講習会 アーカイブ

2019

第5回 D-STEP 講習会(第2回メタボロミクスソフトウェア講習会)

第2回メタボロミクスソフトウェア講習会」を質量分析インフォマティクス研究会日本バイオインフォマティクス学会(JSBi))との共同開催で実施しました。

第39回 DDBJing 講習会 with 「先進ゲノム支援」情報解析講習会

本講習会は中級者向け情報解析講習会として、プログラミング言語「Python」を用いたRNA-seqデータの視覚化や多変量解析等のプログラミング実習を中心に実施しました。

  • 日時:2019年10月9日 ~ 11日
  • 場所:国立遺伝学研究所(DDBJ)
  • 想定スキルレベル:情報解析中級者
  • 参加人数:若手研究者20名程度
  • 共催:先進ゲノム支援(PAGS), ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
  • 内容:
    タイトル講師資料
    Pythonの基本文法 新海 典夫(理化学研究所)
    文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現 高橋 弘喜(千葉大学)
    Jupyter notebook、Biopython 谷澤 靖洋(国立遺伝学研究所)
    表形式ファイルの処理(Pandas)、RNA-seqデータの補正 坂本 美佳(国立遺伝学研究所)
    視覚化 (matplotlib, seaborn) 孫 建強(農研機構)
    統計的仮説検定 森 宙史(国立遺伝学研究所)
    多変量解析 東 光一(国立遺伝学研究所)

    YouTube の再生リスト

第38回 DDBJing 講習会 with MS-BIO.info

本講習会のテーマは、主に質量分析を用いたリピドミクスで、国内外の研究者を対象としています。60th International Conference on the Bioscience of Lipids (ICBL) のサテライトワークショップとして開催されました。

  • 日時:2019年6月22日
  • 場所:理化学研究所横浜キャンパス(鶴見)交流棟ホール
  • 言語:英語
  • 参加人数:34名(うち国外20名)
  • 内容:参加者による研究発表
       リピドミクスの研究項目に応じたグループディスカッション
       ラボツアー
  • 発表者:Anne K Bendt (National University of Singapore)
       池田 和貴(かずさDNA研究所)
       津川 裕司 (理化学研究所)ほか
  • 共催:質量分析インフォマティクス研究会

第4回 D-STEP 講習会 with RinkaiHackathon2019

本講習会は,RinkaiHackathon2019 with DDBJing の一部として実施されました。島根大学との共同開催です。

  • 日時:2019年6月11日-12日
  • 場所:島根大学 生物資源科学部附属生物資源教育研究センター 隠岐臨海実験所(島根県)
  • 参加人数:15名
  • 講師:川島 武士(国立遺伝学研究所)
       櫻井 望 (DDBJ)
  • 講義:DDBJの利用方法
       メタボロームインフォマティクス 講習会
  • 協力:日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)

詳細は RinkaiHackathon2019 をご覧ください。

All-in-one 合同講習会 2018/統合データベース講習会:AJACS 番町2

  • 日時: 2019年1月28日
  • 場所: 科学技術振興機構東京本部別館1階ホール
  • 内容:
    タイトル講師資料
    NBDC の紹介と NBDC が提供するサービス 箕輪 真理 (NBDC)
    DBCLS で提供している文献情報サービスほか 山本 泰智 (DBCLS)
    タンパク質構造データバンク・PDB の使い方 鈴木 博文 (早稲田大学)
    ゲノム時代の生命情報・DDBJ センターが果たしてきた役割 青野 英雄 (DDBJ)

    動画は 統合TV からもご覧になれます。

2018

第3回 D-STEP 講習会

  • 日時:2018年11月12日
  • 場所:理化学研究所横浜キャンパス(鶴見)交流棟ホール
  • 参加人数:100名
  • 内容:
    タイトル講師資料
    挨拶・趣旨の説明・簡単なメタボローム解析のイントロダクション 有田 正規 (国立遺伝学研究所・理化学研究所)
    GC-MS データの前処理から化合物同定・データのキュレーション方法 津川 裕司 (理化学研究所 )
    LC-MS/MS を用いたノンターゲットリピドミクスとデータ解釈法 津川 裕司 (理化学研究所 )
    LC-MS/MS を用いた親水性代謝物のプロファイリングとデータ解釈法 津川 裕司 (理化学研究所 )
    未知マススペクトルからの構造推定方法と演習 津川 裕司 (理化学研究所 )
    多変量解析の背景理論の説明(講義形式) 山本 博之 (ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ)
    多変量解析演習(主成分分析・PLS-DA・PLS 回帰) 櫻井 望 (DDBJ )

    資料ダウンロード

第2回 D-STEP 講習会

  • 日時:2018年7月14日
  • 場所:国立遺伝学研究所 (静岡県三島市)
  • 参加人数:20名
  • 言語:英語
  • 内容:
    タイトル講師資料
    Introduction to NIG Supercomputer and DDBJ 有田 正規(国立遺伝学研究所)
    Genome assembly and polymorphism analysis of plants 平川 英樹(かずさ DNA 研究所
    Large-genome assembly using PacBio and Illumina reads 中村 保一 (国立遺伝学研究所)

第37回 DDBJing 講習会 with RinkaiHackathon2018

本講習会は,RinkaiHackathon2018 with DDBJing の名前で、国内外の大学院生や研究員の方を対象として開催しました。全体は6月10日から13日までの4日間で、日本バイオインフォマティクス学会(JSBi), 広島大学との共同開催です。

