What’s New(2008)

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。
年末年始休業中にシステム障害が発生していたために，現在 サービスを休止しております。
現在復旧に向けての作業中です。復旧次第，DDBJ のHP にてご連絡いたします。
ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解とご協力お願い致します。
復旧しました。ご迷惑をおかけしました。（1月5日 11時00分）

DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を 2008年12 月27日(土)から2009年1月4日(日)まで休業いたします。
これにともない，SAKURA によるデータ受け付けは2008年 12月25日(木)から2009年1月5日(月)までご利用いただけません。
エントリの新規および再公開も，2008年12月25日から2009年1月5日まで行なわれません。 ただし，データ検索や ftp は休業期間でも利用可能です。皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

	休業期間：	2008年12月27日（土）から2009年1月4日（日 ）まで
	SAKURA 停止：	2008年12月25日（木）17時 から 2009年1月5日（月）10時まで
	新規・再公開停止：	2008年12月25日（木）から2009年1月5日（月）まで

では，よい年をお迎えください。

• エントリ数：98,220,409   塩基数：98,741,908,446
• 今リリースでの変更点：
      2008年10月に DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table: Definition が改訂されました

• DDBJ Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

理化学研究所から登録されたマウス海馬由来 CAGE の MGA データ 552,486 エントリが公開されました。
アクセッション番号： AGAAA0000001-AGAAA0552486（552,486 entries)
参考 URL ：http://www.osc.riken.jp/
関連ページ： MGA 配列データについて
anonymousFTP 一括取得：AG_resource_index
これらは12/11分の新着データとしてDDBJより公開されております。

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムのシステム増強作業に伴い，国立遺伝学研究所大型計算機 supernig は，2008年12月15日（月）より「新 supernig」として運用を開始致します。
システム切替作業に伴い，下記日程にて国立遺伝学研究所大型計算機 supernig サービスを一時停止致します。

停止期間：	2008年12月11日（木）17時より　15日（月）9時まで
理由：	システム切替作業のため

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

ネットワークの保守作業に伴い，下記日程にて国立遺伝学研究所ならびに DDBJネットワークサービス，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig サービスを一時停止致します。

停止期間：	2008年12月3日（水）15時より17時まで
理由：	ネットワーク保守作業のため

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。

理化学研究所から登録されたシロアリの腸内原生生物の細菌内共生細菌 CfPt1-2 (Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae genomovar. CFP2) の全ゲノム配列データ 5 エントリが公開されました。getentry より検索可能です。
アクセッション番号は以下の通りです。

• AP010656-AP010660 (5 entries)

これらは 11/18 分の新着データとして DDBJ より公開されております。
関連ページ：

• Hongoh Y et al. (2008). Science 322: 1108-1109.
  Genome of an Endosymbiont Coupling N2 Fixation to Cellulolysis Within Protist Cells in Termite Gut
• 理研のプレスリース

DDBJ の相同性検索 および Clustal W において，システム障害によりサーバに保存された検索・解析結果データの一部が消失する不具合が発生していましたので，ご報告致します。

• 期間 / 内容： 10月28日から10月31日に実行した検索・解析の結果について，実行後１週間以内であっても結果データを参照 / ダウンロード出来ないケースがありました。
  （通常は，検索・解析完了後1週間まで WEB から結果の参照 / ダウンロードが可能です）
• 影響のあるサービス： FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM, ClustalW
• 原因： システム障害により，サーバへ保存している検索・解析結果データの一部が破損した為

結果を参照出来ているものについては，全ての解析について正常な解析結果であり，問題はありませんのでそのままご利用ください。
結果を取得できなかった受付番号については，お手数をお掛けいたしますが，再度，検索・解析の実行をお願い致します。
ユーザの皆様にご迷惑をお掛け致しました事を深くお詫び申し上げます。皆様のご理解とご協力をお願い致します。

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。
このたび ARSA の機能強化として， Quick Search 等の入力窓から簡易に「NOT 検索」を行える機能を追加いたしました。
例えば，以下のような検索が可能となります。

• 検索例： Quick Search にて "lung cancer" を含み，かつ "Homo sapiens" を含まないエントリを検索する。
• 入力方法： Quick Search の入力窓に下記のように入力する。
  "lung cancer"!"Homo sapiens"

  

