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anonymous FTP のディレクトリ構成変更: unified-all ディレクトリ新設と non-redundant から unified-new へディレクトリ名称変更 2013.03.07

FTP の ddbj_database (DDBJ 由来データ) 配下のディレクトリに unified-all を新設しました。また、これに伴い、non-redundant から unified-new に名称変更しました。
ddbj_database 以下の構成の詳細は、同ディレクトリ内の README.TXT をご参照下さい。定期監視されている場合は、この変更による影響のご確認をお願いいたします。

unified-all; ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/unified-all
このディレクトリには ddbj と ddbjnew のディレクトリ内に含まれる全ファイルを統合して、更新されたエントリを最新のバージョンのみ含むようにしています。つまり、置き換えられた以前のバージョンのエントリを除いています。 
ディレクトリ構成

　unified-all
　　|- fasta   : in FASTA file format
　　|- blastdb : in BLAST DB format
unified-new; ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/unified-new
このディレクトリには ddbjnew のディレクトリ内に含まれる全ファイルを統合して、更新されたエントリを最新のバージョンのみ含むようにしています。 つまり、置き換えられた以前のバージョンのエントリを除いています。 
ディレクトリ構成

　unified-new  : in DDBJ flat file format
　　|- fasta   : in FASTA file format
　　|- blastdb : in BLAST DB format
DDBJ Web Magazine No.80 配信 2013.03.01



No. 80 (2013年3月1日発行) は，こちらへ


【目次】 国立遺伝学研究所 特任研究員 (DDBJアノテータ) 募集 DDBJ、DRA、DOR、個人ゲノムデータのデータベースについて構築・公開を 担当する特任研究員 (DDBJアノテータ)を募集いたします。 停電によるDDBJ 公開サービスの一時停止 3月8～11日の期間でDDBJ の全公開サービスを一時停止いたします。 サービスによって停止期間が異なりますのでご注意ください。 ホームページでもご覧になれますが，お申し込み頂いた方にはメール配信をいたします。 配信を希望される方は，申込・変更ページ で簡単に手続きができますので，この機会に是非お申し込み下さい。また，RSS 配信も行っております。
(3/8-11)停電によるDDBJ 公開サービスの一時停止 2013.02.28
国立遺伝学研究所の停電、及びNIG SuperComputer のメンテナンスにともない、以下の日程でDDBJ の全公開サービスを停止いたします。サービスによって停止期間が異なりますのでご注意ください。

サービス名 停止期間
getentry, ARSA, Anonymous-FTP
D-way, DRA, DTA, BioProject,		 3月8日(金) 13:00～3月11日(月) 12:00
DDBJ HP, DDBJ 塩基配列登録システム,
NIG SuperComputer, BLAST, ClustalW,
DDBJ Read Annotation Pipeline, MiGAP,		 3月8日(金) 17:00～3月11日(月) 9:00
※予備日3月11日(月) 24:00まで
ご迷惑をお掛けいたしますが，ご理解とご協力をお願いいたします。

2013年2月28日
国立遺伝学研究所 特任研究員 (DDBJアノテータ) 募集 2013.02.26

--- あなたも生命情報の新展開に挑戦してみませんか？ ---

日本ＤＮＡデータバンク（ＤＤＢＪ）は、 INSDC; International Nucleotide Sequence Database Collaboration の一員としてNational Center for Biotechnology Information (NCBI) および European Bioinformatics Institute (EBI)  との国際協調の下に、世界中から日々送られてくるＤＮＡ配列データの登録・公開業務をを行っています。近年、この連携の枠組みで、いわゆる次世代シーケンサからの膨大なデータを蓄積・再利用可能とする DDBJ Sequence Read Archive （以下，DRA）にも取り組んでいます。また、配列の出現頻度やmicroarrayによる解析データなどを扱う DDBJ Omics Archive (以下、DOR) も準備中です。また、国内の個人ゲノムデータを、一定の制限のもとで、共有する枠組 (欧米の EGA、dbGaP に相当) についてNBDC と協同で準備中です。つきましては、今回、DDBJ、DRA、DOR、個人ゲノムデータのデータベースについて構築・公開を担当する特任研究員 (DDBJアノテータ)を募集致します。

業務内容：
  • DDBJ への塩基配列データの登録
  • 主として国内ならびにアジア諸国の研究グループが産出する次世代シーケンサからのデータを、NCBI およびEBI と協力して共通形式で蓄積する DRA の構築と運用
  • ArrayExpress と協調して解析データなどを共通形式で蓄積する DOR の構築と運用
  • NBDC と協同で国内の個人ゲノムデータを一定の制限のもとで、共有する枠組の構築

