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RNA ワールドへの対応
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DDBJ をご利用いただいている方々の関心事は，多くの場合，ゲノム，mRNA，タンパク質をコードする遺伝子ではないでしょうか。もちろん，分子系統学などの視点から rRNA に関心を持つ方々も多いことでしょう。ここに挙げた情報を記述するだけで良いのでしたら，feature の項目は大まかに mRNA, CDS, rRNA と塩基配列の由来を示すための source だけで済むことになります。
しかし，実際には Feature Table Definition Document (以下，FT-Doc) において定義されている DDBJ/EMBL/GenBank が公式に認める features の数は 62 あります。 FT-Doc は毎年4月と10月の2回改訂されます。この FT-Doc 改訂に関しては，主として，DDBJ/EMBL/GenBank が毎年１回開催しております国際実務者会議(International Collaborators Meeting) において改訂の方針を集中協議して決定します(参考：第20回国際実務者会議報告)。後に各実務担当者がその施行に関する詳細をメールなどにて協議し決定します。 FT-Doc で定義される features は，2007年10月の改訂前には 65 ありました。これは単純に3つ廃止されたということではありません。実際には5つが廃止され，2つが追加されています。データベースは，単に登録データを収集し提供するだけではなく，時代の要請に歩調を合わせて，その在り方を変える努力もしています。 今年（2007年）の国際実務者会議では，「多様な新しい RNA 転写産物を，どう記述すべきか？」が主要な話題の一つでした。近年，miRNA，siRNA などの多様な RNA 転写産物が見出され，その知見も増加しております。今年の改訂前までは，比較的新しい RNA 遺伝子は，すべてmisc_RNA，つまり「その他の RNA 」を示す feature で記載していました。しかし，このような暫定的な方法による対応では，登録者・参照利用者の需要に応えることが困難になっていました。 そこで，この問題を解決するために，新規に２つの RNA を示す features である ncRNA と tmRNA を追加することを決定しました。タンパク質をコードしない RNA ファミリー数は増加することが予想されるため，ncRNA feature に統合します。これに伴い，snRNA，snoRNA，scRNA の３つのfeatures を，2007年12月(今月)までに ncRNA feature に統合します。また，これまでは misc_RNA で記載されている既存データのうち ncRNA，または，tmRNA とすべきデータも適宜，修正します。 このような過去のデータを新規則に合わせる修正をレトロフィットと呼んでいますが，毎年，10月に新 feature を記載可能にするようにデータベースシステムを修正し，12月までに既存データのレトロフィットを行うことが定例になっています。今回のレトロフィットは RNA world に関するパラダイム変化を象徴していますので，ここに紹介いたしました。 （第20回国際実務者会議報告より抜粋）
2007年12月7日 |
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Last modified: Jun. 15, 2011
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