What’s New(2006)


メダカ GSS 430,750 エントリの新規公開 2006.12.27
国立遺伝学研究所から登録されたメダカ (Oryzias latipes, strain Hd-rR) の GSS データ 430,750 エントリが公開されました。アクセション番号は以下の通りです。
これらは12月22日,23日,26日分の新着データとして DDBJ より公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
参考 URL: http://dolphin.lab.nig.ac.jp
アクセッション番号:DH000001-DH430750 (430,750 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名 Oryzias_latipes_GSS_061222_1.seq.gz
GIB にデータ追加 2006.12.27
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
12月19日~12月26日に以下のゲノム配列が公開され,GIB でもデータが検索ができるようになりました。

  • Azoarcus sp. BH72 (by University of Bremen)
  • Thermofilum pendens Hrk 5 (by Joint Genome Institute)
  • Nocardioides sp. JS614 (by Joint Genome Institute)
  • Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 (by Sanger Institute)
  • Mycobacterium sp. KMS (by Joint Genome Institute)
  • Pyrobaculum islandicum DSM 4184 (by Joint Genome Institute)
  • Shewanella amazonensis SB2B (by Joint Genome Institute)
  • Psychromonas ingrahamii 37 (by Joint Genome Institute)
  • Borrelia turicatae 91E135 (by National Institutes of Allergy and Infectious Disease)
BLAST,PSI-BLAST がバージョンアップ 2006.12.26
DDBJ が WWW と E-mail サーバで提供している 相同性検索サービスのうち, BLAST(WWW と E-mail) と PSI-BLAST(WWW のみ) のバージョンアップ(2.2.14 -->2.2.15)を行ないました。"J", "O" を含むアミノ酸の検索にも対応しました。
重要:塩基配列データ登録受付・公開業務の中断について 2006.12.25
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムは2007年3月に新システムへの移行(リプレース)が予定~ されています。
それに伴い,2007年2月22日夜から2月28日朝にかけて,DDBJの塩基配列データの登 録や更新,公開等の業務を中断させて戴く予定となっております。
2007年2-3月にアクセション番号の発行や登録済みデータの公開が必要な場合は,お早めに処理を御願い致します。
皆様のご協力を御願い致します。
国立遺伝学研究所ネットワークサービスの一時停止 2006.12.25
2007年3月に予定されている新スーバーコンピュータシステムの移行(リプレース)に関連した一部作業のため,下記期日にてネットワークサービスを停止する予定となっております。
この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva2 のサービスも停止します。
サービス停止期間(予定):

  • 2007年1月26日(金)から 2007年1月28日(日)まで
  • 2007年2月3日(土)から 2007年2月4日(日)まで

理由:ネットワーク保守作業のため
ご迷惑をお掛け致しますが,皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

getentry での FTP による結果取得機能の不具合について 2006.12.21
getentry は DDBJ が WWW および E-mail で提供しているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。
このたび,12/13の夜より FTP 転送用ファイルが作成できない状態になっていたことが判明いたしました。詳細は下記のとおりです。

  • 現象:

    1. WWW 版 getentry で結果取得方法に FTP ファイル転送を選択した場合に,FTP 転送用ファイルが作成されない状態になっていた
    2. E-mail 版 getentry で下記条件のクエリが入力された場合に,FTP 転送用ファイルが作成されない状態になっていた
      • 10件以上のエントリ
      • データベース:DDBJ
      • ID:Accession

  • 発生期間:
    12/13(水) 19:30頃 から 12/14(木) 16:05頃
    ただし,getentry の FTP 転送用ファイルは 24時間で削除されるため,データが削除された際に空き領域ができ,上記時間内でもファイルが作成できている場合もあります。
  • 原因:
    E-mail 版 getentry で入力されたクエリの検索結果が巨大サイズ(途中で作成が終了したため,実際のサイズは不明)であったために FTP ファイル転送機能の使用ディスクの空き領域を全て使用してしまったことによる。
  • 影響:
    上記の検索結果ファイルを別ディスクに退避させるまでの期間に他のユーザが検索を行ない,結果取得方法にFTP ファイル転送を選択した場合,結果を取得できませんでした。大変申し訳ありませんが,再度検索を実行して下さい。

現在は,この状況は全て解決しており,正常に検索結果を取得することが可能です。ご迷惑をおかけしたことをお詫びいたします。
PRF Rel. 112 公開  2006.12.19
12月18日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 112 を公開しています。PRF Rel. 112 はエントリ数が 709,985,総アミノ残基数が 242,521,349 aa です。
GIB にデータ追加  2006.12.19
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
12月12日~12月18日に以下のゲノム配列が公開され,GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Chlorobium phaeobacteroides DSM 266 (by Joint Genome Institute)
12/6 付「Xenopus laevis EST 129,076 エントリの新規公開」に関する修正 2006.12.18
Xenopus laevis EST 129,076 エントリの新規公開(12/6)」について,生物名表記に誤りがありました。訂正内容は下記の通りです。なお,エントリ一括取得用の Anonymous FTP ファイルにつきましては,正しいデータをもとにファイルを再作成いたしましたので,旧ファイルを取得された方は,旧ファイルは破棄して,新ファイルを再取得してご利用下さい。

  • 生物名:
    誤:Xenopus laevis  ---> 正:Xenopus tropicalis
    DC135518-DC165593 (30076 entries)
    DC165594-DC195410 (29817 entries)
  • 発生段階の表記修正
    誤:stage 10.5 --->
    正:mixture of equivalent stages 10.5-15 (early gastrula to mid neurula)
    DC066335-DC099907 (33573 entries)
    DC099908-DC135517 (35610 entries)
  • Anonymous FTP:

    Xenopus tropicalis EST
    ファイル名: Xenopus_tropicalis_EST_061215_1.seq.gz
      Xenopus_laevis_EST_061215_2.seq.gz
    Xenopus laevis EST
    ファイル名: Xenopus_laevis_EST_061215_1.seq.gz
      Xenopus_laevis_EST_061215_2.seq.gz

相同性検索データベースに 16S rRNA データを追加 2006.12.15
DDBJ が WWW と E-mail で提供している相同性検索サービスのうち,FASTA, BLAST, SSEARCH の検索対象 データベースに,DDBJ 定期リリースから16S rRNA 配列データを取り出したデータセットを追加しました。詳細は下記の通りです。

  • データベース名:16S rRNA (Prokaryotes)
  • 作成方法:

    1. DDBJ 定期リリースの BCT ディビジョンのフラットファイルを対象に,以下の条件を満たす配列を抽出する。(300bp 以下は除外)
      • Feature の Key が "rRNA"
      • product 行に "16S", "RRS", "SSU" が含まれる
    2. その後,配列の strand チェックを行い,アンチセンス配列と思われるものを除外した。
  • Anonymous FTPサイト
GIB にデータ追加 2006.12.14
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
12月5日~12月11日に以下のゲノム配列が公開され,GIB でもデータが検索ができるようになりました。

  • Pelobacter propionicus DSM 2379 (by Joint Genome Institute)
  • Mycobacterium ulcerans Agy99 (by Institut Pasteur)
  • Candidatus Ruthia magnifica Cm (Calyptogena magnifica) (by Joint Genome Institute)
  • Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 (by Gifu University)
Web 版 getentry での検索結果エントリ表示の一部不具合に関するおわび 2006.12.8
getentry は DDBJ が WWW およびE-mail で提供してているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。 このたび,web 版 getentry一部エントリが表示できない状態が発生していたことが判明いたしました。
下記期間に Web 版 getentry を用いて,該当エントリの検索を行なったと思われる方は,お手数をお掛け致しますが再度検索を実行して下さいますようお願い申し上げます。
なお,E-mail 版の getentry はこの影響を受けていませんでした。Web 版につきましては対応作業が完了し,現在は正常に検索結果を表示する事ができます。
期間: 12月5日15時 から 12月6日 14時 まで
原因: web 用検索プログラム(表示)の不具合
状況: 上記期間中に,ID 指定に[Accession]を,データベースに[DNAデータベース]を選択し,クエリ入力欄に C,CZ,X で始まるアクセッション番号を入力して検索を実行した場合に結果が正しく表示されませんでした。
ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げると共に,今後このような事態が発生することのないよう最大限の努力をいたします。
Xenopus laevis EST 129,076 エントリの新規公開 2006.12.6
基礎生物学研究所から登録されたアフリカツメガエル (Xenopus laevis) の EST 129,076 エントリが公開されました。アクセション番号は以下の通りです。
これらは12月5日分の新着データとして DDBJ より公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
参考 URL: ttp://www.shigen.nig.ac.jp/xenopus/top.jsp
アクセッション番号:DC066335-DC195410 (129,076 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名 Xenopus_laevis_EST_061205_1.seq.gz
GIB に Codon Usage 表示機能の追加 2006.12.6
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
GIB に新機能としてコドンの使用頻度表を公開しました。これにより染色体毎のコドン使用頻度の取得が可能になります。
各生物種のページ左の Action メニュー「Codon Usage」 からご覧になれます。
GIB にデータ追加 2006.12.6
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
11月21日~12月4日に以下のゲノム配列が公開され,GIB でもデータが検索ができるようになりました。

  • Clostridium novyi NT (by Howard Hughes Medical Institute and Ludwig Center for Cancer Genetics & Therapeutics at the Johns)
  • Mycobacterium avium 104 (by The Institute for Genomic Research)
  • Mycobacterium smegmatis MC2 155 (by The Institute for Genomic Research)
  • Bacillus thuringiensis Al Hakam (by The Joint Genome Institute)
  • Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40 (by The Institute for Genomic Research)
  • Francisella tularensis subsp. novicida U112 (by University of Washington)
Xenopus laevis EST 66,334 エントリの新規公開 2006.12.5
東京大学から登録されたアフリカツメガエル (Xenopus laevis) の EST データ 66,334 エントリを公開しました。アクセション番号は以下の通りです。
これらは12月2日分の新着データとして DDBJ より公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
参考 URL:http://www.shigen.nig.ac.jp/xenopus/top.jsp
アクセッション番号:DC000001-DC066334(66,334 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名 Xenopus_laevis_EST_061202_1.seq.gz
国立遺伝学研究所ネットワークサービスの一時停止  2006.12.4
来年3月に予定されている新スーバーコンピュータシステムの移行(リプレース)に関連した一部作業のため,下記期日にてネットワークサービスを停止します。この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止します。また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva2 のサービスも停止します。
サービス停止時刻:2006年12月9日 8 時から18 時まで
ご迷惑をお掛け致しますが,皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
supernig 緊急保守のため停止 2006.12.4
国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) は緊急保守のため,現在サービスを停止しています。 再開次第お知らせいたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
12月4日 17時30分頃復活しました。ご迷惑をおかけし ました。
DDBJ 年末年始休業のお知らせ 2006.11.29
DDBJ では,国際塩基配列データベースの構築業務を2006年12月29日(金)から2007年1月3日(水)まで休業いたします。
これにともない,SAKURA によるデータ受け付けは2006年12月27日(水)から2007年1月4日(木)までご利用いただけません。 エントリの新規および再公開も,2006年12月27日から2007年1月4日まで行なわれません。
ご不便をおかけいたしますが,皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

