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What's New (2010)

NIG 計算機メンテナンス情報    現在のリリース    生命情報学関連の会議    過去の What's New アーカイブ


未培養好熱性アーキアゲノム配列の公開 2010.12.28
海洋研究開発機構から登録された未培養好熱性アーキア (Candidatus Caldiarchaeum subterraneum) のゲノム配列が公開されました。

参考 URL: http://www.jamstec.go.jp/j/about/press_release/20101216/

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名)  は以下の通りです
・AB201309 ・AP011633
・AP011650
・AP011675
・AP011689
・AP011708
・AP011733
・AP011724
・AP011727
・AP011745
・AP011751
・AP011786
・AP011796
・AP011826 - AP011902

DDBJ メールマガジン No.56 配信 2010.12.22
DDBJ では,メールマガジンを配信しています。12月22日に 第56号 を配信しました。 今回の記事は,DDBJ リリース 84.0 完成,パーフェクトなデータ更新に向けての 「ユーザーの皆様へ,お願いです!」 ,"SAKURA de Q" 第8回,リレー連載コラム「DDBJ アノテータの業務紹介」 などです。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込・変更ページ で簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。

DDBJ リリース 84.0 完成 2010.12.22

Sequin によるデータ登録受付終了のお知らせ 2010.12.20
DDBJ ではこれまで, SAKURA・大量登録システム(MSS)・入力支援ソフト Sequin による塩基配列データの登録を受け付けてきましたが,2011年1月末日をもちまして,Sequin による受付を終了することになりました。
DDBJ への登録には,SAKURA,あるいは大量登録システム(MSS) をご利用頂くことにより,Sequin での登録に比べ,はるかに迅速かつ正確な登録が可能です。 今後はこちらをご利用下さい。
(参考) 塩基配列の登録
(A) Web 経由の塩基配列登録システム SAKURA を利用
(B) 大量登録システム(MSS) を利用
なお,止むを得ない理由でSequin での登録をご希望の場合には,お手数ですが GenBank へご登録下さい。
(参考)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/
ご理解とご協力をよろしくお願いいたします。

DDBJ メールマガジン No.55 配信 2010.12.1
DDBJ では,メールマガジンを配信しています。12月1日に 第55号 を配信しました。 今回の記事は,2011年1月17-18日開催の「DDBJing 講習会(23) & PDBj 講習会 in 長浜」,よりスマートなデータ公開のための 「ユーザーの皆様へ,お願いです!」 ,リレー連載コラム「DDBJ アノテータの業務紹介」 などです。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込・変更ページ で簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。


DDBJ Sequence Read Archive より検索システムをリリース 2010.11.25
DDBJ Sequence Read Archive検索システム (ベータ版) をリリースいたしました。
DDBJ/EBI/NCBI Sequence Read Archive から公開されている全てのデータを対象に,アクセッション番号,生物名,登録した組織名,シークエンサの種類や研究カテゴリーでの検索ができます。 現在,キーワード検索機能を実装中です。検索でヒットしたデータのメタデータを XML ファイルで,シークエンシングデータを fastq ファイルで FTP ダウンロードすることができます。 是非,ご利用下さい。フィードバックをお待ちしております。 DDBJ/EMBL-Bank/GenBank データの検索には getentryARSA をご利用下さい。

DDBJ Sequence Read Archive は,次世代シークエンサからの1次データのためのアーカイブです。


国立遺伝学研究所の停電による公開サービスの停止 2010.11.11
国立遺伝学研究所の停電にともない,以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスならびに大型計算機(supernig)のサービスを停止いたします。 サービスによって停止期間が異なりますのでご注意下さい。詳細は以下の通りです。
サービス名 停止期間
SAKURA 12月17日(金) 13:00〜12月20日(月) 12:00 (再開済)
getentry,ARSA,
BLAST,ClustalW,
TXSearch,ベクタースクリーニングシステム,
GIB,Anonymous-FTP
12月17日(金) 15:00〜12月20日(月) 12:00 (再開済)
大型計算機(supernig) 12月17日(金) 15:00〜12月20日(月) 9:00 (再開済)
DDBJ HP 12月17日(金) 17:00〜12月19日(日) 18:00 (再開済)
皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
全てのサービスが再開しました。ご協力ありがとうございました。(12月20日12時 JST)


DDBJ メールマガジン No.54 配信 2010.11.2
DDBJ では,メールマガジンを配信しています。11月1日に 第54号 を配信しました。 今回の記事は,2011年1月17-18日開催予定の「DDBJing 講習会 in 長浜」,より迅速なアクセッション番号発行のための 「ユーザーの皆様へ,お願いです!」 や 「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介(4)」 などです。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込・変更ページ で簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。

