What’s New(2009)

ClustalW における解析実行の不具合のお詫び  2009.12.28
DDBJ が WWW で提供している Clustal W において,以下の時間に解析が行えない状態となっていたことが判明いたしました。詳細は以下の通りです。

  • 時間:2009年12月28日(月)0:00 - 12:30 (JST)
  • 状況:解析内容送信後に受付番号は表示されるが,結果が表示されない
  • 原因:一定期間経過後に自動的に削除されるはずの結果が削除されなかったために,システムが受け付ける解析数が上限に達してしまい,新規の解析ができなくなってしまった
  • 対応:一定期間を経過した解析を手動で削除し,システムを復旧させた。

現在は正しく解析が行われていますが,上記期間内に送信された解析については,大変申し訳ありませんが,再度解析の実行をお願いいたします。

ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

DDBJ リリース 80.0 完成 2009.12.25
  • エントリ数:112,314,250   塩基数:109,636,862,252
  • 今リリースより DDBJ flat file の source 行の記述形式が変更に(organism name と organelle name の表示順序が変更)なりました。また,一部の DDBJ flat file で,一般名表記が含まれるようになりました。詳細は DDBJ Release Note をご覧下さい。
  • 現在公開されているリリースの情報
Nucleic Acids Research に DDBJ に関する論文掲載 2009.12.25
Nucleic Acids Research では,毎年データベース特集号が発行されています。2010年1月発行の Vol. 38, Database Issue に,DDBJ の活動に関連する下記の論文が掲載されました。

"DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data"
Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T and Nakamura Y.
Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue D33-D38

"Archiving next generation sequencing data"
Shumway M, Cochrane G and Sugawara H.
Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue D870-D871

H-InvDB ミラーサイト公開終了のお知らせ 2009.12.8
CIB-DDBJ では,2004年4月より H-Invitational Database(H-Inv DB) のミラーサイトを公開していましたが,2009年12月31日をもって終了いたします。なお,Anonymous-FTP を H-InvDB サーバから DDBJ サーバ に移行いたします。

H-InvDB は,ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。CIB-DDBJ では,2004年4月に H-Invitational で解析されたヒト完全長 cDNA データセットの機能アノテーションの成果を公開するためのデータベース(H-Inv DB)を独立行政法人 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター(BIRC)と共同で構築し,ミラーサイトを公開していました。また,H-Invitational で付与された機能アノテーションを国際塩基配列データベースに準拠した形式のフラットファイルで表示し,H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server を公開していました。

H-InvDB サイトは,BIRC H-InvDB をご利用下さい。長い間ご利用頂きありがとうございました。

DDBJ メールマガジン No.46 配信 2009.12.7
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。12月4日に第46号を配信しました。今回の記事は,「年末年始休業のお知らせ」,「微生物ゲノムデータベース GIB の機能拡張」,「SAKURA de "Q" 第3回」などです。ホームページでもご覧になれますが,お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページで簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。
ショウジョウバエ (Drosophila melanogaster) small RNA,MGA 48,002 エントリの新規公開 2009.12.7
産業技術総合研究所 から登録された ショウジョウバエ(Drosophila melanogaster) small RNA,MGA データ 48,002 エントリが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

関連サイト

これらは12月4日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

第32回日本分子生物学会年会 ブース出展 2月9日(水)-12月12日(土)に,パシフィコ横浜で開催される第32回日本分子生物学会年会の,特別企画「ナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP)」に DDBJ ブースを出展します。 DDBJ の最新活動( RSS 情報公開,次世代シークエンサ用の新規アーカイブデータベース,マッピング・アセンブリ解析パイプライン)をデモにて紹介いたします。その他,DDBJ のサービスに関するポスターの展示や資料の配布などを行います。
リョクトウ (Vigna radiata) WGS 46,645 エントリの新規公開 2009.12.1
タイの National Center for Genetic Engineering and Biotechnology から登録された リョクトウ (Vigna radiata) 由来の WGS データ 46,645 エントリが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

  • BABL01000001-BABL01046645 (BABL.gz) (46,645 entries)

関連サイト

これらは11月30日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

国立遺伝学研究所の停電による公開サービスの停止 2009.11.13
国立遺伝学研究所の停電にともない,以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスならびに大型計算機 supernig のサービスを停止いたします。サービスによって停止期間が異なりますのでご注意下さい。詳細は以下の通りです。