• 検索結果： "lung cancer" を含み，かつ "Homo sapiens" を含まないエントリがヒットする。

上記例のように，入力窓にて演算子として「 ! 」を指定することで， AND NOT 条件での検索が可能となります。さらに詳細な入力方法については，ARSA の HELP をご参照ください。
DDBJ では，今後さらに，皆様からのご意見をもとにして，より使いやすく強力なキーワード検索システムを目指して ARSA の機能拡張を進めていきます。 ARSA についてのご意見・ご要望等がありましたら，ARSA にて 「Your Comment」 をクリックして， DDBJ までお送り下さい。

2月9日(火)-12日(金)に，神戸ポートアイランドで開催する BMB 2008 (第31回日本分子生物学会年会・第81会日本生化学会大会 合同大会) の付属展示会に DDBJ ブースを出展します。DDBJ 活動やサービスに関するポスターの展示と，資料の配布などを行います。

10月23日に，ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) が公開されました。データベースのversion が "5.3" になりました。

国立遺伝学研究所の停電のため，下記日程におきまして国立遺伝学研究所の全ネットワークならびに大型計算機 supernig のサービスを停止いたします。
これに伴い，DDBJ のネットワークサービスも停止しますが，サービスによって停止期間が異なりますのでご注意下さい（下記参照）。
期間：2008年10月31日（金）13:00 から 11月4日（火）17:00 まで
DDBJ の各サービスの停止期間：
すべてのサービスが再開しました。どうぞご利用下さい (11/4 17:00)

サービス名	停止時刻	再開予定時刻
SAKURA	10/31（金） 13:00	11/4（火） 12:00
getentry，ARSA，SRS， 相同性検索システム， ClustalW，SQmatch， TXSearch， ベクタースクリーニングシステム， PDB Retriever，LIBRA-I， Lib score，	10/31（金） 15:00	11/4（火） 12:00
H-Inv DB (ミラーサーバ)	10/31（金） 17:00	11/4（火） 12:00
GIB	10/31（金） 15:00	11/4（火） 17:00
Anonymous-FTP	10/31（金） 17:00	11/4（火） 12:00
DDBJ HP	10/31（金） 17:00	11/2（日） 14:00
大型計算機（supernig）	10/31（金） 17:00	11/4（火） 9:00

ご迷惑をおかけしますが，皆様のご理解とご協力をお願い致します。

10月15日-17日に，パシフィコ横浜で開催している BioJapan 2008 に DDBJ ブースを出展しました。DDBJ 活動やサービスに関するポスターの展示と，資料の配布などを行っております。

10月14日より DAD (DDBJ amino acid database) Rel. 45.0 を公開しています。 DAD Rel. 45.0 はエントリ数が 13,052,722，総アミノ残基数が 3,443,700,325 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データの取得は，FTP・WebAPI のページより可能です。

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。データベースのうち，DDBJ リリース75.0, DAD リリース45.0 の更新作業を以下の日程で実施いたします。更新作業終了後は，TSA division (Transcriptome Shotgun Assemblies) の検索が可能になります。

• 停止期間：2008年10月22日（水）9時から18時まで（終了次第ＨＰにてお知らせいたします）
• 停止サービス：
  • ARSA の DDBJ, DAD 検索
  • TXSearch からの ARSA 参照機能
  • DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA 検索
• 備 考：上記停止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが，結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。その他の サービスも利用可能です。

ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（10月22日18時00分）

国立遺伝学研究所では，現在，静岡新聞に “遺伝研 進歩と革命” をテーマにして，世界を舞台に生物学をリードする遺伝学研究の醍醐味を，リレー方式によって，一般の方々へ紹介する連載を，毎週日曜日に行なっています。
連載第2回目となった9月21日(日)発行号において，五條堀 孝 国立遺伝学研究所副所長 生命情報 DDBJ 研究センター長が，国際 DNA データバンクならびに DDBJ の活動について，解説と，紹介をしています。
詳しくは，静岡新聞9月21日掲載記事をご覧ください。(静岡新聞社編集局調査部許諾済み)

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。10月8日に第40号を配信しました。今回は, 第21回国際実務者会議報告, DDBJing, KEGGing & PDBjing 講習会 in 京都開催決定, 統合 DB プロジェクトの一環として構築中の Trace Archive データの FTP 公開開始 などです。ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は，申込み・変更ページで簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。

国立遺伝学研究所から登録されたヒメツリガネゴケ (Physcomitrella patens subsp. patens) の EST データ 56,525 エントリが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。

