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NIG 計算機メンテナンス情報現在のリリース生命情報学関連の会議

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（緊急）ARSA 休止のお知らせ 2009.1.5

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。

年末年始休業中にシステム障害が発生していたために，現在サービスを休止しております。

現在復旧に向けての作業中です。復旧次第，DDBJ のHP にてご連絡いたします。

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解とご協力お願い致します。

復旧しました。ご迷惑をおかけしました。（1月5日 11時00分）

DDBJ 年末年始休業のおしらせ 2008.11.28

DDBJ リリース 76 完成 2008.12.24

エントリ数：98,220,409 塩基数：98,741,908,446
今リリースでの変更点：
2008年10月に DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table: Definition が改訂されました
DDBJ Release Note
現在公開されているリリースの情報

マウス海馬由来 CAGE MGA 552,486エントリの新規公開 2008.12.16

理化学研究所から登録されたマウス海馬由来 CAGE の MGA データ 552,486 エントリが公開されました。

アクセッション番号： AGAAA0000001-AGAAA0552486（552,486 entries)

参考 URL ：http://www.osc.riken.jp/

関連ページ： MGA 配列データについて

anonymousFTP 一括取得：AG_resource_index

これらは12/11分の新着データとしてDDBJより公開されております。

新 supernig サーバへの切替に伴うサービスの一時停止 2008.12.12

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムのシステム増強作業に伴い，国立遺伝学研究所大型計算機 supernig は，2008年12月15日（月）より「新 supernig」として運用を開始致します。
システム切替作業に伴い，下記日程にて国立遺伝学研究所大型計算機 supernig サービスを一時停止致します。

停止期間：	2008年12月11日（木）17時より　15日（月）9時まで
理由：	システム切替作業のため

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

国立遺伝学研究所ならびに DDBJネットワークサービスの一時停止 2008.11.26

ネットワークの保守作業に伴い，下記日程にて国立遺伝学研究所ならびに DDBJネットワークサービス，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig サービスを一時停止致します。

停止期間：	2008年12月3日（水）15時より17時まで
理由：	ネットワーク保守作業のため

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

シロアリ腸内細菌 CfPt1-2 ゲノム配列 5 エントリの新規公開 2008.11.25

理化学研究所から登録されたシロアリの腸内原生生物の細菌内共生細菌 CfPt1-2 (Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae genomovar. CFP2) の全ゲノム配列データ 5 エントリが公開されました。getentry より検索可能です。

アクセッション番号は以下の通りです。

AP010656-AP010660 (5 entries)

これらは 11/18 分の新着データとして DDBJ より公開されております。

関連ページ：

DDBJ リリース 75 完成 2008.9.26

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。9月25日に DDBJ リリース75 が完成しました。リリース75 のエントリ数は 92,840,037 総塩基数は 95,219,505,205 です。今回のリリースより TSA division (Transcriptome Shotgun Assemblies) を開始しました。詳細につきましては，DDBJ リリースノートおよび第 21 回国際実務者会議をご覧ください。

FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページより可能です。

相同性検索システム障害による一部サービスの停止 2008.9.26

現在，国立遺伝学研究所のネットワークシステムにおいて障害が発生し，以下のサービスが利用出来ない状態になっております。

停止期間：9月26日1時20分以降
影響のあるサービス： FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM, ClustalW

現在復旧に向けての作業中です。復旧次第，DDBJ のHP にてご連絡いたします。

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解とご協力お願い致します。

全てのサービスが復旧しました。ご迷惑をおかけしました。（9月26日 11時00分）

第1回 “蔵 de サイエンス” が開催されます2008.9.9

DDBJ の関連機関「遺伝学普及会」は，一般の方々を対象に生命科学に関する話題を分かりやすく解説し，サロン的な雰囲気の中で講師と参加者が気軽に対話を楽しむ場として， “蔵 de サイエンス” をスタートします。今後，年数回のシリーズで企画される方針で，第1回目となる今回は，五條堀孝国立遺伝学研究所副所長生命情報 DDBJ 研究センター長が，「“いのちを考える” DNA が語る病気と健康の未来」をテーマに講義をいたします。

