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メダカゲノムの論文が Nature に掲載

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メダカ(ニホンメダカ)の全ゲノム情報が国立遺伝学研究所や東京大学の研究チームによって解読され,その概要配列が6月7日発行の英科学誌 Nature (vol447, pp.714-; Jul 7, 2007 / doi:10.1038) に発表されました。

メダカは日本人になじみが深く, 飼育のしやすさなどから日本では実験動物として良く利用されています。そのため,メダカ塩基配列データの多くは日本人研究者によって登録されています。

研究チームは7億塩基を解読し,20,141個の遺伝子を解明しました。8割以上がヒトの遺伝子と類似していることがわかり,そのため解読の成果は,今後脊椎動物進化の過程や,遺伝性疾患の原因の解明に役立つと期待されます。

この塩基配列は,Whole Genome Shotgun(WGS) ならびに Mass sequence for Genome Annotation(MGA) データとして DDBJ より DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースに登録されており,アクセッション番号は,BAAF03000000(Hd-rR, version 0.9),BAAF04000000(Hd-rR, version 1.0),BAAE01000000(HNI),ならびにACAAA0000001-ACAAA0356693(5'SAGE tags) です。

データは getentryで取得または,anonymousFTP一括取得(下記参照)することができます。 また,FTP を利用したリリースデータ取得のページの「WGS データ」と「MGA データ」よりダウンロードすることができますのでどうぞご利用下さい。

参考 URL:   http://medaka.utgenome.org/

アクセッション番号anonymousFTP 一括取得ファイル名サイズ(圧縮)
BAAF03000000(Hd-rR, version 0.9) Oryzias_latipes_WGS_060607_1.seq.gz 334MB
BAAF04000000(Hd-rR, version 1.0) Oryzias_latipes_WGS_070402_1.seq.gz 302MB
BAAE01000000(HNI) Oryzias_latipes_WGS_HNI_070402_1.seq.gz 269MB
ACAAA0000001-ACAAA0356693
(5'SAGE tag)
ACAAA_variable.gz 3.9MB


2007年6月8日
Last modified: Jun. 15, 2011