RefSeq のデータが BLAST(WebAPI) に追加 2010.11.2
下記の RefSeq のデータが BLAST(WebAPI 経由) の参照データベースに追加されました。 詳細は,Web API サービス をご覧下さい。
  • Reference genomic sequences
  • Reference mRNA sequences
  • Reference protein sequences

SAKURA 生物情報の入力方法が変更 2010.11.1
SAKURA は,DDBJ が運用している WWW 経由の塩基配列データ登録システムです。
生物名入力画面の改善をおこなうこととなり,2010年10月26日から SAKURA の生物情報の入力方法が変更になりました。詳細は,SAKURA からの配列データ登録に際して をご覧下さい。実際の入力方法は,SAKURA へ登録開始後に表示されるヘルプページをご参照下さい。

初の日本人全ゲノム配列データが DDBJ Sequence Read Archive から公開 2010.10.28
国際ハップマッププロジェクト で用いられた日本人男性の全ゲノム配列が 理化学研究所 ゲノム医科学研究センター によって解析されました。 この研究プロジェクトにより,約313万個の1塩基多様性(SNVs: single nucleotide variations),10 kb より小さい約5,300 個の欠失,さらに,計3 Mb のヒトゲノム参照配列にない新規ゲノム配列が発見されました(理化学研究所 プレスリリース)。

DDBJ Sequence Read Archive は,これらの解析のもととなる Illumina genome analyzer II のシークエンスデータを DRA000222 として公開いたしました。

「完全長 cDNA 構造解析プロジェクト」由来の trace データを公開 2010.10.20
新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO) 「完全長 cDNA 構造解析プロジェクト」 が決定した Homo sapiens(ヒト) 完全長 cDNA 配列のもととなる trace データ 2,445,650 件 を公開いたしました。
データは,*DDBJ Trace ArchiveNCBI Trace Archive から公開されています。

  TI 番号:
    ・2282248605-2282527996
    ・2282791904-2284232295
    ・2284242226-2284960269
    ・2284238627-2284240689
    ・2285528775-2285534533

  Anonymous FTP:
    ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dta/FLJ/

*DDBJ Trace Archive (DTA) は,大規模配列決定プロジェクトからのシングルパスリードの DNA sequence chromatograms (traces),base calls,quality estimates のためのアーカイブです。

BLAST での検索再実行のお願い 2010.10.15
相同性検索サービス BLAST にて下記の期間,条件で実行頂きました検索結果が,保証されない状況であったことが判明しました。
お手数ですが該当の方は,検索の再実行をお願いいたします。詳細は以下の通りです。

  • 期間: 2010年10月7日(木) 19:00 頃 〜 10月15日(金) 12:30 頃まで
  • 条件: 検索対象データベースにて,16S rRNA を指定した検索

現在は正常に検索を行うことが可能です。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。

ハボタン (Brassica oleracea var. acephala) EST 119,204 エントリの新規公開 2010.10.13
キリンホールディングス株式会社から登録されたハボタン (Brassica oleracea var. acephala) 由来の EST データ 119,204 エントリが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです

これらは10月13日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

ARSA の一時停止 2010.10.12
ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。 メンテナンス作業のため,下記期日におきまして,ARSA サービスを停止いたします。

停止期間: 2010年10月28日(木) 9:00〜20:00
   (作業が終了次第 サービスを再開し,HP にてお知らせいたします)

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(10月28日16時50分)

DRA へのデータ登録方法が「統合 TV」より公開 2010.10.1
統合 TV は,ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が発信する生命科学分野の有用なデータベースやウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。
この度,「公共アーカイブ DRA へのデータの登録方法」の解説動画が統合 TV より公開になりました。是非ご活用下さい。


togoTV-dra  公共アーカイブ DRAへのデータの登録方法
DRA(DDBJ Sequence Read Archive) は,次世代シークエンサからの出力データのためのデータベースです。 この動画では,D-way による DRA へのデータの登録方法について紹介しています。(DRA web site からもリンクしています)

[内容]
1. データを入力する
2. relationを構築する
3. データを送信する
4. テンプレートをロードする

DDBJ メールマガジン No.53 配信 2010.10.1
DDBJ では,メールマガジンを配信しています。9月30日に 第53号 を配信しました。 今回の記事は,「平成22年度下期DDBJオープンシステムプロジェクトの募集」,「SAKURA でのテンプレートの削除について」,「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介(3)」などです。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込・変更ページ で簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。


DAD リリースにおける FASTA ファイル不具合のお詫び 2010.9.29
DDBJ が過去提供した DAD リリースにて FASTA ファイルに一部不具合が発生していたことが判明いたしました。詳細は以下の通りです。