休業期間: 2006年12月29日(金)から2007年1月3日(水)
SAKURA 停止: 2006年12月27日(水)から2007年1月4日(木)
新規・再公開停止: 2006年12月27日(水)から2007年1月4日(木)
GIB のサービスの一部停止 2006.11.29
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。システム移行に伴う作業 のため,下記の日程でサービスの一部が停止いたします。
日時:12月4日(月)9時から13時まで
停止するサービス:GIB の FASTA とBLAST
ご迷惑をお掛け致しますが,皆様のご理解とご協力お願い致します。
DDBJ メールマガジン No.29 配信 2006.11.28
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。本日第29号を配信しました。 今回は,12月開催の DDBJing 講習会のご案内や,来年実施のコンピュータシステム更新のお知らせなど,重要かつ有用な記事が満載です。ホームページでもご覧になれますが,お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は,申込み・変更ページで簡単に手続きできますので,この機会に是非お申し込み下さい。
ネットワーク障害発生のため公開各種サービスが接続不安定 2006.11.21
現在,公開系ネットワークセグメントを管轄するネットワーク機器において障害が発生し,以下のサービスへの接続が不安定な状態になっております。
発生時刻:11月21日11時頃
影響のあるサービス:

  • データベース検索サービス:getentry, SRS,ARSA
  • 相同性検索サービス:FASTA, BLAST, SSEARCH
  • データ解析サービス:ClustalW, malign
  • FTP サービス

復旧次第,DDBJ のHP にてお知らせいたします。ご迷惑をお掛け致しますが,皆様のご理解とご協力お願い致します。

11/21 18:00 復旧しました。ご迷惑をおかけしました。

フリーメールからの受信制限を解除 2006.11.20
大量 SPAM メールへの対応策の1つとして,11月11日より,一時的にフリーメールからの受信を制限しておりましたが,メールサーバの負荷が通常状態となりましたので,制限を解除いたします。
期日:2006年11月11日 23:00-
対象フリーメールドメイン:yahoo.co.jp, yahoo.com, hotmail.com, livedoor.com,infoseek.jp, gmail.com, goo.ne.jp

ご協力ありがとうございました。

GIB にデータ追加 2006.11.20
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
11月11日~11月20日に以下のゲノム配列が公開され,GIB でもデータが検索ができるようになりました。

  • Shewanella sp. ANA-3 (by Joint Genome Institute)
  • Magnetococcus sp. MC-1 (by Joint Genome Institute)
  • Acidothermus cellulolyticus 11B (by Joint Genome Institute)
ゲノムネットワークプラットフォームのデータ更新 2006.11.15
ゲノムネットワークプラットフォームでは2006年11月13日にデータが更新されました。これによりPPI経路検索機能が利用できるようになりました。詳しくはこちらをご覧ください。
http://genomenetwork.nig.ac.jp/
重要:塩基配列データ登録受付・公開業務の中断について 2006.11.15
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムは2007年3月に新システムへの移行(リプレース)が予定されています。
それに伴い,2007年2月下旬に1週間程度,DDBJの塩基配列データの登録や更新,公開等の業務を中断させて
戴く予定となっております。
2007年2-3月にアクセション番号の発行や登録済みデータの公開が必要な場合は,お早めに処理を御願い致します。
詳細な日程及び期間につきましては,後日 DDBJ のホームページ等で改めてお知らせ致します。
皆様のご協力を御願い致します。
H-Invitational 関連データベースの更新 2006.11.14
10月26日に,ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) が公開されました。データベースのversion が "3.6" になりました。
メダカ(Oryzias latipes) MGA 356,693エントリの新規公開 2006.11.14
MGA カテゴリーに属する超大量データが公開されました。公開されたデータは東京大学の研究グループより登録されたメダカ(Oryzias latipes)由来の配列で,エントリ数は 356,693 です。この配列は 5'SAGE(5'-end serial analysis of gene expression)法によって得られた転写産物です。
アクセッション番号:ACAAA0000001-ACAAA0356693 (356,693 entries)
参考 URL:
   http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp
   http://medaka.utgenome.org
anonymousFTP 一括取得:
MGA ディレクトリ

  • Master record; ACAAA_master
  • Variable record; ACAAA_variable.gz

プロジェクトインデックス)

GIB にデータ追加 2006.11.14
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
10月28日~11月10日に以下のゲノム配列が公開され,GIB でもデータが検索ができるようになりました。

  • Gramella forsetii KT0803 (by Max Planck Institute)
  • Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila ATCC 7966 (by The Institute for Genomic Research)
フリーメールからの受信を一部制限 2006.11.13
下記期日におきまして一時的に、フリーメールからの受信を一部制限させて頂いております。

実施期日:2006年11月11日 23:00-
停止対象フリーメールドメイン: yahoo.co.jp, yahoo.com, hotmail.com, livedoor.com, infoseek.jp, gmail.com, goo.ne.jp

引き続きメールが届きにくい状態となっており,ユーザの皆様には大変ご迷惑をおかけしておりますが,ご
理解とご協力をお願い致します。

「第3回 DDBJing & PDBjing 講習会 in 東工大」開催決定 2006.11.10
DDBJ では,塩基配列の登録や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により有効に利用していただくために,全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。 講習会では,DDBJ のスタッフが中心となっておこなう講議や実習を通して,サービスについての理解を深め,具体的な使い方を学んでいただいています。
2006年12月21-22日に東京工業大学大岡山キャンパス情報ネットワーク演習棟での講習会の開催が決定しましたのでご案内します。 今回は本年2月に開催された講習会と同じく,PDBj(日本蛋白質構造データバンク)との共同開催で,DDBJ ならびに PDBj が提供しているアミノ酸・タンパク質に関するサービスの利用法についての実習と,タンパク質ならびにゲノム研究に関する講議を行ないます。 PC を用いた実習の時間を多く設け,より実践的な知識を身に付けていただける講議内容を予定していますので是非ご参加下さい。11月16日より参加申し込み受け付けを開始予定です。 詳細はDDBJing 講習会のページをご覧下さい。 皆様のご参加をお待ちしています!

  • 日時:2006年12月21日(木)13時から17時まで
               12月22日(金)10時から17時まで
  • 場所:東京工業大学大岡山キャンパス・大岡山北地区情報ネットワーク演習棟
  • 対象:DDBJ,PDBj を利用される方をどなたでも歓迎します(定員30名・参加費無料)
  • 講習内容: PC は,会場に備え付けの PC (MacOSX) を利用していただきます。
所外よりのメール受信の制限付き再開 2006.11.10
国立遺伝学研究所メールサーバは, 所外より大量の不正メールを受け,一時的に,所外からのメール受信を停止しておりましたが,現在,制限つきで受信を再開いたしました。なお,引き続き,大量の不正メールが殺到している状況にあり,メールが届きにくい状態となっております。ユーザの皆様には大変ご迷惑をおかけしておりますが,ご理解とご協力をお願い致します。
>所外よりのメール受信の一時停止 
昨日お知らせしたとおり,現在国立遺伝学研究所メールサーバは所外より大量の不正メールを受け,そのため一時的に,所外からのメール受信を停止しております。ユーザの皆様には大変ご迷惑をおかけしておりますが,ご理解とご協力をお願い致します。メール受信の再開については, 再度ご連絡致します。
DDBJ への問い合わせメール配送遅延について 2006.11.6
2006年11月 6日(月)11時現在,国立遺伝学研究所メールサーバにて,メールの配送処理に遅延が発生しており, ユーザの皆様よりお問い合わせいただいたメールが届かない*,または受信までに長時間を要する状況となっており,お問い合わせにすぐに回答をお送りすることができない状況となっております。 これは,11月 3日(金) 頃発生した遺伝研メールサーバにての SPAM メールの大量受信に伴う負荷によるものです。お急ぎの皆様には大変ご迷惑をおかけしておりますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
*所外より遺伝研に向けて送信されたメールにつきましては,外部メールサーバの設定に依存しますが,一定時間再配送を繰り返すと思われます。(最終的に送信出来ない場合は,エラーメールとなって送信者に返信されます。)
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2006.11.2
国立遺伝学研究所の停電のため,下記日程におきまして全ネットワークサービスを停止いたします。
この間は,DDBJ のネットワークサービスも全て停止します。
また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスも停止します。
ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期間:2006年11月10日(金)17:00 から 11月11日(土)23:00 まで
SAKURA 停止期間:2006年11月10日(金)15:00 から 11月13日(月)9:00 まで
マボヤ EST 58,309 エントリの公開 2006.11.2
国立遺伝学研究所から登録されたマボヤ (Halocynthia roretzi) EST データ 58,309 エントリが公開されました。アクセション番号は下記の通りです。これらは11/1分の新着データとしてDDBJより公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
アクセッション番号:DB577969-DB636277 (58,309 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名 Halocynthia_roretzi_EST_061101_1.seq.gz
ミツバチゲノム全塩基配列 2006.11.2
セイヨウミツバチ(Apis mellifera)のゲノム全塩基配列が,90の研究機関からなる国際ミツバチゲノム解読コンソーシアムから Nature 443, 931-949 (26 October 2006) に公表されました。
日本からは理研 GSC などがコンソーシアムに参加しており,その EST 配列が DDBJ から公開されています (過去記事参照)。

最小サイズのゲノム配列,キジラミに共生する細菌カルソネラ 2006.11.2
理研から登録されたキジラミに共生する細菌カルソネラの環状ゲノム全塩基配列,
159,662 bp が公開されました。アクセション番号はAP009180になります。

参考 URL:
http://www.riken.go.jp/r-world/info/release/press/2006/061013/index.html
相同性検索の検索対象 EST "Lycopersicon esculentum" 学名変更 2006.11.1
DDBJ が WWW と E-mail で提供している相同性検索サービスのうち,FASTA,BLAST,SSEARCH では,より効率的に検索がおこなえるよう検索対象ディビジョンを指定することができます(DDBJ 全データ,DDBJ 新着データを指定した場合に有効)。EST については,生物種を指定することが可能です。生物種名の変更に伴い,検索の際の表示名(WWW),オプション名(E-mail)が変更になりました。
詳細は以下の通りです。

対象サービス: FASTA,BLAST,SSEARCH
  変更前   →   変更後
生物種: Lycopersicon esculentum   →   Solanum lycopersicum
表示名(WWW): L.esculentum   →   S.lycopersicum
オプション名(E-mail): est_lesc   →   est_slyc

検索の際には,各サービスの Help ページをご参照ください。

INSD-XML version1.4 の公開 2006.10.31
DDBJ が WWW getentry と anonymous FTP サイトにて提供しております INSD-XML データのフォーマットが 10月31日より version 1.3 から version 1.4 へバージョンアップ致しました。

1. INSD-XML version 1.4 は, getentry では MGA 以外のデータ,anonymous FTP サイトでは WGS, MGA 以外のデータを提供いたします。
(情報に誤りがありましたので訂正いたしました。お詫びいたします。(12/7))
2. getentry では, version 1.3 から version 1.4 へ出力フォーマットを変更致しました。
検索時に DNA データベースを指定して 出力形式の INSD-XML_v1_4 を選択すると,結果を INSD-XML version 1.4 フォーマットで表示します。
3. anonymous FTP サイトでは,DDBJ release 68 が公開されるまでの期間,INSD-XML データのフォーマットにつきましては,version 1.3 と version 1.4 を提供いたします。

INSD-XML version 1.3

INSD-XML version 1.4

4. XML データを配置する anonymous FTP サイトの構成を変更致しました。対象は DDBJ release とそれぞれの新着 XML データです。

  • DDBJ-XML は xml/ から xml/ddbjxml/ へ変更致します。
  • INSD-XML は xml/insd/ から xml/insdxml/ へ変更致します。
  • 最新バージョンのINSD-XMLデータをご利用になられるには xml/insdxml_current/ をご参照ください。
    xml/ : DDBJ-XML データを配置*
    xml/insd/ : INSD-XML v1.3 データを配置*
    xml/ddbjxml/ : DDBJ-XML データを配置
    xml/insdxml/ : INSD-XML データを配置
    xml/insdxml/v1.3/ : INSD-XML v1.3 データを配置*
    xml/insdxml/v1.4/ : INSD-XML v1.4 データを配置
    xml/insdxml_current/ : INSD-XML の最新バージョンデータ配置ディレクトリ

