 講習会 in 大阪」開催決定,定期リリース INSD-XML 形式での提供開始,Web 版 BLAST に Graphical View 機能追加などです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第12回は,遺伝情報分析研究室 池尾一穂助教授による「生命における個性と多様性」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は, メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。 お申し込みお待ちしています!
GIB にデータ追加 2005.11.30
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Oak Ridge National Laboratory により Brucella melitensis biovar Abortus の University of Minnesota により Staphylococcus aureus RF122 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
「第14回 DDBJing & 第2回 PDBjing 講習会 in 大阪」開催決定 2005.11.29
DDBJ では,塩基配列の登録や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により有効に利用していただくために,全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 講習会では,DDBJ のスタッフが中心となっておこなう講議や実習を通して,サービスのについての理解を深め,具体的な使い方を学んでいただいています。
2005年2月2-3日に大阪大学中之島センターでの講習会の開催が決定しましたのでご案内します。 今回は本年3月に開催された講習会と同じく,PDBj(日本蛋白質構造データバンク)との共同開催で,DDBJ ならびに PDBj が提供しているアミノ酸・タンパク質に関するサービスの利用法についての実習と,タンパク質ならびにゲノム研究に関する講議を行ないます。 PC を用いた実習の時間を多く設け,より実践的な知識を身に付けていただける講議内容を予定していますので是非ご参加下さい。
12月5日より参加申し込み受け付けを開始予定です。 詳細はDDBJing 講習会のページをご覧下さい。 大阪近郊の皆様のご参加をお待ちしています。

  • 日時:2006年2月2日(木)13時から17時まで
          2月3日(金)10時から17時まで
  • 大阪大学中之島センター・キャンパスイノベーションセンター
  • 対象:DDBJ,PDBj を利用される方をどなたでも歓迎します(定員30名・参加費無料)
  • 講習内容:無線 LAN を用いてネットワークに接続して実習を行ないますので,無線LANが使用可能な PC をご持参下さい。
GIB にデータ追加 2005.11.29
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Nitrosospira multiformis ATCC 25196 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
S&W SEARCH サービスの一時停止 2005.11.25
相同性検索 S&W SEARCH で使用しておりますフロントエンドサーバのメンテナンスを行なうため,下記の日程で S&W SEARCH サービスを停止いたします。 この間に受け付けましたリクエストはメンテナンスが終了次第,順次実行されます。
ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2005年12月5日(月)13:00~12月9日(金)18:00
FTP サイトでの WGS データ未公開についてのおわび 2005.11.22
DDBJ では anonymous ftp サイトWGS データ を公開しています。
2005年9月8日から11月10日にかけて WGS データの新規公開が行なわれていないことがわかったため,これらのデータを公開しました。
ご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。
公開データ一覧
GIB にデータ追加 2005.11.21
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Microbial Genome Center of Chinese Ministry of Public Health により Shigella boydii Sb227Shigella dysenteriae Sd197 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
定期リリース INSD-XML 形式での提供開始 2005.11.17
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは年4回定期リリースとして anonymous FTP サイトで公開しています。 これまでフラットファイル形式・FASTA 形式・DDBJ-XML 形式・CDS 配列の4種類の形式で提供していましたが,DDBJ リリース62(2005年6月)より INSD-XML 形式での提供も開始しました。 INSD-XML 形式での提供は,2005年5月より毎日公開される新着データでは行なわれていましたが,今後は定期リリースも同形式でご利用いただくことができます。
INSD-XML は DDBJ, EMBL ならびに GenBank によって構成されている国際塩基配列データベース共同体 (INSDC) が共通に使用する DTD (Data Type Definition) です。 現在の DTD については,INSDC でいかなるエントリについても問題が起きないことや,相互に XML ドキュメントを読み書きできることをテストして成熟させていく予定です。 したがって,DTD 自身が随時変更される可能性があります。 また,DTD から XML ドキュメントに展開する部分についても随時変更される可能性があります。 DTD のバージョンはファイル中に記載されています。
公開ディレクトリ: ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/xml/insd/
INSD-XML 用の DTD: 同じディレクトリにある INSD_INSDSeq.dtd です。
getentry での利用: 検索時に DNA データベースを指定して INSD-XML を選択すると,結果を INSD-XML 形式で表示します。
DDBJ-XML は,プログラムによる処理を容易にするとともに,これまで広く利用されてきたフラットファイル形式を意識して,人間にとっても読みやすいドキュメントが生成されることを目指して設計されました。
INSD-XML は,フラットファイルとの親和性よりも,Features/qualifiers の構造を意識して設計されました。
どうぞご利用下さい。
過去のおしらせ
INSD-XML 公開のおしらせ (2005.05.23)
XML 形式でのリリース公開開始 (2001.07.25)
XML を導入 (2001.05.11)
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2005.11.14
国立遺伝学研究所の停電のため,下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:2005年12月2日(金)17:00 から 12月3日(土)22:00 まで
SAKURA 停止期間:2005年12月2日(金)15:00 から 12月5日(月)09:00 まで
GIB にデータ追加 2005.11.14
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Synechococcus elongatus PCC 7942Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2005.11.7
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Prochlorococcus marinus MIT 9312Thiomicrospira denitrificans ATCC 33889 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
S&W SEARCH サービスの一時停止 2005.11.4
相同性検索 S&W SEARCHで使用しております GeneMatcher の フロントエンドサーバのメンテナンスを行なうため,下記の 日程で S&W SEARCH サービスを一時停止させていただきます。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。

  • 期日: 2005年11月7日(月) 13:00~18:00
    (この間に受け付けましたリクエストは,メンテナンスが 終了次第,順次実行されます。)
    対象サービス:相同性検索サービス S&W SEARCH
Web 版 BLAST に Graphical View 機能追加  2005.11.2
DDBJ では相同性検索サービス BLAST を web サーバと e-mailサーバで提供しています。 Web 版 BLAST に検索結果をグラフィカルに表示する Graphical View 機能を追加しました。 詳細は以下の通りです。
検索オプション「検索結果」に,"Graphical View" というチェックボックスを追加しました。 デフォルトではチェックが入っています。
この機能を利用すると,下図のように結果のアラインメント部分をスコアごとに色分けした矢印でグラフィカルに表示することができます。 矢印はヒットした配列の範囲と方向を示しています。 最上部は QUERY を,目盛りは QUERY と対応する位置を示しており,それぞれの矢印をクリックすると,該当するアラインメント部分に移動することができます。
それぞれの行頭にあるチェックボックスを利用して ClustalW による多重整列を行なうことができますので,これまでよりも少ない手順で ClustalW を利用することが可能になりました。
"Graphical View" を選択しない場合は,結果表示ページに"Select Sequences" というメニューが表示されますので,今までと同様に配列を選択して ClustalW をご利用いただくことができます。
GIB にデータ追加  2005.11.2
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Thiomicrospira crunogena XCL-2 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
BLAST バージョンアップ 2005.11.1
DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している相同性検索サービス BLAST のバージョンアップを行ないました。
BLAST, PSI-BLAST バージョン番号:2.2.6 から 2.2.12 に
GIB にデータ追加 2005.11.1
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Geobacter metallireducens GS-15Desulfovibrio desulfuricans G20 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2005.10.31
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Synechococcus sp. CC9605 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2005.10.28
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Pelodictyon luteolum DSM 273Synechococcus sp. CC9902Chlorobium chlorochromatii CaD3 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
ハードウエア障害によるサービス停止(緊急) 2005.10.27
ネットワーク機器のハードウェア障害に対するメンテナンス作業のため,本日次のサービスを停止いたします。 ご迷惑をおかけしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
日時:10月27日(本日)13:00-13:30
対象サービス:FTP, getentry, SRS, ARSA, BLAST, FASTA, SSEARCH, ClustalW, malign
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.10.27
以下の会議を追加しました