サービス名 停止期間
SAKURA 11月27日(金) 13:00~11月30日(月) 12:00(再開済)
getentry,ARSA,

相同性検索システム,ClustalW,

TXSearch,ベクタースクリーニングシステム,

Anonymous-FTP
11月27日(金) 17:00~11月30日(月) 11:00(再開済)
H-Inv DB(ミラーサーバ) 11月27日(金) 17:00~11月30日(月) 11:00(再開済)
DDBJ HP 11月27日(金) 17:00~11月29日(日) 18:00 (再開済)
GIB 11月27日(金) 10:00~11月30日(月) 11:00(再開済)
大型計算機(supernig) 11月27日(金) 17:00~11月30日(月) 9:00 (再開済)

皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
全てのサービスが再開しました。ご協力ありがとうございました。(11月30日11時 JST)

かずさDNA研究所から登録されたトマト (Solanum lycopersicum) の WGS データ 100,783 エントリが公開されました。

tomato
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

  • BABP01000001-BABP01100783 (BABP.gz) (100,783 entries)

関連サイト

これらは11月6日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

(写真は統合データベースプロジェクトより)
トマト (Solanum lycopersicum) WGS 100,783 エントリの新規公開  2009.11.9
微生物ゲノムデータベース GIB の機能を拡張しました 2009.11.6
真正細菌・古細菌・真核生物ゲノムの統合検索 GIB の検索結果から,ターゲットタンパク研究プログラムで開発された大腸菌全タンパク質の可溶率データベース eSOL のデータを参照できるようになりました。

gib

  • Escherichia coli str. K12 substr. W3110
  • Escherichia coli str. K12 substr. MG1655

関連サイト

ARSA での DDBJ,DAD 以外の DB 検索の一時休止  2009.11.4
ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。検索対象データベースのうち,DDBJ,DAD 以外の DB 検索に不具合が発生いたしました。詳細は以下の通りです。

  • 停止期間: 2009年11月3日(火)11時30分より11月4日(水)13時30分まで
  • 停止サービス: ARSA の DDBJ,DAD 以外(全18DB)検索の一時休止
  • 備考: 上記停止期間において,ARSA で DDBJ,DAD の検索は可能な状況でした。
  • 対応状況:
      11月4日13:30現在,10月25日時点のデータを検索が可能な状況に復旧しております。
      最新のデータに復旧後,再度アナウンスさせて頂きます。

ユーザの皆様にはご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。
復旧作業は終了しました。(11月05日 13時30分)

BLAST での結果表示画面不具合のお詫び 2009.10.26
DDBJ が WWW で提供している相同性検索サービス
うち,BLAST の Text View での結果表示画面にて,不具合が発生していたことが判明しました。詳細は以下の通りです。

  • 期間:2007年2月27日から2009年10月22日まで
  • 対象サービス:BLAST
  • 不具合の内容:BLAST の結果表示方法で Text View を選択した場合,結果表示画面にて,ClustalW 解析を行うための配列選択用
    のチェックボックスの位置がずれていた。そのため,配列を選択して「GO TO CLUSTALW」をクリックした時に,選択した配列の1つ下の
    配列が入力されてしまっていた。
    なお,この不具合は表示のみに限定され,BLAST の検索結果には問題ありませんでした。
  • 対応:チェックボックスと配列が正しく並ぶように修正し,現在は正しく配置されています。

ユーザの皆様には長期間にわたりご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上ると共に,今後このような事態が発生することのないよう努めます。

ナス (Solanum melongena) と スズメノナスビ (Solanum torvum) EST 126,465 エントリの新規公開 2009.10.20
野菜茶業研究所から登録された ナス (Solanum melongena) とスズメノナスビ (Solanum torvum) 由来のEST データ 126,465 エントリが公開されました。
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

これらは10月20日分の新着データとしてDDBJより公開されております。

DAD リリース 49.0 公開 2009.10.15
ARSA での DDBJ,DAD 検索の一時休止 2009.10.14
ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを休止いたします。

  • 休止期間: 2009年10月20日(火)9時から18時まで (作業が完了次第 サービスを再開し,HP にてお知らせいたします。)
  • 休止サービス:
      ARSA の DDBJ,DAD 検索(その他 18DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。)
      TXSearch からの ARSA 参照機能
      DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能

  • 休止理由: DDBJ リリース79.0, DAD リリース49.0 の更新作業

ご迷惑をおかけいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(10月20日17時15分)

DDBJ メールマガジン No.45 配信 2009.10.7
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。10月6日に第45号を配信しました。今回の記事は,「平成21年度DDBJオープンシステムプロジェクト」の募集,anonymous FTP のディレクトリ構成変更,「第22回国際実務者会議」の報告,「WABI ワークショップ開催」のお知らせなどです。ホームページでもご覧になれますが,お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページで簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。
WABI ワークショップ 「データベースとツールを使いこなしてバイオの課題を解決しよう」 開催のお知らせ 2009.9.28
国立遺伝学研究所で開発を進めています WABI (Web API for Biology) の利用法について,ワークショップを開催いたします。

