BioProject/BioSample/DRA を一括で登録できるようになりました

2015年4月8日 (水) に BioProject，BioSample，DRA の登録システムが新しくなりました。

登録システムの増強開発は文部科学省 科学研究費新学術領域研究「ゲノム支援」 からの資金で行われました。

動画チュートリアル[youtube id="GbAVB3Zg1tw" title="BioProject, BioSample, DRA への登録"]

マニュアル

4月8日以前に登録済みの BioProject，BioSample，DRA も新システムで同じように登録することができます。

BioProject/BioSample/DRA をまとめて登録できるようになりました

これまでは DRA 登録に先立って BioProject と BioSampleを登録し，アクセッション番号が発行されるまで待つ必要がありました。

新しい登録システムでは DRA 登録ツールで BioProject，BioSample と DRAをまとめて登録できるようになり，BioProject と BioSample アクセッション番号発行を待つ必要がなくなりました。

BioSample と同数の Experiment と Run が自動的に作成されます。また，登録者や公開に関する情報は DRA Submission の内容が BioProject と BioSample "SUBMITTER" に引き写されます。

D-way で最新のサンプル属性ファイルをダウンロードできるようになりました

D-way で最新のサンプル属性ファイルをダウンロードできるようになりました (青囲み)。登録後，更新された内容も反映されます。

bam ファイルのリファレンス配列をアクセッション番号で指定できるようになりました

これまでは bam ファイルを DRA に登録する際に，リファレンス配列をシングル fastaファイルで用意する必要がありました。

新しい登録システムでは ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/refseq/に番号がある場合は，リファレンス配列をアクセッション.バージョン番号で指定できるようになりました。

DRA メタデータ作成ツールで "BioSample Used" の場所が変更になりました。

DRA メタデータ作成ツールで Experiment と参照している BioSampleとの対応関係を認識しやすくするため，BioSample Used を右端から Experiment Alias の右隣に移動しました。

DRA メタデータ作成ツールでキャピラリ式シークエンサからのデータが登録できるようになりました

DRA メタデータ作成ツールでキャピラリ式シークエンサが選択できるようになりました。キャピラリ式シークエンサからのデータをfastq ファイルとして DRA に登録できるようになりました。クロマトグラムを登録したい場合は従来通り DDBJ Trace Archive にご登録ください。

DRA メタデータ作成ツールで選択できるシークエンサが増えました

Instrument に以下の Illumina 社と Oxford nanopore 社の機種が追加されました。

PacBio の hdf5 ファイルが登録できるようになりました

PacBio シークエンサから出力される hdf5 ファイルが登録できるようになりました。Run File Type で "PacBio_HDF5" を選択してください。

Run filetype から Illumina_native，Illumina_native_qseq，Helicos_native がなくなりました

Run filetype から Illumina_native，Illumina_native_qseq，Helicos_native がなくなりました。XML では指定可能です。

その他の変更点