小児T細胞性急性リンパ芽球性白血病(小児T-ALL)検体の次世代シークエンサによる全転写産物解析
JGA Study Accession: JGAS000090.v2.p1

研究内容の概要

研究概要

目的: 多数の小児T細胞性急性リンパ芽球性白血病(小児T-ALL)検体について、次世代シーケンサーを用いた種々の遺伝子解析技術により、疾患発症の原因となる遺伝子異常をゲノムワイドに同定し、解析する。

方法: RNA-seq解析により融合遺伝子を同定し、発現解析をする。

対象: 小児T-ALL 123症例

研究の種類

Transcriptome Sequencing

Study History

Research milestones of the Framingham Heart Study can be found at http://www.framinghamheartstudy.org/about/milestones.html.

The Generation 1 (or Original) cohort Exam 1 took place between 1948 and 1953. Biennial exams have continued to the present. Exam 29 took place between 2006 and 2007. Exam 30 began in 2008.

Study Inclusion/Exclusion Criteria

A description of the Design of the Original Cohort can be found at Dawber TR, Meadors GF, and Moore FEJ. Epidemiological approaches to heart disease: the Framingham Study. Am J Public Health 1951; 41:279-86.

Project Name

XXXX Project

Related Studies

関連 ID は手作業で入力。JGA Study 番号を書くことでアンブレラのように使うことができる

Study Statistics

手作業で入力

  • Participants: 20
  • Subjects: 20
  • Samples: 40
  • Number of pediatric T-ALL patients: 12

研究に関連する形質

  • 主要な表現型: 小児T細胞性急性リンパ芽球性白血病 (HP:0030079)
  • xxxx (HP:0030080)

Sample Attributes

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11 sample attributes

Sample attribute Samples Subjects
sample_name 20 10
title 20 10
description 20 10
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Publicly Available Data

Public download site.

File accession Name Description Category Version Release date Last updated
JGAU000001.v1 all-patients-phenotypes phenotype data dictionary of all patients data_dictionary 1 2017-05-25 2017-05-25
JGAU000002.v1 association-analysis-results results of association analysis results (secondary accession: hum0014.v2.jsnp.934ctrl.v1) association_analysis_results 1 2017-05-25 2017-10-25

利用制限事項

利用制限事項 タイトル 説明 Dataset
JGAP000001 NBDC データ共有ポリシー NBDC データ共有ポリシー JGAD000079.v2.p1
JGAD000080.v2.p1
JGAP000004 肺癌研究に限定 肺癌研究に限定 JGAD000080.v2.p1

Controlled-access Data

Datasets

Dataset Title Description Samples Subjects Files Total filesize
JGAD000079.v2.p1 xxxxx .... yyyy...... 20 10 40 10 GB
JGAD000080.v2.p1 title .... description ...... 20 10 40 12 GB

関連論文

  1. Lucena MI, Molokhia M, Shen Y, Urban TJ, Aithal GP, Andrade RJ, Day CP, Ruiz-Cabello F, Donaldson PT, Stephens C, Pirmohamed M, Romero-Gomez M, Navarro JM, Fontana RJ, Miller M, Groome M, Bondon-Guitton E, Conforti A, Stricker BH, Carvajal A, Ibanez L, Yue QY, Eichelbaum M, Floratos A, Pe'er I, Daly MJ, Goldstein DB, Dillon JF, Nelson MR, Watkins PB, Daly AK, Spanish DILI Registry, EUDRAGENE, DILIN, DILIGEN, International SAEC.
    Susceptibility to amoxicillin-clavulanate-induced liver injury is influenced by multiple HLA class I and II alleles.
    Gastroenterology. 2011 Jul; 141(1):338-47.
    PubMed link
  2. Urban TJ, Shen Y, Stolz A, Chalasani N, Fontana RJ, Rochon J, Ge D, Shianna KV, Daly AK, Lucena MI, Nelson MR, Molokhia M, Aithal GP, Floratos A, Pe'er I, Serrano J, Bonkovsky H, Davern TJ, Lee WM, Navarro VJ, Talwalkar JA, Goldstein DB, Watkins PB, Drug-Induced Liver Injury Network, DILIGEN, EUDRAGENE, Spanish DILI Registry, International Serious Adverse Events Consortium.
    Limited contribution of common genetic variants to risk for liver injury due to a variety of drugs.
    Pharmacogenet Genomics. 2012 Nov; 22(11):784-95.
    PubMed link

研究費

助成機関 助成金名 タイトル 助成金・研究課題番号
文部科学省 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) 分子プロファイリングを基盤とした小児期からAYA世代に発症する難治がんの新規治療法の開発 16cm0106509h001
科学技術振興機構 科学研究費助成事業 基盤研究(B) マルチオミックス情報を基盤とした難治性小児がんに対する新規克服法の開発 17H04224

研究者情報

登録者ではなく貢献者として自由に記載してもらう

  • 研究代表者:
    • 三島 太郎、国立遺伝学研究所 DDBJ センター(静岡県三島市谷田1111)

制限公開データの利用者一覧

申請管理 DB から公開情報 DB に格納し、動的に表示する

  1. 研究代表者: 三島 太郎
    所属機関: 国立遺伝学研究所
    利用データ (Dataset accession): JGAD000079,JGAD000080
    利用期間: 2018-01-01 to 2020-01-01
  2. 研究代表者: 富士 太郎
    所属機関: 東京大学
    利用データ (Dataset accession): JGAD000079
    利用期間: 2018-04-01 to 2020-01-01