対象: DAD リリース10, 18 〜 52 まで
状況:
  以下の容量を超える残基が正しく出力されていなかった
    (超過容量)
     DAD リリース10: 7,000残基超で問題が生じた
     DAD リリース18 〜 52: 30,000残基超で問題が生じた
  容量を超える残基サイズが FASTA コメント部分に正しく出力されていなかった
    (不正コメント例)
     CP000108-608|ABB27887.1|30030|Chlorobium ・・・
     →CP000108-608の残基サイズは "36805" が正しい
影響サービス: Anonymous FTP(DAD),大型計算機(supernig)
対応: DAD リリース53 では,不具合を修正したデータで公開しています

ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。

DAD リリース 53.0 完成 2010.9.29
  • 公開日: 2010年9月29日
  • エントリ数: 18,225,996   総アミノ酸残基数: 5,103,235,346aa
  • DAD Release Note
  • 現在公開されているリリースの情報
  • FASTA 形式に変更を行いました。(詳細は こちら をご覧下さい)
  • 過去提供した DAD リリースにて FASTA ファイルに不具合が発生していたことが判明しました。(詳細は こちら をご覧下さい)

GIB (Genome Information Broker) 保守のため一時停止 2010.9.28
GIB (Genome Information Broker) は DDBJ が WWW で提供している,真正細菌・古細菌・真核生物ゲノムの統合検索システムです。メンテナンスのため,下記期日におきまして,サービスを一時停止いたします。
  • 日時: 2010年9月29日(水) 15:00 〜 17:00
ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(9月29日17時10分)

(緊急) GIB (Genome Information Broker) の一時停止 2010.9.27
DDBJ が WWW で提供している,真正細菌・古細菌・真核生物ゲノムの統合検索 GIB (Genome Information Broker) が,ディスク障害により, 現在アクセスができない状態です。現在,復旧作業を急いでおります。サービス再開次第,HP にてお知らせいたします。

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
復旧作業が終了し,サービスを再開しました。ユーザの皆様に大変ご迷惑をお掛けしましたことをお詫びいたします。(9月27日 17時20分)


ARSA での DDBJ,DAD 検索の一時停止 2010.9.21
ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供 している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを停止いたします。

  • 停止期間: 2010年9月29日(水)9:00〜18:00 (作業が終了次第 サービスを再開し,HP にてお知らせいたします)
  • 停止サービス:
      ARSA の DDBJ,DAD 検索 (その他 17DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません)
      TXSearch からの ARSA 参照機能
      DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能
  • 停止理由: DDBJ リリース83.0, DAD リリース53.0 の更新作業(DAD リリース53.0 は,近日リリース予定)

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(9月29日18時00分)

(緊急) GIB (Genome Information Broker) の一時停止 2010.9.21
DDBJ が WWW で提供している,真正細菌・古細菌・真核生物ゲノムの統合検索 GIB (Genome Information Broker) が,サーバーのシステム障害により, 現在アクセスができない状態です。現在,復旧作業を急いでおります。サービス再開次第,HP にてお知らせいたします。

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
復旧作業が終了し,サービスを再開しました。ユーザの皆様に大変ご迷惑をお掛けしましたことをお詫びいたします。(9月21日 16時10分)


DDBJ リリース 83.0 完成 2010.9.16

SAKURA,DDBJing 講習会の「統合 TV」公開 2010.9.9
統合 TV は,ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。
この度,「SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(基本編)」「AJACS & 第22回 DDBJing 講習会 in 東京」の解説動画が統合 TV より公開になりました。是非ご活用下さい。


togoTV-sakura  SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(基本編)

SAKURA を用いた塩基配列の基本的な登録方法や注意点などを動画で分かりやすく解説しています。

[内容]
1. 登録者氏名とコンタクトパーソンの登録する
2. 論文に関する情報を登録する
3. 塩基配列の情報を登録する
4. 生物種の情報を登録する
5. CDS(タンパク質コード配列)の情報を登録する

SAKURA トップページ(左カラム下)からもリンクしています。



togoTV-ing  AJACS & 第22回 DDBJing 講習会 in 東京

2010年6月23-24日に行われた「AJACS & 第22回 DDBJing 講習会 in 東京」の講義を動画で公開しています。

DDBJing 講習会DDBJing 講習会資料ダウンロード のページからもリンクしています。




BLAST バージョンアップ 2010.9.2
相同性検索サービス BLAST (WWW) のバージョンアップ( 2.2.18 ⇒ 2.2.24 ) を行ないました。
WABI は,9月3日バージョンアップ)

第23回国際実務者会議 報告 2010.9.2
DDBJ, EBI, NCBI で構成される International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) は,国際塩基配列データベース共同構築事業の運営・推進を図るために,国際実務者会議を年1回開催しています。

