第33回 INSDC meeting report 2020年6月1-5日 teleconference

2020

第33回 INSDC meeting report 2020年6月1-5日 teleconference

DDBJ センター, EBI, NCBI で構成される International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) は、その共同事業の運営・推進を図るために、年１回、会議を開催しています。
2020年は三島で開催する予定でしたが、新型コロナウイルスの影響により、6月1日～5日にリモート開催され、DDBJ、 ENA、 GenBank、 Sequence Read Archive (SRA)、BioProject、BioSample を運営する上での実務的な問題を討論しました。
会議の報告を以下にまとめました。

検討事項と今後の課題

新型コロナウイルスの影響とそのデータ共有

新型コロナウイルスのデータ共有は INSDC の重要な課題の１つであると考えています。 その一方で、2018 年の生物多様性条約と名古屋議定書に関する議論と関連して、 世界保健機関 (WHO) から SARS-CoV-2 のデータについては GISAID を用いて研究者間で共有することが勧告されています。
INSDC は SARS-CoV-2 配列データを INSDC データベースに登録することを奨励する 共同声明を公表しました。

• DDBJ: 新型コロナウイルス配列データ共有に関する INSDC の共同声明
• EBI: SARS-CoV-2 open access data sharing through INSDC databases
• NCBI: INSDC Statement on SARS-CoV-2 sequence data sharing during COVID-19

SRA に関連する検討事項

SRA データの新フォーマット と NCBI におけるデータの public cloud 移行について

2019 年にも議論されていますが、NCBI において SRA データの cloud 移行が進められています。これに関連して SRA データについて base quality score を持たない新フォーマット SRA ETL-BQS への移行が提唱されています。

• NIH が SRA データの新しい提供形態に関するパブリックコメントを7月17日まで受付中
• Use of Cloud Resources and New File Formats for Sequence Read Archive Data

Feature と Qualifier の記載則改訂

• 新 qualifier /circular_RNA を CDS, mRNA, tRNA feature で使用可能にします。
• /ncRNA_class qualifier の規定値に “circRNA” を追加します。
• /organism qualifier と /country qualifier の定義を若干、改訂します。用法などに変更はありません。

2020年10月以降 Feature Table Definition の改訂後に適用されます。