  • 日時:2018年6月11日-13日
  • 場所:広島大学 向島臨海実験所(広島県)
  • 参加人数:37名
  • 講師:川島 武士(国立遺伝学研究所)
       山本 哲史 (京都大学)
       内山 雄介 (神戸大学)
       ライマー ジェームス(琉球大学)
  • 内容:DDBJ および INSDC に関する概論
       NIG スパコンの利用方法
       DRA に登録された海洋メタゲノムデータの取得と解析方法

詳細は RinkaiHackathon2018 をご覧ください。

第1回 D-STEP 講習会 & 第36回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2018年1月26日
  • 場所:国立遺伝学研究所 (静岡県三島市)
  • 参加人数:25名
  • 内容:
    タイトル講師資料
    NGS解析を始めた時にぶつかりがちな小さい壁あれこれ 川島 武士(国立遺伝学研究所 )
    ディープラーニングによる出芽酵母蛍光画像の細胞内タンパク質局在の分類 神沼 英里(国立遺伝学研究所)

    資料は Google Drive からもご覧になれます。

2017

第35回 DDBJing 講習会 in 沖縄工業高等専門学校(on-demand)

本講習会は,沖縄工業高等専門学校より依頼を受けて,教職員,学生の方を対象として開催いたしました。内部向けの講習会の開催(on-demand)を希望される方はこちらからご連絡ください。

  • 日時:2017年10月19日 16:20 ~ 17:50,10月20日 10:30 ~ 11:40
  • 場所:沖縄工業高等専門学校(沖縄県)
  • 参加人数:60名
  • 講師:中村 保一(国立遺伝学研究所)
       多田 一風太(国立遺伝学研究所)
  • 内容: NGSデータの登録と解析について
       塩基配列、ゲノム登録について
       DDBJで提供している検索・解析ツールの紹介

All-in-one 合同講習会 2017 ~生命科学の最先端に触れてみよう~

  • 日時:2017年5月27日
  • 場所:三島市民文化会館(ゆうゆうホール) 小ホール(静岡県三島市)
  • 内容:
    タイトル講師資料
    (第1部)データべースは世界をつなぐ
    INSDC partners at the DDBJ 30th Anniversary Symposium Guy Cochrane(欧州バイオインフォマティクス研究所)
    Archived Data: Sharing and Reuse Ilene Mizrachi(米国 国立生物工学情報センター)
    Taxonomy in the Public Sequence Databases Conrad Schoch(米国 国立生物工学情報センター)
    Using DNA Sequencing to Fight Pathogens Karen Clark(米国 国立生物工学情報センター)
    (第2部)私たちも見て触れる日本のデータベース
    誰でも使える最先端の研究成果/今日からあなたも生命科学者 箕輪 真理(NBDC)
    今日から使える便利な生命科学系公共データベース in DBCLS 小野 浩雅(DBCLS)
    「生命の素子」のカタチのデータベース: 蛋白質構造データバンク 鈴木 博文(大阪大学蛋白質研究所)
    自宅でできるゲノム研究:DDBJ/GenBank/ENA 有田 正規(国立遺伝学研究所)

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2016

第34回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2016年12月15-16日
  • 場所:国立遺伝学研究所 (静岡県三島市)
  • 参加人数:14名
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ と NIG SuperComputer の紹介 中村 保一(国立遺伝学研究所)
    BioProject, BioSample の紹介 向田 志保(DDBJ
    DRA(DDBJ Read Sequence Archive) の紹介 福田 亜沙美(DDBJ)
    NIG SuperComputer の利用方法(1)
    PCに公開鍵を設定してスパコンにログインする
    石川 直史・平井 朝裕(国立遺伝学研究所)
    NIG SuperComputer の利用方法(2-1)
    ログインして解析を実行する -UNIX の基本コマンド超入門
    中村 保一(国立遺伝学研究所)
    NIG SuperComputer の利用方法(2-2)
    ログインして解析を実行する -マッピング入門
    中村 保一(国立遺伝学研究所)

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All-in-one 合同講習会 2016 ~バイオビッグデータ解析入門~

  • 日時:2016年7月23日
  • 場所:VisLab OSAKA(グランフロント大阪 北館タワーC 9F、大阪市北区)
  • 内容:
    タイトル講師
    立体構造データの検索・可視化法 工藤 高裕(大阪大学蛋白質研究所)
    DDBJデータベースを用いた配列の検索と解析 有田 正規(国立遺伝学研究所)
    ホモロジー・モデリングによるタンパク質の立体構造予測 川端 猛(大阪大学蛋白質研究所)
    文献情報を利用したサービスの活用法 山本 泰智(DBCLS)
    JST/NBDC が提供するサービス及びプロジェクト概観 大波 純一(NBDC)

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DDBJデータ解析チャレンジ 2016 キックオフ講習会

DDBJ では、ROIS 機構長裁量プログラム(データサイエンス高度人材育成プログラム)への取り組みの一環として、DDBJ データ解析チャレンジを実施しています。この講習会は、データ解析チャレンジの参加者向けに実施するキックオフ講習会です。