開催日程 : 10月25日(土)18:00～20:00
開催場所 : 丸平商店有形文化財土蔵 (三島大社西徒歩1分)

参加申込方法など，詳細につきましては，財団法人遺伝学普及会ホームページの第1回 “蔵 de サイエンス” 開催のお知らせをご覧ください。

停電による遺伝研ネットワーク障害とサービスの停止 2008.8.22

8月21日夕方に発生した落雷による停電のため，国立遺伝学研究所のネットワークサービスに影響がありました。詳細は下記のとおりです。

停電の発生時刻：8月21日 18時15分

影響のあったサービス：国立遺伝学研究所のネットワーク通信

すべてのサービスが停止した期間：8月21日(木)18時15分～22時30分頃

現在も利用できないサービス：

FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM, ClustalW
ARSA の DAD 検索

停止中のサービスにつきましては，現在復旧に向けての作業中です。復旧次第，DDBJ HP にてご連絡いたします。ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM，ClustalW のサービスが復旧しました。（8月22日 10時30分）

ARSA の DAD 検索サービスが復旧し，全てのサービスが正常に戻りました。ご迷惑をおかけしました（8月22日 20時00分）

統合DBプロジェクトの一環として構築中の Trace Archive データの FTP 公開開始 2008.8.19

DDBJ では， Trace Archive の受付・公開を行っております。この度，DDBJ で受け付けた 2 登録の FTP 公開を開始いたしました。 anonymousFTP サイトから，以下のデータの波形データ，配列，クオリティ，トレース情報の一括取得が可能です。

国立遺伝学研究所 (NIG) が決定したOryzias latipes (メダカ) の WGS データに対応するトレースデータ;
NCBI によって付与される TI 番号は以下の通りです:
- 2095022956-2095389675
- 2095396176-2096435759
- 2096858496-2096933759
  FTPファイル：NIG (メダカ)
東京大学 (UTCOB) が決定したヒト腸内微生物群の WGS データに対応するトレースデータ;
NCBI によって付与される TI 番号は以下の通りです:
- 2097946941-2099007079
  FTPファイル：UTCOB (ヒト腸内微生物群)

第21回国際実務者会議報告 2008.8.12

DDBJ メールマガジン No.39 配信 2008.8.8

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。8月8日に第39号を配信しました。今回は，Trace Archive の受付・公開開始，国際塩基配列データベースの総塩基数 2000億(200G)突破，DDBJ が提供しているサービスの一部終了のお知らせなどです。ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は，申込み・変更ページで簡単に手続きできますので，この機会に是非お申し込み下さい。

DDBJ が提供しているサービスの一部終了のお知らせ 2008.8.7

統合DBプロジェクトの一環として構築中の Trace Archive の受付・公開を始めました 2008.8.6

supernig 緊急保守作業のため一時停止 2008.7.14

nsclogin の緊急保守作業に伴い，現在，所外からの国立遺伝学研究所大型計算機 supernig へのアクセスを中断させていただいております。対応作業完了次第、HP にてご連絡致します。

停止期間： 2008年7月14日（月）11時45分より
理由：緊急保守作業のため

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

保守作業が終了し，所外よりのアクセスが可能となりました。作業が長引き，ご迷惑をおかけいたしました。(7月25日 12:00)

ARSA での DDBJ，DAD 検索の一時停止 2008.7.9

ARSA は DDBJ が WWW で提供している高速なキーワード検索サービスです。データベースのうち，DDBJ, DAD の更新作業を以下の日程で実施いたします。