• DC901515-DC958039（56,525 entries)

これらは 10/1 分の新着データとしてDDBJより公開されております。また， anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
FTPファイル：Physcomitrella_patens_subsp._patens_EST_081001_1.seq.gz
関連ページ：

• NIG DNA Sequencing Center
• PHYSCObase

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。9月25日に DDBJ リリース75 が完成しました。リリース75 のエントリ数は 92,840,037 総塩基数は 95,219,505,205 です。今回のリリースより TSA division (Transcriptome Shotgun Assemblies) を開始しました。詳細につきましては，DDBJ リリースノートおよび第 21 回国際実務者会議をご覧ください。
FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページより可能です。

現在，国立遺伝学研究所のネットワークシステムにおいて障害が発生し，以下のサービスが利用出来ない状態になっております。

• 停止期間：9月26日1時20分以降
• 影響のあるサービス： FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM, ClustalW

現在復旧に向けての作業中です。復旧次第，DDBJ のHP にてご連絡いたします。
ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解とご協力お願い致します。
全てのサービスが復旧しました。ご迷惑をおかけしました。（9月26日 11時00分）

DDBJ の関連機関「遺伝学普及会」は，一般の方々を対象に生命科学に関する話題を分かりやすく解説し，サロン的な雰囲気の中で講師と参加者が気軽に対話を楽しむ場として， “蔵 de サイエンス” をスタートします。今後，年数回のシリーズで企画される方針で，第1回目となる今回は，五條堀 孝 国立遺伝学研究所副所長 生命情報 DDBJ 研究センター長が，「“いのちを考える”  DNA が語る病気と健康の未来」をテーマに講義をいたします。

• 開催日程 : 10月25日(土)18:00～20:00
  
• 開催場所 : 丸平商店 有形文化財土蔵 (三島大社西徒歩1分)
  

参加申込方法など，詳細につきましては，財団法人遺伝学普及会ホームページの第1回 “蔵 de サイエンス” 開催のお知らせをご覧ください。

8月21日夕方に発生した落雷による停電のため，国立遺伝学研究所のネットワークサービスに影響がありました。詳細は下記のとおりです。
    停電の発生時刻：8月21日 18時15分
    影響のあったサービス：国立遺伝学研究所のネットワーク通信
    すべてのサービスが停止した期間：8月21日(木)18時15分～22時30分頃
    現在も利用できないサービス：

• FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM, ClustalW
  
• ARSA の DAD 検索
  

停止中のサービスにつきましては，現在復旧に向けての作業中です。復旧次第，DDBJ HP にてご連絡いたします。ご迷惑をおかけしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM，ClustalW のサービスが復旧しました。（8月22日 10時30分）
ARSA の DAD 検索サービスが復旧し，全てのサービスが正常に戻りました。ご迷惑をおかけしました（8月22日 20時00分）

DDBJ では， Trace Archive の受付・公開を行っております。この度，DDBJ で受け付けた 2 登録の FTP 公開を開始いたしました。 anonymousFTP サイトから，以下のデータの波形データ，配列，クオリティ，トレース情報の一括取得が可能です。

• 国立遺伝学研究所 (NIG) が決定したOryzias latipes (メダカ) の WGS データに対応するトレースデータ;
  
  NCBI によって付与される TI 番号は以下の通りです:
  • 2095022956-2095389675
  • 2095396176-2096435759
  • 2096858496-2096933759

  FTPファイル：NIG (メダカ)

• 東京大学 (UTCOB) が決定したヒト腸内微生物群の WGS データに対応するトレースデータ;
  
  NCBI によって付与される TI 番号は以下の通りです:
  • 2097946941-2099007079
    FTPファイル：UTCOB (ヒト腸内微生物群)

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。8月8日に第39号を配信しました。今回は，Trace Archive の受付・公開開始，国際塩基配列データベースの総塩基数 2000億(200G)突破，DDBJ が提供しているサービスの一部終了のお知らせなどです。
ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は，申込み・変更ページで簡単に手続きできますので，この機会に是非お申し込み下さい。

nsclogin の緊急保守作業に伴い，現在，所外からの 国立遺伝学研究所大型計算機 supernig へのアクセスを中断させていただいております。対応作業完了次第、HP にてご連絡致します。

