What’s New (2011)

岩手生物工学研究センターから登録されたイネ ひとめぼれ (Oryza sativa Japonica Group cv. Hitomebore) 由来の WGS と scaffold CON データが公開されました。 （getentry から検索可能です）  アクセッション番号は以下の通りです。

• WGS                BACJ01000001 - BACJ01064745 (BACJ.gz) ( 64,745 entries)
• scaffold CON     DG000053 - DG000064 ( 12 entries)

Feature Table Definition (FT-Doc) は， DDBJ/EMBL-Bank/GenBank 国際塩基配列データベース構築のために，DDBJ, EMBL-Bank, GenBank が三者間で定めた共通のアノテーション規範です。2011年12月に Feature Table Definition が改訂されました。 Version は，10.0 です。

2012年3月に予定されている新スーパーコンピュータシステムの移行（リプレース）に関連した一部作業のため， 以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスを停止いたします。
詳細は以下の通りです。

皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

全てのサービスが再開しました。ご協力ありがとうございました。（1月18日10時 JST）

東京大学から登録された ヒト (Homo sapiens) 由来の 5'SAGE tag の MGA データが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。

・AEAAA0000001-AEAAA0026367 (26,367 entries)
・AEAAB0000001-AEAAB0012114 (12,114 entries)
・AEAAC0000001-AEAAC0021096 (21,096 entries)
・AEAAD0000001-AEAAD0024262 (24,262 entries)
・AEAAE0000001-AEAAE0023437 (23,437 entries)
・AEAAF0000001-AEAAF0030485 (30,485 entries)
・AEAAG0000001-AEAAG0021798 (21,798 entries)
・AEAAH0000001-AEAAH0040734 (40,734 entries)
・AEAAI0000001-AEAAI0029614 (29,614 entries)
・AEAAJ0000001-AEAAJ0030206 (30,206 entries)

Anonymous FTP 一括取得： AE_resource_index
関連ページ： MGA 配列データについて

No. 66 (2011年11月30日発行) は，こちらへ
【目次】
「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」 開催のお知らせ
第34回日本分子生物学会年会 ブース出展・ポスター発表
DDBJ 年末年始休業のお知らせ
国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークの一時不通
"SAKURA de Ｑ" 第１０回 （ユーザから寄せられる SAKURA に関する Q and A です）

第34回日本分子生物学会年会 の，特別企画「使ってみようバイオデータベース～つながるデータ，広がる世界」 にDDBJ ブースを出展します。
DDBJ の次世代シークエンサ対応をテーマに，発現定量データベース「DDBJ Omics Archive(DOR)」 やプロジェクトのデータベース「Bio Project」 等のデモ展示を行います。

  日程：12月13日(火) ～ 12月16日(金)　9：00～17：00 (最終日は14：00まで)
  会場：パシフィコ横浜　展示ホール　バイオデータベースコーナー


また，14日(水) にDDBJ の新しい塩基配列データ登録ツールについて「DDBJ created a new Web-based nucleotide sequence date submission tool, code name: D-easy (ポスター番号 2P-0115)」 を発表します。

みなさま，どうぞお気軽にお立寄り下さい。

DDBJ では，国際塩基配列データベースの構築業務を 2011年12月29日から 2012年1月3日まで休業いたします。
これにともない，SAKURA によるデータ受け付けは，下記の期間ご利用頂けません。エントリの新規および再公開も行なわれません。 ただし，データ検索や ftp は休業期間でも利用可能です。

休業期間	2011年12月29日(木) ～ 2012年1月3日(火)
SAKURA 停止	2011年12月27日(火) 17時 ～ 2012年1月4日(水) 10時
新規・再公開停止	2011年12月27日(火) ～ 2012年1月4日(水)

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

2011年11月29日

メンテナンスのため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークが一時不通になります。

• 作業日時：2011年12月6日(火) 18:30 ～ 19:30 (この時間帯において15分の通信断が1回発生)
• 作業内容：学術情報ネットワークのメンテナンス

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

No. 65 (2011年10月27日発行) は，こちらへ
【目次】
「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」開催のお知らせ
国立遺伝学研究所の停電による公開サービスの停止
DDBJ BioProject サービス提供開始
DDBJ の塩基配列解析ツールについて(後編)
大量データの公開 (10月)
GIB サービス再開
DDBJ アノテータの業務紹介～６．開発ユニットより