期間：2008年7月18日 (金) 9時より18時まで ( 終了次第 HP にてお知らせいたします )
停止サービス：
- ARSA の DDBJ, DAD 検索
- TXSearch からの ARSA 参照機能
- DDBJ HP からの DNA 検索
備考：上記停止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが，結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。その他のサービスは利用可能です。

ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

作業は終了致しました。ご協力ありがとうございました。( 7月18日18時00分 )

DAD リリース 44.0 公開 2008.7.7

7月4日より DAD (DDBJ amino acid database) Rel. 44.0 を公開しています。 DAD Rel. 44.0 はエントリ数が 12,561,319，総アミノ残基数が 3,268,722,437 aa となっています。

FTP による定期リリースおよび新着データの取得は，FTP・WebAPI のページより可能です。

HMMPFAM での検索結果の加工時の不具合についてのお詫び 2008.7.3

HMMPFAM は DDBJ が WWW および E-mailで提供している隠れマルコフモデルを用いたモチーフ検索システムです。このたび，HMMPFAM の E-mail を使った検索・解析サービスにおいて，ごく稀に結果を取得できない場合があった事が判明いたしました。詳細については下記の通りです。

不具合内容： 検索結果を E-mail で受け取る指定をした場合、ごく稀に検索結果が取得できない場合がありました。
原因： 検索結果ファイルのサイズが大きいことにより，HMMPFAM システムが検索結果の加工に失敗
期間： 2007年2月27日から 2008年6月16日まで
対応： 問題の不具合を修正し, データの是正を行いました。現在は対応作業が完了し, 正常に検索結果を得ることができます。

ご迷惑をおかけしましたことを心よりお詫び申し上げます。

DDBJ リリース 74 完成 2008.6.24

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。6月24日に DDBJ リリース74 が完成しました。リリース74 のエントリ数は 87,903,140，総塩基数は 91,294,770,939 です。

FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページより可能です。

getentry での CON エントリの配列表示の不具合についてのお詫び 2008.6.20

getentry は DDBJ が WWW および E-mail で提供しているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。このたび，getentry の CON エントリの配列表示にて，一部のエントリで誤った結果が表示される状態が発生していることが判明いたしました。詳細については下記の通りです。

不具合内容：
1. 引用されているピースエントリの配列の領域が complement の場合に，誤って順鎖向き (forward) の配列が抜き出されてしまう (正しくは相補鎖 ( complement ) を抜き出すべき)。 ==>対応致しました。( 7月3日 )
2. ピースエントリに CON エントリが含まれている場合，配列を正しく表示できない。==>対応致しました。( 2009年1月16日 )
不具合箇所：CON エントリを検索した場合，下記の配列表示あるいは配列ファイル転送が正常に動作しておりません。
- 出力形式："全塩基配列 FASTA" を選択
- 取得方法："画面表示"，"メール送信" または，"FTP ファイル転送" を選択
  
  出力形式："フラットファイル ( DDBJ )" を選択
  検索結果画面において，DNA 配列を FASTA 形式で一括転送 (ftp) または一括表示
影響のあるサービス：getentry，ARSA， Web API ( GetEntry )
対応：現在問題箇所を修正中です。対応次第 HP にてご連絡致します。

ユーザの皆様にはご迷惑をおかけして申し訳ございません。

ご理解とご協力をお願いいたします。

ショウジョウバエ EST 190,096 エントリの新規公開 2008.6.20

京都工芸繊維大学から登録されたショウジョウバエ (Drosophila) の EST データ 190,096 エントリが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

Drosophila auraria 5'-EST : DK265854-DK284650 (18,797 entries)
Drosophila auraria 3'-EST : DK284651-DK303963 (19,313 entries)
Drosophila sechellia 5'-EST : DK303964-DK322998 (19,035 entries)
Drosophila sechellia 3'-EST : DK322999-DK342220 (19,222 entries)
Drosophila simulans adult female 5'-EST : DK342221-DK360662 (18,442 entries)
Drosophila simulans adult female 3'-EST : DK360663-DK379473 (18,811 entries)
Drosophila simulans larvae 5'-EST : DK379474-DK398612 (19,139 entries)
Drosophila simulans larvae 3'-EST : DK398613-DK417792 (19,180 entries)
Drosophila simulans adult male 5'-EST : DK417793-DK436903 (19,111 entries)
Drosophila simulans adult male 3'-EST : DK436904-DK455949 (19,046 entries)