2010年は,5月19日-21日に EBI で開催され,国際塩基配列データベース (DDBJ, EMBL-Bank, GenBank, Sequence Read Archive, Trace Archive) を運営する上での実務的な問題を討論しました。当時,アイスランドの火山活動の影響で旅程が変更され,予定より短い会議となりましたが,多くの進展がありました。会議の報告は こちら です。

BLAST での検索再実行のお願い 2010.9.2
相同性検索サービス BLAST にて下記の期間,条件で実行頂きました検索結果が,保証されない状況であったことが判明しました。
お手数ですが該当の方は,検索の再実行をお願いいたします。詳細は以下の通りです。

  • 期間: 2010年8月17日(火) 9:00 頃 〜 8月27日(金) 13:00 頃まで
  • 条件: 検索対象データベースにて,16S rRNA を指定した検索

現在は正常に検索を行うことが可能です。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。

DDBJ メールマガジン No.52 配信 2010.9.1
DDBJ では,メールマガジンを配信しています。今号より,隔月から毎月発行になりました。9月1日に第52号を配信しました。 今回の記事は,「BLAST での特許アミノ酸配列検索を追加」,「NCBI RefSeq データのミラー公開」,「"困った de Q" 第2回」です。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込・変更ページ で簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。

BLAST での特許アミノ酸配列検索を追加 2010.8.27
DDBJ では,2010年8月24日より相同性検索サービス BLAST での特許アミノ酸配列検索を追加しました。
アミノ酸配列データベースに「特許データ」のカテゴリが追加され, 日本特許庁(JPO), 韓国特許庁(KIPO),米国特許商標庁(USPTO),欧州特許庁(EPO) が個別に指定可能です。特許アミノ酸配列のデータ更新頻度は,年4回を予定しています。

patent

NCBI RefSeq データのミラー公開 2010.8.23
DDBJ では,2010年8月23日より NCBI RefSeq データのミラー公開を開始しました。
ミラーデータは,Anonymous-FTP サイト (ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/mirror_database/refseq/release/) から取得することができます。 release 配下のディレクトリは, NCBI と同じ階層構造 で公開します。 また,ミラーデータの更新頻度は,およそ月2回を予定しています。

国立遺伝学研究所 大型計算機(supernig) の停止 2010.8.2
保守作業のため,下記期日におきまして,国立遺伝学研究所 大型計算機(supernig) が停止いたします。

作業日時: 2010年8月10日 9:00 〜 11日 20:00
(上記期間中は,システムを利用する事はできません)
ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。

DDBJ メールマガジン No.51 配信 2010.7.29
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。7月29日に第51号を配信しました。 今回の記事は,「DRA/ERA/SRA からの公開データの提供を開始しました」,「DDBJ リリース 82.0, DAD リリース 52.0 完成」,「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介(2)」などです。メールマガジンに関するアンケートへのご協力もお願いいたします。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページ で簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。

分裂酵母 (Schizosaccharomyces pombe) GSS 113,551 エントリと EST 101,079 エントリの新規公開 2010.7.28
大阪市立大学 から登録された分裂酵母 (Schizosaccharomyces pombe) 由来の GSS 113,551 エントリと EST 101,079 エントリが公開されました。
koubo
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

これらは7月28日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
(写真は統合データベースプロジェクトより)

DDBJ Sequence Read Archive に名称変更 2010.7.16
DDBJ/EBI/NCBI は次世代シークエンサから出力される生データを共同でアーカイブしています。 この共同事業を Sequence Read Archive と総称することになったのに合わせ, DDBJ Read Archive の名称を DDBJ Sequence Read Archive に変更いたしました。


DAD リリース 52.0 完成 2010.7.13

次回のリリースにおける予定
  • DAD リリース 53.0 は,通常通り2010年9月に公開予定です。前回のリリースノートより「DAD リリース 53.0 は,2010年12月に公開します」とお知らせしていましたが,取消させて頂きます。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事をお詫び申し上げます。


ARSA での DDBJ,DAD 検索の一時停止 2010.7.9
ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供 している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを停止いたします。

  • 停止期間: 2010年7月16日(金)9:00〜18:00 (作業が終了次第 サービスを再開し,HP にてお知らせいたします)
  • 停止サービス:
      ARSA の DDBJ,DAD 検索 (その他 17DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません)
      TXSearch からの ARSA 参照機能
      DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能
  • 停止理由: DDBJ リリース82.0, DAD リリース52.0 の更新作業(DAD リリース52.0 は,7月13日リリース予定です)

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(7月16日17時30分)