国立遺伝学研究所の停電にともない，以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスを停止いたします。 サービスによって停止期間が異なりますのでご注意下さい。　詳細は以下の通りです。

皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

全てのサービスが再開しました。ご協力ありがとうございました。（11月14日12時 JST）

Sun Yat-sen University (中国) から登録された肝吸虫 (Clonorchis sinensis) 由来の WGS と scaffold CON データが公開されました。（getentry から検索可能です）  アクセッション番号は以下の通りです。

• WGS                BADR02000001 - BADR02006190 (BADR.gz) ( 6,190 entries)
• scaffold CON     DF142828 - DF145382 ( 2,555 entries)

「第25回 DDBJing 講習会 in 三島」を開催します。

日　時： 2012年1月26日(木)
場　所： 国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ 研究センター 4F
対　象： DDBJ を利用される方をどなたでも歓迎します
参加費： 無料

【 講義内容 】
Next-Generation Sequencer(NGS) 由来のデータ解析（微生物を中心に）やデータ登録について，講義とPC を用いた実習を行います。
・NGS マルチプレックス法による黄色ブドウ球菌de novo アセンブリ
・MiGAP ～微生物ゲノム注釈ツール利用法
・DBCLS Galaxy： ツール群，日本語統合環境，etc.
・DDBJ Sequence Read Archive(DRA) の紹介
・Pipeline 基礎(de novo assembly)
・Pipeline 高次部(galaxy： contig annotation workflow)
・Pipeline 高次部(galaxy： 系統樹解析)
・NGS 由来アセンブル配列の登録 ～大量登録システム(MSS)　　　　など

詳細・参加申込みは，こちら をご覧下さい。

No. 64   2011年9月29日発行

【目次】
DDBJ リリース 87.0，DAD リリース 57.0 完成
第24回国際実務者会議 報告
DDBJ BioProject ウェブサイト公開
書籍「使えるデータベース・ウェブツール」の紹介
DDBJ の塩基配列解析ツールについて(前編)
SAKURA での登録時にFAX 番号入力が必須に変更
大量データの公開 (9月)
"SAKURA de Ｑ" 第９回
DDBJ アノテータの業務紹介～５．DDBJ Sequence Read Archive

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。下記期日におきまして，ARSA サービスを一時休止いたします。

• 休止期間： 2011年9月30日（金）9:00～20:00 （作業が完了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします。）
  
• 休止理由： DDBJ リリース87.0， DAD リリース57.0 の更新作業
• 関連サービスの休止：
    ・TXSearch からの ARSA 参照機能
    ・DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（9月30日18時40分）

DDBJ リリース 87.0

• 公開日：2011年9月26日
• エントリ数：142,339,601    塩基数：131,276,394,833
• DDBJ Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

DAD リリース 57.0

• 公開日：2011年9月26日
• エントリ数：21,596,317    総アミノ酸残基数：6,173,068,786aa
• DAD Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

Sun Yat-sen University (中国) から登録された肝吸虫 (Clonorchis sinensis) 由来の WGS と scaffold CON データが公開されました。（getentry から検索可能です）  アクセッション番号は以下の通りです。

• WGS                BADR01000001 - BADR01060778 (BADR.gz) ( 60,778 entries)
• scaffold CON     DF126616 - DF142827 ( 16,212 entries)

農業生物資源研究所から登録されたカイコ (Bombyx mori) 由来の EST と full length cDNA 配列データが公開されました。（getentry から検索可能です） 

参考：カイコゲノム研究プログラム (SGP)

アクセッション番号は以下の通りです。

[EST]
FS724152 - FS939542 ( 215,391 entries)
FY736910 - FY762881 ( 25,972 entries)

[full length cDNA (HTC 含む)]
AK377185 - AK388575 ( 11,160 entries; 231 entries 抜け)

詳細
AK377185 - AK377195
AK377197 - AK388061
AK388063 - AK388065
AK388068 - AK388069
AK388077 - AK388079
AK388100 - AK388102
AK388104
AK388121
AK388124
AK388126
AK388128
AK388131
AK388145
AK388148
AK388150
AK388157
AK388182
AK388184 - AK388185
AK388197
AK388200
AK388215
AK388222
AK388230
AK388241
AK388244 - AK388245
AK388247
AK388249
AK388255
AK388258 - AK388260
AK388263 - AK388264
AK388267
AK388275 - AK388276
AK388283
AK388287 - AK388288
AK388297
AK388310 - AK388311
AK388318 - AK388322
AK388327 - AK388328
AK388330
AK388341 - AK388369
AK388371 - AK388381
AK388383 - AK388391
AK388394 - AK388395
AK388397 - AK388428
AK388430 - AK388473
AK388475 - AK388499
AK388501 - AK388575