  • 日時:2016年7月6日
  • 場所:国立研究開発法人 科学技術振興機構 東京本部別館
  • 参加人数:14名
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJデータ解析チャレンジ概要 神沼 英里(国立遺伝学研究所)
    DDBJデータ解析事例「ChIP-Atlasデータベース」の紹介 沖 真弥(九州大学大学院)
    機械学習コンペティション基盤「ビッグデータ大学」の紹介 鹿島 久嗣(京都大学大学院)
    機械学習コンペティションにおける予測モデリング手法の傾向 馬場 雪乃(京都大学大学院)
    遺伝研スーパーコンピュータのビッグデータ解析環境 石川 直史(国立遺伝学研究所)
    NIGスパコン機械学習ツール ハンズオン(自由参加) 神沼 英里(国立遺伝学研究所)

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2015

第33回 DDBJing 講習会 in 東京

  • テーマ:RAD-seq実験のポイントとデータ解析
  • 日時:2015年11月11日
  • 場 所:国立研究開発法人 科学技術振興機構 東京本部別館
  • 参加人数:20名
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ と NIG SuperComputer の紹介、大量配列情報解析 神沼 英里(国立遺伝学研究所)
    ゲノムワイド多型を利用した遺伝解析の実際 白澤 健太(かずさDNA研究所)
    NGSを用いたジェノタイピングを様々な解析に用いるには?
    ~高密度SNPデータ解析の処方箋~
    鐘ヶ江 弘美(東京大学大学院)
    BioProject, BioSample, DDBJ Sequence Read Archive の紹介 福田 亜沙美(DDBJ)
    Japanese Genotype-phenotype Archive の紹介 児玉 悠一(DDBJ)
    DDBJ Pipeline講習:
    NGS公共データベースを利用したDNA多型解析ワークフローの実習
    望月 孝子(国立遺伝学研究所)
    Mass Submission System の紹介 李 慶範(DDBJ)

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第32回 DDBJing 講習会 in 那覇植物防疫事務所(on-demand)

本講習会は,那覇植物防疫事務所より依頼を受けて,職員の方を対象として開催いたしました。
内部向けの講習会の開催(on-demand)を希望される方はこちらからご連絡ください。

  • 日 時:2015年7月29日
  • 場 所:那覇植物防疫事務所(沖縄県)
  • 講 師:森 宙史東京工業大学大学院生命理工学研究科生命情報専攻 助教)
       藤山 秋佐夫(国立遺伝学研究所 比較ゲノム解析研究室 教授)
       中村 保一(国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室 教授)
  • 講 義:データベース検索(キーワード・配列類似検索・マルチプルアラインメント)
       プライマーの作成
       シーケンスデータを用いた生物種の同定

初めての All-in-one 合同講習会〜生命科学DB・ツールの使い方~

  • 日時:2015年7月18日
  • 場所:大阪大学中之島センター
  • 内容:
    タイトル講師
    データベース統合化の取り組みとNBDCで提供するサービス 箕輪 真理(NBDC)
    文献情報関連サービス活用法 山本 泰智(DBCLS)
    セマンティックウェブ技術を活用した生命科学データ利用環境の紹介 川島 秀一(DBCLS)
    今日から使える (DBCLS謹製の) 塩基配列・遺伝子発現データベース・ウェブツールの紹介 小野 浩雅(DBCLS)
    DDBJ のデータベースと検索・解析 中村 保一(国立遺伝学研究所)
    DDBJ へのデータ登録 真島 淳(DDBJ)
    NIG Supercomputer 小笠原 理(国立遺伝学研究所)
    PDBデータの検索・見方 工藤 高裕(大阪大学蛋白質研究所)
    ゲノム配列と蛋白質立体構造の統合的検索とモデリング 川端 猛(大阪大学蛋白質研究所)

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第31回 DDBJing 講習会 in 東京

  • テーマ:スーパーコンピュータの新しい活用法とDDBJへの登録
  • 日時:2015年6月12日
  • 場 所:国立研究開発法人 科学技術振興機構 東京本部別館
  • 参加人数:20名
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ とNIG SuperComputer の使い方 中村 保一(国立遺伝学研究所)
    BioDevOpsによる再現性のあるバイオインフォマティクス環境の構築 二階堂 愛(理化学研究所)
    軽量仮想環境を用いてNGSデータの解析再現性を担保する 大田 達郎(DBCLS)
    BioProject, BioSample, DDBJ Sequence Read Archive の紹介 児玉 悠一(DDBJ)
    Mass Submission System の紹介 李 慶範(DDBJ)
    Japanese Genotype-phenotype Archive の紹介 児玉 悠一(DDBJ)

    資料は Google Drive からご覧になれます。

2014

第30回 DDBJing 講習会 in 東京

  • テーマ:スーパーコンピュータの新しい活用法とDDBJへの登録
  • 日時:2014年12月18日
  • 場 所:国立研究開発法人 科学技術振興機構 東京本部別館
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ とNIG SuperComputer の紹介、大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所)
    BioProject, BioSample, DDBJ Sequence Read Archive の紹介 児玉 悠一(DDBJ)
    Mass Submission System の紹介 李 慶範(DDBJ)
    DDBJ Read Annotation Pipeline の紹介と実習 長崎 英樹(国立遺伝学研究所)
    Japanese Genotype-phenotype Archive の紹介 児玉 悠一(DDBJ)
    メタゲノム解析と微生物統合データベース 森 宙史(東京工業大学大学院)