    * xml/ ,xml/insd/ 及び xml/insdxml/v1.3/ は DDBJ release 68 の公開(2006年12月末予定)時より削除いたします。

supernig 緊急保守のため停止 2006.10.30
国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) は,10月28日0時10分頃にシステム障害が発生したため,現在緊急の保守作業のためにサービスを停止しています。 ご迷惑をおかけいたしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
復旧しました。ご迷惑をおかけいたしました (10/31)
GIB にデータ追加 2006.10.30
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
10月23-27日に以下のゲノム配列が公開され,GIB でもデータが検索ができるようになりました。

  • Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis L550 (by National Animal Disease Center)
  • Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis JB197 (by National Animal Disease Center)
  • Buchnera aphidicola Cc (Cinara cedri) (by University of Valencia)
  • Solibacter usitatus Ellin6076 (by Joint Genome Institute)
  • Arthrobacter sp. FB24 (by Joint Genome Institute)
  • Burkholderia cenocepacia HI2424 (by Joint Genome Institute)
  • Listeria welshimeri serovar 6b SLCC5334 (by Justus-Liebig-University)
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新  2006.10.27
以下の会議を追加しました

2006

2007

  • Conference in Systems Biology, Bioinformatics and Synthetic Biology (1/11-13)
  • 21st International Symposium on MicroScale Bioseparation (1/14-17)
  • 7th Spanish Symposium on Bioinformatics and Computational Biology (1/22-24)
  • Southern African Bioinformatics Workshop (1/28-30)
  • 2007 AGBT meeting (2/7-10)
  • Genomic Disorders 2007 (3/21-23)
  • RNAi2007: The Expanding Roles of Small RNAs (3/29-30)
  • 9th International Conference on Biology and Synchrotron Radiation
    (8/13-17)
  • International Conference on Mathematical Biology 2007
    (9/4-6)
DDBJ への問い合わせメールへの回答の遅延のお詫び 2006.10.23
2006年10月 22日(日) 12:03 頃より遺伝研メールサーバにて SPAM メールの大量受信に伴う負荷により,メールの配送処理に遅延が発生しており,ユーザの皆様よりお問い合わせいただいたメールが届かない*,または受信までに長時間を要する状況となっております。 そのため,お問い合わせにすぐに回答をお送りすることができません。回答をお急ぎの皆様には大変ご迷惑をおかけしておりますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
*所外より遺伝研に向けて送信されたメールにつきましては,外部メールサーバの設定に依存しますが,一定時間再配送を繰り返すと思われます。(最終的に送信出来ない場合は,エラーメールとなって送信者に返信されます。 
23日未明に正常な状態に復旧し,現在メールの送受信は通常通りに行なわれています。ご迷惑をおかけいたしましたことをお詫びいたします。
GIB にデータ追加 2006.10.23
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
10月16-20日に,以下のゲノム配列が公開され,GIB でもデータが検索ができるようになりました。

  • Oenococcus oeni PSU-1 (by Joint Genome Institute)
  • Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 (by Joint Genome Institute)
  • Lactobacillus gasseri ATCC 33323 (by Joint Genome Institute)
  • Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293 (by Joint Genome Institute)
  • Lactobacillus brevis ATCC 367 (by Joint Genome Institute)
  • Streptococcus thermophilus LMD-9 (by Joint Genome Institute)
  • Pediococcus pentosaceus ATCC 25745 (by Joint Genome Institute)
  • Lactobacillus casei ATCC 334 (by Joint Genome Institute)
  • Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11 (by Joint Genome Institute)
  • Candidatus Carsonella ruddii PV (by Kitasato University)
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新 2006.10.20
DDBJ リリース67 公開にともない,統計の詳細で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした登録塩基数上位30種の順位推移(~DDBJ rel.67)を更新しました。Zea mays subsp. mays(corn)が新たに26位にランクインしました。生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。
塩基配列登録のための参考資料の更新 2006.10.20
第19回国際実務者会議による決定事項に基づき,塩基配列登録に関する参考資料が更新されました。

Oryzias latipes (メダカ) の WGS データ由来 ultra-contig および chromosome エントリの一部において CONTIG 行内の値が不正であった点に関するお詫び   2006.10.20
以下に示した Oryzias latipes (メダカ) WGS 由来の ultra-contig エントリおよび chromosome エントリにおいて,CONTIG 行に記載された各ピースエントリが引用する配列長の数値が不正になっておりました。

  • CONTIG行の内容が不正になっている ultra-contig エントリのアクセッション番号とバージョン番号は以下の通りです。現在,修正エントリを再公開しております。修正された ultra-contig の各エントリのバージョン番号は".4"となっております。
    ultra-contig エントリ (42 エントリ)

    DF076134.3,	DF076146.3,	DF076156.3,	DF076165.3,	DF076168.3,	DF076174.3,
    DF076189.3,	DF076197.3,	DF076201.3,	DF076203.3,	DF076205.3,	DF076217.3,
    DF076230.3,	DF076245.3,	DF076247.3,	DF076249.3,	DF076256.3,	DF076258.3,
    DF076269.3,	DF076279.3,	DF076281.3,	DF076285.3,	DF076298.3,	DF076306.3,
    DF076312.3,	DF076313.3,	DF076318.3,	DF076341.3,	DF076366.3,	DF076379.3,
    DF076386.3,	DF076387.3,	DF076391.3,	DF076408.3,	DF076411.3,	DF076417.3,
    DF076418.3,	DF076425.3,	DF076430.3,	DF076449.3,	DF076456.3,	DF076457.3
    
  • CONTIG 行の内容が不正になっていた chromosome エントリのアクセッション番号とバージョン番号は以下の通りです。

    chromosome エントリ (20 エントリ)

    DG000001.1,	DG000002.1,	DG000003.1,	DG000004.1,	DG000005.1,
    DG000006.1,
    DG000008.1,	DG000009.1,	DG000010.1,	DG000011.1,	DG000012.1,	DG000013.1,
    DG000014.1,	DG000016.1,	DG000018.1,	DG000019.1,	DG000021.1,	DG000022.1,
    DG000023.1,	DG000024.1
    

Chromosome エントリにつきましては,24 エントリでバージョン番号を統一して管理するため,全 24 chromosomeエントリを次のように一括更新いたしました。

前バージョン   更新後のエントリ
DG000001.1-DG000024.1 --> DG000001.3-DG000024.3
DG000001.2-DG000024.2 --> DG000001.4-DG000024.4
なお,DG000001.2-DG000024.2 とDG000001.4-DG000024.4 の内容は,LOCUS 行の日付とバージョン番号を除いて同一です。

anonymous FTPサイト (ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/mass/Oryzias_latipes_CON/) で提供をさせていただいていた Oryzias latipes (メダカ) の CON ファイルのうち,以下の3ファイルには不正な CONTIG を含むエントリが含まれております。これらの3ファイルについては使用しないようにご注意願います。
現在,以下の3ファイルは削除させていただいており,修正後のファイルに差し替えております。

ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/data
base/mass/Oryzias_latipes_CON/

Oryzias_latipes_CON_060524_1.seq.gz
Oryzias_latipes_CON_060531_1.seq.gz
Oryzias_latipes_CON_060605_1.seq.gz
  • 修正後のファイルはこちらのリンク先よりご覧いただけます。

  • なお,Oryzias_latipes_CON_060615_1.seq.gz (DG000001.2-DG000024.2を含みます) につきましては,Oryzias_latipes_CON_061018_1.seq.gz (DG000001.4-DG000024.4を含みます) に置き換えさせていただきました。

ご迷惑をおかけしましたことを心よりお詫び申し上げます。

supernig 定期保守のおしらせ 2006.10.16
国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため,下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2006年10月20日(金) 12:00~ 21:00
GIB にデータ追加 2006.10.13
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Iowa State University により HEscherichia coli APEC O1 ,Massachusetts General Hospital によりPseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB の FTP サーバによる一括ダウンロード不可 2006.10.12
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
10/12の 09:00 頃より GIB の FTP サーバの異常のため,FTP による一括ダウンロードができません。個々のデータについては,ダウンロードできます。 現在復旧を試みていますので,復旧次第 DDBJ HP にてお知らせいたします。ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
復旧しました。ご迷惑をおかけしました(10月13日 9時30分)
PRF Rel. 111 公開 2006.10.12
10月12日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 111 を公開しています。PRF Rel. 111 はエントリ数が 656,550,総アミノ残基数が 2225,708,852 aa です。
GIB のデータが一部閲覧不可 2006.10.10
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
10/7 の 23:00頃より GIB サーバに異常が発生しており,そのため,現在一部のデータ(約 80 種)を閲覧することができません。 現在復旧を試みていますので,復旧次第 DDBJ HP にてお知らせいたします。ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
復旧しました。ご迷惑をおかけしました(10月11日 12時)
GIB にデータ追加 2006.10.06
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Rhodopseudomonas palustris BisA53 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
DDBJ メールマガジン No.28 配信 2006.10.6
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。 10月4日に,第28号を配信しました。今回は,DDBJ リリース 67 完成のお知らせや第19回国際実務者会議報告が掲載されています。DDBJ スタッフのコラム第17回は,DDBJ チーフアノテータ 真島淳氏による「DDBJ は誰のモノか?」です。カタカナ文字のカッコ良さそうな職業ですが,公共のデータベース運営の裏方には苦労も多く,ちょっぴり愚痴も。
このメールマガジンの配信を希望される方は,申込み・変更ページでメールアドレス・氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
DAD rel. 37 公開 2006.10.04
10月4日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 37 を公開しています。 DAD rel. 37 はエントリ数が 3,452,697,総アミノ残基数が 1,052,890,111 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
DDBJ リリース 67 完成 2006.929
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。9月29日に DDBJ リリース67 を完成しました。リリース67 のエントリ数は 61,144,621,総塩基数は 65,443,024,193 です。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
第19回国際実務者会議報告公開 2006.9.29
DDBJ, EMBL-Bank/EBI, GenBank/NCBI の3大国際 DNA データバンクは,国際塩基配列データベース共同構築の運営・推進を図るために,国際実務者会議を年1回開催し,三極の活動の年次報告や,INSDC; International Nucleotide Sequence Database Collaboration 運用上の実務的な問題を討論しています。2006年5月に米国で開催された第19回国際実務者会議でのの決定事項から,ユーザの皆様に関連のある内容を,「第19回国際実務者会議報告報告」としてDDBJ HP で公開しました。この報告は,10月3日に配信予定の DDBJ メールマガジンNo.28 にも掲載されます。
ゲノムネットワークプラットフォームのデータ更新 2006.9.29
ゲノムネットワークプラットフォームでは2006.9.29にデータが更新されました。
詳しくはこちらをご覧ください。
http://genomenetwork.nig.ac.jp/index_e.html
GIB にデータ追加 2006.9.28
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Burkholderia cepacia AMMD のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.9.28
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Baylor College of Medicine により Francisella tularensis subsp. holarctica OSU18 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.9.21
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
The Institute for Genomic Research により Hyphomonas neptunium ATCC 15444 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
ブタ完全長cDNA 1万エントリの新規公開 2006.9.20
農業生物資源研究所から登録されたブタの完全長cDNA データ1万エントリが公開されました。アクセション番号は以下の通りです。
これらは9月16日分の新着データとして DDBJ より公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
参考 URL:http://pede.dna.affrc.go.jp/
アクセッション番号:AK230469-AK240615(10,147 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名Sus_scrofa_HTC_060916_1.seq.gz
GIB にデータ追加 2006.9.19
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
NIH により Granulobacter bethesdensis CGDNIH1 の,JGI により Nitrosomonas eutropha C71Shewanella frigidimarina NCIMB 400Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen Maricaulis maris MCS10 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.9.15
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Alkalilimnicola ehrlichei MLHE-1 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
Web 版 getentry での検索結果エントリ表示の一部不具合に関するおわび 2006.9.14
getentry は DDBJ が WWW およびE-mail で提供してている アクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。このたび,一部のエントリが web 版 getentryで一部表示に不具合が発生していたことが判明いたしました。
発生期間:9月5日 17時 から 9月6日 16時 まで
該当期間に web 版 getentry を用いて, 検索を行なったと思われる方は,お手数をお掛け致しますが再度検索を実行して下さいますようお願い申し上げます。
なお,e-mail 版の getentry はこの影響を受けていませんでした。 web 版についても対応作業が完了し,現在は正常に検索結果を得ることができます。
正しい検索ができない状況が続いていたことにより,ユーザの皆様にご迷惑 お掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げると共に,今後このような事態が発生することのないよう最大限の努力をいたします。
supernig の緊急保守に伴うシステム停止 2006.9.11
急なアナウンスとなりますが,本日下記の時間帯に supernigのシステムを停止致します。
期日: 2006年9月11日(月) 14:00~16:00
理由: 緊急保守作業の為
ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
停電による遺伝研ネットワーク障害 2006.9.11
9月11日に発生した停電により,国立遺伝学研究所のネットワークサービスに影響がありました。詳細は下記のとおりです。
停電の発生時刻: 9月11日 03:19-03:52
影響のあったサービス: 国立遺伝学研究所のネットワーク通信停止
現在ネットワークは復旧し,正常にサービスを提供しています。ご迷惑をおかけいたしましたことをお詫びいたします。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.9.5
以下の会議を追加しました
2006