• 停止期間： 2008年7月14日（月）11時45分より
  
• 理由： 緊急保守作業のため
  

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
保守作業が終了し，所外よりのアクセスが可能となりました。作業が長引き，ご迷惑をおかけいたしました。(7月25日 12:00)

ARSA は DDBJ が WWW で提供している高速なキーワード検索サービスです。データベースのうち，DDBJ, DAD の更新作業を以下の日程で実施いたします。

• 期間：2008年7月18日 (金) 9時より18時まで ( 終了次第 HP にてお知らせいたします )
• 停止サービス：
  • ARSA の DDBJ, DAD 検索
  • TXSearch からの ARSA 参照機能
  • DDBJ HP からの DNA 検索
• 備 考：上記停止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが，結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。その他の サービスは利用可能です。

ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。
作業は終了致しました。ご協力ありがとうございました。( 7月18日18時00分 )

7月4日より DAD (DDBJ amino acid database) Rel. 44.0 を公開しています。 DAD Rel. 44.0 はエントリ数が 12,561,319，総アミノ残基数が 3,268,722,437 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データの取得は，FTP・WebAPI のページより可能です。

a href="http://hmmpfam.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html">HMMPFAM は DDBJ が WWW および E-mailで提供している隠れマルコフモデルを用いたモチーフ検索システムです。 このたび，HMMPFAM の E-mail を使った検索・解析サービスにおいて，ごく稀に結果を取得できない場合があった事が判明いたしました。詳細については下記の通りです。

• 不具合内容： 検索結果を E-mail で受け取る指定をした場合、ごく稀に検索結果が取得できない場合がありました。
  
• 原因： 検索結果ファイルのサイズが大きいことにより，HMMPFAM システムが検索結果の加工に失敗
  
• 期間： 2007年2月27日 から 2008年6月16日 まで
  
• 対応： 問題の不具合を修正し, データの是正を行いました。現在は対応作業が完了し, 正常に検索結果を得ることができます。
  

ご迷惑をおかけしましたことを心よりお詫び申し上げます。

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。6月24日に DDBJ リリース74 が完成しました。リリース74 のエントリ数は 87,903,140，総塩基数は 91,294,770,939 です。
FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページより可能です。

getentry は DDBJ が WWW および E-mail で提供しているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。このたび，getentry の CON エントリの配列表示にて，一部のエントリで誤った結果が表示される状態が発生していることが判明いたしました。詳細については下記の通りです。

• 不具合内容：
  1. 引用されているピースエントリの配列の領域が complement の場合に，誤って順鎖向き (forward) の配列が抜き出されてしまう (正しくは相補鎖 ( complement ) を抜き出すべき)。
     ==>対応致しました。( 7月3日 )
     
  2. ピースエントリに CON エントリが含まれている場合，配列を正しく表示できない。==>対応致しました。( 2009年1月16日 )
     
  
  
• 不具合箇所：CON エントリを検索した場合，下記の配列表示あるいは配列ファイル転送が正常に動作しておりません。
  
  • 出力形式："全塩基配列 FASTA" を選択
    
  • 取得方法："画面表示"，"メール送信" または，"FTP ファイル転送" を選択
     
    

    出力形式："フラットファイル ( DDBJ )" を選択
    

    検索結果画面において，DNA 配列を FASTA 形式で一括転送 (ftp) または一括表示
    
  
  
• 影響のあるサービス：getentry，ARSA， Web API ( GetEntry )
  
• 対応：現在問題箇所を修正中です。対応次第 HP にてご連絡致します。
  

ユーザの皆様にはご迷惑をおかけして申し訳ございません。
ご理解とご協力をお願いいたします。

京都工芸繊維大学から登録されたショウジョウバエ (Drosophila) の EST データ 190,096 エントリが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。

• Drosophila auraria 5'-EST : DK265854-DK284650 (18,797 entries)
• Drosophila auraria 3'-EST : DK284651-DK303963 (19,313 entries)
• Drosophila sechellia 5'-EST : DK303964-DK322998 (19,035 entries)
• Drosophila sechellia 3'-EST : DK322999-DK342220 (19,222 entries)
• Drosophila simulans adult female 5'-EST : DK342221-DK360662 (18,442 entries)
• Drosophila simulans adult female 3'-EST : DK360663-DK379473 (18,811 entries)
• Drosophila simulans larvae 5'-EST : DK379474-DK398612 (19,139 entries)
• Drosophila simulans larvae 3'-EST : DK398613-DK417792 (19,180 entries)
• Drosophila simulans adult male 5'-EST : DK417793-DK436903 (19,111 entries)
• Drosophila simulans adult male 3'-EST : DK436904-DK455949 (19,046 entries)

