講習会

DDBJing 講習会

DDBJ のサービスや関連ツールの利用方法等の紹介を行ないます。

DDBJ が主催する講習会の他に、研究機関の人材育成や大学等の授業の一環としての講習会開催のご希望も受け付けています。また,ワークショップやセミナーの1コマとして,講師を派遣することもできます。

開催を希望される場合には、お問い合わせ の「講習会」からご連絡ください。

依頼を受けて開催した講習会の例:
第35回 DDBJing 講習会 in 沖縄工業高等専門学校
第32回 DDBJing 講習会 in 那覇植物防疫事務所

D-STEP 講習会
(DDBJ-Supercomputer Training & Educational Program)

本プログラムは、ROIS 機構長裁量プログラム(データサイエンス高度人材育成プログラム)への取り組みの一環として、ビッグデータの解析、主として次世代ゲノムシーケンス(NGS)解析需要に対応できる人材を国内で育成することを目的としています。また本プログラムで、DDBJはデータサイエンス共同利用基盤施設ゲノムデータ解析支援センターならびにライフサイエンス統合データベースセンターとの連携を強化します。 2017年度より2020年度までの間に、NGS データの様々な配列解析手法やゲノム以外のビッグデータ解析(機械学習、AIなど)について、DDBJ内外からの幅広い分野の講師によるハンズオンを主とした講習会を実施する予定です。

All-in-one 合同講習会(NBDC, DBCLS, PDBj, DDBJ の合同講習会)

日本の生命科学研究の推進には、研究者が観測・測定したデータを国内外に発信する一方、それら様々なデータを統合化して研究者に提供し活用していただくことが欠かせません。このような日本の基盤的生命科学データベースの構築・管理・運営を担っておりますバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)日本蛋白質構造データバンク(PDBj)、日本 DNA データバンク(DDBJ)の4機関が合同で講習会を開催しています。

講習会 アーカイブ

2020

第5回 D-STEP 講習会 with Japan-Indonesia Workshop

本講習会は Indonesia-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources において、データサイエンティスト養成セッションとして開催されました。

  • 日時:2020年10月20-29日
  • 場所:オンライン開催
  • 言語:英語
  • 内容:
    タイトル講師資料
    Data repository and DDBJ 飯塚 朋代(DDBJ センター)
    UNIX commands and programming environment 奥田 喜弘(DDBJ センター)
    What you can do with the super-computer in DDBJ 奧田 喜弘(DDBJ センター)
    Introduction to Microbial Genome Analysis 谷澤 靖洋(DDBJ センター)
    Genome Analysis of Eukaryotes: Chromosome-level assembly of domestic cat genome 坂本 美佳(国立遺伝学研究所)
    Comparative genomics -1 川島 武士(DDBJ センター)
    Comparative genomics -2 川島 武士(DDBJ センター)
    Comparative genomics -3 川島 武士(DDBJ センター)
    Metabolomic data minig using searchable repositories 櫻井 望(DDBJ センター)
    Metagenomics of gut microbiome 森 宙史(国立遺伝学研究所)
    Genomics for human hereditary disease 秦 千比呂(DDBJ センター)
    Invisible species diversity of ferns in Indonesia revealed by DNA data: Cryptic species of Asplenium nidus in Mt. Halimun National Park. 村上 哲明(東京都立大学)
    Networking and research collaborations on biotechnology and genetic resources between Indonesian academic & research sector and University of Tsukuba 渡邉 和男(筑波大学)
    How to use database to get patent information 青野 英雄(DDBJ センター)
    How to survey of prior arts for patent application 青野 英雄(DDBJ センター)
    Case study for utilization of intellectual property 鈴木 睦昭(国立遺伝学研究所)

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第40回 DDBJing 講習会 with IIBMP2020

本講習会は第9回 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020) において、データサイエンティスト養成セッションとして開催されました。

  • 日時:2020年9月2日
  • 場所:オンライン開催
  • 参加人数:230名
  • 内容:
    タイトル講師資料
    DDBJと公共リポジトリ 飯塚 朋代(DDBJ センター)
    Mac/Windows/遺伝研スパコン上でのデータ解析 (1) 津村 学(株式会社ノーム)
    Mac/Windows/遺伝研スパコン上でのデータ解析 (2) 奧田 喜弘(DDBJ センター)
    微生物ゲノム解析 谷澤 靖洋(DDBJ センター)
    真核生物ゲノム解析 坂本 美佳(国立遺伝学研究所)
    比較ゲノム解析 川島 武士(DDBJ センター)
    メタボロミクス解析 櫻井 望(DDBJ センター)
    メタゲノム解析 森 宙史(国立遺伝学研究所)
    ヒトゲノム疾患解析 秦 千比呂(DDBJ センター)