第29回 DDBJing 講習会 in 三島

  • テーマ:DDBJ へのデータ登録
  • 日時:2014年6月12日
  • 場 所:国立遺伝学研究所 (静岡県三島市)
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ, スパコンの紹介, 大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所)
    公共データベースを使い倒した知のめぐりのよい生命科学研究 坊農 秀雅(DBCLS)
    NIG スーパーコンピュータの紹介と見学 石川 直史(国立遺伝学研究所)
    NBDCヒトデータベースを介したJapanese Genotype-phenotype Archive のデータ共有の審査過程と登録手続き 箕輪 真理(NBDC)
    児玉 悠一(DDBJ)
    BioProject と BioSample の紹介 児玉 悠一(DDBJ)
    DDBJ Sequence Read Archive の紹介 古屋 典子(DDBJ)
    Mass Submission System の紹介 李 慶範(DDBJ)
    DDBJ Nucleotide Sequence Submission System の紹介 小菅 武英(DDBJ)

2013

第28回 DDBJing 講習会 in 新潟

  • テーマ:NGS解析Galaxy特集とDDBJへの登録
  • 日時:2013年11月19日
  • 場所:新潟大学 駅南キャンパス「ときめいと」(JR 新潟駅南口より徒歩3分)
  • 主 催:新潟大学(工学部情報工学科 阿部貴志),日本DNAデータバンク(DDBJ)
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ, スパコンの紹介, 大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所)
    Galaxy入門とワークフロー構築 山口 敦子(NBDC)
    数百人規模オミックス解析のための Galaxy 活用術 八谷 剛史(岩手医科大学)
    新世代シークエンスデータの登録 児玉 悠一(DDBJ)
    DDBJ Pipeline の紹介と実習 長崎 英樹(国立遺伝学研究所)

第27回 DDBJing 講習会 in 三島

  • テーマ:NGS 配列解析と DDBJ データ登録
  • 日時:2013年7月4日
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター4階
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ とNIG SuperComputer の紹介、大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所)
    公共NGS データの二次利用を支える技術 大田 達郎(NBDC)
    カメde novo ゲノムとRNAseq データの異種間比較 入江 直樹(理化学研究所)
    DDBJ Pipeline の紹介と実習 長崎 英樹(国立遺伝学研究所)
    DDBJ Sequence Read Archive, BioProject, BioSample の紹介 児玉 悠一(DDBJ)
    大量登録システム(MSS) の紹介 大城戸 利久 (DDBJ)
    DDBJ 塩基配列登録システムの紹介と実習 小菅 武英(DDBJ)

第26回 DDBJing 講習会 in 三島

  • テーマ:大規模計算機を利用した配列解析とDDBJ データ登録
  • 日時:2013年1月24日
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター4階
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ とNIG SuperComputer の紹介、大量配列情報解析 中村 保一(国立遺伝学研究所)
    DDBJ 新塩基配列登録システム:Web から塩基配列を登録する 小菅 武英(DDBJ)
    イオントレントデータ解析におけるクラウド環境の活用 古川 貴久(ライフテクノロジーズジャパン株式会社)
    NIG SuperComputer の紹介と見学 川越 千晴(国立遺伝学研究所)
    クラウドサービス BaseSpace が変える次世代シーケンサーデータ解析 鈴木 健介(イルミナ株式会社)
    MiGAP:微生物ゲノム注釈ツール利用法 大山 彰(インシリコバイオロジー株式会社)
    DDBJ Pipeline の紹介 長崎 英樹(国立遺伝学研究所)
    DDBJ Sequence Read Archive(DRA), DDBJ BioProject の紹介 児玉 悠一(DDBJ)
    大量登録システム(MSS):大規模アセンブル配列の登録 大城戸 利久 (DDBJ)

2012

第25回 DDBJing 講習会 in 三島

  • テーマ:Next-Generation Sequencer(NGS) 由来のデータ解析(微生物を中心に)やデータ登録
  • 日時:2012年1月26日
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター4階
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ のNGS 対応 中村 保一 (国立遺伝学研究所)
    NGS マルチプレックス法による黄色ブドウ球菌de novo アセンブリ 佐々木 貴史 (慶應義塾大学)
    MiGAP~微生物ゲノム注釈ツール利用法 大山 彰 (インシリコバイオロジー株式会社)
    DBCLS Galaxy: ツール群, 日本語統合環境, etc. 山口 敦子(DBCLS)
    DDBJ Sequence Read Archive(DRA) の紹介 児玉 悠一 (DDBJ)
    DDBJ pipeline 基礎(de novo assembly) 望月 孝子 (国立遺伝学研究所)
    DDBJ pipeline 高次部(galaxy : contig annotation workflow) 長崎 英樹 (国立遺伝学研究所)
    DDBJ pipeline 高次部(galaxy : 系統樹解析) 猿橋 智 (国立遺伝学研究所)
    NGS 由来アセンブル配列の登録~大量登録システム(MSS) 大城戸 利久 (DDBJ)

2011

第24回 DDBJing 講習会 in 東京

  • 日時:2011年6月30日
  • 場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 東京大学工学部12号館4階
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ の紹介・データ受付など 中村 保一 (国立遺伝学研究所)
    NGS のベースコール精度とアセンブリ精度について 新井 理 (ビッツ株式会社)
    MiGAP~微生物ゲノム注釈ツール利用法 大山 彰 (インシリコバイオロジー株式会社)
    DDBJ Sequence Read Archive (DRA) へのデータ登録 児玉 悠一 (DDBJ)
    Pipeline 基礎(アセンブリ・マッピング) 望月 孝子 (国立遺伝学研究所)
    Pipeline 高次(galaxyとゲノム・SNP 解析例) 長崎 英樹 (国立遺伝学研究所)
    NGS 由来アセンブル配列の登録~大量登録システム(MSS) 大城戸 利久 (DDBJ)

