クエリ配列の長さを l 、データベースに保存されている配列の本数を n 、核酸あるいはアミノ酸同士の相似度を表すスコアを S としたとき、E value は次の式によって書き表さされます。(ただし、k 、m は正の定数です)
E=k*l*n*exp^(-mS)
この式から、BLASTの出力結果は、1E-Xと表示されている場合は、10-X という意味になります。