fastq ファイルの pbzip2 での圧縮

DRA では fastq ファイルの圧縮形式として bzip2 を使っていましたが 2017年4月から pbzip2 を使用しています。これは DDBJ/EBI/NCBI の全 fastq ファイルが対象になります。

pbzip2 はマルチスレッドで圧縮・解凍処理を行うため CPU に余裕がある場合は bzip2 よりも高速に解凍することができます。 fastq ファイルの拡張子は全て .bz2 となっており見分けがつきませんが、pbzip2 は bzip2 と完全に後方互換性があります。そのため pbzip2 コマンドで解凍処理した場合 pbzip2 で圧縮された fastq ファイルは高速に解凍され、bzip2 で圧縮された fastq は通常の速度で解凍されます。