第23回 DDBJing 講習会 & PDBj 講習会 in 長浜

  • 日時:2011年1月17-18日
  • 場所:長浜バイオ大学 命江館3階 語学実習室
  • 内容:

    2011年1月17日

    タイトル講師
    PDBj と wwPDB 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所)
    構造からの機能予測法入門 木下 賢吾(東北大学大学院)
    (実習 1)PDBj Mine の使い方 金城 玲 (大阪大学蛋白質研究所)
    (実習 2)複雑な構造(電子顕微鏡構造・複合体構造)の見方 鈴木 博文 (大阪大学蛋白質研究所)

    2011年1月18日

    タイトル講師
    DDBJ の紹介と大量配列のためのクラウド型計算機資源利用法 中村 保一 (国立遺伝学研究所)
    次世代シークエンサ(NGS)概論とクラウド型解析ツール DDBJ Pipeline 神沼 英里 (国立遺伝学研究所)
    NGS 登録データベース DDBJ Sequence Read Archive 猿橋 智 (DDBJ)
    NGS クラウド型解析ツール DDBJ Pipeline 実習 望月 孝子 (国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 真島 淳 (DDBJ)

2010

第22回 DDBJing 講習会 & AJACS in 東京」

  • 日時:2010年6月23-24日
  • 場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 東京大学工学部12号館4階
  • 内容:

    2010年6月23日

    タイトル講師
    統合データベースプロジェクトの紹介 高祖 歩美(NBDC)
    カタログサービス・横断検索の利用法 川本 祥子(NBDC)
    文献関連サービスの活用法 山本 泰智(NBDC)
    遺伝子発現情報を使い倒す 坊農 秀雅(NBDC)
    BodyParte3D/Anatomography の利用法 三橋 信孝(NBDC)
    DBCLS Galaxy の利用法 山口 敦子(NBDC)

    2010年6月24日

    タイトル講師
    DDBJ の紹介と配列データの検索 中村 保一 (国立遺伝学研究所)
    次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:次世代シーケンサのクラウド型パイプライン 神沼 英里 (国立遺伝学研究所)
    次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:次世代シーケンサアーカイブ DB 児玉 悠一 (DDBJ)
    次世代シーケンサ配列の登録・データ解析:クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping 望月 孝子 (国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 小菅 武英(DDBJ)
    相同性検索と系統解析:BLAST とClustalW 中村 保一 (国立遺伝学研究所)

2009

第21回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2009年6月17-18日
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター 2階会議室
  • 内容:

    2009年6月17日

    タイトル講師
    DDBJ ホームページの使い方 真島 淳 (DDBJ)
    データベース検索実習1:キーワード検索を中心に 中村 保一 (国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 小菅 武英 (DDBJ)

    2009年6月18日

    タイトル講師
    データベース検索実習2:FASTA, BLAST, PSI-BLAST, HMMPFAM の使い方 中村 保一 (国立遺伝学研究所)
    スパコン棟見学 DDBJ スタッフ
    Short Reads データ解析例の紹介 神沼 英里 (国立遺伝学研究所)
    Short read archive(SRA)登録紹介 児玉 悠一 (DDBJ)
    大量登録の紹介 野崎 亜沙美 (DDBJ)
    分子進化解析入門(ClustalW) 中村 保一 (国立遺伝学研究所)

第20回 DDBJing 講習会 & KEGGing 講習会 & PDBjing 講習会 in 京都

  • 日時:2008年11月27-28日
  • 場所:京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
  • 内容:

    2008年11月27日

    タイトル講師
    DDBJ の紹介 舘野 義男 (DDBJ)
    データ検索から系統樹作成まで 斎藤 成也(国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法 大城戸 利久 (DDBJ)
    ライフサイエンス統合 DB のサービス紹介 川島 秀一 (東京大学医科学研究所)

    2008年11月28日

    タイトル講師
    KEGG GENES の利用法 守屋 勇樹(京都大学化学研究所)
    KEGG LIGAND の利用法 服部 正泰(京都大学化学研究所)
    KEGG PATHWAY の利用法 五斗 進 (京都大学化学研究所)
    PDBj の紹介 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所)
    PDBj へのデータ登録方法 松浦 孝範 (大阪大学蛋白質研究所)
    PDBj のデータ検索サービスと二次データベース 金城 玲(大阪大学蛋白質研究所)
    ウェブサービスによる国内外データベースの統合的な活用 片山 俊明 (東京大学医科学研究所)

2008

第19回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2008年6月18-19日
  • 場所:国立遺伝学研究所・生命情報・DDBJ 研究センター 2階会議室
  • 内容:

    2008年6月18日

    タイトル講師
    DDBJ ホームページの使い方 真島 淳 (DDBJ)
    データベース検索実習1:キーワード検索を中心に 小笠原 理 (国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 及びDDBJ 遺伝子発現データベースCIBEX の簡単なご紹介 児玉 悠一 (DDBJ)

