- DDBJ では，getentry，ARSA，FASTA/BLAST の検索対象データベースとして，また Anonymous FTP によるダウンロードデータとして UniProt データベース（UniProt，UniProt/Swiss-Prot，UniProt/TrEMBL）を提供しています。データは，UniProt によるリリースをもとに定期的に更新されています。2010年3月23日公開分より， UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更になりました。詳細は以下の通りです。また，この変更は Swiss-Prot と TrEMBL にも適用されます。
| リリース番号の表示 | リリースの間隔 | ||||||
| 新： | YYYY_XX | 4週間 | |||||
| 旧： | x.n | 3週間 |
- * 新方式では，YYYY は西暦で，XX は当該年のリリースごとに増加する2桁の数字 （例：2010_01，2010_02）参照ページ