ClustalW サービス利用状況確認ページのプログラム修正 2005.10.26
ClustalW は DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している解析サービスです。 9月15日から10月12日までの間,解析から結果の表示までを web で行なった方のうち容量の大きな配列を解析された方は,サービスの利用状況を確認する Traffic ページ でプロセスの実行状況を正しく確認できなかった可能性があります。 現在は正常に機能していますが,ご迷惑をお掛け致しましたことをお詫び致します。
GIB にデータ追加 2005.10.26
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Burkholderia sp. 383Pelobacter carbinolicus DSM 2380の,TIGR により Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 の,Institut fuer genetik により Xanthomonas campestris pv. vesicatoria 85-10 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
PRF Rel. 105 公開 2005.10.25
10月24日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 105 を公開しています。 PRF Rel. 105 はエントリ数が 459,765,総アミノ残基数が 164,147,981 aa です
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.10.21
以下の会議を追加しました

  • Nucleic Acid World Summit 2005 (11/1-2)
  • Environmental Epigenomics, Imprinting and Disease Susceptibility (11/2-4)
  • New Aspects of Gene Amplification (11/5-8)
  • 19th International Mouse Genome Conference (11/5-8)
  • Separation of Proteins, Peptides & Polynucleotides (11/6-9)
  • 5th International Rice Genetics Symposium (11/19-23)
  • Computational Proteomics (11/20-25)
  • 7th International EMBL PhD Student Symposium (12/1-3)
  • 21th tRNA Workshop(12/2-7)
  • Nucleic Acids Chemistry Towards Biology: 50 Years On (12/9)
  • 45th Annual Meeting: American Society for Cell Biology (12/10-14)
  • 2006

  • Genome Sequence Variation and the Inherited Basis of Common Disease and Complex Traits (1/8-13)
  • Molecular Embryology to Tissue Engineering & Therapeutics (1/23-25)
  • RNAi and Related Pathways(1/26-31)
  • Structural Genomics (1/29-2/3)
  • Microbial Community Genomics in Animals and in the Environment (2/6-10)
  • Advances in Genome Biology and Technology (2/8-11)
  • ABRF 2006 (2/11-14)
  • Nucleic Acid Enzymes (2/11-16)
  • 27th Lorne Genome Conference (2/12-15)
  • 4th Asia Pacific Bioinformatics Conference (2/13-16)
  • ASM Conference on Mobile DNA (2/24-3/2)
  • Systems Biology: Integrating Biology, Technology and Computation (3/5-10)
  • RNAi 2006 (3/22-23)
  • Genomes to Systems Conference (3/22-24)
  • 2006 Annual Clinical Genetics Meeting (3/23-26)
  • Frontiers in Chemical Biology: Single Molecules (3/26-29)
  • ASBMB Annual Meeting and Centennial Celebration (4/1-5)
  • 4th International Conference on Plant Metabolomics (4/7-10)
  • BIO 2006 (4/9-12)
  • EVOBIO 2006 (4/10-12)
  • Reguration of Eukaryotic Transcription: From Chromatin to mRNA (4/21-26)
  • Cell Culture Engineering X (4/23-28)
  • Gene Expression & Signaling in the Immune System (4/26-30)
  • Multiple functions of RNA in gene regulation (5/3-7)
  • ASM Conference on Protein Traffic in Prokaryotes (5/6-10
  • The Biology of Genomes (5/10-14)
  • SMBE 2006 (5/24-28)
  • Bioinformatics 2006 (6/15-18)
  • RNA 2006 (6/20-25)
  • Genetics of Industrial Microorganisms (6/24-28)
  • Metabolomics 2006 (6/25-28)
  • International Symposium on Microbial Sulfur Metabolism (6/29-7/2)
  • 2nd FEMS Congress of European Microbiologists (7/4-8)
  • 14th Annual International Conference on Intellitent Systems for Molecular Biology (8/6-10)
  • 8th World Congress on Genetics applied to livestock production (8/13-18)
  • Tropical Crop Biotechnology Conference 2006 (8/16-19)
  • 8th International Congress of Plant Molecular Biology (8/20-25)
  • 30th International Conference on Animal Genetics (8/20-25)
  • MPSA 2006 (8/29-9/2)
  • XVII International Roundtable (9/3-7)
  • German Conference on Bioinformatics 2006 (9/20-22)
  • 4th Recombinant Protein Production Meeting (9/21-23)
  • Translational Control and Non-Coding RNA Meeting (11/8-12)
DAD rel. 33 公開 2005.10.19
10月19日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 33 を公開しています。 DAD rel. 33 はエントリ数が 2,587,809, 総アミノ残基数が 794,393,760 aa となっています。
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統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新 2005.10.14
DDBJ リリース63 公開にともない, 統計の詳細 で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移(~DDBJ rel.63)を更新しました。 Pinus taeda(テーダマツ)が新たに28位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。
朝日新聞「天声人語」に登場したオオサンショウウオの配列データ 2005.10.7
10月4日付の朝日新聞「天声人語」は 広島県立広島国泰寺高等学校 の生徒が三年がかりで作ったオオサンショウウオの遺伝子音楽に関する内容でした。 記事の最後に「解析されたオオサンショウウオの DNA 情報は9月末,国立遺伝学研究所を通じて,世界に公開された」という記述があります。 ここで紹介されたデータは国際塩基配列データベースにアクセッション番号 AB208679 で登録されており,DDBJ の getentry から取得することができます。
DDBJ リリース 63 完成 2005.9.30
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 9月30日に DDBJ リリース63 を完成しました。 リリース63 のエントリ数は 47,741,593,総塩基数は 52,246,110,341 塩基です。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
ヒトおよびマウスにおける超大量転写物配列データの公開 2005.9.30
日本の理化学研究所を中心としたマウスのゲノムおよびトランスクリプトームを網羅的に研究している国際コンソーシウム (FANTOM Consortium) はヒトおよびマウス転写物 (transcripts) に関する統合的な解析の成果を9月2日付けの Science に発表しました (Science. 2005 Sep;309:1559-63., Science. 2005 Sep;309:1564-66.)。
生命活動の維持に不可欠なタンパク質をコードする転写物(遺伝子)のみならず,タンパク質を作らない転写物 (non-protein-coding RNA: ncRNA) がマウスおよびヒトにおいて多数見いだされました。
これら多数の ncRNA がタンパク質をコードする転写物の発現を調節することが示唆され,哺乳動物における遺伝子の発現調節機構に関して重要な知見が得られました。
FANTOM Consortium には,CIB-DDBJ より五條堀孝教授(生命情報・DDBJ 研究センター長),池尾一穂助教授他が参加しており,上記論文にも名前が掲載されています。 また,上記の論文には ゲノムネットワークプロジェクト の成果の一部が含まれています。
この論文に使用された約200万の EST (expressed sequence tag),約11万の HTC (high throughput cDNA sequence) および約880万の MGA (Mass sequence for genome annotation) エントリの配列情報は,国際塩基配列データベースに登録・公開されており,DDBJの検索ツール getentry でデータを閲覧・取得することができます。
参考
理化学研究所プレスリリース
FANTOM Database
配列のアクセッション番号リスト;理化学研究所ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造・機能研究グループ
SF gate-WAIS と malign サービス終了 2005.9.30
DDBJ が web 上で提供するキーワード検索システム SF gate-WAIS と
web および 数値計算サーバ minerva 上で提供している塩基配列・アミノ酸配列多重整列プログラム malign は2005年9月30日をもってサービス終了いたしました。
今後はキーワード検索には SRS や ARSA を,多重整列には ClustalW (clustalw@nig.ac.jp) をご利用いただけると幸いです。これまでご利用下さいましてありがとうございました。
DDBJ メールマガジン No. 22 配信 2005.9.30
DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第22号を配信しました。 今回の内容は国際塩基配列データベースの総塩基数が100ギガ突破・イネゲノム解析結果公・チンパンジー全ゲノム解読・ヒトおよびマウスにおける超大量転写物配列データの公開・カニクイザル cDNA データベース (QFbase) の公開・第18回国際実務者会議報告などです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第11回は,集団遺伝研究部門 隅山 健太 助手による「その正体」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は, メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
国際塩基配列データベースの総塩基数が100ギガ(1000億)突破 2005.9.21
国際塩基配列データベースの総塩基数が100ギガ(1000億)突破 2005.9.21

DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースで収集・提供している塩基 (DNA, RNA) 総数が2005年8月に100ギガ(1000億)塩基を超えました。これは,欧州の EMBL Bank,米国の GenBank そして我が国の DDBJの3者相互による,国際データ交換によって到達した快挙といえます。なお,3者のデータバンクの総称は,今後 International Nucleotide Sequence Database Collaboration(INSDC,国際塩基配列データベース共同体) とすることになりました。
国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センターの五條堀孝センター長は以下のようなコメントを発表しています。 「国際塩基配列データベース共同体はその基礎を,様々な生命情報を互いに交換し合う,と言う点に置いてきた。システムズバイオロジーの時代となった今,研究者達も,幾千もの遺伝子についての研究の成果やコンピュータによるモデル作成といったようなことに関する複雑で多様な情報を互いに交換しあうようになってきた。 “生命情報を互いに交換し共有しあう”と言う点から見ればパイオニア的存在にある3つのデータバンクが,この素晴らしい偉業を達成したことは,実に重要な意味を持つものである。」
また,EMBL Bank の母体である EBI(欧州バイオインフォマティックス研究所) のグラハム・キャメロン副所長も,次のような談話を発表しています。「これは,国際塩基データバンクの歴史において重要な到達点である。 最初の EMBL Bank の前身である EMBL データライブラリーは1980年に創設されたが,その最初の登録から,今日の少なくとも20万種類の生物から得られた5,500万配列に昇るデータは,世界中の分子生物学者の要求に応えもるのである。」
国立バイオテクノロジー情報センター(GenBank の母体)のデビッド・リップマン所長も次のように述べています。「今日の塩基配列データベースのおかげで,研究者達は,完全ゲノムの情報や生態系の遺伝的構成要素,特許に関連した配列情報などを共有できるようになった。 国際塩基配列データベース共同体 (INSDC) は,塩基配列に関する情報を可能な限り世界的規模で共有することで,塩基配列情報に関するこのプロジェクトを始めた研究者達の夢を実現させたのだ。」
国際塩基配列データベース共同体 (International Nucleotide Sequence Database Collaboration, INSDC) は1980年に EMBL と GenBank がその活動を開始し,DDBJ も1987年より活動に加わりました。 DDBJ は,これまで日本を中心に世界各国の研究者からのデータ登録を受け付け,他の2バンクとデータの相互交換を行いながら国際塩基配列データベース共同体の発展に貢献してきました。
DDBJ に関する詳細な情報は DDBJ のホームページ をご覧下さい。
「統計の詳細」ページ公開 2005.9.16
DDBJ HP に「統計の詳細」というページを追加しました。 左カラムにある「統計の詳細」というボタンからご参照下さい。 このページではこれまで公開していた DDBJ 活動に関する統計に加え,定期リリースを division の特徴・登録者の分布・データ登録の傾向という観点から詳細に分析した内容をご覧いただくことができます。
カニクイザル cDNA データベース (QFbase) の公開  2005.9.16
独立行政法人医薬基盤研究所 遺伝子バンクでは,国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター遺伝情報分析研究室,東京大学医科学研究所 ・ゲノム情報応用診断部門および 東京大学大学院新領域創成科学研究科 ・ゲノム制御医科学分野との共同研究の成果として,カニクイザル cDNAデータベース (QFbase) を開設しました。
カニクイザルは様々な実験動物として幅広く用いられているサルであり,今後の医学・薬学研究および霊長類ゲノムの進化解析に非常に有用であると考えられます。当データベースには,オリゴキャッピング法によって作製されたカニクイザル脳・肝臓・精巣由来 cDNA クローンの5'または3'末端塩基配列約85,000が登録され,BLAST 検索やヒト遺伝子との相同性に基づいたアノテーションにより目的のクローンを探すことが出来ます。また,約4,000遺伝子については cDNA の全長配列が決定され,約1,700遺伝子についてはヒト遺伝子との塩基配列の比較情報が含まれています。ヒト遺伝子との相同性検索の結果,このデータベースの全クローンはカニクイザル全遺伝子の半分程度を含んでいると予想されます。
これらのクローンの大部分は, ヒューマンサイエンス研究資源バンク (HSRRB)を通じて供給が行なわれており,機能解析などの実験に用いることができます。是非ご利用ください。
また,このデータベースに登録されている配列は,「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」にアクセッション番号 BB873801 - BB894695 (20895 entries 3'EST配列),CJ430287 - CJ493524(63238 entries 5'EST配列)で登録されており,DDBJ の getentry で配列を取得することができます。
QFbase へは遺伝子バンクトップページのリンクよりアクセスすることができます。 http://genebank.nibio.go.jp/gbank/index.html
また, DDBJ HP の生命情報・DDBJ 研究センターの生命情報 web リンク,ならびにその他の生命情報リンク:生物ごとのデータベース(その他の哺乳類) にも紹介されています。
DDBJing 講習会終了と資料ダウンロードページ更新 2005.9.14
9月1ー2日に東京農業大学で,「第13 回 DDBJing 講習会 in 東京農大」が開催されました。 DDBJing 講習会は,塩基配列の登録方法や DDBJ が提供している様々なサービスを,ユーザの方々により深く理解して利用していただく助けになることを目的として,DDBJ が全国各地で開催している講習会です。 今回は東京農大関係者を対象として2日間にわたって講議と実習を行ない,約60名 が熱心に受講しました。
今回の講習会では一般募集は行ないませんでしたが,講習会で使用したテキストが DDBJing 講習会 資料ダウンロードページよりダウンロードすることができます。 どうぞご利用下さい。

