BioSample パッケージセット 1.4.0 をリリースしました。
- リリースノート Github
- パッケージと属性の定義表 ddbj_biosample_definition_table.xlsx
パッケージの追加
MIxS パッケージの使用が適切ではない場合に使うことを想定した、サンプル・データ・生物種に応じた Standard パッケージ、及び、公衆衛生に関わる病原菌サンプル用パッケージを追加しました。
従来提供していた Other パッケージは使用できなくなりました。
Standard パッケージ
- SARS-CoV-2: clinical or host-associated
- SARS-CoV-2: wastewater surveillance
- Microbe
- Model organism or animal
- Metagenome or environmental
- Invertebrate
- Human
- Plant
- Virus
- Beta-lactamase
- Omics
病原菌サンプル用パッケージ
- Pathogen: clinical or host-associated
- Pathogen: environmental/food/other
MIxS パッケージシリーズに新しいパッケージを追加しました。
- MIMAG: metagenome-assembled genome
- MISAG: single amplified genome
- MIUVIG: uncultivated virus genome
MIxS の環境パッケージとして以下を追加しました。
- built
GEA の機能ゲノミクスデータ用 Functional genomics パッケージは MetaboBank のメタボロミクスデータ用にも使われるようになったため、 名称を Omics パッケージに変更しました。
- Functional genomics → Omics package
選択必須
選択必須 -属性セットの中で少なくとも一つは必須- チェックを新しく実装されています。
以下のパッケージにおいて示されている属性セットの内、少なくとも一つは必須になります。例えば、Microbe パッケージでは strain もしくは isolate のどちらかが必須になります。
サンプル登録用 tsv ファイルにおいて必須属性は「*」マークが先頭に付されていますが、選択必須属性はマークが付いていません。そのため選択必須属性の入力が無いと D-way で tsv をアップロードした後、validation でエラーになります。
| パッケージ | 選択必須属性セット | 選択必須属性セット |
|---|---|---|
| Microbe | strain, isolate | isolation_source, host |
| Model.organism.animal | strain, isolate, breed, cultivar, ecotype | age, dev_stage |
| Metagenome.environmental | isolation_source, host | |
| Invertebrate | isolate, breed | isolation_source, host |
| Plant | isolate, cultivar, ecotype | age, dev_stage |
| Virus | host, lab_host | |
| Beta-lactamase | strain, isolate | |
| Pathogen.cl | strain, isolate | |
| Pathogen.env | strain, isolate |
属性名変更
MIxS パッケージにおいて以下の属性名を変更しました。
- env_biome → env_broad_scale
- env_feature → env_local_scale
- env_material → env_medium