酒類総合研究所から登録された清酒酵母 (Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7) 由来の WGS と scaffold CON データが公開されました。（getentry から検索可能です）

参考：清酒酵母ゲノム解析

アクセッション番号は以下の通りです。

• WGS    BABQ01000001 - BABQ01000705 (BABQ.gz) ( 705 entries)
• scaffold CON    DG000037 - DG000052 ( 14 entries)
• mitochondrion    AP012028

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。検索対象データベースのうち，DDBJ の検索に不具合が発生しています。詳細は以下の通りです。

• 日時：2011年9月12日（月）午前 8 時 8分より
• 内容： ARSA の DDBJ 検索の一時休止
• 備考：現在 DAD のみ検索は可能です。

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

復旧作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（9月12日 19時00分）

メンテナンスのため，下記期日におきまして，国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークが一時不通になります。

• 作業日時：2011年9月4日(日) 午前 2:30 ～ 午前 3:30
  　　　　　　　 2011年9月5日(月) 午前 1:00 ～ 午前 3:00 (この時間帯において60分の通信断が1回発生)
• 作業内容：学術情報ネットワークのメンテナンス

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

【変更前】 ディレクトリ名：/ddbj_database/ddbjnew/qvalue/ ファイル名：DDBJNEWr##.###.qvalue.gz

↓

【変更後（8月23日より）】 ディレクトリ名：/ddbj_database/ddbjnew/qscore/ ファイル名：DDBJNEWr##.###.qscore.gz

No. 63   2011年8月4日発行

【目次】
DDBJ HP の CMS 導入のお知らせ
「第24回 DDBJing 講習会 in 東京」終了
大量データの公開 (7～8月)
"困った de Ｑ" 第６回
DDBJ アノテータの業務紹介～４.更新について(後編)

徳島大学から登録されたマボヤ (Halocynthia roretzi) 由来の EST データが公開されました。

参考：MAGEST

アクセッション番号は以下の通りです。

• FY844421-FY896670 (52,250 entries)  （getentry から検索可能です）

DDBJ では，CMS を導入し，8月1日にホームページのリニューアルを行いました。
CMS を導入することにより，DDBJ 内の各現場で内容のアップデートが行いやすくなりました。 そして今後，各現場でアップデートを行うことにより，ユーザへより早く，よりわかりやすく情報を伝えることを目指します。

今回の変更箇所：

RSS 設定変更
これまでトップページに設置されていたデータ公開更新のRSS を getentry へ移行しました。 getentry より設定変更をお願いいたします。
トップページのRSS は，"HotTopics" などのお知らせを配信いたします。日本語ページでRSS を設定すると日本語のお知らせ，英語ページでは英語のお知らせが配信されます。

Twitter アイコンを追加
トップページにTwitter アイコンを設置しました。フォローをお願いいたします。

検索ボックスの変更
検索対象は，Google 検索を用いたサイト内検索に変更しました。

ユーザの皆様にはお手数をお掛けしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

沖縄科学技術研究基盤整備機構から登録されたコユビミドリイシ (Acropora digitifera) の WGS と scaffold CON のデータが公開されました。

参考：

• 沖縄科学技術研究基盤整備機構
  －Marine Genomics Unit
  プレスリリース：
  　－世界で初めてサンゴの全ゲノム解読に成功
  

• 国立遺伝学研究所
  プレスリリース：
  　－世界で初めてサンゴの全ゲノム解読に成功
  

アクセッション番号は以下の通りです。

• WGS                BACK01000001-BACK01053640 (BACK.gz) (53,640 entries)
• scaffold CON     DF093604-DF097774 (4,171 entries)  （getentry から検索可能です）

• これまでトップページに設置されていたデータ公開更新のRSS を getentry へ移行しますので，設定変更をお願いいたします。 （すでにgetentry より設定できます。 設定変更を行わないと，配信が中止されますのでご注意下さい）
• ホームページのリニューアル後，トップページのRSS は，"HotTopics" などのお知らせを配信いたします。 （こちらは，リニューアル後に設定をお願いいたします）