これらは 6/14 分の新着データとしてDDBJより公開されております。また， anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

FTPファイル：Drosophila_EST_080614_1.seq.gz

DDBJ メールマガジン No.38 配信 2008.6.10

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。6月9日に第38号を配信しました。今回は，第21回国際実務者会議が三島で開催，ミヤコグサ,カイコのゲノム配列データ,メダカの EST データの大量公開などです。ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は，申込み・変更ページで簡単に手続きできますので，この機会に是非お申し込み下さい。

[今月の DDBJ トピック(2008/06)] 国際塩基配列データベースの総塩基数が2000億(200G)突破 2008.6.6

getentry での ProteinID による DAD 検索不具合についてのお詫び 2008.6.5

getentry は DDBJ が WWW および E-mail で提供しているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。このたび, getentry にて Protein ID をキーとして DAD ( DDBJ amino acid database ) 検索を行った場合, 一部のエントリで誤った結果が表示される状態が発生していたことが判明いたしました。詳細については下記の通りです。

不具合内容： 検索対象データベースとして DAD を, ID として Protein ID を選択して検索を行った場合に得られる検索結果のうち, 一部のエントリにおいて以下の状態が発生する。
複数の CDS Feature を有し, /pseudo qualifier を含む CDS Feature 以降に, /translation qualifier を含む CDS Feature があるエントリにおいて, /translation qualifier を含む CDS Feature に記された /protein_id からのハイパーリンクが正しく機能していない。また, そのProtein ID を指定した DAD 検索ができない。
期間：2007年2月27日から 2008年5月22日まで
問題があった Protein ID を含む DDBJ フラットファイルのアクセッション番号：（->番号リストはこちら）
対応：問題の不具合を修正し, データの是正を行いました。現在は対応作業が完了し, 正常に検索結果を得ることができます。

再検索のお願い
getentry にて, 該当する期間に, 該当する内容にて検索を行ったと思われる方は, お手数おかけ致しますが, 再度検索を実行して下さいますようお願い申し上げます。

ご迷惑をおかけしましたことを心よりお詫び申し上げます。

BLAST, PSI-BLAST がバージョンアップ 2008.6.3

DDBJ が WWW と E-mail サーバで提供している相同性検索サービスのうち， BLAST ( WWW と E-mail ) と PSI-BLAST ( WWW のみ）のバージョンアップ（ 2.2.15 -->2.2.18 ）を行ないました。

大型計算機( supernig ) で提供している BLAST もバージョンアップ（ 2.2.15 -->2.2.18 ）を行ないました。 ( 6月11日 )

ご利用ください。

ミヤコグサ (Lotus japonicus) ゲノムデータの公開 2008.5.30

かずさDNA研究所から登録されたミヤコグサ (Lotus japonicus) のゲノムデータが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

HTG: リスト参照 (1,076 entries)
PLN: リスト参照 (1,049 entries)
WGS: BABK01000001-BABK01109991 (109,991 entries)
CON: DF093176-DF093536 (361 entries)

これらは 5/28, 5/29 分の新着データとしてDDBJより公開されております。

また， anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

HTG ファイル：Lotus_japonicus_HTG_080529_1.seq.gz
PLN ファイル：Lotus_japonicus_PLN_080529_1.seq.gz
WGS ファイル：Lotus_japonicus_WGS_080528_1.seq.gz
Contig ファイル：Lotus_japonicus_CON_080529_1.seq.gz