DRA/ERA/SRA からの公開データの提供を開始しました 2010.7.7
DDBJ Read Archive (DRA) は,NCBI Sequence Read ArchiveEBI Sequence Read Archive との国際協力のもと,次世代シークエンサからの生出力データを収集,公開しています。
DRA/ERA/SRA から公開されているメタデータ XML と fastq ファイルが DRA の Download (FASTQ) サイト から取得できます。

BLAST での検索再実行のお願い 2010.6.30
相同性検索サービス BLAST にて下記の期間,条件で実行頂きました検索結果が,保証されない状況であったことが判明しました。
お手数ですが該当の方は,検索の再実行をお願いいたします。詳細は以下の通りです。
  • 期間: 2010年6月22日(火)20:00 〜 06月23日(水)16:30まで
  • 条件: BLAST にて,DDBJ 全データ(DDBJ 定期リリース + 新着データ) を指定した検索
  • 原因: 更新作業の影響による

現在は正常に検索を行うことが可能です。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げると共に,今後このような事態が発生することのないよう努めます。

DDBJ リリース 82.0 完成 2010.6.28

次回のリリースにおける予定
  • DDBJ リリース83.0 は,通常通り2010年9月に公開予定です。前回のリリースノートより「DDBJ リリース83.0 は,2010年12月に公開します」とお知らせしていましたが,取消させて頂きます。ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事をお詫び申し上げます。


マウス (Mus musculus) 胚 small RNA の MGA 397,593 エントリの新規公開 2010.6.15
神経研究所 から登録されたマウス (Mus musculus) 胚 由来 small RNA の MGA データ 397,593 エントリが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。
  • ALAAA0000001-ALAAA0130942 (130,942 entries)
  • ALAAB0000001-ALAAB0116883 (116,883 entries)
  • ALAAC0000001-ALAAC0092019 (92,019 entries)
  • ALAAD0000001-ALAAD0057749 (57,749 entries)

これらは6月15日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ メールマガジン No.50 配信 2010.5.27
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。5月27日に第50号を配信しました。 今回の記事は,「AJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京 開催」,「次世代シークエンサからの生データとアセンブルしたデータセットの公開」,「DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介」などです。メールマガジンに関するアンケートへのご協力もお願いいたします。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページ で簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。


第3回 “蔵 de サイエンス” 開催のお知らせ 2010.5.21
財団法人遺伝学普及会は,一般の方々を対象に生命科学に関する話題を分かりやすく解説し,サロン的な雰囲気の中で講師と参加者が気軽に対話を楽しむ場として,”蔵 de サイエンス”を開催しております。第3回目となる今回は,城石俊彦 国立遺伝学研究所系統生物研究センター長が,「ミシママウスで生活習慣病の原因を探る」をテーマに講演いたします。

  • 日程: 平成22年6月18日(金)18:00〜20:00
  • 場所: 丸平商店 有形文化財土蔵 (三島大社西徒歩1分)

参加申込方法など,詳細につきましては,財団法人遺伝学普及会 第3回 “蔵 de サイエンス” 開催のお知らせ をご覧下さい。


Twitter 始めました 2010.5.14
DDBJでは,"Twitter" を始めました。お知らせや更新情報などを中心につぶやきます。 どうぞご覧下さい。 http://twitter.com/DDBJ_topics

DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition 改訂 2010.5.14
Feature Table Definition (FT-Doc) は, DDBJ/EMBL-Bank/GenBank 国際塩基配列データベース構築のために,DDBJ, EMBL-Bank, GenBank が三者間で定めた共通のアノテーション規範です。2010年4月に Feature Table Definition が改訂されました。 Version は,8.3 です。

中国科学院副院長等が来訪されました 2010.4.16
chinese academy 2010年4月14日(水),中国科学院の教授6名(中国科学院副院長を含む)が,国立遺伝学研究所ならびに生命情報・DDBJ研究センターを視察のため来訪されました。五條堀遺伝研副所長,大久保センター長,菅原特任教授等と生命情報・DDBJ研究センター内の見学や意見交換等されました。

ARSA での DDBJ,DAD 検索の一時停止 2010.4.14
ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供 している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを停止いたします。

  • 停止期間: 2010年4月23日(金)9:00〜18:00 (作業が終了次第 サービスを再開し,HP にてお知らせいたします)
  • 停止サービス:
      ARSA の DDBJ,DAD 検索 (その他 17DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません)
      TXSearch からの ARSA 参照機能
      DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能
  • 停止理由: DDBJ リリース81.0, DAD リリース51.0 の更新作業

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。


DAD リリース 51.0 完成 2010.4.12

次回以降のリリースにおける予定
  • DDBJ リリース83.0 の公開が3ヶ月延伸のため,DAD リリース53.0 も順延となり,2011年1月公開の予定です。