国立環境研究所から登録された Botryococcus braunii 由来の TSA と EST のデータが公開されました。  （getentry から検索可能です）

アクセッション番号は以下の通りです。

• TSA data      FX056085-FX112549 (56,465 entries)
• EST data      FY358876-FY368220 ( 9,345 entries)

※Botryococcus braunii は石油類似の炭化水素を蓄積することで注目されているようです。
参考：二酸化炭素排出抑制に資する革新的技術の創出

日本特許庁（JPO）から登録された 1,591,911件の特許塩基配列データが公開されました。（getentry から検索可能です）

アクセッション番号： 　 　 　エントリー数： 　データ種別： 　公表番号： 　発明タイトル：

FZ437591 - FZ999999 　GB000001 - GB999999 　HV000001 - HV029503 　1,591,911件 　公表特許公報 　JP 2006-507841 　Functional and Hyperfunctional siRNA

SAKURA は，DDBJ が運用している WWW 経由の塩基配列データ登録システムです。
緊急の保守作業のため，サービスを一時休止いたします。詳細は以下の通りです。

• 休止期間：2011年6月24日（金） 12:00 から 6月27日（月） 10:00 まで
  
• 休止理由：システム保守作業の為

急なお知らせでご迷惑をお掛けしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（6月27日9時50分）

ARSA は DDBJ が WWW ならびに Web API で提供している高速なキーワード検索サービスです。下記期日におきまして，ARSA サービスを一時休止いたします。

• 休止期間： 2011年7月1日（金）9:00～24:00 
  （再開時刻延期：作業に時間がかかっているため，サービス再開時刻を変更させていただきます。
  作業が終了次第 再開し，HP にてお知らせいたします。ご迷惑をおかけしておりますことをお詫びいたします。）(7/1 17:30)
• 休止理由： DDBJ リリース86.0， DAD リリース56.0 の更新作業
• 関連サービスの休止：
    ・TXSearch からの ARSA 参照機能
    ・DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能

ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

保守作業は終了しました。ご協力ありがとうございました。（7月1日24時00分）

DDBJ リリース 86.0

• 公開日：2011年6月20日
• エントリ数：138,030,308    塩基数：128,745,918,079
• DDBJ Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

DAD リリース 56.0

• 公開日：2011年6月20日
• エントリ数：20,742,576    総アミノ酸残基数：5,912,174,430aa
• DAD Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

日本ＤＮＡデータバンク(以下 DDBJ)では，次世代シーケンサの出現にともなう計算機需要の急激な
高まりに対応し，DDBJ が所有する「解析サーバ PCクラスタ(ホスト名 an200)」を所内外の研究者に
利用頂くため、以下の要領で平成23年度「ＤＤＢＪオープンシステムプロジェクト」を募集致します。

この研究プロジェクトでは，研究者自身に大規模計算機環境を提供し，様々なデータ解析，シミュ
レーションや，バイオ関連のプログラム開発，高速化に関する試用にお使い頂く事が可能です。

研究プロジェクト期間中は最大４８ノード（１９２コア）を無償でご利用できます。

なお，応募が多い場合は，ノードを分割した利用になる可能性もございます。

1. 研究プロジェクトの対象

本研究プロジェクトの対象となる研究は「最大４８ノード（１９２コア）」を使用する大規模計算を
大量に行う研究を対象とします。（上記ノード内での分割提供も可能です）

2. 応募資格

申込者（代表者）は「国内の大学に所属する研究者，公共機関に所属する研究者」に限定します。
研究グループのメンバーは，情報・システム研究機構国立遺伝学研究所DDBJ塩基配列データベース等
利用規約に順ずる有資格者，
すなわち：

• 国内の大学に所属する学生・研究者
• 公共機関に所属する研究者
• 企業に所属する研究者，技術者

でなければなりません。

情報・システム研究機構国立遺伝学研究所DDBJ塩基配列データベース等利用規約

3. オープンシステムプロジェクトの要件

①研究期間は平成23年8月1日～平成23年12月15日の間とします。
　　(以降についても同様の募集を予定していますが，詳細については改めて公表します。)
②期間中は，最大４８ノード専用システムを無償で利用できます。

4. 応募締切

平成23年7月11日（月）必着（応募多数の場合は，早期に締切とさせて頂く場合があります）

5. 審査方法

応募課題は，DDBJにより審査し，平成23年7月22日（金）（予定）までに採否を申込者
（代表者）にご連絡致します。
審査にあたり，応募課題について代表者に問い合わせを行なうことがあります。また，
利用環境，利用期間等について調整させていただく場合があります。

