投稿を予定している雑誌などの規定に従っていただければ、通常は問題はありません。
国際塩基配列データベースでは、論文のタイトルページの footnote に以下のような記載をすすめています。
Note: Nucleotide sequence data reported are available in the DDBJ/EMBL/GenBank databases under the accession number(s)----'.