国際塩基配列データベースでは１エントリの最大塩基配列長に関する規約（最大 350,000 bp）がありましたが，2004年6月より制限を撤廃しました。
DDBJ の提供する塩基配列データ登録システムSAKURAでは機能上の制約から登録可能な塩基配列長に制限がありますが，登録可能な配列長が増加しました。これまでは 20 bp ～ 350,000 bp でしたが，2004年9月より 20 bp ～ 500,000 bp になりました。
ただし 500,000 bp 以下であっても，ご使用になるコンピュータシステム，WWW ブラウザなどの環境により入力できないことがあります。詳細は SAKURA の利用上の注意および制限をご覧下さい。500,000 bp を超える配列を登録される場合は大量登録システムをご利用下さい。