anonymous FTP site の directory 構成変更のお知らせ

アクセッション番号の書式拡張に伴い、bulk sequence data には 6文字の prefix を持つアクセッション番号の割り当てが開始されています。このようなデータを提供していくために anonymous FTP site の directory 構成を以下のように変更いたします。利用者の皆様には、ご理解とご協力をお願いいたします。

以前の変更についてもご参照ください。

1) WGS データを格納する directory の構成

2020 年 2 月 6 日より、directory 構成を以下のように拡張しました。


ddbj_database/wgs/WGS_ORGANISM_LIST.html
                 /WGS_ORGANISM_LIST.txt
                 /AA/AA/AAAABA.gz
                 /AA/AA/AAAABB.gz
                 /AA/AA/AAAABC.gz
                 /:
                 /AA/AAAA.gz
                 /AA/AAAB.gz
                 /AA/AAAC.gz

2) TSA, TLS, TPA-WGS データを格納する directory の構成

2020 年 5 月 20 日より、TSA, TLS, TPA-WGS データを格納する directory を以下のように分割し、構成を変更いたします。

[変更対象ディレクトリ]


ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/tsa/
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/tls/
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/tpa/wgs/

[変更前]: すべてのデータを、アクセッション番号の prefix をファイル名として、下記の directory にそれぞれ設置していました。


ddbj_database/tsa/TSA_ORGANISM_LIST.html
                 /TSA_ORGANISM_LIST.txt
                 /GAAA.gz
                 /GAAB.gz
                 /GAAC.gz

ddbj_database/tls/TLS_ORGANISM_LIST.html
                 /TLS_ORGANISM_LIST.txt
                 /KAAA.gz
                 /KAAB.gz
                 /KAAC.gz

ddbj_database/tpa/wgs/TPAWGS_ORGANISM_LIST.html
                     /TPAWGS_ORGANISM_LIST.txt
                     /DAAAAB.gz
                     /DAAAAC.gz
                     /DAAAAD.gz
                     /:
                     /DAAB.gz
                     /DAAF.gz
                     /DAAI.gz

[変更後]: アクセッション番号の prefix の最初の２文字ごとの sub-directory に分割して設置します。; 6文字の prefix ファイルが存在する場合は、上記ディレクトリ直下に、prefix の3文字目と4文字目ごとの sub-directory に分割して設置します。


ddbj_database/tsa/TSA_ORGANISM_LIST.html
                 /TSA_ORGANISM_LIST.txt
                 /GA/GAAA.gz
                 /GA/GAAB.gz
                 /GA/GAAC.gz

ddbj_database/tls/TLS_ORGANISM_LIST.html
                 /TLS_ORGANISM_LIST.txt
                 /KA/KAAA.gz
                 /KA/KAAB.gz
                 /KA/KAAC.gz

ddbj_database/tpa/wgs/TPAWGS_ORGANISM_LIST.html
                     /TPAWGS_ORGANISM_LIST.txt
                     /DA/AA/DAAAAB.gz
                     /DA/AA/DAAAAC.gz
                     /DA/AA/DAAAAD.gz
                     /:
                     /DA/DAAB.gz
                     /DA/DAAF.gz
                     /DA/DAAI.gz

各データの ORGANISM_LIST.txt, ORGANISM_LIST.html は引き続きそれぞれの directory に維持いたします。


ddbj_database/tsa/TSA_ORGANISM_LIST.html
                 /TSA_ORGANISM_LIST.txt 
ddbj_database/tls/TLS_ORGANISM_LIST.html
                 /TLS_ORGANISM_LIST.txt 
ddbj_database/tpa/wgs/TPAWGS_ORGANISM_LIST.html
                     /TPAWGS_ORGANISM_LIST.txt