例年，利用日(期間)を指定しての申込を受付ますが，スケジューリングの都合，必ず
しもご希望に副えない場合がありますのでご了承下さい。

6. 応募方法，問い合わせ先

応募は申込書類にご記入頂き，電子メールに添付してお送りください。申込及び、お問い
合わせは，DDBJオープンシステムプロジェクト受付（下記）までお願いします。

• DDBJ オープンシステムプロジェクト受付：　E-mail：opensystem@ddbj.nig.ac.jp

7. 申込に必要な項目

所定の書式にご記入いただき，電子メールにてお送りください。
書式（pdf，MS-WORD ）は，以下よりダウンロードできます。

平成23年度ＤＤＢＪオープンシステム (PDF FILE)

平成23年度ＤＤＢＪオープンシステム （Word 形式）

①申込年月日
②申込者（代表者）情報（所属，職名，電話，E-mail，連絡先住所）
③オープンシステムプロジェクト課題名
④オープンシステムプロジェクトの概要
⑤プログラム概要，必要な計算機資源，特記事項　等

なお，採択されたプロジェクトについては，ＤＤＢＪホームページ等で申込み内容を公表
させて頂く場合がありますので，ご了承願います。

8. 利用できる計算機について

オープンシステムプロジェクトで利用できる計算機の概要を以下に示します。

1ノードあたりのスペック(最大48ノード)

ノード間共用ディスク領域

• 計算機ハードウエア資源以外に必要となるソフトウエア類については，利用者側にて
  ご用意（インストール）頂く事になりますのでご了承下さい。


• NQS 及び，OGE を利用した実行環境をご利用頂きますので，左記の実行環境を用い
  ない，単ノードへログインしての，バッチジョブの実行はご利用出来ません。


• OS，OGE 等は，インストール時の最新バージョンでインストールしておりますので，
  掲載バーションが変更される可能性がありますのでご了承下さい。
  


• OGE 及び，インストール頂きました，フリーソフトウエアについては，サポート対象と
  なりませんのでご了承下さい。

2011年6月20日

opensystem@ddbj.nig.ac.jp

国立遺伝学研究所から登録されたタマーワラビー (Macropus eugenii) 由来の EST データが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

• FY469875-FY736474 (266,600 entries)　（getentry から検索可能です）

• TPA-WGS    EAAA01000001 - EAAA01006374 (EAAA.gz) (6,374 entries)
• TPA-scaffold CON    HT000002 - HT001272 (1,272 entries)　（getentry から検索可能です）

岡山大学から登録されたオオムギ はるな二条 (Hordeum vulgare subsp. vulgare cv. Haruna Nijo) 染色体 3H 由来の WGS 配列データ 8,583 エントリが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

• WGS BACC01000001-BACC01008583 (8,583 entries)

これらは4月5日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DDBJ リリース 85.0

• 公開日： 2011年3月30日
• エントリ数： 132,302,771    塩基数： 124,516,775,718
• DDBJ Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

DAD リリース 55.0

• 公開日： 2011年3月30日
• エントリ数： 19,723,681    総アミノ酸残基数： 5,576,482,211aa
• DAD Release Note

農業生物資源研究所 から登録されたアフリカイネ (Oryza glaberrima) 由来の GSS データ 437,642 エントリが公開されました。 

アクセッション番号は以下の通りです。

• FT434720-FT654719 (220,000 entries) 3月24日の新着データ
• FT654720-FT872361 (217,642 entries) 3月25日の新着データ

農業生物資源研究所 から登録されたオオムギ (Hordeum vulgare subsp. vulgare) 由来の full length cDNA 配列データ 23,614 エントリが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

• AK353559-AK377172 （23,614 entries)

これらは3月18日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

節電のために，停止中のサービス一覧

ARSA サービス再開

節電のために，検索対象データベースを制限してサービスを再開しました。(2011.05.18)
　再開サービス：
  　・ARSA の DDBJ, DAD 検索（その他 DB [18DB] は，検索不可のため検索結果に含まれません）
  　・TXSearch からの ARSA 連携機能は利用可

BLAST, ClustalW サービス再開

節電のために受付ジョブ数を制限してサービスを再開しました。混み合う場合もありますが，どうぞご利用下さい。(2011.04.12)

