DDBJ では Web と E-mail で相同性検索サービスを提供しています。 これらのサービスでは，より効率的に検索ができるよう検索対象 Division を指定することができます（データベースとして "DDBJ 全データ"，"DDBJ 新着データ" を選択した場合に有効です）。2003年9月11日より以下のサービスで検索対象 DIVISION として指定できる EST 生物種が３１種から２２種になります。 これは近年の登録状況の変化に対応し，亜種の統合などを行なったためです。対象サービス：FASTA, BLAST, SSEARCH, S&W SEARCH追加される生物種 (EST)：Ciona intestinalis，Gallus gallus，Silurana tropicalis削除される生物種 (EST)：Bombyx mori，Brugia malayi，Leishmania major，Neurospora crassa，Onchocerca volvulus Plasmodium falciparum，Rattus sp.，Saccharomyces cerevisiae，Schistosoma mansoni，Schizosaccharomyces pombe，Sus scrofa，Trypanosoma cruzi