これらは 6/14 分の新着データとしてDDBJより公開されております。また， anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
FTPファイル：Drosophila_EST_080614_1.seq.gz

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。6月9日に第38号を配信しました。今回は，第21回国際実務者会議が三島で開催，ミヤコグサ,カイコのゲノム配列データ,メダカの EST データの大量公開などです。ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は，申込み・変更ページで簡単に手続きできますので，この機会に是非お申し込み下さい。

getentry は DDBJ が WWW およびE-mail で提供しているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。このたび, getentry にて Protein ID をキーとして DAD ( DDBJ amino acid database ) 検索を行った場合, 一部のエントリで誤った結果が表示される状態が発生していたことが判明いたしました。詳細については下記の通りです。

• 不具合内容： 検索対象データベースとして DAD を, ID として Protein ID を選択して検索を行った場合に得られる検索結果のうち, 一部のエントリにおいて以下の状態が発生する。
  複数の CDS Feature を有し, /pseudo qualifier を含む CDS Feature 以降に, /translation qualifier を含む CDS Feature があるエントリにおいて, /translation qualifier を含む CDS Feature に記された /protein_id からのハイパーリンクが正しく機能していない。また, そのProtein ID を指定した DAD 検索ができない。
  
• 期間：2007年2月27日 から 2008年5月22日 まで
  
• 問題があった Protein ID を含む DDBJ フラットファイルのアクセッション番号：（->番号リストはこちら）
  
• 対応：問題の不具合を修正し, データの是正を行いました。現在は対応作業が完了し, 正常に検索結果を得ることができます。
  

再検索のお願い
getentry にて, 該当する期間に, 該当する内容にて検索を行ったと思われる方は, お手数おかけ致しますが, 再度検索を実行して下さいますようお願い申し上げます。
ご迷惑をおかけしましたことを心よりお詫び申し上げます。

DDBJ が WWW と E-mail サーバ で提供している 相同性検索サービスのうち， BLAST ( WWW と E-mail ) と PSI-BLAST ( WWW のみ） のバージョンアップ（ 2.2.15 -->2.2.18 ）を行ないました。
大型計算機( supernig ) で提供している BLAST もバージョンアップ（ 2.2.15 -->2.2.18 ）を行ないました。 ( 6月11日 )ご利用ください。

かずさDNA研究所から登録されたミヤコグサ (Lotus japonicus) のゲノムデータが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。

• HTG: リスト参照 (1,076 entries)
• PLN: リスト参照 (1,049 entries)
• WGS: BABK01000001-BABK01109991 (109,991 entries)
• CON: DF093176-DF093536 (361 entries)

これらは 5/28, 5/29 分の新着データとしてDDBJより公開されております。
また， anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。

• HTG ファイル：Lotus_japonicus_HTG_080529_1.seq.gz
• PLN ファイル：Lotus_japonicus_PLN_080529_1.seq.gz
• WGS ファイル：Lotus_japonicus_WGS_080528_1.seq.gz
• Contig ファイル：Lotus_japonicus_CON_080529_1.seq.gz

ARSA は DDBJ が WWW で提供している高速なキーワード検索サービスです。
ARSA では, 現在 DDBJ, DAD をはじめとする24種のデータベース( DB )を検索対象としています。このうち PFAM 関連の DB として下記の6種の DB を提供しておりました。

• PFAMA
  
• PFAMB
  
• PFAMHMMLS
  
• PFAMHMMFS
  
• SWISSPFAM
  
• PFAMSEED
  

上記のうち, PFAMHMMLS, PFAMHMMFS, SWISSPFAM, PFAMSEED の4DB につきましては, PFAMA のサブセットとなりキーワード検索対象としては冗長であるため, 2008年5月28日をもちまして検索対象から削除致します。
今後は, PFAM 関連のキーワード検索として, PFAMA, PFAMB をご利用下さい。
ARSA では, 今後も機能改善・サービス改善に努めてまいります。
皆様のご理解とご協力をどうぞよろしくお願いいたします。
作業は終了致しました。( 5月28日11時45分 )

