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マウス (Mus musculus strain MSM/Ms) ゲノム配列データの公開 2013.04.19

国立遺伝学研究所から登録されたマウス (Mus musculus strain MSM/Ms) のゲノム配列データが公開されました。


アクセッション番号は以下の通りです。getentry から検索可能です。

    WGS: BAAG010000001-BAAG011237600 (BAAG.gz) (1,237,600 entries)

DDBJ Web Magazine No.82 配信 2013.04.18



No. 82 (2013年4月18日発行) は，こちらへ


【目次】 DDBJ リリース92.0，DAD リリース62.0 完成 2013年3月21日にDDBJ リリース92.0，DAD リリース62.0を公開しました。 BLAST の機能改善 BLAST に大幅な機能改善をおこないました。「結果の取得方法にE-mail追加」 「結果画面中のアクセッション番号にgetentry へのリンク追加」など。 大量データの公開 ナンヨウアブラギリのゲノム配列データ、 コモンマーモセット由来の 5'-EST データが公開されました。 "DDBJ 塩基配列登録システム FAQ" --その４. 「DDBJ 塩基配列登録システム」へ頻繁に寄せられる質問と回答です。 ご登録の際に参考にしてください。 ホームページでもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。 配信を希望される方は，申込・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。また，RSS 配信も行っております。
バイオ燃料作物、ナンヨウアブラギリ(Jatropha curcas) ゲノム配列データの公開 2013.04.15

かずさ DNA 研究所から登録されたバイオ燃料作物、ナンヨウアブラギリ(Jatropha curcas) のゲノム配列データが公開されました。
以前のデータの更新に相当します。

参考 URL;
    Jatoropha database

アクセッション番号は以下の通りです。getentry または DRASearch から検索可能です。

    scaffold CON: DF145383-DF157092 (11,710 entries)
    WGS: BABX02000001-BABX02066610 (BABX.gz) (66,610 entries)
    raw data: DRR001794, DRR001795

ネットワーク障害による一部サービスへの影響 2013.04.04

現在，国立遺伝学研究所のネットワークシステムにおいて障害が発生し，一部のサービスで通信が不安定な状態になっており，検索が行えないなどの不具合が発生しております。
現在復旧に向けての作業中です。復旧次第，DDBJ のHP にてご連絡いたします。
ご迷惑をお掛け致しますが，皆様のご理解とご協力お願い致します。

障害は解消され，現在は通信も安定しており，サービスも正常に戻りました。
ご迷惑をおかけしましたことをお詫びいたします（2013.4.5 9:00)

BLAST の機能改善 2013.04.02
DDBJ では，相同性検索システム BLAST に大幅な機能改善をおこないました。
  • Data sets、Division 選択フォームのレイアウト、選択方法の変更
  • 結果の取得方法に E-mail が追加
  • 結果画面中のアクセッション番号に getentry へのリンクの追加
  • ClustalW 連携機能の追加
  • 結果画面のURLにRequest ID が含まれなくなります
  • Result Vieser 機能の追加

Datasets、Division 選択フォームのレイアウト、選択方法の変更

(1) Datasets は DDBJ ALL, DDBJ New, 16SrRNA の３つより選択
(2) Division選択フォームでは、 Standard divisions, High thryoughput divisions, EST divisions , Other divisions の4つに大別され、さらに詳細な選択が可能です。
Data Sets: 検索対象となるデータベースを 塩基配列の場合にはDDBJ ALL(DDBJ 定期リリース + 新着データ), DDBJ New(DDBJ 定期リリース後の新着データ), 16S rRNA から、アミノ酸配列の場合にはUniProt (Swiss-Prot + TrEMBL)、UniProt (Swiss-Prot)、UniProt (Swiss-Prot)、Patent から選択します。

検索対象とする DIVISION を指定します。以下の選択肢から指定が可能です(複数可)。デフォルトでは、Standard divisions のうち　SYN, ENV を除いた 10 divisions が選択されています。 EST については登録数の多い21種のデータから選択することが出来ます。  

結果の取得方法に E-mail が追加

結果の取得方法　WWW/ E-mail の選択が可能になりました。  

結果画面中のアクセッション番号に getentry へのリンクの追加

結果画面中のアクセッション番号をクリックするとgetentry での結果が表示されます。
 

結果・結果画面のURL にRequest ID が含まれなくなります

Request ID は、検索実行後の画面に表示されます。問い合わせや Result Viewer で結果を見たい時などに必要ですので必ず控えてください。
 

Result Viewer 機能の追加

ブラウザを閉じてしまっても、Request ID から結果を閲覧することができます。左側のメニューから"Result Viewer" を選択しRequest ID を入力します。
 

ClustalW 連携機能の追加

BLAST の検索結果画面で選択した配列が入力された状態で"ClustalW" の画面に遷移します。
 

DDBJ では，今後さらに，皆様からのご意見をもとにして，より使いやすく強力な検索システムを目指して機能拡張を進めていきます。ご意見やご要望がありましたら　「お問い合わせ」ページの「ウェブサービス(getentry, ARSA, BLAST, ClustalWなど) よりご連絡ください。

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