・MiGAP のサービスを再開しました。 (2011.04.15)

・DDBJ Read Annotation Pipeline のサービスを再開しました。 (2011.04.27)

計画停電に伴うサービス停止について

国立遺伝学研究所の停電にともない，以下の日程で DDBJ の全ネットワークサービスならびに大型計算機（supernig）のサービスを一時停止いたします。サービスによって停止期間が異なりますのでご注意下さい。詳細は以下の通りです。

皆様には大変ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

農業生物資源研究所 から登録されたイネ (Oryza sativa Japonica Group) 由来の GSS データ 59,716 エントリが公開されました。 

アクセッション番号は以下の通りです。

• FT872362-FT932077 （59,716 entries)

これらは2月25日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

DAD リリース54（2011年1月公開）に一部不具合が発生していたことが判明したため，訂正版 DAD リリース 54.1 を公開しました。

• 公開日： 2011年2月23日
• エントリ数： 18,867,609    総アミノ酸残基数： 5,305,638,923aa
• DAD Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

参照： DAD リリース54 における不具合のお詫び

DDBJ リリース84（2010年12月公開）に一部不具合が発生していたことが判明したため，訂正版 DDBJ リリース 84.1 を公開しました。

• 公開日： 2011年2月21日
• エントリ数： 128,607,035    塩基数： 120,919,136,706
• DDBJ Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

参照： DDBJ リリース84 における不具合のお詫び

• 対象： DAD リリース54（2011年1月公開）の下記該当箇所
• 状況： リリースから除外されるべきデータが含まれていた
• 影響サービス： Anonymous FTP，ARSA，相同性検索，大型計算機(supernig)
• 対応： 訂正版 DAD リリース 54.1 を近日公開予定です

BCT（44 entries）  / ddbjbct2.DAD.gz, ddbjbct10.DAD.gz
HUM（13 entries）  / ddbjhum.DAD.gz 
INV（9 entries）   / ddbjinv2.DAD.gz 
PLN（1 entry）     / ddbjpln2.DAD.gz 
SYN（1 entry）     / ddbjsyn.DAD.gz
VRL（44 entries）  / ddbjvrl1.DAD.gz
VRT（274 entries） / ddbjvrt.DAD.gz 

理研バイオリソースセンター から登録されたマウス (Mus musculus domesticus) 由来の GSS データ 131,507 エントリが公開されました。

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• GA000001-GA131507 (Mus_musculus_domesticus_GSS_110205_1.seq.gz) （131,507 entries)

関連ページ：理研バイオリソースセンター DNA BANK

これらは2月5日分の新着データとして DDBJ より公開されております。

• 停止期間： 2011年1月28日（金）9:00～18:00 （作業が終了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします）
• 停止サービス：   ・ARSA の DDBJ，DAD 検索 （その他 17DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません）   ・TXSearch からの ARSA 参照機能   ・DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能
• 停止理由： DDBJ リリース84.0， DAD リリース54.0 の更新作業

• 公開日： 2011年1月14日
• エントリ数： 18,867,995   総アミノ酸残基数： 5,305,737,486aa
• DAD Release Note
• 現在公開されているリリースの情報

• 停止期間： 2011年1月21日（金）9:00～18:00 （作業が終了次第 サービスを再開し，HP にてお知らせいたします）
• 停止サービス：   ・ARSA の DDBJ，DAD 検索 （その他 17DB は利用可能です。検索結果中に DDBJ ならびに DAD の検索結果は含まれません）   ・TXSearch からの ARSA 参照機能   ・DDBJ HP (上部検索窓) からの DNA/Protein/AllDBs 検索機能
• 停止理由： DDBJ リリース84.0， DAD リリース54.0 の更新作業（DAD リリース54.0 は，1月14日リリース予定です）

参考 URL:

• かずさ DNA 研究所のプレスリリース
• Jatoropha database

アクセッション番号 （Anonymous FTP 一括取得ファイル名） は以下の通りです。

• genome BAC clones: AP011961-AP011977 (17 entries) WGS : BABX01000001-BABX01150417 (150417 entries)   (Jatropha_curcas_PLN_110107_1.seq.gz) raw data : DRA000305, DRA000306
• cDNA raw data : DRA000303, DRA000304

Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology から登録された肝吸虫 (Clonorchis sinensis) の EST データが公開されました。

アクセッション番号は以下の通りです。

• FS126466-FS179210 (52745 entries)