What's New(2012)

DDBJ リリース 90.0，DAD リリース 60.0 完成 2012.09.28
DDBJ リリース 90.0

DAD リリース 60.0
  • 公開日：2012年9月28日
  • エントリ数：24,480,625    総アミノ酸残基数：7,093,168,589aa
  • DAD Release Note
日本特許庁(JPO)データのCOMMENT行修正 2012.09.28
日本特許庁(JPO)の塩基配列データ、アミノ酸配列データのCOMMENT行に、下記の行が追加されました。

[追加行]
　PA: 出願人
　PT: 発明タイトル
　PS: 出願人指定の配列番号

JPOの全データのCOMMENT行で修正が行われ、塩基配列データはDDBJリリース90、アミノ酸配列データはアミノ酸蓄積ファイルにて公開されました。

[COMMENT行の例]
COMMENT    OS   human
           PN   JP 2010599999-A/100
           PD   29-SEP-2010
           PF   20-NOV-2006 JP 2008583186
           PR   15-MAR-2003 US 60/525115
           PA   DNA Data Bank of Japan
           PI   hanako mishima,taro iden
           PT   "Genetic Markers Expressed In Tumors"
           PS   N55
           CC   genetic maker for genetic diagnosis
           FH   Key Location/Qualifiers
           FT   misc_feature    1..88
           FT   /note="genetic maker"
[DDBJ FTPサイト]
修正データは以下のサイトから取得可能です。

塩基配列データ：
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbj/

アミノ酸配列データ：
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/patent/
第25回国際実務者会議 報告 2012.09.28
DDBJ, EBI, NCBI で構成される International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) は、その共同事業の運営・推進を図るために、国際実務者会議を年１回開催しています。
2012年は 6月11日-13日に NCBI で開催され、DDBJ、EMBL-Bank、GenBank、Sequence Read Archive (SRA)、Trace Archive を運営する上での実務的な問題を討論しました。
会議の報告は こちら をご覧ください。
ClustalW にDDBJ 拡張版を追加 2012.09.27
ClustalW は，DNA 配列やタンパク質配列の多重整列のためのツールです。
通常版（Version 2.1）に加え，DDBJ 拡張版(Version 1.83, Modified by Dr. Kirill Kryukov) を追加しました。

Version で "1.83" を選択頂くと，系統樹作成・BOOTSTRAP の詳細なオプション指定が可能になります。
詳しくは，ClustalW ヘルプの DDBJ 拡張版(Version 1.83, Modified by Dr. Kirill Kryukov) のオプション をご参照ください。
シーラカンス (Latimeria chalumnae) ゲノム配列データ公開 2012.09.24
東京工業大学から登録された シーラカンス (Latimeria chalumnae) 由来のゲノム配列データが公開されました。

（getentry または DRASearch から検索可能です）

アクセッション番号は以下の通りです。

  • scaffold CON: DF158906-DF196766 (37,861 entries)
  • WGS: BAHO01000001-BAHO01475424 (BAHO.gz) (475,424 entries)
  • raw data: DRA000580 (DRR002180-DRR002183), DRA000594 (DRR002285-DRR002287)
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