    2008年6月19日

    タイトル講師
    データベース検索実習2:FASTA, BLAST の使い方 鈴木 善幸 (国立遺伝学研究所)
    スパコン棟見学 DDBJ スタッフ
    学部教育におけるDDBJ の活用について 阿部 貴志 (長浜バイオ大学)
    GTOP を中心としてタンパク質データベース 福地 佐斗志 (国立遺伝学研究所)
    分子進化解析入門(ClustalW) 隅山 健太 (国立遺伝学研究所)

2007

第18回 DDBJing 講習会 & 寺子屋『情報生物学』 in 香川

  • 日時:2007年11月29-30日
  • 場所:香川大学医学部  看護学科教育研究棟2階マルチメディア実習室
  • 内容:

    2007年11月29日

    タイトル講師
    バイオインフォマティクス入門 舘野 義男(国立遺伝学研究所)
    ゲノム進化学入門 斎藤 成也(国立遺伝学研究所)
    遺伝子発現解析入門 池尾 一穂(国立遺伝学研究所 准教授)

    2007年11月30日

    タイトル講師
    DDBJ 活動全体の紹介 斎藤 成也(国立遺伝学研究所)
    SAKURA を中心とする塩基配列登録の方法と実習 小菅 武英(DDBJ)
    ARSA を中心とするデータベースの検索方法と実習 峯崎 善章(国立遺伝学研究所)
    BLAST を中心とする相同性検索の方法と実習 鈴木 善幸(国立遺伝学研究所)
    GIB, GIB-V, GTPS を用いた小型ゲノム解析の紹介 小菅 武英(DDBJ)
    GTOP などを用いたタンパク質構造分析法の紹介 福地 佐斗志(国立遺伝学研究所)

第17回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2007年5月29-30日
  • 場所:国立遺伝学研究所・生命情報・DDBJ 研究センター 2階会議室
  • 内容:

    2007年11月29日

    タイトル講師
    DDBJ の紹介 舘野 義男(DDBJ)
    getentry, ARSA, SRS の検索実習 小笠原 理(国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 李慶範(DDBJ)

    2007年11月30日

    タイトル講師
    FASTA, BLAST の検索実習 鈴木 善幸(国立遺伝学研究所)
    完全ゲノムデータの利用 GIB, GIB-V, GTPS 阿部 貴志(国立遺伝学研究所)
    ClustalW の講義と実習 鈴木 善幸(国立遺伝学研究所)

2006

第16回 DDBJing 講習会 & PDBjing 講習会 in 東京

  • 日時:2006年12月21-22日
  • 場所:東京工業大学 大岡山キャンパス 情報ネットワーク演習棟
  • 内容:

    2006年12月21日

    タイトル講師
    DDBJ の紹介 坂井 勝呂(DDBJ)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・講議及び実習 坂井 勝呂(DDBJ)
    PDBj の紹介とHP の使い方 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所)
    PDBj の各種サービスの基本的な使い方(講議と実習) 金城 玲(大阪大学蛋白質研究所)

    2006年12月22日

    タイトル講師
    PDBML 入門(講議と実習) 金城 玲(大阪大学蛋白質研究所)
    GTOP の利用法・講議および実習 福地 佐斗志(国立遺伝学研究所)
    たんぱく質表面形状と物性データベース,eF-site 木下 賢吾(東京大学医科学研究所)

第15回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2006年6月14-15日
  • 場所:国立遺伝学研究所・生命情報・DDBJ 研究センター 2階会議室
  • 内容:

    2006年6月14日

    タイトル講師
    INSDC の概略とDDBJ HP の利用法(英語による講議) Barrero Roberto(国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・講議 野崎 亜沙美(DDBJ)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習 野崎 亜沙美(DDBJ)
    H-Invitational Database の紹介 大城戸 利久(DDBJ)

    2006年6月14日

    タイトル講師
    データベース検索実習1(キーワード検索を中心に) - getentry, SRS, ARSA の使い方 小笠原 理(国立遺伝学研究所)
    データベース検索実習2(相同性検索を中心に) - FASTA, BLAST の使い方 池尾 一穂(国立遺伝学研究所)
    ゲノム配列解析ツール(Genome Analysis Tools: GAT) と第三者アノテーション 阿部 貴志(国立遺伝学研究所)
    GTOP の利用法・講議および実習 福地 佐斗志(国立遺伝学研究所)
    分子進化解析入門 (ClustalW) 隅山 健太(国立遺伝学研究所)
    DDBJ の展望「生命科学データベースの現状と課題」 大久保 公策(国立遺伝学研究所 )

第14回 DDBJing 講習会 & PDBjing 講習会 in 大阪

  • 日時:2006年2月2-3日
  • 場所:大阪大学中之島センター・キャンパスイノベーションセンター7階 講義室2
  • 内容:

    2006年2月2日

    タイトル講師
    DDBJ の利用法 斎藤 成也(国立遺伝学研究所)
    DDBJ のサービスの紹介と実習 その1 - 検索を中心に:ARSA の使い方 斎藤 成也(国立遺伝学研究所)
    PDBj の紹介とHP の使い方 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所)
    PDBj のサービスの紹介と実習 その1 - xPSSS による蛋白質立体構造データの検索法の実習 伊藤 暢聡(東京医科歯科大学大学院)

