塩基配列の可能性があるJPOアミノ酸配列データのリスト公開

(1）概要
日本特許庁(Japan Patent Office: JPO)から転送されたアミノ酸配列データにおいて、塩基配列が記載されている可能性があるデータを検出しました。
検証のため、それらのアミノ酸配列データについて配列表の配列番号から特許公開公報を参照して、塩基配列である記述を確認しました。また特許公開公報から配列番号で塩基配列として特定できないデータについては、塩基配列との配列相同性検索等による検証作業を実施しました。
今回の検証されたデータをリスト(JPO_AAwithN)として、公開しました。
(2) リスト内容
リスト提供場所：
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/patent/

ファイル名：
JPO_AAwithNA

リストフォーマット：
Accession number[TAB]Patent publication number[TAB]Sequence number (PS line)[TAB]Validation result

Sequence number (PS line):
特許公開公報および配列表で対象データを確認する場合は、Sequence number (PS line)を参照してください。Nの後ろに、配列番号が記載されます。
JPO公開フラットファイル(FF)において配列表の配列番号は、COMMENT PS行に記載されます。

(3) リスト更新の予定
現在、JPOの全アミノ酸配列データを対象に、検証作業を進めています。JPO_AAwithNAは、順次更新を行っていく予定です。