GSC よりゲノム情報の記述に関する新規ガイドライン発表 2008.5.30

ARSA 検索対象 DB 削除のお知らせ 2008.5.22

ARSA は DDBJ が WWW で提供している高速なキーワード検索サービスです。

ARSA では, 現在 DDBJ, DAD をはじめとする24種のデータベース( DB )を検索対象としています。このうち PFAM 関連の DB として下記の6種の DB を提供しておりました。

PFAMA
PFAMB
PFAMHMMLS
PFAMHMMFS
SWISSPFAM
PFAMSEED

上記のうち, PFAMHMMLS, PFAMHMMFS, SWISSPFAM, PFAMSEED の4DB につきましては, PFAMA のサブセットとなりキーワード検索対象としては冗長であるため, 2008年5月28日をもちまして検索対象から削除致します。今後は, PFAM 関連のキーワード検索として, PFAMA, PFAMB をご利用下さい。

ARSA では, 今後も機能改善・サービス改善に努めてまいります。

皆様のご理解とご協力をどうぞよろしくお願いいたします。

作業は終了致しました。( 5月28日11時45分 )

[今月の DDBJ トピック(2008/05)] 第21回国際実務者会議が三島で開催 2008.5.9

メダカ ( Oryzias latipes ) EST 265,853 エントリの新規公開 2008.5.7

基礎生物学研究所から登録されたメダカ ( Oryzias latipes ) の EST データ 265,853 エントリが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

DK000001-DK265853（265,853 entries)

これらは5/2分の新着データとしてDDBJより公開されております。また， anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

FTPファイル：Oryzias_latipes_EST_080502_1.seq.gz

Anonymous FTP で公開の DDBJ リリース新着データに重複エントリが含まれていた件についてのお詫び 2008.5.01

Anonymous ftpで公開している DDBJ リリース新着データファイルに重複エントリが含まれていたことがわかりました。詳細は下記のとおりです。

該当ファイル名：DDBJNEWr73.060.CON.gz
重複エントリ: DF090316-DF092116（1801エントリ）
対応：同一エントリ（先に公開されたエントリ）を削除し，同名のファイルを再作成し，anonymous ftp に再公開いたしました。

データの再取得のお願い
データの再公開をおこないましたので，上記ファイルを取得されている方は，再度データを取得し直してください。

ご迷惑をおかけしましたことを心よりお詫び申し上げます。

カイコ ( Bombyx mori ) のゲノム配列データ新規公開 2008.4.25

農業生物資源研究所から登録されたカイコ ( Bombyx mori ) のゲノム配列データが公開されました。

アクセッション番号と件数は, それぞれ以下の通りです。( )内はFTPファイル名です。

WGS ( Bombyx_mori_WGS_080423_1.seq.gz )

BABH01000001-BABH01088672（88,672 entries)

scaffold CON ( Bombyx_mori_CON_080423_1.seq.gz )

DF090316-DF092116（1,801 entries)

GSS (fosmid end) ( Bombyx_mori_GSS_080423_1.seq.gz )

DE143284-DE189151 ( 45,868 entries)

DE246947-DE248527 ( 1,581 entries)

DE420876-DE647768 (226,893 entries)

GSS (BAC end) ( Bombyx_mori_GSS_080424_1.seq.gz )

DE378561-DE420875 (42,315 entries)

HTG (BAC clone) ( Bombyx_mori_INV_080423_1.seq.gz )

AP008992-AP009041 (50 entries)

これらは4/23, 4/24分の新着データとしてDDBJより公開されております。また， anonymousFTPから一括取得が可能です。

ARSA での DDBJ，DAD 検索の一時停止 2008.4.18

ARSA は DDBJ が WWW で提供している高速なキーワード検索サービスです。データベースのうち，DDBJ リリース73, DAD リリース43 の更新作業を以下の日程で実施いたします。