国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワーク障害 2010.4.12
4月9日(金),国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークへ以下の時間にアクセスできない状況がありました。
  • アクセスできなかった期間: 4月9日(金) 9時55分頃〜13時30分頃
現在は正常にアクセスできます。ご迷惑をお掛けしましたことをお詫びいたします。

DDBJ メールマガジン No.49 配信 2010.4.7
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。4月7日に第49号を配信しました。 今回の記事は,「第22回 DDBJing 講習会 in 東京 ライフサイエンス統合DBセンター共催」,「UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更」,「DDBJ リリース 81.0 完成」などです。メールマガジンに関するアンケートへのご協力もお願いいたします。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページ で簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。

イネ コシヒカリ (Oryza sativa Japonica Group, cultivar Koshihikari) WGS 654,543 エントリの新規公開 2010.4.5
農業生物資源研究所 から登録されたイネ コシヒカリ (Oryza sativa Japonica Group, cultivar Koshihikari) 由来の WGS データ 654,543 エントリと関連データが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
関連ページ

ゴマノハグサ科の一種 (Striga hermonthicas) EST 67,814 エントリの新規公開 2010.4.5
理化学研究所 から登録されたゴマノハグサ科の一種に (Striga hermonthica) 由来する EST データ 67,814 エントリが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
関連ページ
これらは4月2日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

相同性検索の RESULT RETRIEVER における解析結果表示の不具合のお詫び 2010.4.2
DDBJ の相同性検索の RESULT RETRIEVER にて,以下の時間帯に解析結果が表示出来ない状態となっていたことが判明いたしました。

  • 時間: 2010年04月01日 9:30 - 2010年04月02日 12:00(JST)
  • 状況: RESULT RETRIEVER (結果を E-mail で受け取る指定にした場合の結果の閲覧画面)にて,解析結果が表示されない
  • 原因: 相同性検索サービスの一部終了作業の影響による
  • 対応: RESULT RETRIEVER にて解析結果が表示出来る状態に戻した
ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。
皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

マウス (Mus musculus domesticus) GSS 122,131 エントリの新規公開 2010.4.1
理研バイオリソースセンター から登録されたマウス (Mus musculus domesticus) strain: C57BL/6NCrlCrlj 由来の GSS データ 122,131 エントリが公開されました。
mouse
アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
関連ページ
これらは4月1日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
(写真は統合データベースプロジェクトより)

UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更 2010.3.31
DDBJ では,getentry,ARSA,FASTA/BLAST の検索対象データベースとして,また Anonymous FTP によるダウンロードデータとして UniProt データベース (UniProt,UniProt/Swiss-Prot,UniProt/TrEMBL)を提供しています。データは,UniProt によるリリースをもとに定期的に更新されています。
2010年3月23日公開分より, UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更 になりました。詳細は以下の通りです。また,この変更は Swiss-Prot と TrEMBL にも適用されます。
          リリース番号の表示 リリースの間隔                                
       新: YYYY_XX 4週間
       旧: x.n 3週間

    * 新方式では,YYYY は西暦で,XX は当該年のリリースごとに増加する2桁の数字 (例:2010_01,2010_02)

参照ページ

DDBJ リリース 81.0 完成 2010.3.26

次回以降のリリースにおける予定
  • DDBJ リリース83.0は,システム開発のため公開日を3ヶ月延伸し,2010年12月に公開です。このため2010年は,リリース公開が3回になる予定です。
  • Feature Table Definition(FT-Doc) は,2010年4月改訂予定です。

ARSA 検索対象 DB 削除のお知らせ 2010.3.16
ARSA は,DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。
このうち,KEGG PATHWAY を2010年3月末日をもちまして検索対象から削除いたします。 ユーザの皆様にはご不便をお掛けいたしますが,ご理解下さいますようお願いいたします。

DDBJ メールマガジン No.48 配信 2010.3.4
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。3月4日に第48号を配信しました。 今回の記事は,「平成22年度上期DDBJオープンシステムプロジェクトの募集」,「共同研究会『生物情報資源の相互運用性』開催のお知らせ」,「国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス,supernig 停止」などです。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページ で簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。

トマト (Solanum lycopersicum) GSS 93,682 エントリの新規公開 2010.3.3
筑波大学 から登録されたトマト (Solanum lycopersicum) cultivar: Micro-Tom 由来の GSS データ 93,682 エントリが公開されました。

tomato アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
関連ページ
これらは3月3日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
(写真は統合データベースプロジェクトより)