  • 日時: 2009年11月26日(木)~27日(金)
  • 場所: ライフサイエンス統合データベースセンター 東京都文京区弥生2-11-16 東京大学工学部12号館5階
  • 主催: 国立遺伝学研究所 JST BIRD 受託事業「バイオ情報資源の高準化と共有化」
  • 協力: ライフサイエンス統合データベースセンター
  • 参加費: 無料(懇親会参加費は別途 ¥1,000.-)

<プログラム内容>
「バイオ分野のデータベースを調べる」「バイオ分野の解析ツールを調べる」「WABI を用いた問題解決例の紹介」「ライフサイエンスDB 統合の動向」「実習のための問題提示および解決に向けた討論」などの講義,実習

本ワークショップでは,WABI や他機関が提供するデータベース・解析ツールを利用してバイオ分野で日々実際に取り組まれている解析の一連の手順(ワークフロー)を効率化する方法について、講義と実習によって学ぶことができます。
プログラミングの経験が無い方でも、Web ブラウザ上の操作だけで一連の手順構築をご経験頂けます。また,プログラミングの経験がある方は,遺伝研やNCBI,EBI などが整備してきたデータベースや解析ツールをプログラム内から利用するためのWeb API を選択・組み合わせて一連の解析手順を構築して頂きます。

<参加申込>
現在申込受付中。お申込,お問い合わせ等の詳細は こちらへ
定員に達しましたので,受付を終了しました(11/17)。

DDBJ リリース 79.0 完成 
anonymous FTP のディレクトリ構成変更: dra ディレクトリ新設,trace から dta へのディレクトリ名変更 2009.9.17
FTP の ddbj_database (DDBJ由来データ) 配下のディレクトリに tpa を新設しました。
これまでは, TPA(Third-Party Annotaion) データは, ddbj, ddbjnew (デイリー更新データ), wgs のディレクトリに散在していましたが, 今後は TPA関連データを tpa ディレクトリ配下に一元化して提供いたします。ddbj_database 以下の構成の詳細は,同ディレクトリ内の README.TXT をご参照下さい。定期監視されている場合は, お早めの変更をお願いいたします。
anonymous FTP のディレクトリ構成変更: tpa ディレクトリ新設 2009.8.28
DDBJ メールマガジン No.44 配信 2009.8.20
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。8月20日に第44号を配信しました。今回の記事は,生命情報・DDBJ 研究センターと日本 DNA データバンクの新スタッフ紹介,「DDBJ Sequence Read Archive」と「DDBJ Trace Archive」ウェブサイト公開のお知らせ,新連載「SAKURA de "Q"」などです。ホームページでもご覧になれますが,お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページで簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。
RAP2 アノテーションを付与したイネゲノム「日本晴」配列 build 4 の再公開 2009.8.11
栽培イネ ( Oryza sativa Japonica Group ) 「日本晴」の complete genome 配列が build 3 から build 4 に更新されました。
アクセッション番号は AP008207-AP008218 です。また,この更新により,日本を中心とした国際的なイネゲノムアノテーションプロジェクト,The Second Rice Annotation Project Meeting (RAP2) の解析結果が付加され,約28,000個のタンパク質コード領域(CDS)が記載されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
rice

関連サイト

(写真は統合データベースプロジェクトより)
8月2日に発生した相同性検索ならびに ClustalW サービスの休止のお詫びと検索再実行のお願い< 2009.8.4
2009年8月2日早朝に発生いたしました相同性検索ならびに ClustalW サービスの休止につきましては,ユーザの皆様にご迷惑をおお掛けいたしましたことをお詫び申し上げます。

その後の調査により,データベースについても一部不具合が発生していた可能性があり,休止時刻前後に送信されたクエリについての検索・解析結果が保証されない状況であることが判明いたしました。そのため,下記時間帯に送信されたクエリについては,検索・解析の再実行をお願いいたします。なお,相同性検索ならびに ClustalW は現在はサービスを再開しており,正常な検索・解析が行なえることを確認しております。

  • 対象クエリ:サービス停止時刻(2009年8月2日6:00(JST)) 前後よりサービス再開時刻(8月3日 17:40(JST) までに送信されたもの

ご迷惑をお掛けいたしますことを重ねてお詫びいたします。

(緊急)相同性検索ならびに ClustalW サービスの一時休止 2009.8.3
DDBJ が WWW で提供している相同性検索ならびに ClustalW が,8月2日(日)6:00(JST)頃より停止し,現在検索・解析が行えない状態です。現在,原因の特定と復旧作業を急いでおります。サービス再開次第,HP にてお知らせいたします。