2007

  • Bioinformatics Research and Development (3/12-14)
  • 3rd IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (4/1-5)
  • ISBRA 2007 (5/6-9)
  • 23rd International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology (7/1-6)
  • ISMB/ECCB (7/19-25)
  • Computational Systems Bioinformatics (8/13-17)
GIB にデータ追加 2006.9.4
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
The Institute of Genomic Research により Synechococcus sp. CC9311 の,Joint Genome Institute により Shewanella sp. MR-4 Shewanella sp. MR-7 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.9.1
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Goettingen Genomics Laboratory により Ralstonia eutropha H16 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
RAP1 アノテーションを付与したイネゲノム「日本晴」配列 Build3 の再公開 2006.9.1
栽培イネ「日本晴」の complete genome 配列エントリ(Build3)が更新されました。アクセッション番号は AP008207-AP008218 です。更新内容は,日本を中心とした国際的なイネゲノムアノテーションプロジェクト,The First Rice Annotation Project Meeting(RAP1) において解析された結果が,付加されたことです。この更新によって,約26,800個のタンパク質コード領域(CDS)が記載され,AP008207-AP008218 は再公開されました。
本データは以下のサイトより取得できます。

また,RAP1アノテーション情報は国立遺伝学研究所にて公開されていますデータベース Rice Annotation Project Database (RAP-DB) でも閲覧できます。
関連ページ

GIB にデータ追加 2006.8.28
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Haemophilus somnus 129PT のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
getentry CONTIG エントリの配列取得機能の変更・追加 2006.8.22
getentry は DDBJ が WWW およびE-mail で提供してているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。このたび,web 版 getentry で CONTIG エントリを検索する場合の検索結果の取得方法が変わりました。
取得方法[画面表示]を選択した場合の検索結果の配列取得機能を以下の様に変更・追加しました。

  • gap を含むデータでも連続したDNA配列の FASTA 形式での取得が可能になりました。
  • 実体配列を持つ CONTIG エントリの実体配列の取得を可能にしました。
    (例:CM 000230)
Web 版 getentry での contig エントリの一部検索不具合に関するおわび 2006.8.18
getentry は DDBJ が WWW および E-mail で提供してている アクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。このたび,一部のエントリが web 版 getentryで表示できない状態が発生していたことが判明いたしました。
表示できなかったエントリは,DDBJ ならびに GenBank から公開された contig エントリのピースエントリになっている contig エントリで,2006年6月8日に DDBJ が公開した CON 7296エントリ(2006年4月20日に公開したメダカ strain Hd-rR WGS 22万エントリに対応)の一部も含まれています。
詳細は以下の通りですが,該当期間にweb 版 getentry を用いて, 以下の「状況」欄に該当する内容で検索を行なったと思われる方は,お手数をお掛け致しますが再度検索を実行して下さいますようお願い申し上げます。
なお,e-mail 版の getentry はこの影響を受けていませんでした。 web 版ついても対応作業が完了し,現在は正常に検索結果を得ることができます。
長期間にわたって正しい検索ができない状況が続いていたことにより,ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げると共に,今後このような事態が発生することのないよう最大限の努力をいたします。

  • 期間:
    [DDBJ 由来エントリ] 2006年4月24日から5月24日
    [GenBank 由来エントリ] 2005年1月4日*から2006年5月24日
    *上記 CH エントリをピースとしているエントリの初公開日から算出した発生日(例:CM000126)
  • 原因:web 用検索プログラムの不具合
  • 状況:上記期間に次の条件で検索を行なった場合正しい結果を得ることができませんでした。
  • ID指定に[Accession]を,データベースに[DNAデータベース]を,出力形式に[フラットファイル (DDBJ)]を,取得方法に[画面表示]を選択し,クエリ入力欄に下記の対象エントリを入力して検索を実行した場合

  • 表示不可エントリ:-->番号リストはこちら
    [DDBJ 由来エントリ] 1121 エントリ
    [GenBank 由来エントリ] 1092 エントリ
PRF Rel. 110 公開 2006.8.14
8月14日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 110 を公開しています。PRF Rel. 110 はエントリ数が 632,307,総アミノ残基数が 218,939,855 aa です。
GIB にデータ追加 2006.8.14
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Genoscope により Pseudomonas entomophila L48 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加  2006.8.8
GIB (Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Sanger Institute により Bordetella avium 197N の,Genoscope により Frankia alni ACN14a のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.8.8
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。

The Institute for Genomic Research により Clostridium perfringens ATCC 13124 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
DDBJ メールマガジン No.27 配信 2006.8.4
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。8月4日に,第27号を配信しました。今回の内容は相同性検索バージョンアップ ,ClustalW web ページ画面レイアウト変更と機能追加 ,DDBJing 講習会資料ダウンロードページ更新などです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第16回は,大量遺伝情報研究室の福地 佐斗志 助手による「夢見る頃を過ぎても」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は,申込み・変更ページでメールアドレス・氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
GIB にデータ追加 2006.8.4
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Fritz Lipmann Institute により Borrelia afzelii PKo のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.8.4
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
The Institute for Genomic Research により Clostridium perfringens SM101 の,University of British Columbia により Rhodococcus sp. RHA1 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
ミツバチ EST 53,359 エントリの公開 2006.7.31
理研ゲノム科学総合研究センターから登録されたミツバチ (Apis mellifera) EST データ 53,359 エントリが公開されました。アクセション番号は以下の通りです。
これらは7/28分の新着データとしてDDBJより公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
参考 URL:http://genome.gsc.riken.jp/
アクセッション番号:DB728206-DB781564 (53,359 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名 Apis_mellifera_EST_060728_1.seq.gz
GIB にデータ追加 2006.7.31
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
The Institute for Genomic Research により Helicobacter pylori HPAG1 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新 2006.7.27
統計の詳細で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした登録塩基数上位30種の順位推移(~DDBJ rel.66)を更新しました。生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。
H-Invitational 関連データベースの更新 2006.7.25
7月7日に,ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) が公開されました。データベースのversion が "3.4" になりました。
GIB にデータ追加 2006.7.25
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
German Research Center for Biotechnology により Alcanivorax borkumensis SK2 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.7.25
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Chinese Ministry of Public Health により Shigella flexneri 5 8401 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
DAD rel. 36 公開 2006.7.19
7月14日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 36 を公開しています。 DAD rel. 36 はエントリ数が 3,223,773,総アミノ残基数が 986,599,459 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
DDBJing 講習会資料ダウンロードページ更新 2005.7.19
DDBJ では,塩基配列の登録方法や DDBJ が提供している様々なサービスを,ユーザの方々により深く理解していただき,DDBJ を利用していただく際の助けになることを目的として,全国各地で DDBJing 講習会を開催しています。6月14ー15日に国立遺伝学研究所で,「第15 回 DDBJing 講習会 in 三島」が開催されました。
講習会で使用したテキストは,講習会終了後に DDBJ の HP で公開していますが,最新の「第15 回 DDBJing 講習会 in 三島」のテキストもDDBJing 講習会 資料ダウンロードページよりダウンロードできるようになりました。どうぞご利用下さい。

GIB にデータ追加 2006.7.19
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Goettingen Genomics Laboratory により Escherichia coli 536 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.7.19
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University of Birmingham により Francisella tularensis subsp. tularensis FSC 198 の,Joint Genome Institute により Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406Mesorhizobium sp. BNC1 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
minerva 定期保守のおしらせ 2006.7.14
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため,下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2006年7月21日(金) 12:00~21:00
BLAST バージョンアップ 2006.7.12
DDBJ が web と e-mail サーバで提供している 相同性検索サービス BLAST,PSI-BLAST のバージョンアップを行ないました。

     Ver.up 前   Ver.up 後
BLAST
PSI-BLAST
   2.2.13 -> 2.2.14
ClustalW web ページ画面レイアウト変更と機能追加 2006.7.12
DDBJ が WWW と E-mail で提供しているClustalW の Web ページ画面のレイアウト変更と機能追加を実施しました。変更は以下の通りです。

  • 「解析配列データ」欄をページ上部へ移動しました。
  • 「TYPE」を「ALIGN」から独立させました。
  • 「TYPE」欄に「AUTOMATIC」を追加しました。
    ※ AUTOMATIC の場合,プログラムが配列の種類を自動判別して全てデフォルト値で解析を行います。

  • 「DISTANCE」欄に「p-distance」を追加しました。
  • 「KIMURA」オプションを「DISTANCE」へ統合しました。
supernig BLASTプログラムサービス停止 2006.7.12
国立遺伝学研究所 大型計算機(supernig)上でテスト公開していました BLAST を 2006/07/31 をもってプログラム提供を終了いたします。
検索対象 DB は引き続き用意し, $BLASTDB に置かれています。
プログラムにつきましては,ご自分でご用意ください。
以下のサイトなどより入手できます。
URL: http://ncbi.nih.gov/BLAST/download.shtml
GIB にデータ追加 2006.7.12
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Trichodesmium erythraeum IMS101 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
相同性検索における検索対象データベースの削除のお知らせ 2006.7.5
DDBJ が WWW と E-mail で提供している相同性検索サービス FASTABLASTSSEARCH につきまして,「塩基配列データベース」の選択対象データベースから,"C.elegans 全 DNA" を削除しました。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.7.4
以下の会議を追加しました
2006

