塩基配列登録にはいくつのサンプルが必要ですか?

作成日: 2014年6月4日

BioSample はデータベースに登録する実験データを得るために使われた生物学的な試料やサンプルに対するレコードです。Biological/Technical replicate は BioSample で "replicate" というユーザ定義の属性を使い "replicate = biological replicate 1" のようにしてサンプルを区別します。

それぞれに採取された,物理的に異なる環境サンプルはユニークな BioSampleになりますが,サンプルに含まれる配列によって由来が区別されたリードは BioSample に該当しません。 DRA のデータファイルは一つのBioSample にしかリンクできないことに注意してください。

基本的な考え方:
  • それぞれのユニークな source に対して別々の BioSample を登録します。例えば,羽から調整した RNA と肢から調整した RNA は,両者が別々にシークエンスされている場合,別個の BioSample になります。
  • ゲノムアセンブリは一つの BioSample のみ持つことができます。複数の BioSample に由来するリードをアセンブルして得られたゲノム配列の場合,アセンブルのために他の BioSample が使われたことを示す1つの BioSample を新しく登録します。
    例えば,オスとメスに由来するリードをそれぞれ DRA に登録したが,両者のリードを用いてゲノムをアセンブルした場合,オスとメスに対する一つの BioSample を新しく登録し,オスとメスそれぞれに対する BioSample アクセッション番号を引用して,両 BioSample の混合サンプルであることを明示します。そのようなゲノム登録の例
  • 内部共生体 (endosymbiont) の場合: ゲノム単位で BioSample を登録する必要があるため,例えば昆虫と内部共生体の両方のゲノムを登録する場合,それぞれの BioSample が必要になります。
サンプルの登録例:
  • 海水中のある採取地点から得られた 23,000 本のユニークな 16S 増幅配列 - 1 BioSample(1サンプルが採取され,16S の多様性が解析された)
  • 同じ薬物で処理された三匹の「同一」なトランスジェニックマウス - 3 BioSamples(Biological/Technical replicate は BioSample で区別)
  • 遺伝子発現レベルの経時的な変化を解析するために,ウイルスに感染させた CHO 細胞を 0,2,4,8 時間後にサンプリング - 4 BioSamples (4 timepoints)
  • 発現している遺伝子の差異を組織毎に調べるため,オスのアリクイ一個体から採取した脳,心臓,肺,精巣,肝臓 - 5 BioSamples (5つの異なる組織)
サービス: BioSample, DRA キーワード: メタデータの登録