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
復旧作業が終了し,サービスを再開しました。長時間にわたるサービス休止により,ユーザの皆様に大変ご迷惑をお掛けしましたことをお詫びいたします。(8月3日 17時40分)

タバコ (Nicotiana tabacum) EST 65,102 エントリの新規公開 2009.7.24
tobacco

日本たばこ産業から登録されたタバコ (Nicotiana tabacum)
EST データ 65,102 エントリが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

これらは7月23日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

ARSA での DDBJ 検索の一時休止 2009.7.21
ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。検索対象データベースのうち,DDBJ の検索に不具合が発生しています。詳細は以下の通りです。

  • 日時:2009年7月19日(日) 9時58分より
  • 内容: ARSA の DDBJ 検索の一時休止
  • 備考:現在 ARSA でその他( 19DS )での検索は可能です。検索結果中に DDBJ の検索結果は含まれません。

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
復旧作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(7月21日 19時50分)

アラインメントソフトMAFFT の API 公開 2009.7.16
高速かつ精度の高いマルチプルアライメントプログラム MAFFT サービスを Web API for Biology (WABI) に加えました。MAFFT は現九州大学加藤和貴先生によって開発維持されています(http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/)。
宿主情報追加による GIB-V の拡張 2009.7.16
ウイルスのゲノムを網羅しているGenome Information Broker (GIB-V) にて、DDBJリリース78から 52,088 件のデータを公開するとともに、宿主情報を充実させました。UniProt のクロスリファレンス情報を用いて DDBJ には記載されていなかった宿主情報を追記するとともに、TxSearch と連携して DDBJ に記載されている一般名を学名へ変換しています。
WABI に関する論文 が NAR Web server issue に掲載されました 2009.7.16
Web API for Biology (WABI) に関する論文が 2009 Web Server Issue of Nucleic Acids Research (Volume 37 Issue 12 July 2009) に掲載されました。
"Web API for biology with a workflow navigation system"
Yeondae Kwon, Yasumasa Shigemoto, Yoshikazu Kuwana and Hideaki Sugawara
Nucleic Acids Research, 2009, Vol. 37, No. suppl_2 W11-W16
DAD リリース 48.0 公開 2009.7.14
ARSA での DDBJ,DAD 検索の一時休止 2009.7.8
ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを休止いたします。

  • 休止期間:2009年7月15日(水)9時から20時まで (作業が完了次第 サービスを再開し,HP にてお知らせいたします)
  • 休止サービス:
      ARSA の DDBJ, DAD 検索(その他 18DB は利用可能です。検索結果中にDDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。)
      TXSearch からの ARSA 参照機能
      DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能

  • 休止理由:システムメンテナンスおよび DDBJ リリース78.0, DAD リリース48.0 の更新作業

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。

相同性検索ならびに ClustalW サービスの一時休止 2009.7.7
DDBJ が WWW で提供している相同性検索ならびに ClustalW を下記の日程でサービスを休止します。
ul>

  • 休止日時 2009年7月13日(月)11:30 - 13:30 (JST)(サービス再開次第,HP にてお知らせします)
  • 対象サービス: 相同性検索(FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM),ClustalW
  • 休止理由: システムメンテナンスのため
  • ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
    メンテナンス作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(7月13日14時00分)

    DDBJ リリース 78.0 完成 2009.6.23
    getentry でサプレスエントリの検索結果の一部表示不具合について修正完了 2009.6.23
    getentry は,DDBJ が WWW ならびに WebAPI にて提供している,アクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。
    2009年2月に,getentry にてサプレスエントリを検索した際に,一部のケースで誤った出力形式の結果が表示される状態が発生しておりましたが,このたび修正対応が完了し,正しい結果表示が可能となりました。
    備考:getentry でサプレスエントリのデータが正しく表示されないことへのお詫び 2009.2.26

    ユーザの皆さまにはご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。

    GIB サービスの一時休止 2009.6.10
    GIB (Genome Information Broker) サービスをシステムメンテナンスの為,下記の日程にて一時休止します。

    • 休止日時:2009年6月30日(火) 9時より 7月2日(木) 17時まで
    • 理由:システムメンテナンス(OS バージョンアップ)

    皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。

    保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(7月1日14時45分)

    相同性検索(Blast,Psi-Blast)検索不具合のお詫び 2009.6.5
    DDBJ が WWW で提供している相同性検索サービスのうち ,Blast,Psi-Blast にて,下記の期間中,一部不具合が発生していたことが判明しました。詳細は以下の通りです。

