DDBJ と DAD のデータ不備についてのお詫び 2012.10.12
EMBL-Bank に由来するデータを読み込むソフトウェアに不具合があり、一部データに不備が生じていたことが判明しました。
詳細は以下の通りです。
- 対象: EMBL-Bank に由来する DDBJ エントリ、および、それらから生成された DAD エントリ
prefixes; AJ, AL, AM, BX, CR, CT, CU, FM, FN, FQ, FR, HE, V, X, Y, Z - 期間: 2012.02.24 以降
- 状況: REFERENCE が複数存在する場合、PubMed ID が余分に表記される
- 影響サービス: Anonymous FTP,getentry, ARSA,BLAST,NIG supercomputer
- 対応:
2012.09.23 以降、新規公開分は修正済です。
公開済分は、該当データを修正し DDBJリリース 90.1、DAD リリース 60.1 を 2012.10.19 に公開し適用しました。
DDBJ Web Magazine No.75 配信 2012.10.05

-
【目次】
DDBJ リリース 90.0,DAD リリース 60.0 完成
2012年9月28日に DDBJ リリース90.0,DAD リリース 60.0が完成
新塩基配列登録システムを公開
新塩基配列登録システムを公開しました。ぜひご利用ください。
なお,SAKURA でのデータ登録受付は,2012年10月31日で終了となります。
第25回国際実務者会議 報告
2012年6月11日-13日にNCBI で開催された国際実務者会議の報告です。
NIG スーパーコンピュータシステム ホームページ新設
スーパーコンピュータシステムの利便性向上の為,DDBJ ホームページから独立した,新Web サイトを設置しました。
日本特許庁(JPO)データのCOMMENT行修正
日本特許庁(JPO)の塩基配列データ,アミノ酸配列データのCOMMENT 行が修正されました。
ClustalW にDDBJ 拡張版を追加
DDBJ 拡張版(Version 1.83) を追加しました。
系統樹作成・BOOTSTRAP の詳細なオプション指定が可能です。
シーラカンス (Latimeria chalumnae) ゲノム配列データ公開
Web版塩基配列登録システムベータ版の公開開始 2012.10.03
DDBJ では,「Web版塩基配列登録システム beta」 を 公開しました。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/websub-j.html
ご利用前にぜひ、ヘルプファイル(PDF版)をご一読ください。
ご利用前にぜひ、ヘルプファイル(PDF版)をご一読ください。
-
スーパーコンピュータシステムの利便性向上,サイトとしての情報発信能力向上の為,2012年10月1日より, 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムのWeb コンテンツについては,DDBJ ホームページ から 独立,新Web サイト (http://sc.ddbj.nig.ac.jp) を設置することとなりました。
2012月10月1日以降のスーパーコンピュータシステム利用に関する新規のお知らせについては 新サイト に掲載させて頂きます。
DDBJ ホームページに含まれるスーパーコンピュータシステム利用に関するページについては,一部のコンテンツに新サイトと重複する部分がありますが,2012年内中はそのまま維持致します。但し,10月1日以降,新規の情報追加については新サイト側にのみ行ってまいりますので,最新情報については新サイトの情報をご参照ください。
| 従来のコンテンツの主要ページへのリンク | これに対応する新サイトのメニュー |
| スーパーコンピュータシステム利用 | メニュー「システム情報」 |
| スーパーコンピュータシステムの利用申込 | メニュー「各種申請」以下の各種申請メニュー |
| スパコンマニュアル | メニュー「システム情報」以下の「システム利用方法」など |
- 尚,10月1日現在,新サイトにおいてスーパーコンピュータシステムに関するシステム利用申請窓口関連については,従来ページにリンクされております。2012年内中は移行期間とし,DDBJ ホームページ内の申請窓口ページを指すようにし,来年以降は新サイト上に完全移行する予定です。切り替え時には,別途新サイト上のお知らせページにてご報告致します。
新登録システム10月3日公開 2012.09.28
-
DDBJ では,新登録システム DDBJ 塩基配列登録システムを2012年10月3日に公開予定です。
これまでのSAKURA と比較して,アノテーション入力インターフェースを大幅に刷新しました。また,エラーチェック機能についても見直しを行い,大量登録システム(MSS) で使用している"jParser" の機能を持たせました。
なお,SAKURA でのデータ登録受付は,2012年10月31日(水) 17:00 で終了となります。(9月末までとお知らせしていましたが,変更になりました。)下記の注意事項をご確認ください。
SAKURA 終了に関する注意事項
-
- SAKURA での登録途中の保存エントリ,テンプレート(複数エントリ間での共通した情報を保存する方法)のデータは,新登録システムへは引き継がれませんので,ご了承ください。
- SAKURA に登録途中のエントリがあり登録を予定している場合は,10月31日 17:00 までに一連の登録作業を完了してください。