    2006年2月3日

    タイトル講師
    ゲノム進化学入門 斎藤 成也(国立遺伝学研究所)
    PDBj のサービスの紹介と実習 その2 - Structure Navigator/ Sequence Navigator/ GASH の講義と実習 Daron M. Standley
    (JST)
    DDBJ のサービスの紹介と実習 その2 - GTOP データベースの利用法についての講義と実習 金城 玲(国立遺伝学研究所)
    タンパク質の構造予測とその周辺 金城 玲(国立遺伝学研究所)
    タンパク質表面形状と物性データベース,eF-site 木下 賢吾(東京大学医科学研究所)

2005

第13回 DDBJing 講習会 in 東京農大

  • 日時:2005年9月1-2日
  • 場所:東京農業大学世田谷キャンパス 18号館3階コンピューター演習室3
  • 内容:

    2005年9月1日

    タイトル講師
    DDBJ の利用法 菅原 秀明(国立遺伝学研究所)
    データベース検索実習1 - キーワード検索を中心に: getentry, SRS, ARSA の使い方 阿部 貴志(国立遺伝学研究所)
    データベース検索実習2 - 相同性検索を中心に:BLAST/FASTA の簡単な説明 (アルゴリズム・パラメータ 紹介と使い方) 阿部 貴志(国立遺伝学研究所)
    遺伝子発現データベース - 遺伝発現データ活用・将来展望の観点から 池尾 一穂(国立遺伝学研究所)

    2005年9月2日

    タイトル講師
    分子進化解析入門・実習 - ClustalW から系統樹作成へ 鈴木 善幸(国立遺伝学研究所)
    タンパク質データの利用法・講議および実習 - UniProt の紹介,GTOP の利用法など 福地 佐斗志(国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(講議) 林 意雀(DDBJ)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(実習) - CDS, 16S rRNA 等の登録の実習 林 意雀(DDBJ)
    完全ゲノムのデータの利用 - GIB, G-InforBIO 平畠 壮規・田中 尚人(国立遺伝学研究所)

第12回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2005年6月8-9日
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 2階会議室
  • 内容:

    2005年6月8日

    タイトル講師
    DDBJ/EMBL/GenBank データベースの概要 舘野 義男(国立遺伝学研究所)
    web を使ったDDBJ の利用 市川 恵子(DDBJ)
    データベース検索実習1(キーワード検索を中心に) getentry, SRS, ARSA の使い方 阿部 貴志(国立遺伝学研究所)
    データベース検索実習2(相同性検索を中心に) BLAST/FASTA の簡単な説明と使い方 阿部 貴志(国立遺伝学研究所)
    分子進化解析入門 鈴木 善幸(国立遺伝学研究所)

    2005年6月9日

    タイトル講師
    完全ゲノムのデータを入手する 平畠 壮規(国立遺伝学研究所)
    GTOP の利用法・講議および実習 福地 佐斗志(国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(講議) 林 意雀(DDBJ)
    SAKURA を用いた塩基配列登録の方法(実習) 林 意雀(DDBJ)
    遺伝子発現データベース 池尾 一穂(国立遺伝学研究所)
    遺伝研スーパーコンピュータの利用 金城 玲(国立遺伝学研究所)

第11回 DDBJing 講習会 & PDBjing 講習会 in 大阪

  • 日時:2005年3月2日
  • 場所:大阪大学中之島センター・キャンパスイノベーションセンター2階 講義室2
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ の概略とHP の使い方 金城 玲(国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いた塩基配列データ登録の概説・模擬登録実習 大城戸 利久(DDBJ)
    PDBj の紹介とHP の使い方 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所)
    xPSSS による蛋白質立体構造データの検索法の実習 中村 春木(大阪大学蛋白質研究所)
    ADIT による立体構造データ登録法と実習 小佐田 高史(大阪大学蛋白質研究所)
    全ゲノム立体構造予測データベースGTOP の使い方 福地 佐斗志(国立遺伝学研究所)

2004

第10回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2004年7月7-8日
  • 場所:国立遺伝学研究所 ゲストハウス2階セミナー室
  • 内容:

    2004年7月7日

    タイトル講師
    新しいHP を使った DDBJing 斎藤 成也(国立遺伝学研究所)
    データ登録入門編:SAKURA による塩基配列データ登録の概論 真島 淳(DDBJ)
    データ登録実習編:SAKURA による模擬登録実習 真島 淳(DDBJ)

    2004年7月7日

    タイトル講師
    データベース検索入門編:相同性検索の仕組みと使い方を中心に 阿部 貴志(国立遺伝学研究所)
    データベース検索実習編:相同性検索の仕組みと使い方を中心に 阿部 貴志(国立遺伝学研究所)
    データ登録応用編:大量塩基配列データ登録の概論 真島 淳(DDBJ)
    ゲノム時代のタンパク質データベース "GTOP" について 西川 建(国立遺伝学研究所)
    XML 技術の広がり 菅原 秀明(国立遺伝学研究所)
    発現データとデータベース 伊藤 孝一(国立遺伝学研究所)

第9回 DDBJing 講習会 & 第6回 情報生物学『寺子屋』 in 東京

  • 日時:2004年3月28日
  • 場所:国立情報学研究所学術総合センター 一橋記念講堂中会議場
  • 内容:
    タイトル講師
    Web サービスによるDDBJ の活用について 宮崎 智(DDBJ)
    DDBJ への塩基配列の登録について 坂井 勝呂(DDBJ)
    バイオインフォマティクス研究におけるDDBJ の役割 五條堀 孝(国立遺伝学研究所)
    生物学知識をどう扱うか? 大久保 公策(国立遺伝学研究所)
    ゲノム規模立体構造予測データベース・GTOP 福地 佐斗志(国立遺伝学研究所)