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2019

第5回 D-STEP 講習会(第2回メタボロミクスソフトウェア講習会)

第2回メタボロミクスソフトウェア講習会」を質量分析インフォマティクス研究会日本バイオインフォマティクス学会(JSBi))との共同開催で実施しました。

第39回 DDBJing 講習会 with 「先進ゲノム支援」情報解析講習会

本講習会は中級者向け情報解析講習会として、プログラミング言語「Python」を用いたRNA-seqデータの視覚化や多変量解析等のプログラミング実習を中心に実施しました。

  • 日時:2019年10月9日 ~ 11日
  • 場所:国立遺伝学研究所(DDBJ)
  • 想定スキルレベル:情報解析中級者
  • 参加人数:若手研究者20名程度
  • 共催:先進ゲノム支援(PAGS), ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
  • 内容:
    タイトル講師資料
    Pythonの基本文法 新海 典夫(理化学研究所)
    文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現 高橋 弘喜(千葉大学)
    Jupyter notebook、Biopython 谷澤 靖洋(国立遺伝学研究所)
    表形式ファイルの処理(Pandas)、RNA-seqデータの補正 坂本 美佳(国立遺伝学研究所)
    視覚化 (matplotlib, seaborn) 孫 建強(農研機構)
    統計的仮説検定 森 宙史(国立遺伝学研究所)
    多変量解析 東 光一(国立遺伝学研究所)

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第38回 DDBJing 講習会 with MS-BIO.info

本講習会のテーマは、主に質量分析を用いたリピドミクスで、国内外の研究者を対象としています。60th International Conference on the Bioscience of Lipids (ICBL) のサテライトワークショップとして開催されました。

  • 日時:2019年6月22日
  • 場所:理化学研究所横浜キャンパス(鶴見)交流棟ホール
  • 言語:英語
  • 参加人数:34名(うち国外20名)
  • 内容:参加者による研究発表
       リピドミクスの研究項目に応じたグループディスカッション
       ラボツアー
  • 発表者:Anne K Bendt (National University of Singapore)
       池田 和貴(かずさDNA研究所)
       津川 裕司 (理化学研究所)ほか
  • 共催:質量分析インフォマティクス研究会

第4回 D-STEP 講習会 with RinkaiHackathon2019

本講習会は,RinkaiHackathon2019 with DDBJing の一部として実施されました。島根大学との共同開催です。

  • 日時:2019年6月11日-12日
  • 場所:島根大学 生物資源科学部附属生物資源教育研究センター 隠岐臨海実験所(島根県)
  • 参加人数:15名
  • 講師:川島 武士(国立遺伝学研究所)
       櫻井 望 (DDBJ)
  • 講義:DDBJの利用方法
       メタボロームインフォマティクス 講習会
  • 協力:日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)

詳細は RinkaiHackathon2019 をご覧ください。

All-in-one 合同講習会 2018/統合データベース講習会:AJACS 番町2

  • 日時: 2019年1月28日
  • 場所: 科学技術振興機構東京本部別館1階ホール
  • 内容:
    タイトル講師資料
    NBDC の紹介と NBDC が提供するサービス 箕輪 真理 (NBDC)
    DBCLS で提供している文献情報サービスほか 山本 泰智 (DBCLS)
    タンパク質構造データバンク・PDB の使い方 鈴木 博文 (早稲田大学)
    ゲノム時代の生命情報・DDBJ センターが果たしてきた役割 青野 英雄 (DDBJ)

    動画は 統合TV からもご覧になれます。

2018

第3回 D-STEP 講習会

  • 日時:2018年11月12日
  • 場所:理化学研究所横浜キャンパス(鶴見)交流棟ホール
  • 参加人数:100名
  • 内容:
    タイトル講師資料
    挨拶・趣旨の説明・簡単なメタボローム解析のイントロダクション 有田 正規 (国立遺伝学研究所・理化学研究所)
    GC-MS データの前処理から化合物同定・データのキュレーション方法 津川 裕司 (理化学研究所 )
    LC-MS/MS を用いたノンターゲットリピドミクスとデータ解釈法 津川 裕司 (理化学研究所 )
    LC-MS/MS を用いた親水性代謝物のプロファイリングとデータ解釈法 津川 裕司 (理化学研究所 )
    未知マススペクトルからの構造推定方法と演習 津川 裕司 (理化学研究所 )
    多変量解析の背景理論の説明(講義形式) 山本 博之 (ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ)
    多変量解析演習(主成分分析・PLS-DA・PLS 回帰) 櫻井 望 (DDBJ )

