DDBJ 30年の歩み

国立遺伝学研究所創立

文部省所轄研究所として設置
庶務部及び３研究部で発足
初代所長には、小熊捍が就任

DNA 二重らせん構造発見(Watson-Crick)

遺伝暗号が３個の塩基配列であることを解明(Brenner)

分子進化の中立説（木村資生）

遺伝子組み換え技術の確立(Cohen-Boyer)

DNA 塩基配列決定法の確立(Maxam-Gilbert)

EMBL がデータライブラリー設置

計算機は、中型機 FACOM M150F（計算速度は FACOM M380 の約1/50)
外部からの接続は不可

データバンクの必要性が論じられ、各国で収集が始まる

DNAデータバンクの遺伝研への設置が決定

日本での組織作りが検討され、国内でDNAデータの配布や管理を行うデータバンク運営委員会設置。S59年度に遺伝研が共同利用研究機関に変更される際に、データの配布や管理を行うセンターの遺伝研への設置が決定
五條堀（丸山研究室）・舘野（木村研究室）が遺伝研研究員に

進化遺伝研究部門 DDBJ 業務を部分的に開始

約4400遺伝子　約370万塩基
（丸山・五條堀）

丸山・五條堀が DDBJ 業務を積極的に進める

[業務内容]

• 希望者へのデータ配布（ GenBank, EMBL, NBRF, DDBJ )媒体は8インチフロッピーまたは磁気テープ
• 遺伝子名、キーワード棟のリスト配布
• 解析プログラムの提供（計算機資源の提供は無し）

米国で開発されたDNA配列検索とアラインメントプログラムが日本で初めて富士通 F160M で稼働

ニュースレターNo1 発行

遺伝情報研究センターに設立された遺伝情報分析研究室がこの年より DDBJ 業務を担当

業務を担当するコンピューターが認められる

遺伝情報分析研究室に宮沢三造就任

データ入力作業開始（当初は GenBank フォーマット）
データ作成、入力作業は日立ソフトに外注
データは、日本で出版される学術雑誌と日本の研究者が主体となって発表される論文から抽出
この時から、 “Annotator” という言葉が使われている

遺伝情報研究センター棟竣工

（FACOM M-380Q) 運用開始。公衆回線（電話、パケット）によるサービス開始

DDBJ リリース1 完成

66エントリ・108970 塩基
当初は DDBJ で入力したデータのみ

電話回線、パケット回線による DDBJ へのオンラインアクセス可能に

遺伝情報研究センター長　丸山毅夫教授死去

ヒトゲノム計画のスタート

DDBJ/EMBL/GenBank データバンク会議を三島で開催

研究者自身によるデータ入力支援ソフトウェア( Authorin )が完成

富士通製 FACOM M-770/10UTS の運用開始

CPU の演算能力が２倍に、ディスク容量7.5 -->２０ギガバイト

組織再編により五條堀がデータバンク長に就任

その他のメンバーは、舘野（データバンク業務担当）　斎藤（広報担当）、鵜川（データベース運営担当）、林田（ソフトウェア開発担当）

データ登録はフロッピーやメールなどで受付（提供したサブミッションフォームの形でデータ作成）データ配布は磁気テープ（希望者がテープを DDBJ に送り、コピーして返送）

Release10 公開

今回より GenBank/EMBL のデータも含めた形となり、名実ともに「国際DNAデータベース」となった
59,233 エントリ・77,701,394 塩基
Feature Table 中のfeatrue key もGenBank/EMBL と共通のものを使用
News Letter の英語版を開始

データバンク長に舘野義男が就任

内部組織を改編し、データバンク事務局、データバンク情報局、データバンク運営局を置く
スタッフ（教員）は、池尾、鵜川、北上、五條堀、斎藤、舘野、山崎

DDBJ Release12 公開

リリースの頻度を　2回/年 --> 4回/年に
当時のデータバンクの運営費は、 GenBank:54億、EMBL：約35億、DDBJ:2億（コンピュータリース代、人件費も含む）

日本学術会議遺伝学研究連絡委員会報告（日本 DNA データバンクの整備拡充の緊急性について）

DDBJ/GenBank/EMBL の事業規模の比較における DDBJ の年間予算の少なさ、国際貢献度に低さに対し、研究事業費、コンピュータレンタル料の確保、スタッフの増員など、 DDBJ の早急な整備・拡充の必要性が唱えられた

特許データの取り込み開始

blast メールサーバの運用開始

DDBJ の WWW 運用開始

生命情報研究センター内に移動

国立遺伝学研究所に生命情報研究センター (CIB; Center for Information Biology)が 設置され（センター長：五條堀孝）、DDBJ は CIB に移動

WWWによる、FASTA, BLAST, SAKURA(塩基配列登録システム）運用開始

blast（相動性検索）

SAKURA（塩基配列登録システム）

電子計算機棟の竣工・スーパーコンピュータの導入

汎用計算機(Fujitsu VPX/210/10S) から　スーパーコンピュータ（富士通 VPP500/40 :主記憶 40GB, 磁気ディスク330GB) に
主システムに加えて、相同性検索サーバ等の各サービス用サーバも導入