2003

第8回 DDBJing 講習会 in 遺伝学会

  • 日時:2003年9月24日
  • 場所:日本遺伝学会第75回大会 東北大学 川内北キャンパス B会場 (B201)
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ の利用法~データベースとソフトウエア~ 池尾一穂(国立遺伝学研究所)

第7回 DDBJing 講習会 in 高知

  • 日時:2003年8月29日
  • 場所:高知医科大学 看護学科棟2階情報処理実習室
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ 活動の概略 深海薫(理化学研究所)
    SAKURA を用いたデータ登録法 小菅武英(DDBJ)
    SAKURA を用いないデータ登録法 小菅武英(DDBJ)
    配列検索方法 (getentry, SRS) 深海薫(理化学研究所)
    配列から系統樹まで (BLAST, CLUSTALW) 深海薫(理化学研究所)
    GIB の紹介 小菅武英(DDBJ)
    GTOP の紹介 福地佐斗志(国立遺伝学研究所)

2002

第6回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2002年1月30-31日
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ 研究センター3階
  • 内容:

    2002年1月30日

    タイトル講師
    DDBJ とは? 舘野義男(国立遺伝学研究所)
    DDBJ web の使い方概論 深海薫(国立遺伝学研究所)
    SAKURA を中心とした塩基配列データの登録法 岡田あゆみ(DDBJ)
    SRS を中心とした検索方法 DDBJ データベース運用開発局

    2002年1月30日

    タイトル講師
    GIB の活用 DDBJ データベース運用開発局
    生命情報学分野におけるXML の評価とDDBJ の取り組み 宮崎智(国立遺伝学研究所)
    DDBJ と計算機センターの見学 DDBJ 情報局
    生命情報学と分子進化学 池尾一穂(国立遺伝学研究所)
    ヒトゲノム配列データベースと多型データベースの活用 今西規(産業技術総合研究所)
    GTOP の利用を中心とするタンパク質立体構造予測 西川建(国立遺伝学研究所)

2001

第5回 DDBJing 講習会 in 東京

  • 日時:2001年9月3日
  • 場所:国立情報学研究所 学術総合センタービル2階 中会議場2~4
  • 内容:
    タイトル講師
    日本DNA データバンクと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」 舘野義男(国立遺伝学研究所)
    塩基配列データの登録法 青野英雄(DDBJ)
    DDBJ データベースの検索法(キーワード検索,相同性検索,種名検索など) 深海薫(国立遺伝学研究所)
    >DDBJ ClustalW の利用法(多重整列から系統樹作成まで) 斎藤成也(国立遺伝学研究所)
    DDBJ から利用できるタンパク質立体構造解析ツール 太田元規

2000

第4回 DDBJing 講習会 in 福岡

  • 日時:2000年11月30日
  • 場所:九州大学情報基盤センター情報サロン(箱崎キャンパス)
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ 活動の概略とデータベースの検索法 斎藤成也(国立遺伝学研究所)
    分子進化学的データ解析法 深海薫(国立遺伝学研究所)
    SAKURA を用いたデータ登録法 鈴木満美(DDBJ)
    登録データの更新と大量データ登録法 島田明美(DDBJ)

第3回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:2000年8月23日
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報研究センター
  • 内容:
    タイトル講師
    DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースについて 舘野義男(国立遺伝学研究所)
    DDBJ Web の使い方 斎藤成也(国立遺伝学研究所)
    解析ソフトの使い方 深海薫(国立遺伝学研究所)
    新SAKURA の使い方 DDBJ
    検索ソフト(SRS など)の使い方 DDBJ

1999

第2回 DDBJing 講習会 in 札幌

  • 日時:1999年11月10日
  • 場所:北海道大学地球環境科学研究科 講堂
  • 内容:
    タイトル講師
    日本DNA データバンクと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」 斎藤成也(国立遺伝学研究所)
    DDBJ への塩基配列登録の方法(SAKURA・大量登録ツールMST などの利用)) 真島淳・橋爪亜紀(DDBJ)
    DDBJ のwww 活用方法(キーワード検索,FASTA/BLAST 相同性検索など) 斎藤成也・大藤由紀子(国立遺伝学研究所)
    塩基配列・アミノ酸配列から系統樹を作成する方法 斎藤成也(国立遺伝学研究所)

第1回 DDBJing 講習会 in 三島

  • 日時:1999年9月13日
  • 場所:国立遺伝学研究所 生命情報研究センター2階AV 室
  • 内容:
    タイトル
    日本DNA データバンクと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」
    DDBJ への塩基配列登録の方法(SAKURA・大量登録ツールMST などの利用)
    データベース検索の基礎(キーワード検索,FASTA/BLAST 相同性検索など)
    分子進化解析入門(多重整列,遺伝子系統樹作成,同義・非同義置換数推定など)
    タンパク質立体構造解析入門(PDB ブラウザー,二次構造・立体構造予測など)

日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース(第1回〜第8回)

第9回〜現在については,Chaina-Japan-Korea Bioinformatics Training Course をご覧ください。

生命情報研究センター・DDBJ 合同講習会(1999.9.16 〜 2007.11.29-30)