基礎生物学研究所から登録されたメダカ ( Oryzias latipes ) の EST データ 265,853 エントリが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。
DK000001-DK265853（265,853 entries)
これらは5/2分の新着データとしてDDBJより公開されております。また， anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
FTPファイル：Oryzias_latipes_EST_080502_1.seq.gz

Anonymous ftpで公開している DDBJ リリース新着データファイルに重複エントリが含まれていたことがわかりました。詳細は下記のとおりです。

• 該当ファイル名：DDBJNEWr73.060.CON.gz
  
• 重複エントリ: DF090316-DF092116（1801エントリ）
  
• 対応：同一エントリ（先に公開されたエントリ）を削除し，同名のファイルを再作成し，anonymous ftp に再公開いたしました。
  

データの再取得のお願い
データの再公開をおこないましたので，上記ファイルを取得されている方は，再度データを取得し直してください。
ご迷惑をおかけしましたことを心よりお詫び申し上げます。

農業生物資源研究所から登録されたカイコ ( Bombyx mori ) のゲノム配列データが公開されました。
アクセッション番号と件数は, それぞれ以下の通りです。( )内はFTPファイル名です。

WGS ( Bombyx_mori_WGS_080423_1.seq.gz )
BABH01000001-BABH01088672（88,672 entries)

scaffold CON ( Bombyx_mori_CON_080423_1.seq.gz )
DF090316-DF092116（1,801 entries)

GSS (fosmid end) ( Bombyx_mori_GSS_080423_1.seq.gz )
DE143284-DE189151 ( 45,868 entries)
DE246947-DE248527 ( 1,581 entries)
DE420876-DE647768 (226,893 entries)

GSS (BAC end) ( Bombyx_mori_GSS_080424_1.seq.gz )
DE378561-DE420875 (42,315 entries)

HTG (BAC clone) ( Bombyx_mori_INV_080423_1.seq.gz )
AP008992-AP009041 (50 entries)
これらは4/23, 4/24分の新着データとしてDDBJより公開されております。また， anonymousFTPから一括取得が可能です。

ARSA は DDBJ が WWW で提供している高速なキーワード検索サービスです。データベースのうち，DDBJ リリース73, DAD リリース43 の更新作業を以下の日程で実施いたします。

• 停止期間：2008年4月25日（金）9時より18時まで（終了次第ＨＰにてお知らせいたします）
• 停止サービス：
  • ARSA の DDBJ, DAD 検索
  • TXSearch からの ARSA 参照機能
  • DDBJ HP からの DNA 検索
• 備 考：上記停止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが，結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。その他の サービスも利用可能です。

ご迷惑をおかけいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（4月25日17時20分）

4月14日より DAD (DDBJ amino acid database) Rel. 43.0 を公開しています。 DAD rel. 43.0 はエントリ数が 12,103,643，総アミノ残基数が 3,118,002,037 aa となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト
[DDBJ リリース72/DAD リリース42 のデータ不備について]

SRS(Sequence Retrieval System) は，DDBJ が WWW サーバで提供しているキーワード検索サービスです。4月9日 20時00分頃に SRS に対するネットワーク設定に不具合があり，本日，10時20分まで所外より閲覧する事が不可能になっておりました。
現在サービスは復旧しております。ご迷惑をおかけいたしました。

DDBJ では，隔月でメールマガジンを配信しています。4月4日に第37号を配信しました。今回は，韓国特許庁に出願されたデータ公開や DDBJ anonymous FTP 構成の変更，DDBJing 講習会 6月開催の案内などです。ホームページでもご覧になれますが，お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。
配信を希望される方は，申込み・変更ページで簡単に手続きできますので，この機会に是非お申し込み下さい。

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。3月27日に DDBJ リリース73 を完成しました。リリース73 のエントリ数は 83,167,582，総塩基数は 86,099,950,395 です。
FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページよりおこなえます。
  
[DDBJ リリース72/DAD リリース42 のデータ不備について]
DDBJ リリース72 と DAD リリース42 の CON データについて一部のエントリが誤って PLN division として公開されておりました。

• DDBJ リリース72
  不備のあったファイル：ddbjcon1.seq.gz, ddbjcon1.insd_xml.gz
  • アクセッション番号：別紙参照（3514件)
  • 対応：DDBJ リリース73 でデータ是正を行います（3月27日公開）
• DAD リリース42
  • 不備のあったファイル：ddbjcon1.DAD.gz
  • アクセッション番号：別紙参照（30434件）
  • 対応：DAD リリース 43 でデータ是正を行います (4月上旬公開予定）