2007

GIB にデータ追加 2006.7.4
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Pseudoalteromonas atlantica T6c1 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.7.3
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Penn State University により Helicobacter acinonychis Sheeba のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.7.3
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Sanger Institute により Clostridium difficile 630 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
SRS の検索対象ディビジョンの変更 2006.6.29
SRS(Sequence Retrieval System) は,DDBJ が WWW サーバで提供しているキーワード検索サービスです。DDBJ リリース 66 を反映した後,検索対象から EST と GSS ディビジョンが検索対象外となります。
対象となるデータベースは DDBJRELEASE,DDBJNEW です。
なお,6月29日に DDBJ リリース 66 を公開しましたが,SRS のリリース 対応時期とはタイムラグがあるため,SRS の対応は7月中旬から下旬の予定です。
ご理解とご協力をよろしくお願い申し上げます。
DDBJ リリース 66 完成 2006.6.29
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。6月29日に DDBJ リリース66 を完成しました。リリース66 のエントリ数は 58,176,628,総塩基数は
62,945,843,881 です。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
GIB にデータ追加 2006.6.26
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Max-Planck-Institute により Haloquadratum walsbyi DSM 16790 の,Translational Genomics Research Institute により Roseobacter denitrificans OCh 114 のゲノム配列が決定され公開されました。 これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
PRF Rel. 109 公開 2006.6.19
6月19日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 109 を公開しています。PRF Rel. 109 はエントリ数が 577,805,総アミノ残基数が 202,941,848 aa です。
メダカ strain Hd-rR CON 6970エントリの公開 2006.6.19
東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の CON データ 6790 エントリが公開されました。 6/7 に公開されたメダカ WGS データと対応しています。
参考 URL:http://medaka.utgenome.org/
アクセッション番号(エントリ数),anonymousFTP で一括取得する場合のファイル名:

  • scaffold/CON DF076466-DF083206 (6741 エントリ)
        Oryzias_latipes_CON_060608_1.seq.gz

  • ultra/CON DF083207-DF083411 (205 エントリ)
       Oryzias_latipes_CON_060613_1.seq.gz

  • chromosome/CON DG000001-DG000024 (24 エントリ)
        Oryzias_latipes_CON_060615_1.seq.gz

これらは,それぞれ 6/8, 6/13, 6/15分の新着データとして DDBJ より公開されています。

4/21 付「メダカ strain Hd-rR scaffold/CON 3万エントリの新規公開」に関する修正 2006.6.16
4/21にアナウンスした 「メダカ strain Hd-rR scaffold/CON 3万エントリの新規公開」について,anonymousFTP でデータを一括取得する場合のファイルを,gap長の取り扱いに関する手違いのため、6/8にファイルを差換えました。修正したアナウンスの内容は下記の通りです。

メダカ strain Hd-rR scaffold/CON 3万エントリの新規公開 2006.4.21

東京大学から登録されたメダカ strain
Hd-rR の scaffold/CON データ3万エントリが公開されました。
4/11 に公開されたメダカ WGS データと対応しています。
アクセション番号は以下の通りです。

これらは4/14分の新着データとしてDDBJより公開されており,anonymousFTP
サイトから一括取得が可能です。

参考 URL:
http://medaka.utgenome.org/

アクセッション番号:
DF038236-DF069193 (30,958 entries)

anonymousFTP 一括取得:
ファイル名 Oryzias_latipes_CON_060524_1.seq.gz

ご迷惑をおかけしたことをお詫びいたします。

GIB にデータ追加 2006.6.13
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
The Institute for Genomic Research により Myxococcus xanthus DK 1622 の,Joint Genome Institute により Rubrobacter xylanophilus DSM 9941Mycobacterium sp. MCSYersinia pestis Nepal516Yersinia pestis Antiqua のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.6.9
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Washington University School of Medicine により Helicobacter pylori HPAG1 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.6.9
以下の会議を追加しました
2006

2007

メダカ strain Hd-rR WGS 22万エントリの新規公開 2006.6.8
東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の WGS データ22万エントリが公開されました。アクセション番号は以下の通りです。
これらは6/7分の新着データとしてDDBJより公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
参考 URL:http://medaka.utgenome.org/
アクセッション番号:BAAF03000001-BAAF03223203 (223203 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名 Oryzias_latipes_WGS_060607_1.seq.gz
メダカ strain Hd-rR CON 7296エントリの公開 2006.6.8
東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の CON データ 7296 エントリが公開されました。 4/21 に公開されたメダカ WGS データと対応しています。
参考 URL:http://medaka.utgenome.org/
アクセッション番号(エントリ数),anonymousFTP で一括取得する場合のファイル名:

  • scaffold/CON DF069194-DF076129 (6936 エントリ)
        Oryzias_latipes_CON_060525_1.seq.gz

  • ultra/CON DF076130-DF076465 (336 エントリ)
       Oryzias_latipes_CON_060531_1.seq.gz

  • chromosome/CON DG000001-DG000024 (24 エントリ)
        Oryzias_latipes_CON_060605_1.seq.gz

これらは,それぞれ 5/25, 5/31, 6/5分の新着データとして DDBJ より公開されています。
※gap長の取り扱いに関する手違いのため,一部のエントリは更新されています。
anonymousFTP サイト

GIB にデータ追加 2006.6.7
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Burkholderia cenocepacia AU 1054 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
相同性検索サービスバージョンアップ 2006.6.6
DDBJ が web と e-mail サーバで提供している 相同性検索サービス BLAST,PSI-BLAST,FASTA,SSEARCH のバージョンアップと web ページ画面のレイアウト変更,Safari への対応を6月5日に行ないました。詳細は以下の通りです。
1.検索プログラムバージョンアップ

    サービス Ver.up前   Ver.up後
    BLAST 2.2.12   -> 2.2.13
    PSI-BLAST 2.2.12   -> 2.2.13
    FASTA 34t21   -> 34t25
    SSEARCH 34t21   -> 34t25

このバージョンアップにともない,FASTA と SSEARCH の検索結果の identity に関する表記が ungapped の 値から similar の値を表示する形式に変更されました。

  • identity=完全一致でヒットした数/相同性があると判断された領域全体の数(ギャップ座位を含む)
  • ungapped=完全一致でヒットした数/相同性があると判断された領域全体の数(ギャップ座位を含まない)
  • similar=類似のアミノ酸を含めヒットした数/相同性があると判断された領域全体の数(ギャップ座位を含む)
バージョンアップ前の形式
>>sp|P94604|GYRB_CLOAB DNA gyrase subunit B (EC 5.99.1.3  (637 aa)
 initn: 178 init1: 116 opt: 185  Z-score: 272.1  bits: 57.1 E(): 5.2e-08
Smith-Waterman score: 185;  55.932% identity (61.111% ungapped) in 59 aa 
overlap (1-58:167-221)

                                             10        20        30
query                                TTTHFVPDPEIFTETIEFDYDTLANRVREL
                                     :  .: :::::: .: :.:::::..:.:::
sp|P94 KTEGHIWKQTYHRGKVASPFEKIGDSDEHGTKIYFKPDPEIFEDT-EYDYDTLSQRLREL
        140       150       160       170       180        190

               40        50
query  AFLTKGVNIIIEDLREGKERKNE-YCYEG
       :::.::..: . : :.    ::: . :::
sp|P94 AFLNKGIKIELTDERHD---KNEIFHYEGGLKSFVSYLNRNKEVVFKEPIYVEGSIDSNY
         200       210          220       230       240       250

バージョンアップ後の形式
>>sp|P94604|GYRB_CLOAB DNA gyrase subunit B (EC 5.99.1.3  (637 aa)
 initn: 178 init1: 116 opt: 185  Z-score: 271.6  bits: 57.0 E(): 5.5e-08
Smith-Waterman score: 185;  55.932% identity (76.271% similar) in 59 aa 
overlap (1-58:167-221)

                                             10        20        30
query                                TTTHFVPDPEIFTETIEFDYDTLANRVREL
                                     :  .: :::::: .: :.:::::..:.:::
sp|P94 KTEGHIWKQTYHRGKVASPFEKIGDSDEHGTKIYFKPDPEIFEDT-EYDYDTLSQRLREL
        140       150       160       170       180        190

               40        50
query  AFLTKGVNIIIEDLREGKERKNE-YCYEG
       :::.::..: . : :.    ::: . :::
sp|P94 AFLNKGIKIELTDERHD---KNEIFHYEGGLKSFVSYLNRNKEVVFKEPIYVEGSIDSNY
         200       210          220       230       240       250

2.web ページの画面レイアウト変更
検索配列データを指定する際には「検索配列データ」欄のテキストボックスかファイルアップロード機能を利用します。これまではこの欄がページ下部にありましたが,使いやすさを考慮して上部に移動しました。
3.Safariへの対応
FASTA,PSI-BLAST の結果表示画面の Safari への対応が完了しました。

GIB にデータ追加 2006.6.6
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Genoscope により Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
DDBJ メールマガジン No.26 配信 2006.6.5
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。本日第26号を配信しました。今回の内容は GIB FTP ダウンロードサイト公開,H-Invitational データベースの更新,新規統計 Journal ランキング上位100の追加などです。 DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第15回は,4月にアメリカ芸術科学アカデミー 外国人名誉会員に選出された生命情報・DDBJ 研究センター長 五條堀 孝 教授による「DDBJ 20周年を迎えて」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は, 申込み・変更 ページでメールアドレス・氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.5.25
以下の会議を追加しました

GIB にデータ追加 2006.5.25
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Silicibacter sp. TM1040 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.5.24
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Sphingopyxis alaskensis RB2256 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
停電による遺伝研ネットワーク障害 2006.5.22
5月22日に発生した停電により,国立遺伝学研究所のネットワークサービスに影響がありました。詳細は下記のとおりです。

  • 停電の発生時刻:5月22日00:19-19:00
  • 影響のあったサービス:国立遺伝学研究所のネットワーク通信停止

ネットワークは復旧し,現在は正常にサービスを提供しています。ご迷惑をおかけいたしましたことをお詫びいたします。

ネットワーク障害に起因する DDBJ の各種サービスの緊急停止 2006.5.22
現在,公開系ネットワークセグメントを管轄するネットワーク機器において障害が発生し,以下のサービスへの接続が出来ない状態になっております。

  • 発生時刻:5月20日16時から
  • 影響のあるサービス:
    ARSA, BLAST, ClustalW, FASTA, getentry, Lib score, LIBRA-I,
    PDB Retriever, PSI-BLAST, SQmatch, SRS, SSEARCH, SSthread

  • 発生時刻:5月22日0時10分から
  • 影響のあるサービス:
    DDBJ HP, GIB, Mirroring H-InvDB, SAKURA, Txsearch,
    Vector Screening System

復旧次第,DDBJ のHP にてお知らせいたします。ご迷惑をお掛け致しますが,皆様のご理解とご協力お願い致します。

5月23日19時にサービスを再開しましたので,どうぞご利用下さい。 ご迷惑をおかけいたしましたことをおわび致します。

GIB FTPダウンロードサイト公開 2006.5.17
GIB(Genome Information Broker) は,DDBJ の真正細菌・古細菌・真核生物ゲノムの統合検索サイトです。このたび,FTP ダウンロードサイトを公開しました。 GIB トップページの「DOWNLOAD」,またはftp://ftpgib.genes.nig.ac.jp/ よりアクセス可能です。これに伴いデータの一括取得が可能になりました。どうぞご利用ください。
5月12日の停電のサービスへの影響について  2006.5.17
5月12日に発生した停電により,一部のサービスに影響がありました。詳細は下記のとおりです。

停電の発生時刻: 5月12日21時42分
影響のあったサービス: GIB
停電時とその後の状況: 停電時に3台のサーバが停止し,停電発生以後から 5/15 の9時頃まで
185 生物種のデータ取得が出来ない状態でしたが,現在は復旧しています

ご迷惑をおかけいたしましたことをお詫びいたします。

ネットワーク機器緊急保守のための DDBJ 各種サービス停止 2006.5.15
公開系ネットワークセグメントを管轄するネットワーク機器緊急保守のため,本日17時から18時にかけて以下のサービスを停止いたします。
サービス停止時刻:5月15日17時から18時まで
影響のあるサービス:(* WWW, E-mail 共に接続不可)

  • FTP サービス
  • データベース検索サービス(getentry*, SRS, ARSA)
  • 相同性検索サービス (BLAST, FASTA, SSEARCH)*
  • データ解析サービス (CLUSTALW)*

