Web API for Biology (WABI) では、DDBJ全件など大規模なデータベースに対して高速に検索することが可能な高速 BLAST サービスを公開しました。これまでのサービスと比べ計算時間が半分以下に短縮されます。例えば、DDBJ アクセッション番号が AB000001(DNA 配列長が660 bp)の配列をクエリとし、DDBJ 全件を参照データベースとして検索した場合に、既存サービスでは約10分かかりますが、高速 BLAST では約3分で実行することができます。
BLASTを高速に計算
高速BLASTはNCBI BLASTをPCクラスタの複数サーバで並列して処理することで高速に計算します。 NCBI BLASTを１ノードで実行した場合と比較し、数倍以上の高速化を実現します。
データベース分割による効率の良い計算
NCBI BLASTでは、大規模なデータベースを参照する場合、メモリ使用量がサーバのメモリ容量を超えて極端に遅くなることがあります。高速BLASTでは、サーバのメモリに格納されるようにデータベースを分割するため効率良く高速に計算します。
高速BLASTによる高速化の効果
以下のように計算時間が半分以下に短縮されます。計算時間は多数のジョブ投入による待ち時間を含みません。また、サーバの状態（データベースのキャッシュされているか否かなど）によっても変わります。
クエリ 従来のBLASTの
計算時間		 高速BLASTの
計算時間
DNA配列長:36 bp(DDBJアクセッション番号:DM013333) 約10分 約2分
DNA配列長:660 bp(DDBJアクセッション番号:AB000001) 約10分 約3分
DNA配列長:3031 bp(DDBJアクセッション番号:AB489118) 約10分 約3分
高速BLAST の使い方
詳細は，「高速 BLAST について」，使い方について のページをご参照下さい。