チンパンジー全ゲノム解読 2005.9.14
チンパンジーの全ゲノム情報の概要が米国の研究チームによって解読され,その結果が9月1日発行の英科学誌 Nature (vol.437, pp.69 - 87; Sep.1, 2005) に発表されました。
チンパンジーはヒトに最も近い生物で,ヒトゲノムとの比較によりヒトの進化のメカニズムや機能の解明が進むことが期待されます。
この塩基配列は,Whole Genome Shotgun データとしてDDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに登録されており, getentryで取得することができます。また,FTP を利用したリリースデータ取得のページ の「WGS データ」よりダウンロードすることができますので,どうぞご利用下さい。なお,WGS についての詳細はこちらをご覧下さい
チンパンジーのゲノム解読については,昨年5月に理化学研究所を中心とする国際チンパンジーゲノム22番染色体解読コンソーシアムが,チンパンジーの22番染色体のゲノム解読データを同じく Nature に発表しています。
イネゲノム解析結果公開 2005.9.14
イネゲノムは,既に2004年12月に,日本を中心とする国際イネゲノム配列解読コンソーシアム (IRGSP) によって,「日本晴」ゲノムの完全解読が終了していましたが,その後同コンソーシアムは,解読されたゲノム配列情報を基に解析をおこない,その結果が8月11日発行の英科学誌 Nature (vol.436, pp.793 - 800; Aug.11, 2005) に発表されました。
独立行政法人農業生物資源研究所(茨城県つくば市)と社団法人農林水産先端技術産業振興センター(東京都港区)によると,解析の結果,イネの遺伝子は3万7544個,全体の71%は既にゲノムの解読が完了している双子葉植物のシロイヌナズナ (Arabidopsis thaliana) と共通しており,8%は双子葉植物にはない,イネなどの単子葉植物に特有のものと思われます。
このゲノム配列情報は,国際塩基配列データベースにアクセッション番号 AP008207 - AP008218 で登録されており,DDBJ の getentry で取得することができます。
International Rice Genome Sequencing Project には,Annotation and Analysis 担当として,CIB-DDBJ より五條堀孝(生命情報・DDBJ 研究センター長),岩間久和(2004年10月まで所属。現:香川大学総合情報基盤センター助教授)が参加しており,上記論文にも名前が掲載されています。

(参考)

”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.9.13
以下の会議を追加しました。
これらの講演会は第77回遺伝学大会に附随して行なわれるものです。 参加費は無料となっておりますので,ご自由にご参加下さい。

  • 遺伝学の夕べ-市民公開講演会- (09/26)
  • 公開科学講演会”100 ways to crack the genome”(09/28)
  • 公開講演会「『遺伝』をプラスイメージに:教育の重要性」 (09/28)
  • 公開講演会”Neurogenetics Today”(神経遺伝学の現状と展望) (9/29)
minerva 定期保守のおしらせ 2005.9.9
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため, 下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2005年9月16日(金) 12:00~21:00
MGA 公開データの Variable record のフォーマット改訂 2005.9.5
国際塩基配列データベース実務者会議での決定により,MGA (Mass sequence for Genome Annotation) データの公開形式が一部,変更されることになりました。
対象は Variable record で,各エントリ間に表示されていた "//" 行を削除します。下記が変更内容となっておりますので,データを取得の際にはご利用者の皆様におかれましてはご注意いただきますよう,お願い申し上げます。

変更前

>ZZZZZ0000001|ABC1004AA60F1902|10|9B|lipidosis-related protein Lipidosin| MGI:2385656|
gactgtcttcggtgaatgca
//
>ZZZZZ0000002|ABC1003AE78G1607|5||||
gcggaagtcggaccggtcgca
//
>ZZZZZ0000003|ABC1003AE72P1806|6||||
gggagaccgatccgggatct
//
(以下省略)

変更後

>ZZZZZ0000001|ABC1004AA60F1902|10|9B|lipidosis-related protein Lipidosin| MGI:2385656|
gactgtcttcggtgaatgca
>ZZZZZ0000002|ABC1003AE78G1607|5||||
gcggaagtcggaccggtcgca
>ZZZZZ0000003|ABC1003AE72P1806|6||||
gggagaccgatccgggatct
以下省略)
H-Invitational関連データベースの更新 2005.8.31
本日,H-Invitational に関連する2つのデータベースの内容が更新されました。
主な更新内容は以下の通りです。

  1. cDNA エントリ数が 41,118 から 56,419 に増加しました。
  2. Locus エントリ数が 21,037 から 25,585 に増加しました。
  3. ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) の version が "2.0" になりました。
H-Invitational 関連データベース

- H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server

- ミラーH-Invitational Database (H-InvDB)
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.8.25
以下の会議を追加しました

2006

  • 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology(06/18-23)
停電によるサービス停止 2005.8.23
落雷による停電のため,8月22日23:43から翌23日02:53の間,以下のサービスが停止しました。 現在はすべてのサービスが復旧していますが,ご迷惑をおかけしたことをお詫びいたします。
getentry, SRS, SF-gateWais, SQmatch, 相同性検索, CAMUS, Anonymous-FTP, Txsearch, ClustalW, malign, PDB Retriever, SSthread, LIBRA-I, Lib score, SAKURA, Vector Screening
INSDC のサイト公開 2005.8.23
PRF Rel. 104 公開 2005.8.18
8月18日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 104 を公開しています。 PRF Rel. 104 はエントリ数が 422,024,総アミノ残基数が 148,110,105 aa です。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.8.11
以下の会議を追加しました

  - 2005

  • 第8回システムバイオロジー研究会 (9/2)
  • 13th Annual International Meeting on Microbial Genomics (9/11-15)
  • BIOINFO 2005 (9/22-24)
  • Functional Genomics of Mammalian Nervous Systems (9/28-10/2)
  • Genomics Momentum 2005 (10/5)
  • Understanding the Genome (11/11-13)
  • Comparative Genomics of Eukaryotic Microorganisms (11/12-17)
  • 16th International Conference on Genome Informatics (12/19-21)
  - 2006