    • 期間:2009年6月2日(火)20:32 (JST) - 6月3日(水)15:00 (JST)
    • 対象サービス:BLAST,PSI-BLAST
    • 対象データ:アミノ酸デフォルトデータ,Uniprot,Uniprot/TrEMBL
    • 不具合の状況:上記条件で検索した場合、結果がヘッダのみで、検索結果が表示されない
    • 原因:対象データのfastaデータに想定を超える長大データが存在したため
    • 対応:既に対応が完了し,現在は正常に検索・解析を行なうことが可能です。

    該当期間中にご利用いただきました解析については,再度,検索・解析の実行をお願いいたします。
    ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

    カイコ (Bombyx mori) small RNA の MGA 4,448,218 エントリ新規公開 2009.6.3
    東京大学から登録されたカイコ (Bombyx mori) small RNA の MGA データ 4,448,218 エントリが公開されました。

    アクセッション番号は以下の通りです。

    • AHAAB0000001-AHAAB0547473
    • AHAAC0000001-AHAAC1704525
    • AHAAD0000001-AHAAD2196220
    • (total 4,448,218 entries)

    関連ページ: MGA 配列データについて
    Anonymous FTP 一括取得:AH_resource_index

    これらは6月1日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

    DDBJ メールマガジン No.43 配信 2009.5.14
    DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。5月14日に第43号を配信しました。今回は,6月17-18日に開催する「第21回DDBJing 講習会 in 三島」のご案内や,5月末が期限の国立遺伝学研究所大型計算機(superni
    g)利用申請継続手続きについての再度のご案内などです。ホームページでもご覧になれますが,お申込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページで簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。
    6/17-18 DDBJing 講習会開催 2009.5.14
    相同性検索サービス(ClustalW含む) の不具合のお詫び 2009.5.13
    DDBJ が WWW で提供している相同性検索サービスが,下記の期間中検索・解析が行えない状態であったことが判明しました。詳細は以下の通りです。

    • 期間:2009年5月12日(火)18:15 頃 (JST) - 22:20 頃(JST)
      現在は全てのサービスが復旧しており,正常に検索・解析を行なうことができます。
    • 影響のあるサービス:FASTA,BLAST,PSI-BLAST,SSEARCH,HMMPFAM,ClustalW
    • 原因:システム障害のため
    • 該当期間中に投入されたクエリについては,正常に受け付けたもの(リクエストIDが発行されたもの)と受付不可となったものとがあります。正常に受け付けたものについては現在順次解析を実行中です。受付不可となったもの(リクエスト ID が発行されなかったもの)については,お手数ですが,再度,入力・送信をお願いいたします。

    ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

    アカハライモリ(別名:ニホンイモリ) (Cynops pyrrhogaster) EST 25,600 エントリの新規公開 2009.5.1
    nihon_imori

    京都大学から登録されたアカハライモリ(別名:ニホンイモリ)(Cynops pyrrhogaster) 由来の EST データ 25,600 エントリが公開されました。
    アクセッション番号は以下の通りです。

    • FS290155-FS315754(25,600 entries)

    これらは4月25日分の新着データとしてDDBJより公開されており,getentry から検索可能です。

    (写真は登録者提供)
    H-Invitational 関連データベースの更新 2009.5.1
    4月27日に,ミラー H-Invitational Database (H-InvDB) が公開されました。データベースのversion が "6.2" になりました。
    ブタインフルエンザ A (H1N1) ウイルス公開 2009.4.30
    DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースにブタインフルエンザ A (H1N1) ウイルスが公開されました。getentry, ARSA から検索可能です。

    アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

    参照 URL:

    上記配列のうち,HA(ヘマグルチニン)遺伝子について,ClastalW を利用し作成した系統樹
    結果画像

    DDBJ メールマガジン No.42 配信 2009.4.27
    DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。4月27日に第42号を配信しました。今回の記事は,微生物ゲノム再アノテーションデータベース2009年版公開,国立遺伝学研究所大型計算機(supernig)利用申請継続手続きのご案内などです。ホームページでもご覧になれますが,お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページで簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。
    カンゾウ (Glycyrrhiza uralensis) EST 50,594 エントリの新規公開 2009.4.24
    千葉大学から登録されたカンゾウ (Glycyrrhiza uralensis) 根茎由来の EST データ 50,594 エントリが公開されました。
    アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

    これらは4月24日分の新着データとしてDDBJより公開されております。

    ARSA の一時休止 2009.4.15
    ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA を一時休止いたします。

    • 休止期間:2009年4月21日(火)10時から22日(水)18時まで (終了次第 HP にてお知らせいたします)
    • 休止サービス:
        ARSA
        TXSearch からの ARSA 参照機能
        DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能

