論文中で BioProject アクセッション番号を引用すべきですか？

引用すべきではありません。通常、登録したデータに対するアクセッション番号、例えば DDBJ 塩基配列や DRA Run アクセッション番号、を引用します。　　　　 投稿論文では、どのアクセッション番号を引用するべきでしょうか？

個別の BioProject を参照する必要がある場合、データに対するアクセッション番号と共に次のように記載してください。
“The data have been deposited with links to BioProject accession number PRJDBxxxxxx in the DDBJ BioProject database.”