    資料ダウンロード

第2回 D-STEP 講習会

  • 日時:2018年7月14日
  • 場所:国立遺伝学研究所 (静岡県三島市)
  • 参加人数:20名
  • 言語:英語
  • 内容:
    タイトル講師資料
    Introduction to NIG Supercomputer and DDBJ 有田 正規(国立遺伝学研究所)
    Genome assembly and polymorphism analysis of plants 平川 英樹(かずさ DNA 研究所
    Large-genome assembly using PacBio and Illumina reads 中村 保一 (国立遺伝学研究所)

第37回 DDBJing 講習会 with RinkaiHackathon2018

本講習会は,RinkaiHackathon2018 with DDBJing の名前で、国内外の大学院生や研究員の方を対象として開催しました。全体は6月10日から13日までの4日間で、日本バイオインフォマティクス学会(JSBi), 広島大学との共同開催です。

  • 日時:2018年6月11日-13日
  • 場所:広島大学 向島臨海実験所(広島県)
  • 参加人数:37名
  • 講師:川島 武士(国立遺伝学研究所)
       山本 哲史 (京都大学)
       内山 雄介 (神戸大学)
       ライマー ジェームス(琉球大学)
  • 内容:DDBJ および INSDC に関する概論
       NIG スパコンの利用方法
       DRA に登録された海洋メタゲノムデータの取得と解析方法

詳細は RinkaiHackathon2018 をご覧ください。

第1回 D-STEP 講習会 & 第36回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2018年1月26日
  • 場所:国立遺伝学研究所 (静岡県三島市)
  • 参加人数:25名
  • 内容:
    タイトル講師資料
    NGS解析を始めた時にぶつかりがちな小さい壁あれこれ 川島 武士(国立遺伝学研究所 )
    ディープラーニングによる出芽酵母蛍光画像の細胞内タンパク質局在の分類 神沼 英里(国立遺伝学研究所)

    資料は Google Drive からもご覧になれます。

2017

第35回 DDBJing 講習会 in 沖縄工業高等専門学校(on-demand)

本講習会は,沖縄工業高等専門学校より依頼を受けて,教職員,学生の方を対象として開催いたしました。内部向けの講習会の開催(on-demand)を希望される方はこちらからご連絡ください。

  • 日時:2017年10月19日 16:20 ~ 17:50,10月20日 10:30 ~ 11:40
  • 場所:沖縄工業高等専門学校(沖縄県)
  • 参加人数:60名
  • 講師:中村 保一(国立遺伝学研究所)
       多田 一風太(国立遺伝学研究所)
  • 内容: NGSデータの登録と解析について
       塩基配列、ゲノム登録について
       DDBJで提供している検索・解析ツールの紹介

All-in-one 合同講習会 2017 ~生命科学の最先端に触れてみよう~

  • 日時:2017年5月27日
  • 場所:三島市民文化会館(ゆうゆうホール) 小ホール(静岡県三島市)
  • 内容:
    タイトル講師資料
    (第1部)データべースは世界をつなぐ
    INSDC partners at the DDBJ 30th Anniversary Symposium Guy Cochrane(欧州バイオインフォマティクス研究所)
    Archived Data: Sharing and Reuse Ilene Mizrachi(米国 国立生物工学情報センター)
    Taxonomy in the Public Sequence Databases Conrad Schoch(米国 国立生物工学情報センター)
    Using DNA Sequencing to Fight Pathogens Karen Clark(米国 国立生物工学情報センター)
    (第2部)私たちも見て触れる日本のデータベース
    誰でも使える最先端の研究成果/今日からあなたも生命科学者 箕輪 真理(NBDC)
    今日から使える便利な生命科学系公共データベース in DBCLS 小野 浩雅(DBCLS)
    「生命の素子」のカタチのデータベース: 蛋白質構造データバンク 鈴木 博文(大阪大学蛋白質研究所)
    自宅でできるゲノム研究:DDBJ/GenBank/ENA 有田 正規(国立遺伝学研究所)

    資料は Google Drive からもご覧になれます。

過去の講習会アーカイブ