ＤＤＢＪの相同性検索サービスで， 線虫ゲノムデータベースを対象として検索がご利用いただけるようになりましたのでおしらせいたします。
FASTA/BLAST/PSI-BLAST/SSEARCHの各相同性検索依頼WWWページで， 検索対象データべースとして [C.elegans 全蛋白] または [C.elegans 全DNA] をプルダウンメニューから選択してください。 電子メールサーバをご利用の場合には，datalibとして WORMPEP または WORMDNA を指定して下さい。
全蛋白のデータを対象とした検索を行なった場合， 検索結果中の線虫ゲノムデータの配列名をクリックしていただきますと， Sanger Centre の wormace にリンクされます。
DNAデータのコメント部の情報は，以下の通りです。
染色体番号/ start-end, source, feature, [group]
以下は，GFF フォーマットからの抜粋です。 [http://www.sanger.ac.uk/Users/rd/gff.shtml]
- start, end
- Integers. "start" must be less than or equal to "end". Sequence numbering starts at 1, so these numbers should be between 1 and the length of the relevant sequence, inclusive.
- source
- feature
- The feature type name. We hope to suggest a standard set of features, to facilitate import/export, comparison etc.. Of course, people are free to define new ones as needed.
For example, Genie splice detectors account for a region of DNA, and multiple detectors may be available for the same site, as shown above. - [group]
- An optional string-valued field that can be used as a name to group together a set of records. Typical uses might be to group the introns and exons in one gene prediction (or experimentally verified gene structure), or to group multiple regions of match to another sequence, such as an EST or a protein.
The source of this feature. This field will normally be used to indicate the program making the prediction, or if it comes from public database annotation, or is experimentally verified, etc.