ご迷惑をおかけしましたこと、深くお詫びいたします

京都大学から登録されたラット, Rattus norvegicus, の GSS データ331,272 エントリが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。
DH508174-DH839445 (331,272 entries)
これらは3/25分の新着データとしてDDBJより公開されております。また，anonymousFTP サイトから一括取得が可能です。
FTPサイト：Rattus_norvegicus_GSS_080325_1.seq.gz

理化学研究所から登録されたヒト small RNA の MGA データ 12,134 エントリが公開されました。アクセッション番号は以下の通りです。
ADAAA0000001-ADAAA0005988 (5,988 Entries)
ADAAB0000001-ADAAB0006146 (6,146 Entries)
これらは3/19分の新着データとしてDDBJより公開されております。
FTPサイト：AD_resource_index
関連ページ：MGA 配列データについて

ネットワークの保守作業に伴い、下記日程にてネットワークサービスを停止させて頂きます。
この間は，DDBJ ネットワークサービス，国立遺伝学研究所の大型計算機 supernig サービスも停止致します。
停止期間： 2008年3月26日(水) 17：00 ～ 20：00
理由：ネットワーク保守作業
ご迷惑をお掛け致しますが、皆様のご理解とご協力の程よろしくお願い申し上げます。
保守作業は終了し，サービスを再開しました。ご協力ありがとうございました。（3月26日19時50分）

2008/02/19 に公開された BA000010，BA000044 において，本来 BA000010.8, BA000044.2 として
公開されるべき 2 エントリが，誤って BA000010.9， BA000044.3 として公開されていました。詳細は下記の通りです。

• 該当エントリ：BA000010, BA000044
• 影響のあったサービスおよび期間：
  - getentry / ARSA (2008/02/19 - 2008/03/05)
  - Anonymous FTP site：ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/contig/
  DDBJNEWr72.086.CON.gz：誤って公開されたデータを含むファイル (BA000010.9, BA000044.3)
  DDBJNEWr73.014.CON.gz：修正されたデータを含むファイル
• 原因：公開用フラットファイル作成プログラムの不備
• 対応：2008/03/08 に公開されたデータから，正常なデータが getentry，annonymous FTP (Daily update) に反映されています。getentry では，現在誤って公開されたデータは削除済みです。

データが正しく表示されずユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしましたことを深くお詫び申し上げます。

DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース（現在，DDBJ，EMBL，GenBankの三大データバンクはINSDC（International Nucleotide Sequence Database Collaboration）と呼ばれています。）」には，日本特許庁 (JPO)，からの特許データの他に， 欧州特許庁 (EPO)，米国特許 商標庁 (USPTO) が受理し公開可能となった特許データも，それぞれ EMBL， GenBank を経由し，公開されています。また，2008年2月より韓国特許庁 (KIPO) からも特許出願に含まれる塩基配列データが，DDBJ に取り込まれ，公開する仕組みが確立されました。
この度公開された，韓国特許庁 (KIPO) からの特許出願塩基配列データは以下の通りです。

	entry number	accession number
DNA	168,562	DI000001-DI168562
PROTEIN	113,555	DI500001-DI613555
TOTAL	282,117

どちらも getentry より検索可能です。

anonymous FTP のディレクトリが変更され，従来の database から ddbj_database (DDBJ由来データ）と mirror_database （他データベースのミラーデータ）に分割され，より使いやすくなりました。
ddbj_database 下の構成の詳細は，同ディレクトリ内のREADME.TXT をご参照ください。
旧構成(database)は1ヶ月間保持しますので，定期監視されている場合は，お早めの変更をお願いいたします。

GIB (Genome Information Broker) は WWW でゲノム情報を提供するサービスで，真正細菌・古細菌・真核生物のゲノムデータを提供しています。現在，緊急保守のたにめサービスを停止しています。再開次第お知らせいたします。 皆様のご理解とご協力をお願い致します。
保守作業は終了し，サービスを再開しました。ご協力ありがとうございました。（2月26日16時22分）