    • 休止理由:サーバ増強作業および DDBJ リリース77.0, DAD リリース47.0 の更新作業

    ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
    保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(4月22日16時40分)

    getentry で韓国特許を検索した場合の結果の不具合についてのお詫び 2009.4.15
    getentry は DDBJ が WWW で提供しているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。このたび,DDBJ が getentry で公開している韓国特許庁の特許データのアミノ酸データに関して,一時的に誤ったデータを公開していたことが判明いたしました。詳細は以下の通りです。

    • 対象データベース : Protein データベースの Patent
    • 該当アクセッション番号:DI500718 - DI613550 のうち4,541 エントリ(別紙参照
    • 公開されていた期間: 2009年3月31日から4月8日まで
    • 原因:既公開データに関して誤りのあった部分を修正し再公開する作業において,特許番号とアクセッション番号の対応関係がずれてしまった
    • 対応:問題があった修正分データは削除済で,現在は修正前の状態に戻っています。再公開分のデータについては,是正が完了次第,再公開する予定です。誤ったデータを是正の上,再公開致しました。現在は,getentry にて,正しいデータが取得できます。( 5月 1日)

    ユーザの皆さまにはご迷惑をお掛けしますことをお詫びいたします。

    DAD リリース 47.0 公開 2009.4.15
    HMMPFAM 緊急保守のため一時休止 2009.4.13
    HMMPFAM は,隠れマルコフモデルによるアミノ酸配列のモチーフ検索プログラムです。
    緊急の保守作業のため,サービスを一時休止いたします。詳細は以下の通りです。

    • 休止期間:2009年4月14日 9:00 から 17:00 まで
    • 休止理由:システム保守作業の為

    急なお知らせでご迷惑をお掛けしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
    保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(4月14日18時00分)

    停電による遺伝研ネットワーク障害とサービスの停止 2009.4.13
    4月12日(日)早朝に発生した電力会社・変電所事故による停電のため,国立遺伝学研究所のネットワークサービスに影響がありました。詳細は下記の通りです。

    • 停電の発生時刻:2009年4月12日(日) 5時頃
    • 影響のあったサービス:国立遺伝学研究所のネットワーク通信
    • すべてのサービスが停止した期間:4月12日(日)5時時頃~4月13日(月)11時20分

    現在全てのサービスが復旧しています。ご迷惑をお掛けしましたことをお詫びいたします。

    ラット GSS 227,486 エントリの新規公開 2009.4.1
    京都大学から登録されたラット (Rattus norvegicus LE/Stm) の GSS データ 227,486 エントリが公開されました。

    参照 URL:
        http://www.anim.med.kyoto-u.ac.jp

    アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

    これらは4月1日分の新着データとしてDDBJより公開されております。

    DDBJ リリース 77.0 完成 2009.3.24
    ミラー H-Invitational データベースの一時休止 2009.3.19
    下記の要領でミラー H-Invitational データベースのサービスを一時休止いたします。

    • 休止日時: 2009年3月31(火) 9時より 4月1日(水) 17時まで
    • 理由:ハードウェアの移設作業のため

    ユーザの皆様にはご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
    サービスを再開しました。(4月1日)

    トマト full length cDNA データ (HTC) 10,959 エントリと EST データ 27,216 エントリの新規公開 09.3.19
    かずさ DNA 研究所から登録されたトマト (Solanum lycopersicum) の full length cDNA データ (HTC) 10,959 エントリと EST データ 27,216 エントリが公開されました。

    参照 URL:
        http://www.pgb.kazusa.or.jp/kaftom/
        http://www.kazusa.or.jp/jsol/microtom/indexj.html
    アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

    これらは3月19日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

    相同性検索サービス(ClustalW含む) の不具合のお詫び 2009.3.13
    DDBJ が WWW で提供している相同性検索サービスが,下記の期間中検索・解析が行えない状態であったことが判明しました。詳細は以下の通りです。

    • 期間:2009年3月8日(日)17:55 (JST) - 3月9日(月)09:08 (JST)
    • 影響のあるサービス:FASTA,BLAST,PSI-BLAST,SSEARCH,HMMPFAM,ClustalW
    • 原因:サーバダウンのため
    • 該当期間中にご利用頂きました解析については,再度,検索・解析の実行をお願いいたします。

    ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

    国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービスの一部停止 2009.3.5
    スーパーSINETルータ保守のため,下記期日におきまして,国立遺伝学研究所のネットワークサービスが停止いたします。