停止期間：2008年4月25日（金）9時より18時まで（終了次第ＨＰにてお知らせいたします）
停止サービス：
- ARSA の DDBJ, DAD 検索
- TXSearch からの ARSA 参照機能
- DDBJ HP からの DNA 検索
備考：上記停止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが，結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。その他のサービスも利用可能です。

ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（4月25日17時20分）

DAD リリース 43.0 公開 2008.4.14

4月14日より DAD (DDBJ amino acid database) Rel. 43.0 を公開しています。 DAD rel. 43.0 はエントリ数が 12,103,643，総アミノ残基数が 3,118,002,037 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

[DDBJ リリース72/DAD リリース42 のデータ不備について]

SRS サービス一時停止 2008.4.11

SRS(Sequence Retrieval System) は，DDBJ が WWW サーバで提供しているキーワード検索サービスです。4月9日 20時00分頃に SRS に対するネットワーク設定に不具合があり，本日，10時20分まで所外より閲覧する事が不可能になっておりました。

現在サービスは復旧しております。ご迷惑をおかけいたしました。

DDBJ メールマガジン No.37 配信 2008.4.7

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。4月4日に第37号を配信しました。今回は，韓国特許庁に出願されたデータ公開や DDBJ anonymous FTP 構成の変更，DDBJing 講習会 6月開催の案内などです。ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は，申込み・変更ページで簡単に手続きできますので，この機会に是非お申し込み下さい。

[今月の DDBJ トピック(2008/04)] Have you ever seen DDBJ? 2008.4.4

菅原秀明 CIB-DDBJ センター長が世界微生物株保存連盟名誉会員選出と功労賞を受賞 2008.4.4

DDBJ リリース 73 完成 2008.3.27

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。3月27日に DDBJ リリース73 を完成しました。リリース73 のエントリ数は 83,167,582，総塩基数は 86,099,950,395 です。

FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページよりおこなえます。

[DDBJ リリース72/DAD リリース42 のデータ不備について]

DDBJ リリース72 と DAD リリース42 の CON データについて一部のエントリが誤って PLN division として公開されておりました。

DDBJ リリース72
- アクセッション番号：別紙参照（3514件)
- 対応：DDBJ リリース73 でデータ是正を行います（3月27日公開）
DAD リリース42
- 不備のあったファイル：ddbjcon1.DAD.gz
- アクセッション番号：別紙参照（30434件）
- 対応：DAD リリース 43 でデータ是正を行います (4月上旬公開予定）

ご迷惑をおかけしましたこと、深くお詫びいたします

ラット GSS 331,272 entries エントリの新規公開 2008.3.25

京都大学から登録されたラット, Rattus norvegicus, の GSS データ 331,272 エントリが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

DH508174-DH839445 (331,272 entries)

これらは3/25分の新着データとしてDDBJより公開されております。また，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

FTPサイト：Rattus_norvegicus_GSS_080325_1.seq.gz

ヒト small RNA, MGA 12,134 エントリの新規公開 2008.3.25

理化学研究所から登録されたヒト small RNA の MGA データ 12,134 エントリが公開されました。アクセッション番号は以下の通りです。

ADAAA0000001-ADAAA0005988 (5,988 Entries)

ADAAB0000001-ADAAB0006146 (6,146 Entries)

これらは3/19分の新着データとしてDDBJより公開されております。

FTPサイト：AD_resource_index

関連ページ：MGA 配列データについて

国立遺伝学研究所ネットワークサービスの一時停止・ supernig の一時停止 2008.3.21

ネットワークの保守作業に伴い、下記日程にてネットワークサービスを停止させて頂きます。この間は，DDBJ ネットワークサービス，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig サービスも停止致します。

