同位体を代謝によってサンプルに取り込ませた場合

同位体を代謝によって生物に取り込ませた場合 (metabolic isotope labeling)、 BioSample のサンプル属性 isotope_labeled_compound で同位体標識化合物を記載します。 また、使用した安定同位体は isotope で記載します。 両属性は Omics パッケージには含まれていないためユーザ定義属性として追加します。

  • isotope_labeled_compound=[U-13C]-glucose
  • isotope=13C

BioSample の対応する SDRF 行において、 Characteristics カラムで同位体標識化合物や同位体を同様に記載します。

Characteristics[isotope_labeled_compound] Characteristics[isotope]
[U-13C]-glucose 13C

この場合、同位体はサンプルレベルで記載されるため、 SDRF 後半の Labeled Extract Name と Label は空欄にします。

代謝物を化学反応により同位体標識した場合

抽出した代謝物を化学反応により同位体標識した場合 (chemical isotope labeling)、 SDRF Label カラムに同位体、Comment[isotope_labeled_compound] に同位体標識化合物を記載します。

Labeled Extract Name Label Comment[isotope_labeled_compound]
human urine sample 1 12C 12C 12C-dansyl chloride
human urine pooled sample 13C 13C 13C-dansyl chloride

この場合、同位体は Extract レベルで記載されるため、BioSample には同位体に関する属性を含める必要はありません。