DDBJ をご利用いただきありがとうございます。
DDBJ では、5月にDDBJ ホームページをリニューアルしました。
今後も、より使いやすいホームページを目指して改善を行う予定です。
皆さまのご意見やご要望を伺い、改善に役立てたいと思いますので、アンケートへのご協力をお願いいたします。
DDBJ HP に関するアンケート(外部サイト) よりご回答ください。
なお、ご回答いただいたデータ等につきましては、本アンケートの目的のためだけに使用し、他の目的には使用いたしません。
DDBJ Web Magazine No. 84 (2013年7月18日発行) は、こちらへ
【目次】
ホームページでもご覧になれますが、お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。 配信を希望される方は、申込・変更ページ で簡単に手続きができますので、この機会に是非お申し込み下さい。RSS 配信も行っております。
京都大学から登録されたカタユウレイボヤ (Ciona intestinalis) の TPA CON データが更新されました。
アクセッション番号は以下の通りです。getentry から検索可能です。
TPA CON: HT000001-HT001272 (1,272 entries)
中央水産研究所から登録されたクロマグロ (Thunnus orientalis) のゲノム配列データが公開されました。
アクセッション番号は以下の通りです。getentry から検索可能です。
WGS: BADN01000001-BADN01133062 (BADN.gz) (133,062 entries)
DDBJ では、プログラムから利用可能な Web サービス WABI (Web API for Biology) を再開しました。WABI (Web API for Biology) は、Perl, Ruby, Java などによるプログラムを利用することにより、DDBJの検索サービス を Web画面 を介せずに利用することができるサービスです。
DDBJ では、これまでも SOAP, REST によるWeb API サービスを提供していましたが、2012年3月のスーパーコンピュータのシステム切り替えに伴い、サービスの仕様が変更になったため、提供を中断しておりました。
今回の変更により検索速度、同時実行数などの性能が大幅に向上しております。
今回再開するのは BLAST です。
数百から数万の配列を検索する場合、Web画面からの入力では、multi fasta 形式でも複数回に分けて入力する必要があり、煩雑なコピー&ペーストの作業を繰り返す必要がありましたが、WABI BLAST を使用すると、このコピー&ペーストの手作業の繰返しを自動化することができます。近年、次世代シークエンサ出力データやメタゲノムなど、大容量のデータの解析が求められるようになっており、そのような場合にWABI は最適です。是非ご利用ください。WABI BLAST の詳細は、下記をご参照ください。
DDBJ では、WABIのサービスを、ClustalW や ARSAなどにも拡張し、より使いやすい形式で公開して行く予定です。