ご迷惑をお掛け致しますが,皆様のご理解とご協力お願い申し上げます。

作業が終了し,サービスを再開いたしました。どうぞご利用ください(5/15 18:00)

ARSA 保守作業によるサービス停止 2006.5.12
ARSA は,DDBJ の高速なキーワード検システムです。
ハードウエアの保守作業のため,下記日程におきましてサービスを停止致します。 ご理解とご協力をお願い申し上げます。
停止期間: 2006年5月18日(木)9:00~18:00
supernig 定期保守のおしらせ 2006.5.12
国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため, 下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
停止期間:2006年5月19日(金) 9:00~22:00
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.5.12
以下の会議を追加しました
2006

2007

GIB にデータ追加 2006.5.11
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
以下のゲノム配列が公開され,GIB でもデータが検索ができるようになりました。

  • Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (by Sanger Institute)
  • Streptococcus pyogenes MGAS9429 (by NIH)
  • Streptococcus pyogenes MGAS10270 (by NIH)
  • Streptococcus pyogenes MGAS2096 (by NIH)
  • Streptococcus pyogenes MGAS10750 (by NIH)
  • Acidobacteria bacterium Ellin345 (by JGI)
  • Deinococcus geothermalis DSM 11300 (by JGI)
  • Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 (by University of Minnesota)
GIB にデータ追加 2006.5.10
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
The Institute for Genomic Research により Baumannia cicadellinicola Hc (Homalodisca coagulata) のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
ARSA の緊急停止について 2006.5.10
ARSA(All-round Retrieval Sequence Annotation) は,DDBJ の高速なキーワード検システムです。 管理サーバでハード障害が発生したため,現在サービスを停止しております。
発生時刻:5月9日夜間
現在の状況:画面は表示されますが,検索は実行できません
復旧の予定:現在調査中であり,復旧の予定は不明です。復旧次第,DDBJ の HP にてご連絡いたします
代替サービス:アクセッション番号等による検索には getentry,キーワードによる検索には SRS をご利用下さい
ご迷惑をお掛け致しますが,皆様のご理解とご協力お願い致します。

5月10日17:00 にサービスを再開いたしましたのでどうぞご利用下さい。ご迷惑をおかけいたしましたことをお詫びいたします。

ネットワーク障害に起因する DDBJ の各種サービスの緊急停止について 2006.5.8
現在,公開系ネットワークセグメントを管轄するネットワーク機器において障害が発生し,以下のサービスへの接続が出来ない状態になっております。
発生時刻:5月4日14時頃
影響のあるサービス(*WWW, E-mail 共に接続不可)

  • FTPサービス
  • データベース検索サービス(getentry*, SRS, ARSA)
  • 相同性検索サービス(BLAST, FASTA, SSEARCH)*
  • データ解析サービス(CLUSTALW)*

復旧次第,DDBJ のHP にてお知らせいたします。ご迷惑をお掛け致しますが,皆様のご理解とご協力お願い致します。

5月8日20:00 に障害が復旧し,サービスを再開いたしました。長期間の停止となりご迷惑をおかけいたしましたことをお詫びいたします。

ヒト CAGE データの追加公開(MGA エントリ) 2006.5.2
理化学研究所から登録されたヒト由来の短い転写物配列189万余エントリを MGA データとして公開しました。このデータは CAGE 法によって作成されています。
これらのデータを含めて MGA データは以下のサイトより取得できます。
FTPサイト:

関連ページ:

SAKURA システム停止のおしらせ 2006.5.2
SAKURA は DDBJ が提供する WWW を利用した塩基配列データ登録システムです。
サーバ保守作業のため下記の期間におきまして SAKURA システムを停止いたします。
ご不便をおかけいたしますが皆様のご理解とご協力をお願い致します。
5月9日 (火) 9:00 ~ 5月10日 (水) 9:00
GIB にデータ追加 2006.5.2
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Ralstonia metallidurans CH34 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
H-Invitational 関連データベースの更新 2006.4.28
ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) が公開されました。データベースのversion が "3.0" になりました。
GIB にデータ追加 2006.4.26
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Institute により Psychrobacter cryohalolentis K5 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
メダカ strain Hd-rR WGS 22万エントリの新規公開 2006.4.21
東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の WGS データ22万エントリが公開されました。アクセション番号は以下の通りです。
これらは4/19分の新着データとしてDDBJより公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
参考 URL:http://medaka.utgenome.org/
アクセッション番号:BAAF02000001-BAAF02223025 (223,025 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名Oryzias_latipes_WGS_060419_1.seq.gz
メダカ strain Hd-rR scaffold/CON 3万エントリの新規公開 2006.4.21
東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の scaffold/CON データ3万エントリが公開されました。4/11 に公開されたメダカ WGS データと対応しています。アクセション番号は以下の通りです。
これらは4/14分の新着データとしてDDBJより公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
参考 URL:http://medaka.utgenome.org/
アクセッション番号: DF038236-DF069193 (30,958 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名 Oryzias_latipes_CON_060414_1.seq.gz*
*gap長の取り扱いに関する手違いのため、6/8 にファイルを差換えました。(差換え後のファイル名:Oryzias_latipes_CON_060524_1.seq.gz)
ゲノムネットワークプラットフォーム公式ポータルサイト公開 2006.4.21
国立遺伝学研究所を拠点とし,ゲノムネットワークプロジェクトの戦略的な研究プログラムの1つであるヒトゲノムネットワークプラットフォームの公式 Web サイト及び FTP ダウンロードサイトを2006年1月25日に公開致しました。
4月21日に初回バージョンアップが実施されております。詳しくは こちら をご覧下さい。
getentry「FTP ファイル転送」選択時の結果出力障害に関するおわび 2006.4.21
getentry の結果取得方法で「FTP ファイル転送」を選択した際,anonymous ftp サイトに結果が出力されないという障害が発生しました。
以下の期間に結果取得方法として「FTP ファイル転送」を選択し getentry をご利用になった方は,お手数をお掛け致しますが再度検索を実行して下さいますようお願い申し上げます。「画面表示」「メール送信」を選択した場合には影響はありません。
期間:2006年4月18日14時から20日18時まで
現在この障害は解消し,結果ファイルは正しく作成されています。ご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。
GIB にデータ追加 2006.4.20
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで, 真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Instituteにより Nitrobacter hamburgensis X14Chromohalobacter salexigens DSM 3043 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
国立遺伝学研究所ネットワークサービス停止 2006.4.19
国立遺伝学研究所ネットワーク保守作業のため,下記日程におきましてネットワークサービスを停止いたします。
この間は,DDBJ のネットワークサービスも停止いたします。また,国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig, minerva のサービスを停止します。
ご迷惑をおかけいたしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
>2006年4月26日(水)16:00 から 18:00
「DDBJing 講習会 in 三島」開催決定 2006.4.18
DDBJ では,塩基配列の登録や DDBJ が提供しているデータベース検索・解析サービスをユーザの方々により有効に利用していただくために,全国各地で「DDBJing 講習会」を開催しています。
講習会では,DDBJ のスタッフが中心となっておこなう講議や実習を通して,サービスのについての理解を深め,具体的な使い方を学んでいただいています。
6月14-15日に静岡県三島市の国立遺伝学研究所での開催が決定しましたのでご案内いたします。
今回は SAKURA を利用した塩基配列登録の講議・実習やデータベース検索実習など新しく DDBJ ユーザになられた方にもわかりやすい内容の講議を予定しています。 PC を用いた実習の時間を多く設け,より実践的な知識を身に付けていただける講議内容を予定していますので是非ご参加下さい。
参加受付けは4月24日より開始する予定です。 講習会サイト をご覧の上ご応募下さい。皆様のご参加をお待ちしています!
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新 2006.4.14
DDBJ リリース65 公開にともない, 統計の詳細で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした 登録塩基数上位30種の順位推移(~DDBJ rel.65)を更新しました。 Aedas aegypti(ネッタイシマカ)が新たに30位にランクインしました。 生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。
GIB にデータ追加  2006.4.13
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Burkholderia xenovorans LB400Methanococcoides burtonii DSM 6242Methylobacillus flagellatus KTPolaromonas sp. JS666Shewanella denitrificans OS217Rhodopseudomonas palustris BisB5 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
メダカ strain Hd-rR WGS 23万エントリの新規公開 2006.4.12
東京大学から登録されたメダカ strain Hd-rR の WGS データ23万エントリが公開されました。
アクセション番号は以下の通りです。
これらは4/11分の新着データとしてDDBJより公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
参考 URL:http://medaka.utgenome.org/
アクセッション番号:BAAF01000001-BAAF01232667 (232667 entries)
anonymousFTP 一括取得:ファイル名 Oryzias_latipes_WGS_060411_1.seq.gz
PRF Rel. 108 公開 2006.4.12
4月11日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 108 を公開しています。PRF Rel. 108 はエントリ数が 555,007,総アミノ残基数が 195,762,527 aa です
GIB にデータ追加 2006.4.10
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Washington University School of Medicine により Escherichia coli UTI89 の,CNRS により Rickettsia bellii RML369-C のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
S&W SEARCH サービス終了のお知らせ 2006.4.10
DDBJ が WWW と E-mail で提供している相同性検索サービス S&W SEARCH につきましては既に2005年2月18日にサービス終了予告(ハードウェア製造社の解散に伴い,2005/4/1以降,サービスに支障をきたすようなハードウェア障害が発生した時点でサービスを終了する)のお知らせをしていましたが,2006年3月22日に発生いたしましたハードウエア障害の復旧が不可能なため,2006年4月7日をもちましてサービスを終了いたしました。皆様にはご不便をお掛けすることになり誠に申し訳ございませんが,やむを得ない事情を御理解下さいますようお願いいたします。
S&W SEARCH に代わるサービスとしては, SSEARCH が S&W SEARCH と同様なアルゴリズムを用いた検索サービスとしてご利用できますので,今後はこちらをご利用下さい。
長い間ご利用いただきありがとうございました。
H-Invitational 関連データベースの更新  2006.4.7
H-Invitational に関連するデータベースの内容が更新されました。主な更新内容は以下の通りです。

  1. cDNA エントリ数が 56,419 から 167,992 に増加しました。
  2. LOCUS エントリ数が 25,585 から 35,005 に増加しました。
  3. ミラー H-Invitational Database (H-InvDB)* の version が "3.0" になりました。

*ミラー H-InvDB は近日中に更新されます。
H-Invitational 関連データベース

コムギ EST 24万エントリの新規公開 2006.4.6
京都府立大学から登録されたコムギの EST データ24万エントリが公開されました。
アクセション番号は以下の通りです。
これらは4/4分の新着データとして DDBJ より公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
アクセッション番号:CJ493525-CJ736986 (243462 entries)
anonymousFTP 一括取得: ファイル名 Triticum_aestivum_EST_20060404_1.seq.gz
ARSA サービスの一時停止 2006.4.5
ARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation)は DDBJ がテスト公開しているキーワード検索システムです。
システムメンテナンスのため,以下の日程でサービスを停止いたします。この間はキーワード検索システム SRS やアクセッション番号などによる検索システム getentry をご利用下さい。
ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
サービス停止期間:
2006年4月12日(水)9:00 から 22:00まで
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.4.3
以下の会議を追加しました