国際実務者会議が三島で開催(4/15 - 4/19）

DDBJ のアクセッション番号が現在の形（アルファベット２文字＋６桁の数字）に

生命情報研究センター棟が完成し研究実験棟より引っ越し（現在に至る）

WWW　による様々なサービスの提供開始

ホームページを一新
データベース検索(getentry, TXSearch, GIB, 相同性検索、PDB Retriever)、データ解析(ClustalW, malign) などの提供開始し、各サービスで次々に機能拡張や検索対象データベースの増加など、www サービスの充実が図られる
スーパーコンピュータについてもホームページで紹介（1997年当時のDDBJ担当教員は、五條堀、舘野、西川、菅原、斎藤、池尾、今西、深海、宮崎、太田）

線虫全ゲノムの塩基配列決定

SRS(Sequence Retrieval System:キーワード検索システム）のウェブ公開開始

第12回国際実務者会議を三島で開催(4/19-22)

ヒトゲノム計画の一環として 22番染色体解読

ヒト２１番染色体のシークエンシング完了

生命情報研究センターから生命情報・ＤＤＢＪ研究センターへ改称
登録データのデータベース編集システム Tsunami の完成

公開塩基数100億突破

DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースとして DDBJ から公開し多層塩基数が100億bpを超える（2000.09.25: 総塩基数 : 10,006,156,465 bp ，エントリー数 : 8,614,133)

DDBJHPのデザインとロゴ更新

DDBJメールマガジン配信開始

第15回国際実務者会議を三島で開催(5/20-22)

マウスゲノムドラフト配列公開

公開塩基数200億突破

総塩基数: 20,034,081,266 bp， エントリ数: 17,240,418

WGSデータ公開開始

ヒトゲノム全配列読解完了宣言

ヒトゲノム全配列読解完了を小泉首相（当時）に報告する研究者たち
左から３人目が榊佳之プロジェクトリーダー（国際シンポジウム講演者 関連動画）
右から２番目がDDBJの菅原英明教授（当時）

ARSA（キーワード検索システム）の試験運用開始

高速XML型データベースエンジンを使用
検索対象はDDBJ定期リリースと新着データのみ
毎日夜間にデータ更新のため中断

第18回国際実務者会議を三島で開催（5/16 - 18)

次世代シーケンサーの登場（Genome Analyzer：Illumina社）

スパコンシステムの新システムへの更新

DDBJ フラットファイルの書式変更

DDBJ フラットファイルのE-mailアドレス、電話番号、FAX番号の非表示化

DDBJHPのデザイン、ロゴ変更

SRAデータの受付、NCBI SRA への仲介登録を試験的に開始

第21回国際実務者会議を三島で開催（5/20 - 22)

Trace Archive の受付・公開開始

E-mail による検索サービス終了
SRS終了

DDBJ CIB-DDBJ センター長の交代

新センター長に菅原秀明が就任

DDBJ CIB-DDBJセンター長の交代

新センター長に大久保公策が就任

DDBJ Sequence Read Archive(DRA)，DDBJ Trace Archive(DTA) ウェブサイト開設

JST-BIRD事業の資金援助を受けてSRAデータ登録・公開システムの開発を開始

DDBJ 運営スタッフの大幅な異動

DBCLS との連携を強化
担当教員：大久保、高木、中村、小笠原、神沼

日本人の個人ゲノム配列が公開

理化学研究所 ゲノム医科学研究センター による、国際ハップマッププロジェクト で用いられた日本人男性の全ゲノム配列の解析

東北大震災発生

原発事故による計画停電の影響によりスパコンシステムの長期停止や各種サービスの断続的稼働等、DDBJにも大きな影響を及ぼした

第24回国際実務者会議開催（5/23 - 27)

2011.03.11 に発生した東北大震災の福島原子力発電所事故による電力不足の懸念等により大阪で開催された

BioProject ウェブサイト開設

遺伝研スパコンシステムの更新

DDBJ の改組

CIB-DDBJ から独立し、「DDBJ センター」として国立遺伝学研究所の事業系センター（共同利用事業センター）のひとつに
センター長に高木利久が就任

DDBJホームページのデザインとロゴの更新

冨田勝教授の個人ゲノム配列が DRA より公開

Web 版塩基配列登録システム 運用開始

SAKURA でのデータ登録受付終了

JSTと共同でヒトの制限公開データベース(JGA) の運用開始

第27回国際実務者会議を三島で開催（5/20 - 22)

DBCLS/NBDC/PDBj/DDBJ 合同講習会（All-in-one 合同講習会）を開催

日本の基盤的生命科学データベースの構築・管理・運営を担っているバイオサイエンスデータベースセンター（NBDC），ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS），日本蛋白質構造データバンク（PDBj），日本 DNA データバンク（DDBJ）が、第１回の合同講習会を開催（7/18 大阪）

第30回国際実務者会議を三島で開催（5/24 - 26)

国際シンポジウム開催（5/27 - 29)

シンポジウムで講演する高木センター長

DDBJ担当教員：高木、中村、有田、大久保、小笠原、神沼、原、川島