・ALIGN 指定時のオプションとして， 配列の一致する部分をドットで出力するドットオプションが指定できるようになりました（例）。
・TREE 指定時のオプションとして塩基配列の場合，遺伝距離の推定に Jukes-Cantor, Kimura 2-parameter の他 Tamura, Tajima-Nei, Gojobori-Ishii-Nei 6-parameter, Tamura-Nei も指定できるようになりました。
例：CLUSTAL W (1.81) multiple sequence alignmentA1-1_A101 GGCCGACCCTTCGGCCCGGGGGCCA1-2_A102 ......T.................A1-3_A103 NNNN..T.T...............A1-4_A104 NNNN.G..................A2 NNNN..T................-AX NNNN......A.............A3-1 NNNN................A...cis-AB NNNN..T...........C.....O-1_O101 ....-...................O-2_O201 TATT-G....A.A..T...A....O-3 NNNN.G.G.........A......O-4_O102 NNNN-....C..............O-5_O103 NNNN-G..................O-6_O202 NNNN-.....A.A..T...A....O-7_O203 NNNN-G....A.A.TT...A....B-1_B101 .....G.G...T.A..A.C..A..B-2_B102 NNNN.G.G...T.A..A.C.....B-3_B103 NNNN.G.G.....A..A.C..A..B(A) NNNN.G.G........A.C..A..B3-1 NNNN.G.G...T.A..A.C..AT. ************************