停止期間： 2008年3月26日(水) 17：00 ～ 20：00

理由：ネットワーク保守作業

ご迷惑をお掛け致しますが、皆様のご理解とご協力の程よろしくお願い申し上げます。

保守作業は終了し，サービスを再開しました。ご協力ありがとうございました。（3月26日19時50分）

データ公開不備に関するおわび 2008.3.10

2008/02/19 に公開された BA000010，BA000044 において，本来 BA000010.8, BA000044.2 として公開されるべき 2 エントリが，誤って BA000010.9， BA000044.3 として公開されていました。詳細は下記の通りです。

該当エントリ：BA000010, BA000044
影響のあったサービスおよび期間：

- getentry / ARSA (2008/02/19 - 2008/03/05)
- Anonymous FTP site：ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/contig/
DDBJNEWr72.086.CON.gz：誤って公開されたデータを含むファイル (BA000010.9, BA000044.3)
DDBJNEWr73.014.CON.gz：修正されたデータを含むファイル
原因：公開用フラットファイル作成プログラムの不備
対応：2008/03/08 に公開されたデータから，正常なデータが getentry，annonymous FTP (Daily update) に反映されています。 getentry では，現在誤って公開されたデータは削除済みです。

データが正しく表示されずユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。

[今月の DDBJ トピック(2008/03)] DDBJ anonymous FTP 構成が変わりました 2008.3.7

[今月の DDBJ トピック(2008/03)] 韓国特許庁に出願されたデータの公開について 2008.3.7

韓国特許出願の塩基配列データが DDBJ より公開 2008.3.3

「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース（現在，DDBJ，EMBL，GenBankの三大データバンクはINSDC（International Nucleotide Sequence Database Collaboration）と呼ばれています。）」には，日本特許庁 (JPO)，からの特許データの他に，欧州特許庁 (EPO)，米国特許商標庁 (USPTO) が受理し公開可能となった特許データも，それぞれ EMBL， GenBank を経由し，公開されています。また，2008年2月より韓国特許庁 (KIPO) からも特許出願に含まれる塩基配列データが，DDBJ に取り込まれ，公開する仕組みが確立されました。
この度公開された，韓国特許庁 (KIPO) からの特許出願塩基配列データは以下の通りです。

	entry number	accession number
DNA	168,562	DI000001-DI168562
PROTEIN	113,555	DI500001-DI613555
TOTAL	282,117

どちらも getentry より検索可能です。

anonymous FTPの構成が変更 2008.2.26

anonymous FTP のディレクトリが変更され，従来の database から ddbj_database (DDBJ由来データ）と mirror_database （他データベースのミラーデータ）に分割され，より使いやすくなりました。
ddbj_database 下の構成の詳細は，同ディレクトリ内のREADME.TXT をご参照ください。
旧構成(database)は1ヶ月間保持しますので，定期監視されている場合は，お早めの変更をお願いいたします。

GIB 緊急メンテナンスのためサービス休止 2008.2.26

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。現在，緊急保守のたにめサービスを停止しています。再開次第お知らせいたします。皆様のご理解とご協力をお願い致します。

保守作業は終了し，サービスを再開しました。ご協力ありがとうございました。（2月26日16時22分）

[今月の DDBJ トピック(2008/02)] 大量公開への対応: システム入替から一年が過ぎて 2008.2.1

H-Invitational 関連データベースの更新 2008.2.1

ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) が更新されました。主な更新内容は以下の通りです。

cDNA エントリ数が 175,536 から 187,156 に変更になりました。
LOCUS エントリ数が 34,699 から 36,073 に変更になりました。
ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) の version が "4.6"から"5.0" になりました。

[H-Invitational 関連データベース]

ミラーH-Invitational Database （H-InvDB)
（ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース）

supernig 緊急保守のため一時停止 2008.1.22

緊急ネットワークの保守作業に伴い，本日，国立遺伝学研究所大型計算機 superig を一時停止致します。

停止期間：	2008年1月22日（火）15時より16時まで
理由：	緊急保守作業のため

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

保守作業は終了し，サービスを再開しました。ご協力ありがとうございました。（1月22日16時00分）

ARSA での DDBJ, DAD 検索の一時休止 2008.1.21

ARSA は DDBJ が WWW で提供している高速なキーワード検索サービスです。検索対象データベースのうち，DDBJ ならびに DAD の更新作業を以下の日程で実施いたします。