日本特許庁および韓国特許庁アミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開 2010.2.26
DDBJ では,2月26日 日本特許庁(JPO) および 韓国特許庁(KIPO) のアミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開いたしました。
詳細は,Anonymous FTP 上の特許データに関する README.TXT,ddbj_database の README.TXT,また 2月19日のお知らせ をご参照下さい。


国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス,supernig の停止 2010.2.25
メンテナンスのため,下記期日におきまして,国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス,大型計算機(supernig) が停止いたします。

  • 作業日時: 2010年3月21日(日) 18:15 〜 19:00
    上記時間帯において5分の通信断が1回発生します。
  • 作業内容: 学術情報ネットワークのメンテナンス
ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。

日本特許庁および韓国特許庁アミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開 2010.2.19
DDBJ では,2010年2月26日より 日本特許庁(JPO) および 韓国特許庁(KIPO) のアミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開いたします。提供するアミノ酸配列データは,DDBJ より公開済の全アミノ酸配列データで,各特許庁データ毎のファイル構成となっています。更新頻度は,3ヶ月に1度を予定しています。核酸配列データはこれまでも DDBJ リリースとして(上記の他に 欧州特許庁 (EPO),米国特許商標庁(USPTO) も含む)公開しています。
詳しくは Anonymous FTP 上の特許データに関する README.TXT(2月26日公開予定)をご参照下さい。

国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス,supernig 停止 2010.2.18
システム更新のため,以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスならびに大型計算機(supernig)のサービスを停止いたします。 サービスによって停止期間が異なりますのでご注意下さい。詳細は以下の通りです。
サービス名 休止期間
- SAKURA 3/12(金) 17:00 - 3/15(月) 10:00
- DDBJ の全ネットワークサービス(SAKURA 以外)
- 大型計算機(supernig)
3/14(日) 9:00 - 21:30
ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
全てのサービスが再開しました。ご協力ありがとうございました。(3月15日10時 JST)

マウス (Mus musculus) MGA 84,606 エントリの新規公開 2010.2.17
近畿大学 から登録されたマウス (Mus musculus) 由来 small RNA の MGA データ 84,606 エントリが公開されました。

mouse アクセッション番号は以下の通りです。
  • ANAAA0000001-ANAAA0033164 (33,164 entries)
  • ANAAB0000001-ANAAB0051442 (51,442 entries)
Anonymous FTP 一括取得: AN_resource_index
関連ページ: MGA 配列データについて

これらは2月16日分の新着データとして DDBJ より公開されております。
(写真は統合データベースプロジェクトより)

相同性検索ならびに ClustalW サービスの一時停止 2010.2.10
DDBJ が WWW で提供している相同性検索ならびに ClustalW を下記の日程でサービスを停止します。

  • 停止日時: 2010年2月16日(火)9:00 - 17:00 (サービス再開次第,HP にてお知らせします)
  • 対象サービス: 相同性検索(FASTA, BLAST, PSI-BLAST, SSEARCH, HMMPFAM),ClustalW
  • 休止理由: 保守作業のため
ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(2月16日17時00分)

ブタ (Sus scrofa) EST 82,326 エントリの新規公開 2010.2.4
農業生物資源研究所 から登録されたブタ (Sus scrofa) の EST データ 82,326 エントリが公開されました。

buta アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。

これらは2月4日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

(写真は統合データベースプロジェクトより)


DDBJ メールマガジン No.47 配信 2010.2.3
DDBJ では,隔月でメールマガジンを配信しています。2月3日に第47号を配信しました。今回の記事は,「検索・解析サービスの一部終了のお知らせ」,「Nucleic Acids Research に DDBJ に関する論文掲載」,「DDBJ リリース 80.0 完成」などです。
ホームページでもご覧になれますが,お申し込みいただいた方にはメール配信をいたします。配信を希望される方は,申込み・変更ページで簡単に手続きができますので,この機会に是非お申し込み下さい。

第9回 日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース聴講者募集 2010.2.1
2010年4月に中国の上海にて,第9回 日中韓バイオインフォマティクス・トレーニングコースが開催されます。
このコースは日韓中の若手研究者を対象としたトレーニングコースで,講議(英語)と実習を行ないます。受講者には(独)科学技術振興機構 ( Japan Science and Technology Agency)より旅費と宿泊費が支給されます。
興味をお持ちの方はサイトにて詳細を確認の上,どうぞご応募下さい。

国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス,supernig の停止 2010.1.20
ルータメンテナンスのため,下記期日におきまして,国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービス,大型計算機(supernig) が停止いたします。

  • 作業日時: 2010年1月28日(木) 00:00 〜 2:00
    上記時間帯において15分の通信断が1回発生します。
  • 作業内容: ルータメンテナンス
ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。