GIB にデータ追加 2006.4.3
GIB (Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
University College Cork により Lactobacillus salivarius subsp. salivarius UCC118 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
DDBJ リリース 65 完成 2006.4.3
DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは,リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。 3月30日に DDBJ リリース65 を完成しました。リリース65 のエントリ数は 55,890,995,総塩基数は 60,564,721,635 です。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房サービス終了 2006.3.31
DDBJ が WWW で提供している「DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房」はハードウエアの障害により,3月31日をもってサービスを終了いたしました。代替サービスとしてヒトの全長cDNA配列データベースである H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server をご利用下さい。
皆様にはご不便をお掛けすることになり誠に申し訳ございませんが何卒ご理解とご協力の程よろしくお願い申し上げます。2000年4月のサービス開始から6年間にわたるご利用ありがとうございました。
DDBJ メールマガジン No.25 配信 2006.3.30
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。本日第25号を配信しました。今回の内容は DDBJing 講習会開催決定,getentry 検索結果取得方法に新機能追加,Web 版 BLAST 結果表示画面に機能追加などです。DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第14回は大遺伝子発現解析研究室の小笠原 理 助手による「ハプロタイプブロックについて一言」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は, 申込み・変更ページでメールアドレス・氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
「ご利用の前に」ページ公開 2006.3.28
DDBJ のサービスをご利用いただく際にご一読いただきたい内容を掲載した「ご利用の前に」というページを公開しました。
このページは「登録に附随する権利と義務」「データ利用に関する説明」「サイトポリシー」「個人情報の取り扱いについて」という項目で構成されています。各ページの左カラムにあるボタンの上から2番目「ご利用の前に」をクリックしてご参照下さい。
GIB にデータ追加 2006.3.27
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Rhodopseudomonas palustris BisB18 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
S&W SEARCH サービスの一時停止 2006.3.22
サーバ障害のため現在 S&W SEARCH のサービスを停止しています。復旧しましたらこのページでご案内いたします。
ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
GIB にデータ追加 2006.3.22
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Saccharophagus degradans 2-40 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.3.20
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Kitasato University により Chlamydophila felis Fe/C-56 の, RITE により Desulfitobacterium hafniense Y51 の,JGI により Rhodoferax ferrireducens DSM 15236 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.3.17
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Oak Ridge National Laboratory により Francisella tularensis subsp. holarctica LVS のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
SRS「DDBJRELEASE」の AUTHORS と TITLE に関する検索不具合 2006.3.15
DDBJ ではキーワード検索サービスの1つとして SRS を提供しています。SRS のインデックスファイルの一部に不備があり,正しい検索結果を得られない状態が続いていました。
この不具合により検索対象データベースとして「DDBJRELEASE」が選択された場合,AUTHORS と TITLE というフィールドの一部が検索対象となっておりませんでしたので同項目内が正しく検索できませんでした。
Quick Search では「DDBJRELEASE」を選択して検索した場合,Advanced Search では「DDBJRELEASE」また「DDBJ」を選択し,AllText, Authors, Titleのうちひとつでも指定して検索した場合において影響がありました。
3月13日に修正が完了しており,現在は正常に検索結果を得ることができます。
詳細は以下の通りです。

  • 影響のあった範囲:DDBJRELEASE の AUTHORS と TITLE の一部
  • 期間:
    AUTHORS に関する検索 2004/10~2006/3/13
    TITLE に関する検索 2006/2~2006/3/13

  • 対応:対象となる項目の再インデクシング(3月13日対応済)

正しい検索ができない状況が続いていたことにより,ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。

ヒト EST 13万エントリの新規公開 2006.3.14
3月14日に理化学研究所ゲノム科学総合研究センターから登録されたヒトの EST データ13万エントリが公開されました。アクセション番号は以下の通りです。
これらは3/14分の新着データとして DDBJ より公開されており,anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
アクセッション番号: DB441779-DB577968 (136190 entries)
anonymousFTP 一括取得: ファイル名 Homo_sapiens_EST_20060314_1.seq.gz
getentry 検索結果取得方法に新機能追加 2006.3.13
getentry は DDBJ が web サーバと E-mail サーバで提供しているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。 web 版では, 結果取得の方法が3通り(画面表示,メール送信,FTP ファイル転送 )から選択することができ,このうち「FTP ファイル転送」を選択すると,最大100,000件までの大量エントリデータを取得することが可能です。出力結果が含まれたファイル名は画面上に表示されますが,これまでは,エントリが大量の場合にはファイル作成に時間がかかるにもかかわらず,作成状況の確認ができませんでした。
そこで,2006年3月13日より結果取得方法で「FTP ファイル転送」選択時に利用できる2つの新機能を追加しました。

  • ファイルの作成状況の確認
    下部フレームの,ファイル名の下の 「ファイル作成状況」をクリックすると作成状況を示すメッセージが 表示されます。

  • ファイル作成完了通知メール
    メールアドレスを入力しますと ファイル作成完了後に通知メールを送信します。

3月上旬まで起こっていました「FTP ファイル転送」 選択時に一度に取得できるエントリが 5000 件程度に限られるという不具合は解消されましたので,今後はこの機能を大いにご利用下さい。

GIB にデータ追加 2006.3.3
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Jannaschia sp. CCS1 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.3.2
以下の会議を追加しました

DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房サービス終了のおしらせ 2006.3.2
DDBJ が WWW で提供している「DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房」はハードウエアの障害により,3月31日をもってサービスを終了することになりました。代替サービスとしてヒトの全長cDNA配列データベースである
H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server をご利用下さい。
皆様にはご不便をお掛けすることになり誠に申し訳ございませんが何卒ご理解とご協力の程よろしくお願い申し上げます。2000年4月のサービス開始から6年間にわたるご利用ありがとうございました。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.2.27
以下の会議を追加しました

  • 国際ワークショップ「生物情報資源の相互運用性」 (3/17)

    DDBJの菅原が講演します
相同性検索検索対象データベースの一部不備の復旧 2006.2.27
DDBJ の 相同性検索サービス において,システム障害が発生しておりましたが,復旧作業が完了しました。現在は正常に検索結果が得られる状態です。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。

  • 影響期間:2006年2月19日12時から2月27日 15時30分まで
  • 影響のあったサービス:PSI-BLAST を除く相同性検索の全サービス(WWW,E-mail とも)*

* S&W SEARCHにつきましては,データベースを反映させるのに若干の時間を要するため,もうしばらく復旧に時間が掛かります事をご了承下さい。
復旧しました。現在全てのサービスが正常です(3/1 02:15)。

相同性検索における検索対象データベースの一部不備に関するおわび 2006.2.24
DDBJ の 相同性検索サービス において,システム障害が発生しております。
そのため,検索結果が正確に得られない可能性があります。
現在復旧作業中です。復旧の予定がわかり次第当ページで報告いたします。
影響範囲は以下の通りです。

  • 期間:2006年2月19日より
  • 影響のあるサービス:PSI-BLAST を除く相同性検索の全サービス(WWW,E-mail とも)
  • 影響のあるデータベース:塩基配列データベース
  • 影響のあるディビジョン:
    BCT(バクテリア(原核生物))
    GSS (genome survey sequences)
    INV(無脊椎動物)
    MAM(哺乳類(ヒト,霊長類,齧歯類を除く))
    PLN(植物・酵母・藻類)
    ROD(齧歯類)
    SYN(合成配列 (合成遺伝子))
    VRT(脊椎動物)
    VRL(ウイルス)

ユーザの皆様にご迷惑をお掛しておりますことを深くお詫び申し上げます。

GIB にデータ追加 2006.2.24
GIB (Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Anaplasma phagocytophilum HZEhrlichia chaffeensis Arkansas Neorickettsia sennetsu Miyayama のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
FTP サーバ緊急保守のおしらせ 2006.2.22
急なお知らせとなりますが,本日 FTP サーバの緊急保守のため,下記のサービスを停止いたします。ご迷惑をおかけしますが皆様のご理解とご協力をお願い致します。
停止サービス: getentry, SRS, Anonymous FTP, SQmatch
停止期間: 2月22日(水) 15:00 ~ 17:00
GIB にデータ追加 2006.2.20
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
The University of Oklahoma Health Sciences Center により Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 の Joint Genome Institute により Methanospirillum hungatei JF-1 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
GIB にデータ追加 2006.2.15
GIB (Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
JGI により Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 の University of California により Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.2.13
以下の会議を追加しました

minerva 定期保守のおしらせ 2006.2.13
国立遺伝学研究所の数値計算サーバ minerva (VPP5000) の定期保守のため,下記日程におきまして minerva のサービスを停止いたします。皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日:2006年2月17日(金) 12:00~21:00
統計「登録塩基数上位30種の順位推移」更新 2006.2.10
DDBJ リリース64 公開にともない,統計の詳細で公開している登録塩基数を生物種別にランキングした登録塩基数上位30種の順位推移(~DDBJ rel.64)を更新しました。 Ovis aries(ヒツジ)が新たに26位に,Gasterosteus purpuratus(イトヨ)が30位にランクインしました。生物種をクリックして推移のグラフをご覧下さい。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.2.10
以下の会議を追加しました

  • MGED9-The Meeting of the Microarray Gene Expression Data Society (9/7-10)
GIB にデータ追加 2006.2.9
GIB (Genome Information Broker)は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
TIGR により Cyanobacteria bacterium Yellowstone A-PrimeCyanobacteria bacterium Yellowstone B-Prime の,JGI により Frankia sp. CcI3 Rhodopseudomonas palustris HaA2 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
H-Invitational データベースの更新 2006.2.8
1月27日に H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server および ミラーリング H-InvDB(リリース番号:H-InvDB_2.4)のデータ内容を更新しました。
更新内容:
- 外部データベースの ID を更新 (HUGO/Entrez Gene)
- alternative splicing isoform (パターン分類)
GIB にデータ追加 2006.2.7
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Joint Genome Instituteにより Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C の Integrated Genomics Inc. により Syntrophus aciditrophicus SB のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.2.3
以下の会議を追加しました。

ClustalW サービス(Web 版)一時受付不能のおわび 2006.2.3
ClustalW は DDBJ が web サーバと e-mail サーバで提供している解析サービスです。
1月28日 11:00 から 1月29日 0:00 までの間,web 版サーバのディスクエラーのためクエリを受付けることができませんでした。 現在は受付を再開しサーバも正常に機能していますが,ご迷惑をお掛け致しましたことをお詫び致します。
GIB にデータ追加 2006.2.3
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Universidad S/N, Col. Chamilpa により Rhizobium etli CFN 42 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
第5回日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース参加申込み受付開始 2006.2.2
3月14日から17日まで,国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センターで,第5回日韓中バイオインフォマティクス・トレーニングコースを開催します。このコースは,日韓中の若手研究者を対象とした定員30名のトレーニングコースで,バイオインフォマティクスの様々な分野の研究者から講議と実習を受けることができます。 講師陣は日韓中の研究者達に加え,今年はシンガポール・タイ・インドネシアからも加わり,アジアの研究者同士の交流の場としても期待されます。
詳細は 講習会サイトをご覧のうえ,興味をお持ちの方はどうぞご応募下さい。お待ちしています。

  • 日時:3月14日から17日
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター(静岡県三島市)
  • 対象:バイオインフォマティックスの研究を行っているか行おうとしている大学院生かポストドクで,日本国籍を有し,英会話ができる人(日本からの参加定員10名)
  • 特典:選考の上受講生に選ばれた人には旅費と滞在費支給(受講料無料),パソコン貸与
  • 応募締切:2月20日
Web 版 BLAST 結果表示画面に機能追加 2006.2.2
DDBJ では相同性検索サービス BLAST を e-mail サーバ,web サーバならびに SOAP サーバ で提供しています。このうち Web 版 BLASTには検索結果をグラフィカルに表示し, ClustalW への連携を簡便に行なう Graphical View という機能があります。結果表示ページから ClustalW 設定画面に移動する際に使用する項目の機能拡張を2月2日に行ないました。
詳細は以下の通りです。