DDBJ リリース 62.0 の訂正版 62.1 公開  2005.8.4
DDBJ 定期リリース62(2005年6月公開)中にアクセッション番号の重複が見つかりましたので,訂正版 62.1 を公開しました。
重複していたアクセッション番号は AE006470 で,BCT と CON division に存在していました。 BCT division の AE006470 が最新のデータですので,8月4日に CON division にあったデータを削除し,再公開しました。
ご迷惑をおかけいたしましたことを深くお詫びいたします。
訂正したファイル名: ddbjcon.seq
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
書籍「DDBJの利用法」補助資料および内容更新 ページ公開 2005.8.4
DDBJ web ページ「生命情報学へのとびら」に DDBJの利用法」補助資料および内容更新を追加しました。このページは共立出版から出版された「DDBJ の利用法」という書籍をお持ちの方を対象としており,文章の中に出てくる URL へのリンクが張ってあるほか,内容が更新された箇所を表示してあります。どうぞご利用下さい。
DDBJ メールマガジン No. 21 配信 2005.7.29
DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第21号を配信しました。 今回の内容は ENV division 新設ng 講習会 in 三島資料ダウンロード開始とお詫び・web 版 getentry レイアウト変更・DDBJ スタッフ着任・SF gate-WAIS と malign サービス終了のおしらせなどです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第10回は,遺伝子機能研究室 舘野 義男教授による「鴎外と情報」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は, メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
DDBJing 講習会に関するおわび 2005.7.27
DDBJ では全国各地で DDBJing 講習会 を開催しています。 DDBJing 講習会は,塩基配列の登録方法や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により深く理解して利用していただく助けになることを目指しています。
ホームページやメールマガジンなどで,9月1-2日に東京農業大学で DDBJing 講習会を開催する旨ご案内いたしましたが,都合により同講習会は東京農大関係者のみを対象とし,一般募集は行なわないことになりました。
参加を予定されていらっしゃった方には,大変申し訳なく深くお詫び申し上げます。今後の予定はまだ計画段階ですが,会場の確保が可能であれば今年度中に東京での開催を検討しています。開催が決定いたしましたらホームページやメールマガジンでご案内いたしますので,是非ご参加下さい。
6月8-9日に開催した第12回 DDBJing 講習会 in 三島の資料が ダウンロードできます。塩基配列登録システム SAKURA を使った具体的な登録方法や,DDBJ が提供する検索解析サービスの検索例を含む資料ですので,次回の講習会への参加を検討して下さっていた方にも有効に使っていただくことのできる内容となっています。どうぞご利用下さい。
DAD rel. 32 公開 2005.7.26
7月26日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 32 を公開しています。 DAD rel. 32 はエントリ数が 2,429,195, 総アミノ残基数が 745,907,868 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
台湾にて International bioinformatics training course 開催 2005.7.22
台湾の陽明 (Yang-Ming) 大学(7月6-8日)と NHRI (National Health Research Institute) (7月11-12日)の2ケ所で International bioinformatics training course を開催し,DDBJ スタッフ3名が講師を務めました。
内容は,分子進化に関する講議(舘野義男教授),分子系統学に関する講議(齋藤成也教授)と塩基配列データ登録システム SAKURA の使い方・データ検索システム(getentry,ARSA,SRS)や GTOP,H-Inv DB を主とした DDBJ が提供するサービスとツールに関する講議(Roberto Barrero 助手)で,講議には20-25名の,実習には10-15名の方が参加しました。 他の研究者からも同様の講議開催の要望があるため,International bioinformatics training course を開催する予定です。
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新 2005.7.21
DDBJ リリース62 公開にともない,DDBJ の統計 で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移を更新しました。 前回のリリースで124位の Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)が29位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。
supernig 定期保守のおしらせ 
国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2005年7月22日(金) 12:00~21:00
DDBJing 講習会 in 三島」 資料がダウンロードできます 2005.7.15
6月に国立遺伝学研究所(静岡県三島市)で開催されました「第12回 DDBJing 講習会 in 三島」の資料が,下記 DDBJing 講習会 資料ダウンロードページ よりダウンロードできるようになりました。どうぞご利用下さい。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/dl.html
web 版 getentry レイアウト変更 2005.7.14
getentry は DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供するアクセッション番号などによるエントリ検索システムです。 7月14日に web 版 getentry 画面のレイアウトを変更しました。 変更箇所は以下の通りです。 機能に変更はありません。 どうぞご利用下さい。
上部フレーム(検索条件入力欄)
・番号指定欄の名称変更と場所の移動:「番号指定」を「ID 指定」に変更し,位置を検索条件入力欄の一番下から最上部に移動
・日本語/英語ページ切り替え用のリンク追加
下部フレーム
・表の更新と用語の統一
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.7.14
以下の会議を追加しました

  • Algebraic Biology (AB2005)(11/28-30)
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.7.13
以下の会議を追加しました

DDBJ リリース 62 完成 2005.6.30
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは, リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 6月30日に DDBJ リリース62 を完成しました。 リリース62 のエントリ数は 45,249,444,総塩基数は 49,158,155,283 塩基です。 今回のリリースより環境サンプル由来の配列格納する ENV division を開始しました。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
ENV division 新設 2005.6.14
環境サンプル由来の塩基配列の登録が,近年,急増しています。
このような状況に対応すべく,ENV division を新設いたします。
この division は PCR,DGGE,あるいは,その他の方法で直接,分子を単離した環境上のサンプルに由来した配列を含みます。 これまでは,このカテゴリに該当する配列をそれぞれ由来生物種に基づくdivision,主として BCT に含めていましたが,今後はこのようなエントリを ENV division に分類します。 DDBJ では由来生物種に基づくdivision に混在している ENV division に該当するエントリを移行する作業を定期リリース 62 (2005 年 6月)から段階的に実施し,定期リリース 63 (2005 年9月)で移行を完了する予定です。 この間は ENV division 相当のエントリが他の division にも混在していますので,ご注意ください。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.6.14
以下の会議を追加しました

  • 遺伝子からみた生物の系統樹 (06/24)
    DDBJの舘野が講演します
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新 2005.6.6
DDBJ リリース61 公開にともない,DDBJ の統計で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移(~DDBJ rel.61)を更新しました。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.6.6
以下の会議を追加しました

  • 9th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles (09/21-23)
  • First International Biocurator Meeting (12/8-11)
DDBJ HP サービス一時停止 2005.6.1
急なアナウンスとなりますが,下記期日におきまして,ネットークの保守作業に伴い,以下の通り,遺伝研の一部のサービスを停止致します。ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2005年6月3日(金) 18:00~19:00
対象サービス:以下のサービスへの通信が不可能になります。
  ・相同性検索サービス(BLAST, FASTA )
  ・解析サービス(ClustalW)
  ・キーワードサービス(getentry, SRS)
  ・キーワード検索サービス(ARSA)
DDBJ メールマガジン No. 20 配信 2005.5.31
DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第20号を配信しました。 今回の内容は INSD-XML 公開・DDBJing 講習会 in 東京開催決定・DDBJ 関連書籍出版などです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第9回は,遺伝子機能研究室 Roberto Barrero 助手による初の英文コラム「RNA genes as modulators of gene expression」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は, メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.5.31
以下の会議を追加しました

