ＤＤＢＪではDDBJ/EMBL/GenBank 国際 DNA データバンクの構築規範に沿って塩基配列データを管理し， データベースとして公開しています。 データベースは毎日更新されており，12月18日に総エントリ数が1000万件を越えました。
2000年12月18日現在ＤＤＢＪから公開されたエントリ数 : 10,063,110
2000年12月21日現在ＤＤＢＪから公開されたエントリ数 : 10,101,245