日時： 2008年1月29日（火）　9:00 ～ 18:00 （終了次第ＨＰにてお知らせいたします）
内容：
- ARSA の DDBJ ならびに DAD 検索の一時休止
- TXSearch からの ARSA 参照機能の一時停止
- DDBJ HP のトップページ上の検索窓で DNA 検索が一時休止
備考：上記休止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが,結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。DDBJ ならびに DAD の検索をお急ぎの場合は，SRS をご利用下さい。
本リリースからの変更点： ARSA の DDBJ データベースでは塩基配列部分を検索対象外としておりましたが，本リリースよりアミノ酸配列データについても検索対象から削除します。 (塩基配列，アミノ酸配列以外の部分が検索対象となります。)

皆様には大変ご迷惑をお掛け致しますが，ご理解とご協力をお願い致します。

保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（1月29日18時00分）

DAD リリース 42.0 公開 2008.1.21

1月8日より DAD (DDBJ amino acid database) Rel. 42.0 を公開しています。 DAD rel. 42.0 はエントリ数が 11,715,518，総アミノ残基数が 2,995,558,433 bb となっています。

FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

Nucleic Acids Research に DDBJ に関する論文掲載 2008.1.16

Nucleic Acids Research では，毎年データベース特集号が発行されています。本年１月発行の Vol. 36, Database Issue に，DDBJ の活動に関連して下記の論文が掲載されました。

"DDBJ with new system and face"
H. Sugawara, O. Ogasawara, K. Okubo, T. Gojobori and Y. Tateno
Nucleic Acids Research, 2008, Vol. 36, Database issue D22-D24
（内容） DDBJ の１年間の活動報告（データ公開，システム移行，ARSA の機能強化，DDBJ ホームページの改良等）
"The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts"
Genome Information Integration Project And H-Invitational 2 （DDBJ からは，T.Okido, J.Mashima, K-B.Lee, A.Nozaki, K.Sakai, Y.Suzuki, K.Ikeo, N.Saitou, H.Sugawara, S.Fukuchi, Y.Tateno, T.Gojobori が著者）
Nucleic Acids Research, 2008, Vol. 36, Database issue D793-D799
（内容）H-Invitational Database (H-InvDB) について

国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービスの一時停止 2008.1.11

スーパーSINETルータ保守のため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所のネットワークサービスが停止致します。

作業日時：2008年1月16日(水) 12:00 ～ 13:00
上記時間帯において10分以内の通信断が発生します。
作業内容：ルータメンテナンス

皆様には大変ご迷惑をお掛け致しますが，ご理解とご協力をお願い致します。

[今月の DDBJ トピック(2008/01)] 微生物ゲノムデータの新着・更新ウォッチ- DDBJ のサービスで RSS 配信始めました - 2008.1.4

DDBJ リリース 72 完成 2007.12.25

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。12月25日に DDBJ リリース72 を完成しました。リリース72 のエントリ数は 79,004,098，総塩基数は 82,592,245,487 です。

FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページよりおこなえます。

なお，既にお知らせしているとおり，DDBJ では，DDBJ が登録を受け付けたエントリの E-mail アドレスと電話番号，FAX 番号の非表示化をすすめておりましたが，今リリース公開をもちまして，作業が完了いたしました。今後はフラットファイルを参照しての配列の登録者への連絡が取り難くなります。登録者への連絡が必要な場合はメッセージを転送いたしますので，専用の問い合わせフォームからご連絡ください。

[重要] DDBJフラットファイルフォーマット改訂：E-mailアドレスと電話番号，FAX番号の非表示化

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Last modified: Sep. 30, 2011