公開されている DRA データにアクセスする方法を教えてください

https/ftp/スパコンでアクセスすることができます。 アクセッション番号に対するファイルパスは DDBJ Search で検索します。

• https: https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra
• ftp: ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra
• ascp: anonftp@ascp.ddbj.nig.ac.jp:/ddbj_database/dra
• スパコン: /usr/local/resources/dra

https

ブラウザーでアクセスします。

例
DRR000001 fastq

• https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/fastq/DRA000/DRA000001/DRX000001/DRR000001.fastq.bz2
• https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/fastq/DRA000/DRA000001/DRX000001/DRR000001_1.fastq.bz2
• https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/fastq/DRA000/DRA000001/DRX000001/DRR000001_2.fastq.bz2

DRR000001 sra

• https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/sra/ByExp/sra/DRX/DRX000/DRX000001/DRR000001/DRR000001.sra

ftp

wget コマンド等でファイルをダウンロードします。

例
DRR000001 fastq

wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA000/DRA000001/DRX000001/DRR000001.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA000/DRA000001/DRX000001/DRR000001_1.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA000/DRA000001/DRX000001/DRR000001_2.fastq.bz2

DRR000001 sra

wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/sra/ByExp/sra/DRX/DRX000/DRX000001/DRR000001/DRR000001.sra

ascp

Aspera のインストールを参照して、クライアントソフトウェアをインストールします。
データのダウンロード方法は Aspera の使い方を参照してください。

スパコン

遺伝研スパコンの一般区画ではマウントされた /usr/local/resources/ でデータに直接アクセスすることができます。

例 DRR000001 fastq をホーム直下にコピー。

cp /usr/local/resources/dra/fastq/DRA000/DRA000001/DRX000001/DRR000001.fastq.bz2 ~/
cp /usr/local/resources/dra/fastq/DRA000/DRA000001/DRX000001/DRR000001_1.fastq.bz2 ~/
cp /usr/local/resources/dra/fastq/DRA000/DRA000001/DRX000001/DRR000001_2.fastq.bz2 ~/