  • グラフィカル・ガウシアン・モデリングによる遺伝子発現プロファイルからの関連遺伝子ネットワーク推定 (06/28)
ネットワークトラブルについて 2005.5.30
5月28日(土) 13:08頃に国立遺伝学研究所のネットワークに下記のようなトラブルが発生いたしました。
・発生時刻: 5月28日(土) 13:08頃
・障害内容: 133.39.22.x へのネットワーク通信不可
・影響範囲: 以下のサーバに対する,所内外からの通信
  - 研究者向けサーバ
  - 相同性検索サーバ
  - ClustalW 等解析サーバ
  - ファイルサーバ,getentry, SRS
  - 大容量バックアップサーバ
  - ARSAサーバ
・復旧時刻: 本日 5月30日(月) 9:15 
ご迷惑をお掛けいたしましたことを,深くお詫び申し上げます。
DDBJ HP サービス一時停止 2005.5.27
国立遺伝学研究所のネットワーク保守作業ため, 下記の時間は DDBJ HP へのアクセスができません。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2005年6月1日(水) 16:00~17:00
国際実務者会議と国際諮問委員会開催 2005.5.25
CIB/DDBJ, EBI/EMBL, NCBI/GenBank は,国際塩基配列データベース共同構築を円滑に進めるために,国際実務者会議と国際諮問委員会を年1回開催しています。
今年は DDBJ のある国立遺伝学研究所(静岡県三島市)で第18回国際実務者会議(5月16日-18日)と,第16回国際諮問委員会(5月19日)が開催されました。 国際実務者会議には28名が,国際諮問委員会には22名が参加し,DDBJ からは国際実務者会議に13名の,国際諮問委員会に5名のスタッフが出席しました。 国際実務者会議では,DDBJ, EMBL, GenBank 三極の活動の年次報告が行なわれた後,国際塩基配列データベース運用上の実務的な問題を検討しました。
INSD-XML 公開のおしらせ 2005.5.23
DDBJ では2001年より anonymous FTP と getentry で XML 形式 (DDBJ-XML)(*)でもデータを提供してきましたが,2005年4月29日より INSD-XML 形式でのデータも試験的に(**) 提供を開始しました。 INSD-XML は DDBJ, EMBL ならびに GenBank によって構成されている国際塩基配列データベース (INSD) が共通に使用する DTD (Data Type Definition) です。
(*) DDBJ-XML は,プログラムによる処理を容易にするとともに,これまで広く利用されてきたフラットファイル形式を意識して,人間にとっても読みやすいドキュメントが生成されることを目指して設計されました。
INSD-XML は,フラットファイルとの親和性よりも,Features/qualifiers の構造を意識して設計されました。
(**)現在の DTD については,今後1年間をかけて,国際塩基配列データベース3極でいかなるエントリーについても問題が起きないことや,相互に XML ドキュメントを読み書きできることをテストして成熟させていく予定です。 したがって,DTD 自身が随時変更される可能性があります。 また,DTD から XML ドキュメントに展開する部分についても随時変更される可能性があります。
・FTP サイトでの利用
anonymous FTP 公開ディレクトリとファイル名は次のような構成になっています。 現在 anonymous FTP で公開しているデータは,毎日公開される新着データのみですが,次回の DDBJ リリース62 (2005/06) より定期リリースも公開する予定です。
公開ディレクトリ:ftp.ddbj.nig.ac.jp/database/ddbjnew/xml/insd/
公開ファイル名:DDBJNEWr##.XXX.insd_xml.gz (e.g. DDBJNEWr61.062.insd_xml.gz)
## リリース番号, XXX シリアル番号
・リリース番号・シリアル番号は毎日公開される anonymous FTP データと同様です。
・TPA, CON も1ファイルにまとめて公開いたします。
・INSD-XML 用の DTD は同じディレクトリにある INSD_INSDSeq.dtd です。
・getentry での利用
getentry では検索時に DNA データベースを指定して INSD-XML を選択すると,結果を INSD-XML 形式で表示します。
どうぞご利用下さい。
「DDBJ の利用法」出版 2005.5.23
共立出版 から「DDBJ の利用法-配列データの登録・検索・解析-」五條堀孝・菅原秀明 編著(ISBN4-320-05629-9, 2700円)が出版されました。 この本は DDBJ を運営する国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センターの教員が主な執筆者となって DDBJ が提供するデータベースやさまざまな検索解析サービスの利用方法について解説しています。
以下7章にわたり DDBJ のサービスを具体的に説明していますので,興味をお持ちの方はどうぞご覧下さい。
1章 DDBJの利用法/2章 国際塩基配列データファイルの構造/3章 データ登録/4章 データ検索/5章 塩基配列・アミノ酸配列データ解析/6章 タンパク質・発現データ解析/7章 情報資源の活用
PRF Rel. 102 公開 2005.4.28
4月28日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 102 を公開しています。 PRF Rel. 102 はエントリ数が 353,698,総アミノ残基数が 122,820,797 aa です
Vector Screening System の URL 変更に伴う旧 URL の停止 2005.4.28
既にお知らせしていましたように,Vector Screening System の URL が2005年4月1日より変更になりました。 変更後も 旧 URL は引き続き利用可能でしたが,4月28日に停止されました。 まだリンクの設定を変更されていらっしゃらない方は修正をお願いいたします。 サービス内容に変更はありません。 今後も引き続きご利用下さい。
変更後 URL:http://vector.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
変更前 URL: http://sakura.ddbj.nig.ac.jp:8080/vector/index.html
DAD rel. 31 公開 2005.4.25
4月25日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 31 を公開しています。 DAD rel. 31 はエントリ数が2,309,392, 総アミノ残基数が 709,797,357 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.4.7
以下の会議を追加しました

  • RNA Interference: siRNA and miRNA as Translational Regulators, Functional Genomics Tools and Therapeutic Agents (6/12-14)
  • Proteomics: Applications in Therapeutic and Diagnostic Developments (6/15-16)
  • Systems Biology: Working Towards Validation of Multi-Variate Biology (6/15-16)
  • Genomic Variation: Enabling Personalized Medicine (6/15-16)
  • Nucleic Acid-Based Technologies (6/27-28)
  • 24th Summer Symposium: Comparative and Functional Genomics (7/20-23)
  • The 7th International Meeting on Single Nucleotide Polymorphism and Complex Genome Analysis (9/22-24)
DDBJ リリース 61 完成 2005.4.6
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。4月6日に DDBJ リリース61 を完成しました。リリース61 のエントリ数は 43,118,204,総塩基数は 47,099,081,750 塩基です。今回のリリースからリリースノートの形式を変更しました。

FTP
による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
GIB にデータ追加 2005.4.5
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Chang Gung Genomic Medical Center により Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis SC-B67 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome sequence of Salmonella enterica serovar Choleraesuis, a highly invasive and resistant zoonotic pathogen, Nucleic Acids Res. 33 (5), 1690-1698 (2005)
ClustalW 通常版と DDBJ 拡張版の統合 2005.4.4
ClustalW は DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している解析サービスです。Web 版はバージョン番号およびオプションの異なる ClustalW (ver.1.83) と ClustalW DDBJ 拡張版 (ver.1.80) の2種類を提供していましたが,4月1日よりこのサービスを統合しました。
統合後は ClustalW DDBJ 拡張版だけにあったオプション(DOTSINOUTPUT と DISTANCE)をより新しいバージョンでご利用いただくことができます。この統合にともない,ユーザインタフェイスの一部を変更し,URL も現在 ClustalW が使用しているものに統一いたしましたのでご注意下さい。

DDBJ メールマガジン No. 19 配信 2005.4.1
DDBJ では隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第19号を配信しました。 今回の内容は UniProt に関するおしらせや ClustalW や Vector Screening System をはじめとするサービスに関するおしらせ,次回 DDBJing 講習会の案内などの内容です。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第8回は,大量遺伝情報研究室の西川建教授の「遺伝情報について考える」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は, メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
ホヤ Brachyury 転写因子ターゲットデータベースの公開  2005.3.29
進化的に広く保存され,動物において初期発生に重要な働きを担う T-box 転写因子 Brachyury の下流遺伝子を明らかにするために京都大学分子・進化発生研究室と遺伝研・遺伝情報分析研究室はホヤ Brachyury 下流遺伝子データベース NotoBase を構築しました。
このデータベースはこれまでにサブトラクション法によって単離されてきた約500のホヤ Brachyury 下流遺伝子に対するアノテーション情報を付与し公開しています。
EST 配列情報の参照だけでなく3000枚以上に及ぶ遺伝子発現パターン画像や外部データベース(ホヤ cDNAプ ロジェクト,ホヤゲノムプロジェクト)とのリンクによって対応する遺伝子の cDNA 全長配列あるいは予測配列,他の生物における類似遺伝子の参照が可能であり,種々の検索(Brachyury 下流遺伝子配列データに対する BLAST によるホモロジー検索や発現組織別の遺伝子検索,ホモロジー検索結果に対するキーワード検索)もサポートしています。 さらに Download サイトからは得られたホヤ Brachyury 下流遺伝子配列も取得することができます。
ちなみに画面トップのニコニコマークはホヤ原腸胚での Brachyury 発現パターンを示しています。
DDBJ のサイトでは「生命情報学へのとびら/ 生命情報・DDBJ 研究センターの生命情報 web リンク などからリンクが張ってあります。どうぞご利用下さい。
DDBJ サービスの UniProt への対応  2005.3.24
タンパク質データベースである PIR は,Swiss-Prot に吸収合併されました。 さらに Swiss-Prot は,TrEMBL と統合され,2005年1月1日をもって UniProt となっております。 つまり UniProt は Swiss-Prot に由来する UniProt/Swiss-Prot,TrEMBL に由来する UniProt/TrEMBL という2つのデータベースから構成されることになります。
これまで DDBJ では PIR,Swiss-Prot を別データベースとして検索解析サービスを行って参りましたが,以上のような状況を踏まえ,2005年4月15日を持ちまして Swiss-Prot の表記を UniProt/Swiss-Prot と変更し,すでに UniProt/Swiss-Prot に含まれている PIR を削除することと致します。
また2005年6月15日には,UniProt/Swiss-Prot に UniProt/TrEMBL を加え,UniProt として利用していただくようにする予定です。
皆様のご理解とご協力をよろしくお願い申し上げます。
UniProt についての詳細はこちらをご覧下さい。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.3.17
以下の会議を追加しました

