高速BLAST の API 公開

Web API for Biology (WABI) では、DDBJ全件など大規模なデータベースに対して高速に検索することが可能な高速 BLAST サービスを公開しました。これまでのサービスと比べ計算時間が半分以下に短縮されます。例えば、DDBJ アクセッション番号が AB000001(DNA 配列長が660 bp)の配列をクエリとし、DDBJ 全件を参照データベースとして検索した場合に、既存サービスでは約10分かかりますが、高速 BLAST では約3分で実行することができます。

BLASTを高速に計算

高速BLASTはNCBI BLASTをPCクラスタの複数サーバで並列して処理することで高速に計算します。 NCBI BLASTを１ノードで実行した場合と比較し、数倍以上の高速化を実現します。

データベース分割による効率の良い計算

NCBI BLASTでは、大規模なデータベースを参照する場合、メモリ使用量がサーバのメモリ容量を超えて極端に遅くなることがあります。高速BLASTでは、サーバのメモリに格納されるようにデータベースを分割するため効率良く高速に計算します。

高速BLASTによる高速化の効果

以下のように計算時間が半分以下に短縮されます。計算時間は多数のジョブ投入による待ち時間を含みません。また、サーバの状態（データベースのキャッシュされているか否かなど）によっても変わります。

高速BLAST の使い方

詳細は，「高速 BLAST について」，使い方について のページをご参照下さい。

2009年8月13日

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