INSDC

DDBJ センターは、欧州の EBI; European Bioinformatics Institute で運営されている ENA; European Nucleotide Archive および 米国の NCBI; National Center for Biotechnology Information と、インターネットを経由したデータと情報の相互交換と定期的に開催する2つの会議、国際実務者会議国際諮問委員会、を通じて密接に連携し、INSD; International Nucleotide Sequence Database を構築しています。
DDBJ, ENA/EBI, NCBI の各事業、および、国際実務者会議は、国際諮問委員会からの助言・勧告を受けて運営されています。

塩基配列データベース構築の国際協調

DDBJ は、1980年代の事業開始当初から、欧州の EMBL-Bank/EBI と米国の GenBank/NCBI とともに国際塩基配列データベースの構築業務を担ってきました。

この国際塩基配列データベースは、2005 年に開催された国際実務者会議において、その総称を INSDC; International Nucleotide Sequence Database Collaboration、統合された塩基配列データベースの名称を INSD; International Nucleotide Sequence Database とすることに合意し、国際諮問委員会も、これを承認しました。

2009年から いわゆる次世代シークエンサからの出力データを収集する Sequence Read Archive と従来のシークエンサからの出力データを収集する Trace Archive も INSDC のメンバーに加わりました。

2010年には EBI におけるデータベース事業は ENA; European Nucleotide Archive に統合されました。

INSDC 構成員

Data type DDBJ Center EMBL-EBI NCBI
Next generation reads Sequence Read Archive European Nucleotide Archive (ENA) Sequence Read Archive
Sequence Read Archive Trace Archive Trace Archive
Annotated sequence DDBJ GenBank
Samples BioSample BioSample
Studies BioProject BioProject

国際諮問委員会 IAC; International Advisory Committee

国際諮問委員会は, 欧州・米国・日本から選出されたそれぞれ3名の委員により構成され, INSDC の運営や将来計画に関して公正な立場で勧告・助言する組織で、年に1度、委員会が開催されます。

国際実務者会議 ICM; International Collaborative Meeting

国際実務者会議は、INSDC の実務者で構成されています。ICM は、国際協調を基本理念とし,INSDC 運営上の実務的な問題を解決していくための協議会で、年1度開催されます。

登録データに取り扱いについて

2002年5月23-24日に国立遺伝学研究所で開催された国際塩基配列データベースの諮問機関である国際諮問委員会で,「DDBJ/EMBL/GenBank の登録データの取り扱い」について以下のように明文化しました。

データを登録される方ならびに利用される方はこの内容を理解されて,ご協力くださるようお願いいたします。

国際塩基配列データベース (International Nucleotide Sequence Databases, INSD) の方針
INSD は,各データバンクが公開しているデータの全てを誰でも制限なしで利用できるという統一方針を共有する。世界中の科学者は,実験計画を立てるため,あるいは解析結果や論評を出版するために INSD の公開データを利用できる。また,論文で他の論文を引用するように,データ登録者に何らかのクレジットが与えられるべきである。
INSD は,公開データにその利用を制限するような記述ならびに,このデータを利用した出版物を禁止するような制限事項は付記しない。特に,公開されたいかなる配列データにも利用制限や利用許可取得義務を設けず,公開データの二次公開や公開データベースの利用についても利用制限や利用許可取得義務を課さない。
INSD に登録されたデータは,科学資料として永久に保存され公開される。登録者によるデータの訂正や更新は歓迎するし,誤った部分は次のデータリリースで訂正されるべきであるが,全てのデータは永久に保存され,アクセッション番号で検索できるものとする。
データを登録しようとする者は,INSD の各データバンクが Web 上で公開している諸原則や注意事項を理解されるよう助言する。登録する権利は登録する側にあることを確認されたい。
データベース側の編集やデータベース化のための整合性にもとづく改変(例えば,INSD 形式の適用やコード領域の翻訳に関する改変など)以外の,データの内容や品質に関する責任はデータ登録者が負う。INSD はデータ登録者や利用者と協力してデータの品質向上に努める。

この方針は,DDBJ, EMBL, GenBank で構成する国際塩基配列データベース (INSD) の諮問機関である国際諮問委員会が,INSD におけるデータの取り扱いについて作成したものである。諮問委員全員の合意にもとづいてこの方針を提言する。INSDにデータを登録する者やデータを利用する者は,以下の方針事項を理解し,協力されたい。

国際諮問委員
Soren Brunak, Technical University of Denmark
Antoine Danchin, Institut Pasteur
服部正平,北里大学
Tara Matise, Rutgers University
中村春木,大阪大学
Daphne Preuss, University of Chicago
篠崎一雄,理化学研究所