操作方法は従来の E-mail 版 get-entry と同様ですが,1回の検索で取得できる最大件数が10件から5万件になりました。
通常の E-mail 版 get-entry サービスはメールでリクエストし,メールで処理結果を返すのですが,大量エントリ(11件以上)をリクエストした場合は処理結果をメールで送らずファイル化し,ファイル転送で取得できるようにしました。
大量エントリの検索が完了した時点で保管したファイル名とその保管場所をメールで通知し,そこに記述されたファイルを ftp でダウンロードすることにより簡単にデータファイルを得ることができます。
ヘルプファイルは,本文に help と書いたメールを get-entry@nig.ac.jp に送信すると返信されます。 どうぞご利用下さい。
E-mail 版 get-entry (get-entry@nig.ac.jp) に送信するリクエストメールの記述例は以下の通りです。
例1:XML フォーマットで1万件を取得する場合
> から // までの間に1万件のアクセッション番号を記述する。
XML フォーマットで出力するので format 指定は xml にする。
begin format: xml > comment AB000100 AB000106 AB000111 AB000126 AB000176 AB000180 AB000181 AB000222 AB000264 : : : //
例2:AB00001 から AB001000 までと AP000100 から AP001500 までの連番エントリを FASTA フォーマットで取得する場合
以下の例で使用している省略連番指定 (AB000001-1000) は AB000001-AB001000 でも同じ。
begin format: fasta > comment AB000001-1000 AP000100-1500 //
例3:アクセッション番号の区切りを改行以外の文字(空白,カンマ,セミコロン,コロン)で指定してフラットファイルを取得する場合
以下の例は AB000001 から AB000004 までと,AB000100 から AB000200 までと,AB000300 から AB000500 までと,AB000601 と AB000701 と AB000801と,AB002000 から AB003000 までのエントリを一括で取得するためのリクエストを示します。
begin > comment AB000001 AB000002 AB000003 AB000004 AB000100-200,AB000300-500 AB000601; AB000701; AB000801 AB002000-AB003000 //
処理結果は以下のような内容で検索処理完了後メールで通知される(例1の場合)
DDBJ Get Entry E-Mail server Version 1.0 Request ID 020520151221.7534 Your query is * * * * * * * * database: ddbj format: xml number: acc > test AB000001 : AB012345 // * * * * * * * * The result is stored in ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/tmp/em-getentry/getent.020520151221.7534.gz Please get this file by anonymous-ftp within 24 hours. [Acuisition method] Example: % ftp ftp> open ftp.ddbj.nig.ac.jp Name : anonymous Password : [your E-mail address] ftp> cd /tmp/em-getentry ftp> bin ftp> get getent.020520151221.7534.gz ftp> quit If you have any trouble with this server, please write to trouble@nig.ac.jp