ゲノム配列と mRNA 配列は決定した配列毎に独立に ご登録ください。
実験的に決定した配列を、その決定した連続性の単位で登録していただくことが基本です。
ゲノム配列側に mRNA feature, CDS feature などを記載することは可能ですが、一般的に feature 記載では mRNA 配列を決定したという意味にはなりません。
mRNA 配列を決定されているのでしたら、mRNA 配列のご登録をお願いします。DDBJ に登録可能なデータもご参照ください。