  • HUPO 4th Annual World Congress"FROM DEFINING THE PROTEOME TO UNDERSTANDING FUNCTION" (8/28-9/1)
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.3.11
以下の会議を追加しました。

  • 21世紀 COE プログラム公開シンポジウム『ゲノムからケミカルゲノムへ』 (3/24)
GIB にデータ追加 2005.3.11
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Sanger Institute により Bacteroides fragilis NCTC 9343 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Extensive DNA inversions in the B. fragilis genome control variable gene expression, Science 307, 1463-1465(2005).
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.3.8
ClustalW 通常版と DDBJ 拡張版の統合  2005.3.7
ClustalW は DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している解析サービスです。 Web 版はバージョン番号およびオプションの異なる ClustalW (ver.1.83) と ClustalW DDBJ 拡張版 (ver.1.80) の2種類を提供していますが,このサービスを以下の日程で統合することになりました。
統合後は ClustalW DDBJ 拡張版だけにあったオプション(DOTSINOUTPUT と DISTANCE)をより新しいバージョンでご利用いただくことができます。この統合にともない,ユーザインタフェイスの一部を変更し,URL も現在 ClustalW が使用しているものに統一いたしますのでご注意下さい。日程とバージョン情報は以下の通りです。サービスの中断などはありません。どうぞご利用下さい。
日程:2005年4月1日(金)(予定)
URL :http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
バージョン番号 1.83
バージョンアップの完了は,このページでお知らせします。
SwissProt (現 UniProt) からの ftp の不具合についてのお詫び 2005.3.2
2005年1月1日から SwissProt が正式に UniProt になりました。
これに伴い,UniProt のリリースの ftp site 名が SwissProt から UniProt に変わったのですが,私ども DDBJ はそのことに気づくのが遅れまして,2月2日の UniProt からのリリースの ftp に不具合をもたらしてしまいました。 つまり,その時点での UniProt からの ftp にはリリース分が入っておらず,更新分のみとなってしまいました。
従いまして,2月2日から2月25日までの間に DDBJ がサービスしている UniProt データベースを検索された方は,不具合のある検索結果を得られたと考えられます。 このような不具合をもたらしまして,大変申し訳ありません。
現在は UniProt のリリースにも更新分にも不具合はございません。
今後とも DDBJ を宜しくご支援くださるようお願いいたします。
 
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.3.2
以下の会議を追加しました

ARSA リンク追加 2005.2.18
昨年12月にテスト公開を開始したキーワード検索システム ARSA へのリンクを,DDBJ HP 左カラムと検索解析ページに追加しました。従来のキーワード検索システムに比べて,短時間で検索結果を返すことができます。どうぞご利用下さい。
関連記事:新キーワード検索システムのテスト公開
S&W SEARCH サービス終了のおしらせ 2005.2.18
DDBJ が WWW と E-mail で提供している相同性検索サービス S&W SEARCH は,ハードウェア製造社の解散に伴い,2005/4/1以降,サービスに支障をきたすようなハードウェア障害が発生した時点で,終了させて頂きます。
なお,S&W SEARCH と同様なアルゴリズムを用いた検索サービスとして, SSEARCH が引き続き利用可能です。
皆様にはご不便をお掛けすることになり誠に申し訳ございませんが何卒ご理解とご協力の程よろしくお願い申し上げます。
GIB にデータ追加 2005.2.17
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Oklahoma により Neisseria gonorrhoeae FA 1090 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The Complete Genome Sequence of Neisseria gonorrhoeae, Unpublished
GIB にデータ追加 2005.2.16
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Hawaii により Vibrio fischeri ES114 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of Vibrio fischeri: A symbiotic bacterium with pathogenic congeners, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (8), 3004-3009 (2005)
PRF Rel. 101 公開 2005.2.15
2月15日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel.101 を公開しています。 PRF Rel.101 はエントリ数が 308,406,総アミノ残基数が 107,784,531 aa です
国立遺伝学研究所ネットワークサービスの停止 2005.2.15
スーパー SINET ルータ保守のため下記期日におきまして国立遺伝学研究所のネットワークサービスが停止致します。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:平成17年02月20日(日) 8:00 ~ 9:00
上記時間帯において 15分間の通信停止が発生します
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更 2005.2.15
以下の会議を追加しました

  • Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression (3/17-20)
  • Pathway Analysis for Target and Compound Evaluation (4/20-22)
  • Genomic and Proteomic Sample Preparation (5/4-5)
  • From Gene to Genome (5/26-28)
  • 5th Symposium on Post-Transcriptional Regulation of Plant Gene Expression (6/8-12)
  • ICBI 2005 (6/24-26)
  • 日本遺伝子診療学会 (8/5-6)
  • Eukaryotic mRNA Processing (8/24-28)
  • 2005 International Conference on Natural Computation (8/27-29)
  • Eukaryotic DNA Replication (9/7-11)
  • Growth Factors and Signal Transduction Symposia (9/22-25)
  • RNAi (9/28-10/2)
  • Symposium on RNA Biology VI: RNA, Tool and Target: Small RNAs and RNPs(10/21-22)
  • Rat Genomics & Models (12/8-11)
GIB にデータ追加 2005.2.7
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
CIRAD により Ehrlichia ruminantium GardelEhrlichia ruminantium Welgevonden (CIRAD) の New England Biolabs により Wolbachia endosymbiont TRS of Brugia malayi の National Institute of Agricultural Biotechnologyにより Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Ehrlichia ruminantium Gardel: Nucleic Acids Res, Unpublished
Ehrlichia ruminantium Welgevonden (CIRAD): Nucleic Acids Res, Unpublished
Wolbachia endosymbiont TRS of Brugia malayi: The Wolbachia genome of Brugia malayi: endosymbiont evolution within a human pathogenic nematode, PLoS Biol. (2005) In press
Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331: The genome sequence of Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, the bacterial blight pathogen of rice, Nucleic Acids Res. 33 (2), 577-586 (2005)
GIB にデータ追加 2005.2.2
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
North Carolina State University により Lactobacillus acidophilus NCFM のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of the probiotic lactic acid bacterium Lactobacillus acidophilus NCFM, Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Jan 25 [Epub ahead of print]
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2005.2.1
国立遺伝学研究所ネットワーク定期保守ため,下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。 この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。 また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。 ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2005年2月8日(火) 18:00~22:00
DDBJ メールマガジン No.18 配信 2005.1.31
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。 本日第18号を配信しました。 今回の内容は DDBJing 講習会 in 大阪 参加受付中・ 日韓バイオインフォマティクス・トレーニングコース 参加受付中・ データカテゴリ (MGA) 新設と超大量データ公開・ DDBJ 新キーワード検索システム ARSA テスト公開・ DDBJ リリース公開・ GIB にデータ追加・ ゲノム機能研究会による講演の案内です。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第7回は,集団遺伝研究部門斎藤成也教授による「真空管1本とPC1個と細胞1個」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は, メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2005.1.31
以下の会議を追加しました

