イネの高精度アノテーション情報を収録したデータベース「RAP-DB」が(独)農業生物資源研究所・(独)産業技術総合研究所・国立遺伝学研究所により共同開発され，このたび公開されました。
2004年に日本を中心とする国際イネゲノム解読プロジェクト (International Rice Genome Sequencing Project : IRGSP) によってOryza sativa ssp. japonica cultivar Nipponbareゲノムの完全解読が達成され，イネ研究はポストゲノムの時代に突入しました (IRGSP, Nature. 2005 Aug 11;436 (7052):793 - 800)。
これを受けて世界中からイネ研究者・アノテーターが集結しマンパワーによりイネ全遺伝子を高精度に注釈付けする試み，イネアノテーションプロジェクト (Rice Annotation Project : RAP) が推進されています (論文準備中)。
RAP-DB は，RAP によって得られたイネゲノムの注釈情報を収録・公開することによって，この貴重な情報をイネ研究のコミュニティに還元するためのデータベースです (Nucleic Acids Research 2006年データベース特集号, in press)。 RAP-DB は2種類のアノテーションビューアから成り，キーワードや配列類似性による検索機能を備えています。 また完全長 cDNA や Tos17 ミュータントパネル等の有用情報へのリンクを持つことにより，イネゲノム学の「ハブ」となることを目指しています。
RAP-DBへは http://rapdb.lab.nig.ac.jp/ よりアクセスできます。
（参考）

  • IRGSP(International Rice Genome Sequencing Project)
  • 更新情報 (Build4.0)(2005.8.31)
  • DDBJ その他の生命情報リンク：生物ごとのデータベース（イネ）