日本DNAデータバンク(DDBJ)は、1997年より日本特許庁(JPO)と密接に協力関係を構築しています。2013年4月より配列表の新規フォーマットであるST.26形式の策定に、日本特許庁(JPO)、欧州特許庁(EPO)、米国特許商標庁(USPTO)、世界知的所有権機構(WIPO)に協力をしてきました。2022年7月に、ST.26形式配列表に全世界の特許庁にて完全移行しました。この移行に伴い、旧配列表フォーマットST.25の配列データについて、2025年12月に公開が完了しています。 2026年4月より、JPOより転送されたST.26データの公開を開始します。
DDBJ形式JPOデータ公開フォーマット変更点
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DEFINITION、REFERENCEの構成が変わります。
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AUTHORSは発明者が記載されていましたが、ST.26ではブランク表示となります(例1参照)。
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ST.26配列表において英文の発明タイトルがない場合は、DDBJ側の自動構築内容がDEFINITION、REFERENCEのTITLEに指定されます。自動構築ではPatent application sequence forと公開番号-Aと配列番号で指定されます(例2参照)。
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また英語の出願人の指定がない場合は、固定値として Applicants [Refer to the patent publication] が出力されます(例3参照)。
例1：英文の発明タイトルがあるデータ
DEFINITION JP 2026123456-A/10: Rapid Detection Method for Genetic Diversity REFERENCE 1 (bases 1 to 85) AUTHORS TITLE Rapid Detection Method for Genetic Diversity JOURNAL Patent: JP 2026123456-A 10 04-SEP-2025; DNA Data Bank of Japan
例2：英文の発明タイトルがないデータ
DEFINITION Patent application sequence for JP 2026123456-A/10. REFERENCE 1 (bases 1 to 85) AUTHORS TITLE Patent application sequence for JP 2026123456-A/10 JOURNAL Patent: JP 2026123456-A 10 04-SEP-2025; DNA Data Bank of Japan
例3: 出願人の英語指定がないデータ
REFERENCE 1 (bases 1 to 85)
AUTHORS
TITLE Patent application sequence for JP 2026123456-A/10
JOURNAL Patent: JP 2026123456-A 10 04-SEP-2025;
Applicants [Refer to the patent publication]
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DEFINITION、KEYWORDS、REFERENCE/JOURNALで記載される公開番号後の記載数値は、配列IDからST.26配列表の配列番号となります。COMMENT/PSの数値も配列番号となります。
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特許関連公報およびST.26配列表の配列番号と一致するため、JPO公開データとの対応が明確になります。ST.26データではこの配列番号から配列表を参照した際に該当データを直截的に把握することが可能となります。
Publication number format: JP/WO publication number-A/sequence number
アクセッション番号フォーマット
JPOのアミノ酸配列データのアクセッション番号フォーマットは、2桁Prefixと6桁数値から3桁Prefixと7桁数値に移行します。3桁Prefixは、ZAAより開始されます。
Prefix: ZAA
Number: 0000001-9999999
Example: ZAA0000001
データ取得
getentryではアクセッション番号、ARSAではキーワードにより検索が可能です。
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
https://ddbj.nig.ac.jp/arsa/
NAデータはリリースデータより、以下より一括取得が可能です。
https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/ddbj/
アミノ酸配列(AA)データは、以下より蓄積ファイルの一括取得が可能です。
https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/patent/