  • 情報科学と生物科学の融合による知識発見への挑戦 (1/27)
  • ゲノム情報を基本とした次世代先端技術開発 (1/28)
  • バイオインフォマティクス:数理モデルと大規模計算によるゲノム情報の解析技術 (1/28)
  • ゲノムコピー数変化に基づく食道扁平上皮癌の分子病態解析 (2/8)
  • Genomics Circa 2005: An AGBT Tutorial Workshop (2/9-12)
  • 第6回 システムバイオロジー研究会 (3/4)
  • 第7回 ワークショップ 微生物ゲノム研究のフロンティア (3/5-6)
  • The 4th Korea-Japan Bioinformatics Training Course (3/7-10)
  • NCBC'05 (3/18-19)
  • HiCOMB: Fourth IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology (4/4)
  • Sequence-Structure-Function Relationships; Theoretical and Experimental Approaches (4/6-10)
  • Proteomics and Bioinformatics (X3) (4/8-13)
  • MICROBIAL GENOMES (4/13-16)
  • WORLD DNA AND GENOME DAY (4/25-30)
  • 第3回 サテライトミーティング RNA 情報発現系の仕組みと制御 (5/9-11)
  • THE BIOLOGY OF GENOMES (5/11-15)
  • RNAi FOR PATHWAY ANALYSIS (5/16-18)
  • 14th International Conference on Cytochromes P450: Biochemistry, Biophysics, and Bioinformatics (5/31-6/5)
  • The11th International Meeting on DNA Computing (6/6-9)
  • Bioinformatics 2005 (6/9-12)
  • Bioinformatics and Genome Research (6/13-14)
  • MBE 05 (6/19-23)
  • The First International Conference of the Metabolomics Society (6/20-23)
  • The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2005) (6/25-29)
  • BioScience 2005-from genes to systems (7/17-21)
  • 6th International Symposium on Computational Biology and Genome Informatics (CBGI) (7/21-26)
  • 第7回 日本RNA学会 (8/9-11)
  • 第7回 日本進化学会東北大会 (8/26-29)
  • PROKAGEN 2005: 2nd European Conference on Prokaryotic Genomes (9/23-26)
  • 日本遺伝学会年次大会 (9/26-29)
  • BioForum 2005 (9/28-29)
  • GSAC 2005: Genomes, Medicine and the Environment (10/17-19)
  • GENOME INFORMATICS (10/26-30)
  • 2005 IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (11/14-15)
  • 第28回 日本分子生物学会年会 (12/7-10)
GIB にデータ追加 2005.1.26
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Goettingen Genomics Laboratory により Gluconobacter oxydans 621H のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: Complete genome sequence of the acetogenic bacterium Gluconobacter oxydans, Nat. Biotechnol. (2005) In press
新規創設データカテゴリー(MGA: Mass sequence for Genome Annotation) の超大量データの公開 2005.1.24
国際塩基配列データベース(INSD)では,超大量の転写物配列に対応するために
登録・公開についての検討を進めています。その一環として,ゲノム配列のアノテーションに有意義な情報を提供する超大量の配列群を受け入れるためのカテゴリーMGA(Mass sequence for Genome Annotation),を創設しました。MGAは既に存在している超大量のゲノム断片配列を格納している WGS(Whole Genome Shotgun)と同様にDivisionではなく,カテゴリーに分類されます。
INSDの定めるMGAの定義は以下となっております

Definition of MGA
MGA is defined as those sequences which are produced in large quantity in view of genome annotation.
本日2005年1月24日よりMGAカテゴリーに属するデータを公開いたします。
配列データは独立行政法人理化学研究所の林崎良英博士をリーダーとする研究グループから登録されたエントリーです。このデータはCAGE(Cap Analysis Genome Expression)法によって作出されたMus musculus 由来の転写物(cDNA)領域5'末端、約20bpの長さの配列で,エントリー数は383,264となっています。

URL:ftp://ddbj.nig.ac.jp/database/mga/

また,FTP を利用したリリースデータ取得のページからもリンクが張ってあります。
公開される配列は生命情報・DDBJ研究センターで運営されています国際共同遺伝子発現データベース,CIBEX;Center for Information Biology gene EXpression database,(http://cibex.nig.ac.jp/index.jsp)にて公開されているデータとも連携しています。

なお,このデータ公開については,2005年1月17日付けの日本経済新聞にも記事が掲載されました。

PIR rel. 80 公開 2005.1.21
1月21日よりPIR Rel. 80 を公開しています。 PIR rel. 80 はエントリ数が 283,416,総アミノ残基数が 96,216,763 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新 2005.1.20
DDBJ リリース 60 公開にともない, DDBJ の統計 で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移(~DDBJ rel.60)を更新しました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。
GIB にデータ追加 2005.1.20
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Staphylococcus epidermidis RP62A の ゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Staphylococcus epidermidis RP62A genome sequence, Unpublished (2004)
DAD rel. 30 公開 2005.1.18
1月18日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 30 を公開しています。 DAD rel. 30 はエントリ数が 2,169,069,総アミノ残基数が 669,311,612 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
GIB にデータ追加 2005.1.18
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Kyoto Univ. により Thermococcus kodakaraensis KOD1 の TIGR により Staphylococcus aureus subsp. aureus COL のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Thermococcus kodakaraensis KOD1: Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakaraensis KOD1 and Comparison with Pyrococcus Genomes, Unpublished (2004)
Staphylococcus aureus subsp. aureus COL: Insights on evolution of virulence and resistance from the complete genome analysis of an early methicillin resistant Staphylococcus aureus and a biofilm producing methicillin resistant Staphylococcus epidermidis, J. Bacteriol. (2005) In press
GIB にデータ追加 2005.1.11
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Campylobacter jejuni RM1221Dehalococcoides ethenogenes 195 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference:
Campylobacter jejuni RM1221: Major structural and novel potential virulence mechanisms from the genomes of multiple Campylobacter species, (er) PLoS Biol. 3 (1), doi 10.1371/journal.pbio.0030040 (2005)
Dehalococcoides ethenogenes 195: Genome Sequence of the PCE-Dechlorinating Bacterium, Dehalococcoides ethenogenes, Science 307 (5706), 105-108 (2005)
GIB にデータ追加 2005.1.7
GIB (Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Pretoria により Ehrlichia ruminantium Welgevondenのゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Reference: The genome of the heartwater agent, Ehrlichia ruminantium, contains multiple tandem repeats of actively variable copy number, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102, 838-843(2005).

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