ClustalW で3種類の記号 "*", ".", ":" の意味は何ですか

そのマークのついているサイトにアラインメントされているアミノ酸が，
“*“では，完全に一致している
“:”では，強い類似性のあるグループに属している
“.”では，弱い類似性のあるグループに属している
ということを示しています。
強い弱いの基準は，PAM250 MATRIX において，アミノ酸間のスコアが0.5より大きいか，0.5以下かで分けています。 README 抜粋中の
　　　　　STA
　　　　　NEQK
　　　　　:
は，横一行がその印がつくときのアミノ酸のグループを現しています（アミノ酸の一文字記号で書かれています）。

ClustalW のソースパッケージに含まれる README に，以下のような記述があります。

12.The conservation line output in the clustal format alignment file has been changed.
Three characters are now used:
‘*’ indicates positions which have a single, fully conserved residue
‘:’ indicates that one of the following ‘strong’ groups is fully conserved:-
　　　　　　　STA
　　　　　　　NEQK
　　　　　　　NHQK
　　　　　　　NDEQ
　　　　　　　QHRK
　　　　　　　MILV
　　　　　　　MILF
　　　　　　　HY
　　　　　　　FYW
‘.’ indicates that one of the following ‘weaker’ groups is fully conserved:-
　　　　　　　CSA
　　　　　　　ATV
　　　　　　　SAG
　　　　　　　STNK
　　　　　　　STPA
　　　　　　　SGND
　　　　　　　SNDEQK
　　　　　　　NDEQHK
　　　　　　　NEQHRK
　　　　　　　FVLIM
　　　　　　　HFY
These are all the positively scoring groups that occur in the Gonnet
Pam250 matrix. The strong and weak groups are defined as strong score >0.5 and weak
score =<0.5 respectively.