「検索結果一覧の表示数」，「アラインメント表示数」で指定した数より少ない場合，表示数を増やすには，”より詳細な設定” 欄の「期待値」の値を大きくしてお試し下さい。
このような場合は，期待数の値を10000 などと極端に大きくして下さい。
なお，配列が短すぎる場合(配列長が10 前後)，BLAST では見つけられないことがよくあります。