  • 結果表示画面機能拡張
    結果表示画面の Graphical View および Text View について,以下の (1),(2) による指定と,2つの間で AND または OR 条件での選択を可能としました。
    (1)E Value または Score:どちらか一つを選択し入力欄に値を指定してから SELECT ボタンをクリックすることで条件を満たす配列を選択することができます。
    (2) Overlapping Positions:query の範囲を指定し,Entirely または Partially を選択してから SELECT ボタンをクリックすることで条件を満たす配列を選択します(Entirely は入力した範囲がすべて含まれる場合,Partially は入力した範囲が部分的にでも含まれる場合に配列が選択されます。
    また,入力欄の片方にだけ値を指定すると入力した位置を含む配列が選択されます)。
    さらに複合条件として,E Value または Score の条件と Overlapping Positions の条件との間で,AND または OR を指定することも可能です。
    どちらかの条件しか使用しない場合は AND,OR の指定はどちらも同じ扱いです。

  • ClustalW との連携機能の修正
    blastx, tblastx で検索し,Query とヒットしたエントリを選択して ClustalW へ連携すると,DNA 配列のエントリとアミノ酸配列のエントリが混在して設定されてしまいます。
    これを回避するために blastx, tblastx で検索した場合は,Query を選択できないよう変更しました。

  • その他
    ClustalW オプション設定画面に移動するための "GO TO CLUSTALW" ボタンを GraphicalView の下だけでなく,上にも追加しました。スクロールの手間が省けます。
イネ EST 78万エントリの新規公開 2006.2.2
1月31日から2月2日にかけて,農業生物資源研究所から登録されたイネ(Oryza sativa (japonica cultivar-group))の EST データ78万エントリが公開されました。
アクセション番号は以下の通りです。

  • CI000001-CI778739

これらは1月31日-2月2日分の新着データとして DDBJ より公開されており, FTP サイト から取得することができます。
- rice_EST1.seq.gz(CI000001-CI250000:圧縮サイズ83MB)
- rice_EST2.seq.gz(CI250001-CI500000:圧縮サイズ76MB)
- rice_EST3.seq.gz(CI500001-CI778739:圧縮サイズ79MB)

ヒトEST 162万エントリの更新 2006.2.2
データ登録元の東京大学医科学研究所および株式会社リバース・プロテオミクス研究所の要請により,ヒト EST データ162万エントリの文献情報が更新されました。
対象のアクセション番号は以下の通りです。

  • AU116789-AU117215
  • AU117217-AU144110
  • AU144112-AU160826
  • AU279383-AU280837
  • BP192706-BP383670
  • DA000001-DA999999
  • DB000001-DB384947

これらは1/17-1/26分の新着データとして DDBJ より再公開されており,getentry で取得することができます。

DDBJ メールマガジン No.24 配信 2006.1.30
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。本日第24号を配信しました。
今回の内容は「DDBJing & PDBjing 講習会 in 大阪」参加受付中!,Bioinformatics Training Course 開催決定,ARSA 機能改善,大腸菌 W3110 株完全長ゲノム配列の公開などです。DDBJ スタッフによるよしなしごと小欄第13回はデータベース運用開発研究室 菅原 秀明 教授の「グーグる」です。
このメールマガジンの配信を希望される方は, メールマガジンのサイト 緑色のボタン「申込み・変更」をクリックして,メールアドレスなどを入力して下さい。 氏名・所属などを記入していただくだけで,手続きは完了します。
GIB にデータ追加 2006.1.27
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
J. Craig Venter Institute により Erythrobacter litoralis HTCC2594 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
相同性検索EST X.tropicalis(旧名:S.tropicalis)ディビジョンの検索不備についてのおわび 2006.1.26
DDBJ の相同性検索では検索対象ディビジョンの指定が可能で,さらに EST については,登録数の多いものから生物種を選択して指定することができます (DDBJ 全データ,DDBJ 新着データ選択時に有効)。 2004年に,その EST の1つである Silurana tropicalis について,生物名が Xenopus tropicalis に変更されたました。しかしながら,データ作成処理および検索ページ表記変更に漏れがあり,S. tropicalis のままとなっていたため,相同性検索実行時に EST の X. tropicalis ディビジョン指定での検索ができず,S. tropicalis ディビジョンを指定した場合には正しく検索が行われませんでした。詳細は以下の通りです。

  • 期間:2004年7月より2006年1月20日まで
  • 影響のあったサービス:PSI-BLAST を除く相同性検索の全サービス(WWW,E-mail とも)
  • 状況:検索対象ディビジョンとして EST の S. tropicalis ディビジョンを指定して検索を行なってもヒットしない(EST division を「select-all」または「上記以外」を指定した場合にはヒットした)。
  • 対応:データ作成処理および検索ページの表記を修正し,現在は正しい検索結果が得られます。
    なお,今後の防止対策として,データのチェックシステムを導入する予定です。

正しい検索ができない状況が長期間にわたって続いていたことにより,ユーザの皆様に多大なご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。

大腸菌 W3110 株完全長ゲノム配列の公開 2006.1.24
DDBJ では,大腸菌 W3110 株 (Escherichia coli K-12 W3110) の完全長ゲノム配列の公開を行ないました。アクセッション番号は AP009048です。
大腸菌 K-12 株のゲノムアノテーションにつきましては, Marine Biological Laboratory (MBL) の Monica Riley が中心となり,これまでに,2003年と2005年の2回にわたってannotation workshop が開かれてまいりました。本 workshop では,日本からは 奈良先端科学技術大学院大学, 基礎生物学研究所,DDBJ が参加し,米国で配列が決定された MG1655 株と日本で決定された W3110 株の各ゲノムに対する最新のアノテーションづけを行ないました。
なお,workshop の成果に関する論文が,2006年1月5日付の Nucleic Acids Research より発表されております。
Riley, M. et al. "Escherichia coli K-12: a cooperatively developed annotation snapshot--2005", Nucleic Acids Res. , 34, 1-9 (2006).
大腸菌は,分子生物学,ゲノム配列解析,システム生物学などの様々な生物学分野において用いられる重要な生物の一つであり,今回のゲノム配列公開による最新で正確なアノテーション情報の提供は,学術見地から見ても非常に有意義であると思われます。
参考 URL
大腸菌 W3110 株ゲノムデータベース GenoBase
MBL News
GIB: Escherichia coli K-12 W3110 *
*なお,大腸菌ゲノム更新版は,微生物ゲノム情報を網羅している Genome Information Broker (GIB)でも公開即日反映されております
大学進学希望者向け案内書にDDBJ-CIB スタッフ紹介 2006.1.19
DDBJ の活動に携わっている6名の教授が,「学問前線 理科系100分野の大学学科・専攻ランキング 2006 --生命誕生からユビキタスまで--」(河合塾/編・著, 角川学芸出版,2005年11月発行)という書籍の中で,バイオインフォマティクスで世界に挑戦する大学,学科,専攻の研究者として紹介されました 紹介された分野は下記のとおりです。
・構造・機能の解析・予測:舘野義男,西川健
・ゲノム情報分析:五條堀孝,菅原秀明
・オーム研究:大久保公策
・分子進化学:斎藤成也
この書籍は,大学進学を目指す若い人たちが,大学,学部,学科を選択するにあたって参考になるように編まれたものです。
理工系の学部,学科を志望する学生の増加とバイオインフォマティクス分野の底辺の拡大の一端となれば幸いです。
GIB にデータ追加 2006.1.19
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Kitasato University により Sodalis glossinidius morsitans の The Ohio State University により Aster yellows witches'-broom phytoplasma AYWB のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
ARSA のサービス再開 2006.1.19
ARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation)は DDBJ がテスト公開しているキーワード検索システムです。
システムメンテナンスのために一時停止していサービスを再開いたしましたのでお知らせいたします。 今回のメンテナンス作業の結果,下記の点が改善されました。
・夜間の停止(毎日2,3時間)の停止がなくなりました
・結果 (FlatFile, XML) の表示が早くなりました
サービス停止中は皆様に御迷惑をおかけいたしました。今後もどうぞご利用下さい
Nucleic Acids Research に DDBJ に関する論文掲載 2006.1.18
Nucleic Acids Research では,毎年1月1日にデータベース特集号が発行されています。
本年1月1日発行の Vol. 34, Database Issue に,DDBJ の活動ならびにDDBJ の運営するデータベースを紹介する下記の論文が掲載されました。
  • DDBJ の活動の紹介
    "DDBJ in preparation for overview of research activities behind data submissions."
    Kousaku Okubo, Hideaki Sugawara, Takashi Gojobori and Yoshio Tateno
    Nucleic Acids Research, 2006, Vol. 34, Database issue D6-D9
    (内容)INSDC の結成,新規データベースの公開等の活動報告。特に,INSDC に登録されたデータの詳細な分析内容が "Breakdown Statistics"(統計の詳細)として DDBJ HP 上で公開されたことが詳しく記載されています。
    (PMID: 16381940)

  • 新規データベース:BodyMap の紹介
    "BodyMap-Xs: anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for
    cross-species comparison of gene expression."

    Osamu Ogasawara, Makiko Otsuji, Kouji Watanabe, Takayasu Iizuka,
    Takuro Tamura, Teruyoshi Hishiki, Shoko Kawamoto, and Kousaku Okubo
    BodyMap-Xs: anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for
    cross-species comparison of gene expression
    Nucleic Acids Research, 2006, Vol. 34, Database issue D628-D631
    (内容)BodyMap-Xs は組織や細胞ごとの遺伝子発現データベースで,EST データを基に作成されています。
    (PMID: 16381946)

  • 新規データベース:RAP-DB の紹介
    "The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): hub for Oryza sativa
    ssp. japonica genome information."

    Hajime Ohyanagi, Tsuyoshi Tanaka, Hiroaki Sakai, Yasumasa Shigemoto,
    Kaori Yamaguchi, Takuya Habara, Yasuyuki Fujii, Baltazar A. Antonio,
    Yoshiaki Nagamura, Tadashi Imanishi, Kazuho Ikeo, Takeshi Itoh, Takashi
    Gojobori, and Takuji Sasaki
    Nucleic Acids Research, 2006, Vol. 34, Database issue D741-D744
    (内容)RAP-DB は、国際イネゲノム解読プロジェクトの成果に基づくイネの高精度アノテーション情報を収録したデータベースで,昨年12月に 公開されました。

    (PMID: 16381971)
GIB にデータ追加 2006.1.18
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
NIAS により Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
PRF Rel. 106 公開 2006.1.18
1月17日より PRF (Protein Research Foundation)/SEQ データベース Rel. 106 を公開しています。 PRF Rel. 106 はエントリ数が 476,919,総アミノ残基数が 169,825,865 aa です
GIB にデータ追加 2006.1.13
GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで,真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。
Goettingen Genomics Laboratory により Methanosphaera stadtmanae DSM 3091 のゲノム配列が決定され公開されました。これにともない GIB でもデータが検索ができるようになりました。
supernig 定期保守のおしらせ 2006.1.13
国立遺伝学研究所の解析サーバ (supernig) の定期保守のため,下記日程におきまして supernig のサービスを停止いたします。皆様のご理解とご協力をお願い致します。
期日: 2006年1月20日(金) 09:00~22:00
DAD rel. 34 公開 2006.1.12
1月11日よりDAD (DDBJ amino acid database) Rel. 34 を公開しています。 DAD rel. 34 はエントリ数が 2,799,119,総アミノ残基数が 859,887,417 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
”生命情報学関連の会議のお知らせ”更新 2006.1.12
以下の会議を追加しました

S&W SEARCH サービスの一時停止 2006.1.10
相同性検索 S&W SEARCH サーバのメンテナンスを行なうため,下記の日程で S&W SEARCH サービスを停止いたします。この間に受け付けましたリクエストはメンテナンスが終了次第,順次実行されます。ご迷惑をおかけしますが,皆様のご理解とご協力をお願い致します。
停止期間:2006年1月16日(月)14:00~18:00