DDBJ が WWW と E-mail で提供している ClustalW のアライメント結果をドットで出力する（以下出力例）DOTSINOUTPUT オプションが利用可能になりました。DOTSINOUTPUT オプションは，ALIGN の解析のみ利用可能で，DOTSINOUTPUT オプションを ON にした場合は TREE や BOOTSTRAP 解析は実行できません。
CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment 
 query      MDMEIEDSSPIDDLKLQKLDTNVYFGPCEILTQPILLQYENIKFIIGVNLSTEK P39728-1   ...................................................... Q759A6-1   -------M.Q.QP.Q.SA..F...LNT.S.AEFIESK..R.F.SIGIPIQ.VVE Q6FV15-1   -------------.Q..S.IF..SLAT..E.HT..QR..R.F...GI.NHVF.N Q12182-1   -------------.R..NHIF..SVHS..HTDF.VEN..R.F.N.D....L.SH Q6CIX1-1   -------LNQM.P.Q.SN..F...LNT.S.YDF.SKND...F.S.GIPV.R---                             *:*. :::**.   *:.   :  .:*:*:*.:.:. .       </code>