NCBI GEOArrayExpress 間での双方向のデータ交換は実現されていないため、結果として GEA のデータは GEO と交換されません。ArrayExpress は GEO の一部データの定期的な取り込みを実施していましたが現在は停止されています。

GEA 登録過程で登録される BioProject と BioSample は INSDC の枠組みで NCBI/EBI と交換されます。