    • 作業日時:2009年3月11日(水) 21:00 ~ 22:00
      上記時間帯において15分の通信断が発生します。
    • 作業内容:ルータメンテナンス

    皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。

    ヒト単球性白血病細胞株(THP-1)由来 CAGE の MGA データ 7,824,360 エントリの新規公開  2009.3.1
    理化学研究所から登録されたヒト単球性白血病細胞株(THP-1)由来 CAGE の MGA データ 7,824,360 エントリが公開されました。
    参考 URL: http://www.osc.riken.jp/
    アクセッション番号は以下の通りです。

    • AFAAA0000001-AFAAA0543260 (543,260 entries)
    • AFAAB0000001-AFAAB0191814 (191,814 entries)
    • AFAAC0000001-AFAAC0474745 (474,745 entries)
    • AFAAD0000001-AFAAD0353461 (353,461 entries)
    • AFAAE0000001-AFAAE0270208 (270,208 entries)
    • AFAAF0000001-AFAAF0513982 (513,982 entries)
    • AFAAG0000001-AFAAG0349448 (349,448 entries)
    • AFAAH0000001-AFAAH0425524 (425,524 entries)
    • AFAAI0000001-AFAAI0358861 (358,861 entries)
    • AFAAJ0000001-AFAAJ0285303 (285,303 entries)
    • AFAAK0000001-AFAAK0327328 (327,328 entries)
    • AFAAL0000001-AFAAL0456381 (456,381 entries)
    • AFAAM0000001-AFAAM0436519 (436,519 entries)
    • AFAAN0000001-AFAAN0499442 (499,442 entries)
    • AFAAO0000001-AFAAO0682996 (682,996 entries)
    • AFAAP0000001-AFAAP0716451 (716,451 entries)
    • AFAAQ0000001-AFAAQ0546880 (546,880 entries)
    • AFAAR0000001-AFAAR0391757 (391,757 entries)

    関連ページ: MGA 配列データについて
    Anonymous FTP 一括取得:AF_resource_index

    これらは2/27分の新着データとしてDDBJより公開されております。

    getentry でサプレスエントリのデータが正しく表示されないことへのお詫び 2009.2.26
    getentry は DDBJ が WWW ならびにWebAPI にて提供しているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。 
    このたび,getentry にてサプレスエントリを検索した際に,一部のケースで誤った出力形式の結果が表示される状態が発生していることが判明いたしました。詳細は以下の通りです。
    [該当する検索条件]

    • 対象データベース : DDBJ
    • 出力形式: FASTA(CDS含む),DDBJ-XML,INSD-XML
    • 取得方法: メール送信,FTPファイル転送

    [状態]
    上記の検索条件にてサプレスエントリを検索した場合,該当サプレスエントリのみ検索結果が指定した出力形式ではなくフラットファイル形式で出力されます。上記の検索条件に該当しない場合,およびサプレスエントリ以外を検索する場合は出力形式に問題ありません。
    [対応]
    現在問題箇所を修正中です。対応次第 HP にてご連絡いたします。ユーザの皆さまにはご迷惑をお掛けしますことをお詫びいたします。

    HMMPFAM のシステム障害についてのお詫び 2009.2.20
    HMMPFAM は,隠れマルコフモデルによるアミノ酸配列のモチーフ検索プログラムです。
    このたび、システム障害の発生により、正常に受付ができない状態になっていた期間があったことが判明いたしました。詳細は以下の通りです。

    • 期間:2009年1月8日より2月14日 2:52 まで
    • 状態:
      結果受け取り方法にWWW を指定した場合:view result で結果を見ても空ページとなる
      結果受け取り方法にE-mail を指定した場合:受け付け後に空ファイルが返信される
    • 原因:システム障害による

    現在は障害も解消し、正常に結果が表示されます。
    長期間にわたって不具合が続いており、ユーザの皆様に大変ご迷惑をお掛けいたしましたことをお詫びいたします。

    ミラー H-Invitational データベースの一時休止 2009.2.16
    下記の要領でミラー H-Invitational データベースのサービスを一時休止いたします。
    ユーザの皆様にはご迷惑をおかけいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。