これにあたり、各研究グループとの連携，NCBI ならびに EBI のグループとの連携、NBDC、DBCLS との連携ならびに情報システムの開発を行うシステムエンジニアとの連携が重要。

募集人数：
若干名
応募資格：
分子生物学または生化学分野の修士または博士号取得者
DDBJ は国際的な事業ですので、英会話や英作文の基礎力を持っていることが望ましいです (英検2級程度以上) 。
勤務時間：
8:30〜17:15 （土・日・祝日休）
待遇：
国立遺伝学研究所の規約に則ります。
採用時期：
平成25年４月１日（予定）
＃すぐに着任できる方を望みます。
選考方法：
書類選考を行い、選ばれた方を面接して最終合格者を決定致します。
応募方法：
履歴書、業績リストと「DDBJ でアノテータとして働く抱負」と題してA4一枚程度で書いたものを下記までお送り下さい。
なお封筒には「アノテータ応募」と朱書願います。
適任者が決まり次第、公募を終了します。締切ました。
書類送付・問合せ先：
〒411-8540　静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所　日本ＤＮＡデータバンク　 槇　美香
TEL : 055-981-6763 
E-mail : mimaki@nig.ac.jp

※　提出書類に含まれる個人情報は、選考及び採用以外の目的には使用致しません。

EMBL-Bank 由来 WGS データの不備についてお詫び 2013.02.13

EMBL-Bank 由来の WGS データを読み込むソフトウェアに不具合があり、一部データに不備が生じていたことが判明しました。
詳細は以下の通りです。

対象： EMBL-Bank 由来の一部のWGS データ 64,579 entries、以下の 175 prefix を持つもの
参照; 公開されているWGSデータ 
CABT, CACQ, CADR, CAEG, CAEK, CAEL, CAEN, CAEO, CAEP, CAER, CAES, CAET, CAEU, CAEV, CAEW, CAFD, 
CAFH, CAFI, CAFJ, CAFK, CAFM, CAFN, CAFQ, CAGA, CAGB, CAGD, CAGH, CAGI, CAGJ, CAGK, CAGL, CAGM, 
CAGN, CAGO, CAGP, CAGQ, CAGR, CAGS, CAGT, CAGU, CAGV, CAGW, CAGX, CAGY, CAGZ, CAHA, CAHB, CAHC, 
CAHD, CAHE, CAHF, CAHG, CAHH, CAHI, CAHJ, CAHK, CAHL, CAHN, CAHO, CAHP, CAHR, CAHT, CAHU, CAHV, 
CAHW, CAHX, CAHZ, CAIA, CAIB, CAIE, CAIF, CAIG, CAIH, CAII, CAIJ, CAIK, CAIL, CAIM, CAIN, CAIO, 
CAIP, CAIQ, CAIR, CAIT, CAIU, CAJD, CAJE, CAJF, CAJH, CAJJ, CAJK, CAJL, CAJM, CAJN, CAJO, CAJP, 
CAJQ, CAJR, CAJS, CAJT, CAJU, CAJY, CAJZ, CAKA, CAKB, CAKC, CAKD, CAKE, CAKF, CAKM, CAKN, CAKO, 
CAKP, CAKQ, CAKR, CAKS, CAKT, CAKU, CAKV, CAKW, CAKX, CAKY, CAKZ, CALA, CALB, CALC, CALD, CALE, 
CALF, CALG, CALI, CALJ, CALK, CALL, CALU, CALV, CALW, CALX, CALY, CALZ, CAMA, CANE, CANF, CANG, 
CANH, CANI, CANJ, CANO, CANP, CANQ, CANR, CANS, CAOH, CAOI, CAOL, CAOM, CAON, CAOO, CAOR, CAOS, 
CAOT, CAOU, CAOV, CAPF, CAPG, CAPH, CAPI, CAPJ, CAPK, CAPL, CAPM, CAPN, CAPS, CAQO, CAQP
期間： 2012.03.01 ～ 2013.02.12
状況： LOCUS 行の division の書式が不正
影響サービス： Anonymous FTP，getentry
対応： 該当ソフトウェアを修正し、該当データを再公開し適用することで解消しました。

ユーザの皆様にご迷惑をお掛けいたしました事を深くお詫び申し上げます。

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