ＤＤＢＪでは生物情報への適用が広がりつつある XML (eXtensible Markup Langueage) を導入し始めました。まず，検索プログラム getentry の出力形式の一つとして XML 形式をプルダウンメニューから選択できるようにしました。 DTDファイルは，検索結果として受け取る XML 形式のエントリーに埋め込まれたリンクを 辿ってダウンロードできるように設定しました。
参考文献：
Miyazaki, S and Sugawara, H, “Development of DDBJ-XML and Its Application to a Database of cDNA” , Genome Informatics 2000,Universal Academy Press, Inc (Tokyo),380-381,2000
Satoru Miyazaki and Hideaki Sugawara,”Visualization of Features in Flat file by use of DDBJ-XML”, Currents in computational molecular biology 2001(Montreal), 249-250, 2001