ミラー H-Invitational Database (H-InvDB)が更新されました。 主な更新内容は以下の通りです。

• cDNA エントリ数が 175,536 から 187,156 に変更になりました。
• LOCUS エントリ数が 34,699 から 36,073 に変更になりました。
• ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) の version が "4.6"から"5.0" になりました。

[H-Invitational 関連データベース]

• ミラーH-Invitational Database （H-InvDB)
  （ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース）

緊急ネットワークの保守作業に伴い，本日， 国立遺伝学研究所大型計算機 superig を一時停止致します。

停止期間：	2008年1月22日（火）15時より16時まで
理由：	緊急保守作業のため

ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解・ご協力をお願い申し上げます。
保守作業は終了し，サービスを再開しました。ご協力ありがとうございました。（1月22日16時00分）

ARSA は DDBJ が WWW で提供している高速なキーワード検索サービスです。検索対象データベースのうち，DDBJ ならびに DAD の更新作業を以下の日程で実施いたします。

• 日 時： 2008年1月29日（火）　9:00 ～ 18:00 （終了次第 ＨＰ にてお知らせい たします）
• 内 容：
  • ARSA の DDBJ ならびに DAD 検索の一時休止

  • TXSearch からの ARSA 参照機能の一時停止
  • DDBJ HP のトップページ上の検索窓で DNA 検索が一時休止
• 備 考：上記休止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが,結果中に DDBJ ならびに
  DAD の検索結果は含まれません。DDBJ ならびに DAD の検索をお急ぎの場合は，SRS をご利用下さい。

• 本リリースからの変更点： ARSA の DDBJ データベースでは塩基配列部分を検索対象外としておりましたが，
  本リリースよりアミノ酸配列データについても検索対象から削除します。
  (塩基配列，アミノ酸配列以外の部分が検索対象となります。)

皆様には大変ご迷惑をお掛け致しますが，ご理解とご協力をお願い致します。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（1月29日18時00分）

1月8日より DAD (DDBJ amino acid database) Rel. 42.0 を公開しています。 DAD rel. 42.0 はエントリ数が 11,715,518，総アミノ残基数が 2,995,558,433 bb となっています。
FTP による定期リリースおよび新着データのダウンロードサイト

Nucleic Acids Research では，毎年データベース特集号が発行されています。本年１月発行の Vol. 36, Database Issueに，DDBJ の活動に関連して下記の論文が掲載されました。

• "DDBJ with new system and face"
  H. Sugawara, O. Ogasawara, K. Okubo, T. Gojobori and Y. Tateno
  Nucleic Acids Research, 2008, Vol. 36, Database issue D22-D24
  （内容） DDBJ の１年間の活動報告（データ公開，システム移行，ARSA の機能強化，DDBJ ホームページの改良等）
  

• "The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts"
  Genome Information Integration Project And H-Invitational 2 （DDBJ からは，T.Okido, J.Mashima, K-B.Lee, A.Nozaki, K.Sakai, Y.Suzuki, K.Ikeo, N.Saitou, H.Sugawara, S.Fukuchi, Y.Tateno, T.Gojobori が著者）
  Nucleic Acids Research, 2008, Vol. 36, Database issue D793-D799
  （内容）H-Invitational Database (H-InvDB) について

スーパーSINETルータ保守のため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所のネットワークサービスが停止致します。

• 作業日時：2008年1月16日(水) 12:00 ～ 13:00
  上記時間帯において10分以内の通信断が発生します。
• 作業内容：ルータメンテナンス
  皆様には大変ご迷惑をお掛け致しますが，ご理解とご協力をお願い致します。
  

DDBJ が管理・収集している塩基配列データベースは，リリースとして定期的に年4回オンライン上で公開しています。12月25日に DDBJ リリース72 を完成しました。リリース72 のエントリ数は 79,004,098，総塩基数は82,592,245,487 です。
FTP によるリリースデータの取得は，FTP・WebAPI のページよりおこなえます。
なお，既にお知らせしているとおり，DDBJ では，DDBJ が登録を受け付けたエントリの E-mail アドレスと電話番号，FAX 番号の非表示化をすすめておりましたが，今リリース公開をもちまして，作業が完了いたしました。今後はフラットファイルを参照しての配列の登録者への連絡が取り難くなります。登録者への連絡が必要な場合はメッセージを転送いたしますので，専用の問い合わせフォームからご連絡ください。

• [重要] DDBJフラットファイルフォーマット改訂：E-mailアドレスと電話番号，FAX番号の非表示化