    • 休止日時: 2009年2月20(金)17時より 2月23日(月) 12時まで
    • 理由:メンテナンスのため
    getentry, ARSA の検索対象データ(DDBJ)の一部で最新のデータが表示されないことへのお詫びと検索再実行のお願い 2009.2.06
    このたび,国際塩基配列データベース中の EMBL 由来のエントリの一部が誤って古いデータで上書きされた状態で getentry ならびに ARSA の検索対象データベース中に混入していることが判明いたしました。
    このため, 2009年2月5日早朝以降,別紙リストに記載のアクセッション番号(98 エントリ)についてのみ,検索結果データが最新ではありません。(該当アクセッション番号以外は問題ございません)
    現在,データの修正作業をおこなっておりますが(2/6中に完了予定です。作業が完了次第 DDBJ HP にてお知らせいたします),作業が完了するまでの間は最新のデータが得られない可能性があります。2月5日早朝以降に getentry, ARSA で DDBJ を検索対象データベースとして検索を行ない、検索結果中に該当エントリが含まれていた場合は,大変申し訳ありませんが、修正対応終了後に再度検索を実行して頂きますようお願い申し上げます。

    ユーザの皆さまにはご迷惑をお掛けしますことをお詫びいたします。
    修正作業は終了しました。ご迷惑をお掛けいたしました。(2月6日18時40分)

    システム増強に伴う DDBJ サービスの休止のお知らせ 2009.1.28
    DDBJ では,コンピュータシステムの増強作業のため,以下の日程で DDBJ の一部サービスを休止いたします。
    詳細は以下の通りです。

    サービス名 休止期間
    - SAKURA 2/17(火) 17:00 - 2/18(水) 17:00
    - DDBJHP
    - getentry
    - TXSearch
    - ARSA
    - 相同性検索システム(Clustalw含む)
    - Vector Screening System
    2/18(水) 9:00 - 17:00

    上記休止期間は予定です。作業が終了したサービスより順次再開いたします。
    ご不便をお掛けいたしますが,ご理解下さいますようお願いいたします。
    全てのサービスを再開いたしました。どうぞご利用下さい。(2009.2.18 17時00分)

    getentry での CON エントリの配列表示の不具合修正完了 2009.1.16
    getentry は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供しているアクセッション番号などによる高速なエントリ検索システムです。
    2008年6月に,CON エントリの配列表示の不具合が発生し,一部については対応が未完了となっていましたが,このたび全ての修正対応が完了し,正しい結果表示が可能となりました。
    詳細については下記の通りです。

    2008年6月に発生した不具合 :
    (1)引用されているピースエントリの配列の領域が complement の場合に,正しくは相補鎖 ( complement ) を抜き出すべきところを,誤って順鎖向き (forward) の配列が抜き出されてしまう (2008.07.03 に対応完了済み)
    (2)ピースエントリに CON エントリが含まれている場合,配列を正しく表示できない。
    今回対応が完了した不具合について:
    (1)不具合箇所: ピースエントリに CON エントリが含まれている場合,検索結果において下記の配列表示あるいは配列ファイル転送が正常に動作しない。

    • 出力形式:"全塩基配列 FASTA" を選択
      取得方法:"画面表示","メール送信" または,"FTP ファイル転送" を選択
    • 出力形式:"フラットファイル ( DDBJ )" を選択
      検索結果画面において,DNA 配列を FASTA 形式で一括転送 (ftp) または一括表示

    (2)影響のあったサービス: getentry,ARSA, Web API ( GetEntry )
    (3)対応完了日:2009年1月13日
    (4)備考: getentry での CON エントリの配列表示の不具合についてのお詫び (2008.6.20)
    ユーザの皆様には長期間にわたりご迷惑をお掛けしましたことを深くお詫びいたします。

    DAD リリース 46.0 公開 2009.1.16
    ARSA での DDBJ,DAD 検索の一時停止 2009.1.9
    >ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。データベースのうち,DDBJ リリース76.0, DAD リリース46.0 (近日公開予定)の更新作業を以下の日程で実施いたします。

    • 停止期間:2009年1月16日(水)9時から18時まで(終了次第HPにてお知らせいたします)
    • 停止サービス:
        ・ARSA の DDBJ, DAD 検索(その他 18DB は利用可能です。検索結果中にDDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。)
        ・TXSearch からの ARSA 参照機能
        ・DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs検索機能(DDBJ/DAD以外は利用可能です)

    備 考:上記停止期間中も ARSA での検索はご利用いただけますが,結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません。その他の サービスも利用可能です。
    ご迷惑をおかけいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
    保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(1月16日18時30分)

    年末年始休業中に発生したシステム障害による ARSA 休止のお詫び 2009.1.5
    ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。
    1月1日に発生したシステム障害により,1月1日9時より本日(1月5日 10時)まで,ARSA サービスが休止状態となっておりました。現在は復旧しており,問題なく検索がおこなえます。障害の発生が年末年始休業中であったために,長期間にわたりサービスが休止し,ユーザの皆様に多大なご迷惑をお掛けすることとなりましたことをお詫びいたします。
    PRF Release 124 公開  2008.12.26
    DDBJ リリース 76.0 完成  2008.12.24

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