ARSA での DDBJ,DAD 検索の一時停止 2010.1.15
ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供 している高速なキーワード検索サービスです。下記の要領で ARSA の一部サービスを停止いたします。

  • 停止期間: 2010年1月22日(金)9時から18時まで (作業が終了次第 サービスを再開し,HP にてお知らせいたします)
  • 停止サービス:
      ARSA の DDBJ,DAD 検索 (その他 18DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません)
      TXSearch からの ARSA 参照機能
      DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能
  • 停止理由: DDBJ リリース80.0, DAD リリース50.0 の更新作業

ご迷惑をお掛けいたしますが,ご理解とご協力をお願いいたします。
保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。(1月22日16時30分)

DAD リリース 50.0 完成 2010.1.15
  • 公開日: 2010年1月14日
  • エントリ数: 16,207,520   総アミノ酸残基数: 4,480,429,655aa
  • 今リリースより DAD flat file の source 行の記述形式が変更に(organism name と organelle name の表示順序が変更)なりました。また,一部の DAD flat file で,一般名表記が含まれるようになりました。詳細は DAD Release Note をご覧下さい。
  • 現在公開されているリリースの情報

オキゴンドウ (Pseudorca crassidens) GSS 90,007 エントリの新規公開 2010.1.7
Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology から登録された オキゴンドウ (Pseudorca crassidens) 由来の GSS データ 90,007 エントリが公開されました。

アクセッション番号 (Anonymous FTP 一括取得ファイル名) は以下の通りです。
関連サイト
これらは1月7日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition 改訂 2010.1.4
Feature Table Definition(FT-Doc) は, DDBJ/EMBL-Bank/GenBank 国際塩基配列データベース構築のために,DDBJ, EMBL-Bank, GenBank が 三者間で定めた共通のアノテーション規範です。毎年5月に開催される国際実務者会議での決定を受けて改訂が行われ,公開データベースにもその改訂が反映されています。第22会国際実務者会議(2009年5月に米国 NCBI で開催)での決定事項を基に,2009年12月にFeature Table Definition が改訂されました。

ClustalW における解析実行の不具合のお詫び 2009.12.28
DDBJ が WWW で提供している Clustal W において,以下の時間に解析が行えない状態となっていたことが判明いたしました。詳細は以下の通りです。

  • 時間: 2009年12月28日(月)0:00 - 12:30 (JST)
  • 状況: 解析内容送信後に受付番号は表示されるが,結果が表示されない
  • 原因: 一定期間経過後に自動的に削除されるはずの結果が削除されなかったために,システムが受け付ける解析数が上限に達してしまい,新規の解析ができなくなってしまった
  • 対応: 一定期間を経過した解析を手動で削除し,システムを復旧させた。

現在は正しく解析が行われていますが,上記期間内に送信された解析については,大変申し訳ありませんが,再度解析の実行をお願いいたします。

ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

DDBJ リリース 80.0 完成 2009.12.25
  • エントリ数: 112,314,250   塩基数: 109,636,862,252
  • 今リリースより DDBJ flat file の source 行の記述形式が変更に(organism name と organelle name の表示順序が変更)なりました。また,一部の DDBJ flat file で,一般名表記が含まれるようになりました。詳細は DDBJ Release Note をご覧下さい。
  • 現在公開されているリリースの情報

Nucleic Acids Research に DDBJ に関する論文掲載 2009.12.25
Nucleic Acids Research では,毎年データベース特集号が発行されています。2010年1月発行の Vol. 38, Database Issue に,DDBJ の活動に関連する下記の論文が掲載されました。

"DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data"
Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T and Nakamura Y.
Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue D33-D38

"Archiving next generation sequencing data"
Shumway M, Cochrane G and Sugawara H.
Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue D870-D871

H-InvDB ミラーサイト公開終了のお知らせ 2009.12.8
CIB-DDBJ では,2004年4月より H-Invitational Database(H-Inv DB) のミラーサイトを公開していましたが,2009年12月31日をもって終了いたします。なお,Anoymous-FTP を H-InvDB サーバから DDBJ サーバ に移行いたします。

H-InvDB は,ヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。CIB-DDBJ では,2004年4月に H-Invitational で解析されたヒト完全長 cDNA データセットの機能アノテーションの成果を公開するためのデータベース(H-Inv DB)を独立行政法人 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター(BIRC)と共同で構築し,ミラーサイトを公開していました。また,H-Invitational で付与された機能アノテーションを国際塩基配列データベースに準拠した形式のフラットファイルで表示し,H-Invitational Database CIB-DDBJ Flat File Server を公開していました。

H-InvDB サイトは,BIRC H-InvDB をご利用下さい。長い間ご利用頂きありがとうございました。